Die NMR-Lösungsstruktur eines Metallochaperon-Modellpeptids mit Cu (I) wurde bestimmt, und ein detailliertes Protokoll von der Probenvorbereitung über die 1D- und 2D-Datenerfassung bis hin zu einer dreidimensionalen Struktur beschrieben.
Die Bindung von Kupfer (I) durch Metalllochaperon-Transportproteine verhindert die Kupferoxidation und die Freisetzung von toxischen Ionen, die an schädlichen Redoxreaktionen teilnehmen können. Der Cu(I)-Komplex des Peptidmodells eines Cu(I)-bindenden Metallochaporon-Proteins, das die Sequenz MTCSGCSRPG (unterstrichen ist konserviert) enthält, wurde in Lösung unter inerten Bedingungen mittels NMR-Spektroskopie bestimmt.
NMR ist eine weithin akzeptierte Technik zur Bestimmung von Lösungsstrukturen von Proteinen und Peptiden. Aufgrund der Schwierigkeit bei der Kristallisation, Einkristalle bereitzustellen, die für die Röntgenkristallographie geeignet sind, ist die NMR-Technik äußerst wertvoll, zumal sie Informationen über den Lösungszustand und nicht über den Festkörper liefert. Darin beschreiben wir alle Schritte, die für eine vollständige dreidimensionale Strukturbestimmung mittels NMR erforderlich sind. Das Protokoll umfasst die Probenvorbereitung in einem NMR-Röhrchen, die Erfassung und Verarbeitung von 1D- und 2D-Daten, die Zuweisung und Integration von Peaks, molekularmechanische Berechnungen und die Strukturanalyse. Wichtig ist, dass die Analyse zunächst ohne voreingestellte Metall-Liganden-Bindungen durchgeführt wurde, um eine zuverlässige Strukturbestimmung auf unvoreingenommene Weise zu gewährleisten.
Peptide werden häufig als Proteinmodelle, potenzielle Wirkstoffe und eigenständige Therapeutika verwendet. Ihre geringe Größe und ihr hohes Maß an Flexibilität schließen jedoch aufgrund von Schwierigkeiten bei der Kristallisation oft eine Strukturbestimmung durch Röntgenstrahlen aus.
Kernspinresonanz (NMR) kann verwendet werden, um Peptidstrukturen und Wechselwirkungen zu bestimmen. Die Methode kann Informationen über die lokale und Gesamtstruktur, die Bindung und die Wechselwirkungen mit niedrigerer Affinität liefern und ist auf schwierige Proben anwendbar, da sie im Lösungszustand durchgeführt werden kann.
Der Kupfertransport in biologischen Systemen wird durch intrazelluläre Kupfer-Metallochaperon-Proteine erreicht, die spezifisch Cu (I)-Ionen binden und sie durch eine Reihe von Protein-Protein-Wechselwirkungen an ihre Zielproteine abgeben, um die Ionen vor Oxidation zu schützen und die Freisetzung von giftigem Kupfer2-5 zu verhindern. Die Bindungsstelle ist durch die konservierte Sequenz MXH/TCXanyXanyC gekennzeichnet, von der sowohl durch NMR als auch durch Kristallographie gezeigt wurde, dass sie das Cu(I) durch die weichen Thiolato-Liganden der beiden Cysteinreste bindet, obwohl auch ein zusätzlicher externer Ligand vorgeschlagen wurde6-8. Die Struktur-Funktions-Beziehung dieser Proteine ist Gegenstand intensiver Forschung9.
In der hier vorgestellten Studie wurde ein Peptidmodell, das die konservierte Sequenz von Kupfer-Metallochaperonen enthält, synthetisiert und mit Cu (I) in einer inerten Umgebung umgesetzt. Das vorgestellte Protokoll beschreibt die Schritte der Strukturbestimmung mittels NMR, einschließlich Probenvorbereitung, Datenerhebung, Datenverarbeitung, Strukturgenerierung und Strukturanalyse. Die Analyse erfolgte in zwei Schritten: Es wurden erste Strukturen erzeugt, die keine Informationen über die Art und Weise der Bindung des Peptids an das Kupferion enthielten. Nachdem der Bindungsmodus empirisch etabliert war, wurden diese Einschränkungen eingeführt, um eine hochauflösende Struktur bereitzustellen. Die Art der Bindung ist der wesentliche Punkt im Modell und wurde daher unvoreingenommen bestimmt.
Die NMR-Strukturbestimmung von Modellpeptiden ist eine äußerst wertvolle Technik, die häufig von Chemikern und Biologen verwendet wird. Es kann relativ einfach auf verschiedene Peptide unter verschiedenen Bedingungen angewendet werden und kann somit Licht auf relevante Mechanismen werfen10. Das Verständnis des Prozesses der Strukturaufklärung ermöglicht ein besseres Verständnis der Stärken und Schwächen der vorgeschlagenen Strukturen.
1. Probenvorbereitung
2. NMR-Datenerfassung und -verarbeitung13
3. Peakzuweisung und Integration mit SPARKY20
4. Molekularmechanische Berechnungen zur Generierung eines Strukturensembles mit XPLOR22
5. Strukturanalyse
The contribution of structural information to understand binding mechanisms is well-accepted. Peptides are useful as models for protein binding and interactions; however they are not amenable to the main method for structure determination, X-ray crystallography. NMR is particularly useful for these systems, since the structures can be readily solved in solution. This is especially for the case of metallochaperone-mimetics that additionally require structure determination under an inert environment to prevent oxidation of the metal ion.
The MTCSGCSRPG peptide, containing the conserved MT/HCXXC motif, bound Cu (I) as was evident by the significant change of spectrum from the apo-form to the peptide reacted with copper. The need for a ROESY experiment at the field of 600 MHz, due to a spectrum with null interactions in the NOESY spectrum, indicates a compact peptide, since our experience shows that smaller peptides of 6-7 residues fall in the null signal of the NOESY regime, but peptides of this size usually give adequate signal. In the ROESY spectrum 81 cross-peaks were observed, N of these were inter-residue cross-peaks and (81-N) were intra-residue cross-peaks. This is a small number of peaks compared to proteins, but is expected in small peptides; Particularly cyclic peptides, which tend to give a small number of interactions since all the sidechains point outward and undergo little interaction with one another.
As the metal itself cannot be detected directly by the 1H NMR measurements, one must conclude on the metal binding residues from the distances obtained between suspected donor atoms. To assure a reliable structure, no metal-ligand binding constraints should be added to the initial calculations. Previous studies have shown that forcing metal binding in an incorrect form may still lead to reasonable structural factors even if the structure is incorrect10.
The experiments gave highly nonviolated conformations in an ensemble of low RMSD. The low RMSD of a potentially flexible peptide lends further support for copper binding, which would reduce the conformational flexibility of the molecule. The RMSD values of the binding region were reduced to values around 0.05 Å, which shows tremendous stabilization as expected by the ring closure. The secondary bend and hydrogen-bonding found in the 3-7 region, also indicated binding in this region.
The negative charge obtained when two thiols bind the copper (I) peptide is offset by the N-terminal amine that was held proximate to the bound copper.
When inspecting the resulting distances between potential donor atoms, including the two cysteine residues and the methionine group, the ones located at positions most probable to bind metal were the sidechains of Cys3 and Cys6. Therefore, binding constraints were added between these residues and the metal center, and the resulting structure was evaluated. To further support the resulting structure, various additional control measurements that include preset bonds to other residues may be performed and the structural factors compared. This is especially important where the result of the model is unexpected. In previous studies using similar measurements using protein-mimetic peptides, unusual binding modes were observed, including methionine instead of cysteine7.
Excess copper is toxic to biological systems and copper transport is very tightly controlled. Therefore, it is interesting and mechanistically important to understand how copper is transferred from one protein to another. The transport cannot depend on simple release and acquire mechanism, but must somehow include both stronger and weaker modes of binding, much like how one would transfer an object carefully from the fingers of one hand to another. This type of study provides much information regarding the mechanism of copper binding in biological systems and can be used to further investigate many different aspects of metallochaperone activity in nature. The systems may be easily mutated and manipulated to mimic many different aspects of copper-binding in nature, and may be analyzed without using prior assumptions of the binding mode.
The authors have nothing to disclose.
Avance DMX 600 MHz Spectrometer | Bruker | ||
NMR sample tubes | Wilmad | 535-PP | |
Glove box | MBraun | LM05-019 | |
Lyophilizer | VirTis | benchtopK | |
Peptide | BioChemia | Custom made | >95% purity |
Copper (1) chloride | Aldrich | 224332 | |
Hydrochloric acid | BioLab | 231-595-7 | |
Sodium hydroxide | Gadot | 1310-73-2 | |
d<sub>6</sub>-Dimethylsulfoxide | Aldrich | 236926 | |
Deuterium oxide | Aldrich | 151882 |