Der Casp3-Assay, wie er in diesem Protokoll vorgestellt wird, soll einfach sein und sollte, wenn er wie hierin angewiesen durchgeführt wird, zu einem robusten Signal-Rausch-Verhältnis führen. Zu den kritischen Schritten dieses Protokolls gehören die Verwendung von frischem 1x PDT-Puffer für alle Waschvorgänge, eine ausreichende Länge der Waschschritte im PDT-Puffer nach der Inkubation der Embryonen im primären Antikörper, die schonende Behandlung der Embryonen und die sorgfältige Abrechnung aller Embryonen in Röhrchen oder Transferpipetten während aller Schritte des Protokolls.
Unserer Erfahrung nach sind die folgenden Gründe die häufigsten Gründe für das Fehlen eines Positivkontrollsignals: 1) 1x PBST wird während der Waschschritte durch 1x PDT ersetzt, 2) 1x PDT-Puffer ist älter als einen Monat, 3) es wurde der falsche Sekundärantikörper verwendet, 4) Embryonen sind älter als 32 hpf und/oder 5) mehr als 40 Embryonen wurden in einem Röhrchen analysiert. Wenn inkonsistente Ergebnisse oder Variabilität innerhalb der Proben auftreten, liegt dies in der Regel daran, dass 1) nicht darauf geachtet wurde, dass alle Embryonen während des Eingriffs zu jeder Zeit in Flüssigkeit blieben, und/oder 2) die Embryonen nicht unter ausreichendem Schaukeln inkubiert wurden. Hohe Pegel von Hintergrundrauschen werden oft als allgemeiner Fluoreszenzschleier dargestellt, der im gesamten tierischen Gewebe des Embryos entsteht (siehe Abbildung 4, "Hintergrundfluoreszenz"). Ein schlechtes Signal-Rausch-Verhältnis kann entstehen, wenn 1) die Embryonen nach der Verabreichung des Primärantikörpers nicht ausreichend lange gewaschen wurden und/oder 2) die Embryonen länger als die empfohlene Zeit in PFA oder Methanol belassen wurden. Wenn die Embryonen am Ende des Assays nicht intakt bleiben: 1) Die Lösungen wurden nach der Fixierung mit PFA nicht tropfenweise zugegeben und/oder 2) die Wippengeschwindigkeit während der Inkubationsschritte war zu hoch eingestellt.
Die dem Casp3-Assay inhärente Whole-Mount-Visualisierung ist hilfreich für die räumliche Lokalisierung apoptotischer Zellen. Die Gewebespezifität ist jedoch ungefähr und wird wahrscheinlich auf Co-Markierungstechniken (siehe Abbildung 5) und/oder Embryonenschnitten beruhen, um die genaue Identität von Zellen zu bestimmen, die sich einer Apoptose unterziehen. In dem hier beschriebenen Protokoll ist die Co-Markierung durch die Anforderung des spezifischen Kaninchen-Antikörpers begrenzt, der in unserem Assay verwendet wird. Wir haben keinen kommerziell erhältlichen anti-aktivierten Caspase-3-Antikörper identifiziert, der apoptotische Zellen spezifisch durch Immunfluoreszenz in Zebrafischembryonen markiert. Daher sind zelltypspezifische Antikörper, die in Kaninchen gezüchtet werden, nicht mit dem Casp3-Assay für Co-Markierungsexperimente kompatibel. Eine Alternative besteht darin, einen TUNEL-Assay durchzuführen, bei dem ein von der Maus abgeleiteter Antikörper zur Markierung apoptotischer Zellen erforderlich ist6. Wir haben jedoch festgestellt, dass der TUNEL-Assay, der an Zebrafischembryonen durchgeführt wurde, sehr empfindlich auf eine Reihe von Variablen in der Reaktion reagiert, einschließlich der Konzentration des TdT-Enzyms, der Dauer der Inkubation des Embryos im TdT-Enzym und der Anzahl der pro Röhrchen vorhandenen Embryonen (unsere unveröffentlichten Beobachtungen). Daher ist es schwierig, ein Gleichgewicht der Enzyme zu finden, das eine konsistente Interpretation der Ergebnisse ermöglicht. Daher ist eine bevorzugte Alternative die Analyse apoptotischer Zellen in transgenen Zebrafischembryonen, die ein Fluorophor (mit kommerziell erhältlichen robusten Antikörpern) wie GFP in einem bestimmten Zelltyp exprimieren. Anschließend können Co-Labeling-Experimente mit einem primären Maus-Anti-Gfp-Antikörper durchgeführt werden, gefolgt von einem grün fluoreszierenden Anti-Maus-Sekundärantikörper. Ein Beispiel finden Sie in Abbildung 5 .
Während das Casp3-Protokoll eine robuste, zuverlässige Färbung apoptotischer Zellen in Embryonen vom 4-Zell-Stadium bis 32 hpf ermöglicht, ist es über 32 hpf hinaus nur begrenzt anwendbar, da die Antikörper nicht in der Lage sind, die Haut älterer Embryonen zu durchdringen. Zusätzliche Techniken zur Permeabilisierung der Embryonen, einschließlich der Behandlung mit Kollagenase, Trypsin, Aceton oder Ethanol, könnten möglicherweise optimiert werden, um diesen Assay an die Analyse älterer Embryonen anzupassen. Die Färbung mit AO kann jedoch an lebenden Zebrafischen bis zu einem Alter von mindestens 5 Tagen durchgeführt werden9. Somit umgeht der AO-Assay die Restriktion des embryonalen Stadiums und stellt einen Schnelltest zur Analyse apoptotischer Zellen (1-2 Stunden) dar. Im Gegensatz dazu erfordert der Casp3-Assay eine Fixierung der Embryonen über Nacht und dauert 2-4 Tage, bis er abgeschlossen ist. Zu den Nachteilen des AO-Assays gehört, dass eine effiziente fotografische Dokumentation von Embryonen bei mehreren Proben eine Herausforderung darstellen kann, da die Embryonen lebendig sind und apoptotische Zellen schnell gebildet und gereinigt werden. Dies kann besonders problematisch sein, wenn Embryonen montiert werden müssen, um eine bestimmte Ausrichtung für die Dokumentation zu erhalten. Darüber hinaus haben wir festgestellt, dass die AO-Färbung nach der Fixierung mit PFA abnimmt, so dass sie nicht mit Co-Markierungsexperimenten mit Immunfluoreszenz kompatibel ist.
Die quantitative Analyse von aktivierter Caspase 3 kann mit Hilfe von Softwareprogrammen durchgeführt werden, die die Fluoreszenzintensität dokumentierter Bilder messen. Wir haben die IR-induzierte Apoptose im Nervengewebe quantifiziert, eine Methode, die wir an anderer Stelle ausführlich beschriebenhaben 10. Je nach Experiment kann die quantitative Analyse von aktivierter Caspase 3 weitere Manipulationen von Embryonen erfordern, wie z. B. Flat-Mounting, um die richtige Ausrichtung für eine optimale Gewebeanalyse zu erhalten. Darüber hinaus hängt die Linearität der Analyse von der Dicke des zu analysierenden Gewebes ab. Zum Beispiel analysierten wir die IR-induzierte Apoptose im Nervengewebe, indem wir die Immunfluoreszenz der aktiven Caspase 3 im flachen Nervengewebe des Rückenmarks und nicht im neuronendichten Gewebe des Gehirns maßen4,10.
Unserer Erfahrung nach ist der Casp3-Assay der robusteste und zuverlässigste Assay für die Analyse der Apoptose in Zebrafischembryonen zwischen dem 4-Zell-Stadium und 32 hpf, wenn die Analyse viel Zeit für die Dokumentation erfordert. Wenn geeignete Antikörper oder transgene Linien zur Identifizierung spezifischer Zellen verfügbar sind, ist dieser Assay auch sehr gut für die Co-Markierung geeignet, um die spezifischen Zelltypen zu identifizieren, die Apoptose durchlaufen.