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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Es ist eine Herausforderung, qualitativ hochwertige Transmissionselektronenmikroskopie-Bilder zu erhalten, insbesondere im Fall von Pflanzenzellen, die reichlich große wassergefüllte Vakuolen und belüftete Räume haben. Das Tandem-Hochdruckgefrieren und die Schnellgefriersubstitution verkürzen die Vorbereitungszeit von Pflanzenproben für die TEM erheblich und erzeugen gleichzeitig Proben mit hervorragender ultrastruktureller Konservierung.
Seit den 1940er Jahren Transmissionselektronenmikroskopie (TEM) bietet seit Biologen mit ultra-hochauflösende Bilder von biologischen Materialien. Doch weil der mühsame und zeitraubende Protokolle, die auch verlangen, Erfahrung in der Herstellung von artefaktfreie Proben, TEM ist nicht als eine benutzerfreundliche Technik. Traditionelle Probenvorbereitung für TEM verwendeten chemischen Fixiermittel, um zelluläre Strukturen zu bewahren. Hochdruckgefrier ist Kryofixation von biologischen Proben bei hohen Drücken sehr schnell Kühlraten zu erzeugen, wodurch die Eisbildung, die nachteilig für die Integrität der zellulären Ultrastruktur schränkt. Hochdruck Gefrieren und Gefriersubstitution sind derzeit die Methode der Wahl zur Herstellung der höchsten Qualität Morphologie Harzabschnitte für TEM. Diese Methoden minimieren die Artefakte, die normalerweise mit herkömmlichen Verarbeitungs für TEM von Dünnschnitten verbunden. Nach Kryofixation das gefrorene Wasser in der Probe wird mit Flüssigkeit ersetztorganischen Lösungsmittel bei tiefen Temperaturen, ein Prozess, der Gefriersubstitution. Gefriersubstitution erfolgt typischerweise über mehrere Tage in gewidmet, teure Ausrüstung durchgeführt. Eine Innovation kann das Verfahren in drei Stunden abgeschlossen sein, anstelle der üblichen zwei Tage. Dies wird typischerweise durch mehrere Tage der Probenvorbereitung, die Infiltration und die Einbettung in Epoxyharzen vor dem Schneiden enthält, gefolgt. Hier präsentieren wir ein Protokoll, die hohe Druckgefrieren und Schnellgefrier Substitution, die Pflanzenprobe Fixierung innerhalb weniger Stunden erreicht werden können. Das Protokoll kann leicht für die Zusammenarbeit mit anderen Geweben oder Organismen angepasst werden. Pflanzengewebe sind von besonderer Bedeutung, da die Anwesenheit von belüfteten Räumen und mit Wasser gefüllte Vakuolen, die eisfreien Gefrieren von Wasser zu verhindern. Darüber hinaus ist der Prozess der chemischen Fixierung besonders lange in Pflanzen durch Zellwände behindert das Eindringen von Chemikalien, tief in das Gewebe. Pflanzengewebe sind daher insbesonsondere Herausforderung, aber dieses Protokoll ist zuverlässig und produziert Proben von höchster Qualität.
Unser Wissen über die Ultrastruktur der Zelle kommt hauptsächlich aus Elektronen-Mikroskopie, die Details im Bereich von wenigen Nanometern 1 auflösen kann. Obwohl er so mächtig in auflösenden TEM nicht als benutzerfreundlich, da die Probenvorbereitung erfordert zeitaufwändige und mühsame Protokolle und verlangt einige Erfahrung aus dem Praktiker. Traditionelle Fixierung der Proben wurde die Verwendung von Aldehyden und Osmiumtetroxid vor der Weiterverarbeitung, die eine Dehydratation umfaßt, Einbetten in Harz und dann Schneiden an Ultradünnschnitten, die anschließend mit Schwermetallen verschmutzt sind produzieren kombiniert. Es ist jedoch bekannt, dass chemische Fixierung kann Artefakte einschließlich Proteinaggregation und Verlust von Lipiden 1, und Änderungen an Membranen, die letztlich auf mehrere Zellkompartimente 2 herzustellen. Diese Artefakte sind weitgehend auf die langsame Geschwindigkeit der Fixierung und Dehydratisierung bei Raumtemperatur 3, 4, 5 zurückgeführt.
6, 7. HPF nimmt ein Temperatur Probe zu der flüssigen Stickstoff unter hohem Druck (210 MPa oder 2100 bar) in Millisekunden. Wenn richtig gemacht HPF verhindert die Bildung von großen Eiskristallen, die große Schäden an Ultrastruktur der Zelle führen kann. HPF kann verwendet werden, um Proben von 100-200 um Dicke bei typischen Konzentrationen von gelösten Stoffen biologischen 7 fixieren. Es gibt zahlreiche Beiträge über die Physik und Grundsätze HPF, zB 1, 7, 8.
Nach HPF Proben werden bei niedriger Temperatur (-78,5 ° C bis -90 inkubiert und# 176, c) in Gegenwart eines flüssigen organischen Lösungsmittels, das chemische Fixiermittel wie Osmiumtetroxid, in der Regel einige Tage. Bei dieser niedrigen Temperatur wird das Wasser in der Probe durch das organische Lösungsmittel, üblicherweise Aceton oder Methanol 1, 9 ersetzt. Somit wird dieser Prozess aufgerufen Gefriersubstitution (FS). Die Probe wird dann nach und nach erwärmt und während dieser Zeit ist festgelegt, in der Regel mit Osmiumtetroxid und Uranylacetat 9. Vernetzung bei niedrigen Temperaturen hat den Vorteil einer Fixierung Moleküle immobilisiert sind, die 1. FS erzeugt daher Proben im Vergleich zu denen von herkömmlichen chemischen Fixierung bei Raumtemperatur fixiert höchster Qualität, insbesondere in verbesserten ultra Erhaltung Ergebnisse, bessere Erhaltung der Antigenität und reduziert Verlust von ungebundenen zellulären Komponenten 10, 11.
Die meisten FS erfolgt über lange Zeiträume, typischerweise bis zu mehreren Tagen. Dies ist besonders true für Pflanzen Proben 12, 13, 14. Eine aktuelle Protokoll, das von McDonald und Webb entwickelt reduziert die Zeit für die FS von mehreren Tagen auf wenige Stunden 15. In ihren Schnellgefriersubstitution (QFS) Verfahren wird FS über 3 Stunden durchgeführt, während in den super schnell FS (sqfs) Proben werden in 90 Minuten bearbeitet. Die Qualität der Proben durch diese Verfahren hergestellt wird, vergleichbar mit denen von herkömmlichen FS Protokolle ergab. Wir haben die QFS-Protokoll für die Weiterverarbeitung von Pflanzenproben nach HPF angenommen. Dies hat sich nicht nur Zeit, sondern auch Geld sparen, da QFS und sqfs verwenden gemeinsame Laborgeräte statt der kostspielige Handel erhältlichen FS-Maschinen.
Pflanzengeweben sind oft sehr schwierig, für die TEM vorzubereiten. Im Durchschnitt sind Pflanzenzellen größer als entweder bakterielle oder tierische Zellen. Die Anwesenheit von hydrophoben, wachsartigen Kutikula, dicke Zellwände, große mit Wasser gefüllte Vakuolen, die organische Säuren, Hydrolasen und Phenol compounds, dass bis zu 90% des gesamten Zellvolumens einnehmen bis 16, und das Vorhandensein von belüfteten Räumen stark vermindert die Wärmeleitfähigkeit des Systems 17. Ferner wird in dem Fall von Pflanzen, die Probendicke fast immer 20 um übersteigt, die Grenze für die Nutzung der chemischen Fixierung. Bei diesen Stärken, die geringe Wärmeleitfähigkeit von Wasser verhindert, dass ein Gefrierrate mehr als -10.000 ° C / s in der Mitte der Probe. Diese Rate ist erforderlich, um schädliche Eisbildung hexagonalen (Eiskristalle mit einer geringeren Dichte und größer als 10 bis 15 nm) zu vermeiden, 8. Zusammen bilden diese aktuellen Herausforderungen sowohl richtige Einfrieren der Probe und anschließende FS. Dennoch ist Kryofixation die beste Methode für die Festsetzung Pflanzenproben. Hier wird ein Protokoll für die HPF-QFS Pflanzengewebeproben dargestellt. Es konzentriert sich auf das Modell Art Arabidopsis thaliana, hat aber auch mit Nicotiana benthamiana verwendet. Die typischen Ergebnisse zeigen, dass HPF-QFS produziert samples vergleichbarer Qualität zu herkömmlichen HPF-FS in einem Bruchteil der Zeit. Mit der richtigen Einstellung, kann dieses Protokoll auch für andere relativ dicken biologischen Proben verwendet werden.
HINWEIS: Das Verfahren erfordert QFS äußerster Sorgfalt und Vorsicht durch den Benutzer und stellen wir diese Sicherheitsmaßnahmen hier als Vorsichtshinweise und Hinweise, wo anwendbar.
1.Vorbereitung für HPF Run
2. Vorbereitung für Receiving gefrorenen Proben
3. Hochdruck Einfrieren von Proben
4. Vorbereitung für die Gefriersubstitution
5. Schnelle FS
HINWEIS: Führen Sie die QFS Lauf in einer Abzugshaube in dem Fall, dass eine Leckage von OsO 4 versehentlich trotz anderer Vorsichtsmaßnahmen auftritt.
6. Beitrag FS Verarbeitung
Nachfolgend dargestellten Ergebnisse wurden mit Hilfe eines Wohlwend Compact 02 für HPF (Abbildung 1A) erhalten. Ein großer Vorteil dieses Instruments ist die Leichtigkeit der Verwendung der Probenträger und ihre Halterungen. Bei der Verwendung von anderen Instrumenten, empfiehlt McDonald, dass zwei Benutzer sollten die Durchführung der Probenvorbereitung und HPF, eine Vorbereitung der Proben, während der andere tut das Einfrieren und Transfer zum FS 9 Kryoröhrchen. Doch die Wohlwend Probenträger und Halter sind einfach genug für einen einzelnen Benutzer unabhängig manipulieren (2A, B, E, F und G). Es sollte jedoch erwähnt werden, dass man ein paar Testläufe durchführen, um vor der Arbeit mit wertvollen Proben werden mit dem Instrument vertraut HPF. Ein erfahrener Benutzer sollte in der Lage, mehrere (10 oder mehr) Proben in einer Stunde beheben. Jedoch können die in diesem Protokoll vorgestellten Prinzipien mit einem kommerziell erhältlichen HPF Maschinen eingesetzt werden.
VielleichtDer wichtigste Teil des HPF-QFS Verfahrens ist die Probenvorbereitung für das Laden in den Probenträger (2C). Obwohl dies nicht intuitiv sein, ist es die Stufe in dem Protokoll über die der Forscher hat die beste Kontrolle. Der HPF-Maschine ist robust, und mit der richtigen Verwendung und Wartung sollten die zu erwartenden Änderungen von Druck und Temperatur mit wenig Variation zwischen den Proben zu erzeugen. Wird eine Probe während der Vorbereitung schlecht behandelt dann kein anderer Schritt wird den Schaden verursacht, so erlösen. Pflanzengewebe sind relativ einfach zu manipulieren während dieser Stufe des Verfahrens, da sie nicht in einem Medium kultiviert und die Zellwände geben den Zellen eine gute Festigkeit. Dennoch ist es wichtig, dass die Proben schnell behandelt werden, um ultrastrukturellen Veränderungen, die aus der Entfernung von der Mutterpflanze zu vermeiden und führen zu Stress und Verwundung Antworten zu begrenzen. Die kleinste Probenträger, die eine Probe aufnehmen kann, sollte verwendet werden, um eine effiziente und konsistente HPF zu gewährleisten (BildUre 2C). Schließlich sollte der Probenträger gefüllt, aber nicht überläuft (Figur 2D). Die gefüllten Probenträger wird einfach in das HPF Maschine zum Gefrieren (2 H und I) eingesetzt.
Die ersten Schritte in der QFS-Protokoll kann eine Herausforderung für einen Anfänger sein, so empfiehlt es sich, dass zwei Menschen zusammen arbeiten sollten, bis Benutzer sind zufrieden mit dem Verfahren (3A-E). Es sollte zu jeder Zeit beim Umgang mit flüssigem Stickstoff und die Fixiermittel Osmiumtetroxid und Uranylacetat genommen werden. Eine typische Kurve für Temperaturänderungen während QFS in 2J gezeigt. Die Temperatur steigt schnell von 196 ° C, der Temperatur von flüssigem Stickstoff auf -80 ° C ist. Es ist bei Temperaturen von etwa -78 ° C bis -90 ° C, die Gefriersubstitution wird angenommen, dass 9 auftreten. Eine herausfordernde Schritt in der QFS-Protokoll ist die Entfernung von Trockeneis nach 2 Stunden FS. BeiDieser Schritt, falsche Handhabung der Proben kann eine Spitze in Temperaturen zu erzeugen. Dazu sollte die Heizungsblock schnell aus dem QFS Kammer mit einem cryoglove und das Trockeneis angehoben werden schnell ausgegossen in einen zweiten Behälter.
HPF wurde verwendet, um verschiedene Pflanzengewebe einschließlich Nicotiana benthamiana Blätter und Arabidopsis-Blätter und Embryonen zu beheben. Es ist eine Herausforderung, um Proben aus reifen Blätter zu beheben aufgrund der großen zentralen Vakuolen der meisten Zellen. Jüngere Blätter enthalten kleinere Vakuolen aber die Trichome sind in der Regel recht dicht gepackt. Die Anwesenheit der Trichome kann es schwierig machen, die Proben mit Hefe-Paste packen, aber egal, ist darauf zu achten, dass dies richtig gemacht wird, um die Menge von Luft zwischen der Blattoberfläche und der Paste gefangen zu minimieren. Die eingeschlossene Luft wird während der Wärmeübertragung behindern HPF und reduzieren die Qualität der Fixierung. Dies gilt für jede Probe.
Nach HPF kann und QFS Proben für vi vorbereitet werdenEwing unter der TEM durch Infiltration und Einbettung mit Harz. Dünnschnitte von 65-100 nm kann dann durch Schneiden hergestellt werden. Typische Ergebnisse sind in Abbildung 4 dargestellt. Die gezeigten Bilder sind alle aus Arabidopsis Blattproben. Plasmamembranen sind in der Regel glatt und gegen die Zellwand gedrückt wird, ein Zeichen für eine gute Fixierung (4A, C und E). Andere Organellen wie Chloroplasten (4A, D, F und H) und Thylakoide (4B), Mitochondrien (4D und F), Golgi (4 G), Mikrotubuli (4E) und Ribosomen (insbesondere 4C) sind deutlich sichtbar und die großen zentralen Vakuolen bleiben intakt (4A). Schlechte Behandlung während des HPF-QFS Ergebnisse in Artefakte einschließlich Eis-Kristall-induzierten Schäden (4D) und Plasmolyse (4H). Bleiniederschlag kann auch während der Färbung des § bildens (4F).

Abbildung 1: Das Wohlwend Compact 02 Hochdruck-Gefrierschrank (A) Die für Kryofixation mit dem angeschlossenen Computer Terminal verwendet Wohlwend Compact 02 HPF-Maschine.. Proben werden in der Vorderseite der Maschine (kleiner Kreis) zum Gefrieren eingesetzt. Eine Temperaturkurve auf dem Bildschirm für jeden Durchlauf erzeugt werden, wie vom Benutzer gewünscht. (B) ein typisches Temperatur-Druck-Kurve für ein HPF Lauf. Die gelben und purpurroten Linien die Temperatur und der Druck sind. Beachten Sie die steilen Hänge der beiden Kurven. Der hohe Druck wird für etwa 400 ms gehalten wird. Jedes Intervall auf der x-Achse entspricht 50 ms. Die Daten wurden mit EasyScopeII für DSIM12 Software gesammelt. (C) Die isolierten Kiste und Deckel für die Lagerung o verwendetf gefrorenen Proben unmittelbar nach Einfrieren kann bequem auf dem HPF-Maschine platziert werden. Es wird mit flüssigem Stickstoff gefüllt. Die runden Behälter aus Aluminium halten die Kryoröhrchen.

Abbildung 2: Vorbereiten Gewebeprobe für HPF. (A) Der Probenhalter für die Compact 02 HPF Maschine in seiner geschlossenen Konfiguration. (B) Der Probenhalter geöffnet ist. (C) eine Blattprobe im Bereich von 0,2 mm und einer Art eines Probenträgers. Die andere Seite dieses Trägers ist 0,1 mm tief. (D) Die Blattprobe in Hefe-Paste bedeckt. Beachten Sie, dass der Träger vollständig, aber nicht über. (E) Der Probenträger in den Probenhalter. (F) wird die Probe mit der Typ-B-Träger bedeckt. Dieser Träger hat eine flache Oberfläche und auf der anderen Seite eine gut, dass0,3 mm tief. Hier ist die ebene Oberfläche, um die Probe-Sandwich verwendet. (G) Der Probenhalter ist zum Einsetzen in die Maschine geschlossen und HPF bereit. (H) die Öffnung an der Vorderseite des HPF Instrument in die der Probenhalter wird zum Gefrieren eingesetzt werden . (i) die Temperatur und Druckfühler / Halter in die Maschine eingelegt HPF. (J) Ein typischer Temperaturverlauf für eine QFS Lauf (Daten mit EasyLog Software gesammelt). Temperatur aufgezeichnet wurde jede Sekunde. Die Spitze am Anfang des Laufes ist auf die Elektronik der Sonde verwendet und keine tatsächliche Temperaturmessung nicht reflektieren.

Abbildung 3:. Ausrüstung in QFS verwendet QFS kann in jedem isolierten Behälter, wie eine Styropor-Box oder einem Eimer Eis durchgeführt werden (A) <./ Strong> Eine Schicht aus Trockeneis 1-2 cm tief den Boden der Kammer QFS, hier eine Styroporbox abdeckt. (B) Eine Heizung Block mit 13 mm Löchern zu Haus Proben während QFS verwendet. Der Temperaturfühler mit digitaler Datenlogger ist im Heizblock gelegt. (C) Nach dem Abkühlen der Heizblock in flüssigem Stickstoff werden die Proben in dem Block angeordnet ist, wird der flüssige Stickstoff gegossen, und die gesamte Anordnung ist in der Kammer angeordnet QFS . mit dem Trockeneis (D) Die QFS Kammer ist mit Trockeneis, so dass die Proben bedeckt gefüllt; gibt es kein Nachteil für die gesamte Heizungsblock mit Trockeneis. (E) Die Box ist überdacht und dann auf die Rotationsschüttler in einer Abzugshaube, wo die Proben werden während der Prozedur QFS gerührt bewegt.

Abbildung4:.. Arabidopsis-Blätter durch HPF-QFS vorbereitet Ergebnisse für Proben von HPF-QFS auf einem Zeiss Libra 200 HT FE MC vorbereitet und von TEM abgebildet erhalten (A) Ein Medium hoher Vergrößerung Bild, das einen Chloroplasten (CH) mit Zellwänden und Cytoplasma von benachbarten Zellen. Die Vakuolen (V) enthalten elektronendichten Materials. Maßstab = 0,5 um. (B) eine hohe Vergrößerung Bild eines Chloroplasten. Maßstabsbalken = 100 nm. (C) eine hohe Vergrößerung Bild der Zellwand zwischen benachbarten Zellen. Ein verzweigtes Plasmodesmen sichtbar ist (Pfeil). Beachten Sie die glatte Plasmamembran gegen die Zellwand durch die Vakuole gedrückt. Das Zytoplasma ist dicht mit Ribosomen verpackt. V Vakuole. Die tonoplast ist glatt und kontinuierlich. Maßstab = 200 nm. (D) Ein Bild mit niedriger Vergrößerung, die Bereiche der gute Fixierung in den Chloroplasten (CH) in der Nähe von Regionen von Eis-Schaden (Stern). Maßstab = 0,5 um. (E) eine hohe Vergrößerung Ansicht einer Zelle wall und Mikrotubuli. Maßstab = 100 nm. (F) Bild, das gute Konservierung der Chloroplasten (CH) und Mitochondrien (M). Große schwarze Niederschlag wird von der Färbung Abschnitte mit Blei Citrat. Maßstab = 1 um. (G) Hohe Vergrößerung Ansicht von Golgi (GA). Maßstab = 200 nm. (H) schlecht erhalten Probe zeigt Mangel an Details in den Chloroplasten und Plasmolyse (schwarzer Pfeil). Maßstab = 1 um.
Die Autoren haben nichts offenzulegen.
Es ist eine Herausforderung, qualitativ hochwertige Transmissionselektronenmikroskopie-Bilder zu erhalten, insbesondere im Fall von Pflanzenzellen, die reichlich große wassergefüllte Vakuolen und belüftete Räume haben. Das Tandem-Hochdruckgefrieren und die Schnellgefriersubstitution verkürzen die Vorbereitungszeit von Pflanzenproben für die TEM erheblich und erzeugen gleichzeitig Proben mit hervorragender ultrastruktureller Konservierung.
Die Freundlichkeit und Großzügigkeit der Dr. Kent McDonald von der UC Berkeley werden sehr geschätzt. Wir danken einem anonymen Gutachter für sehr hilfreiche Anregungen. Die Burch-Smith-Labor wird von Start-up-Fonds von der Universität von Tennessee unterstützt.
| Wohlwend HPF Compact 02 Hochdruck-Gefriermaschine | Technotrade International, Inc | HPF02 | Mit integriertem Oszilloskop zur Anzeige von Gefrier- und Druckkurven; PC (nicht im Lieferumfang enthalten) ist für die Anzeige erforderlich. Anzahl der Gefrierparameter |
| Halter für Aluminium-Träger DN 3 x 0,5 mm | Technotrade International, Inc | 290 | |
| Probenträger, P=1.000, DN 3 x 0,5 Aluminium, Typ A | Technotrade International, Inc | 241-200 | |
| Probenträger, P=1.000, DN 3 x 0,5 Aluminium, Typ B | Technotrade International, Inc | 242-200 | |
| Lagerung Dewar 20,5 L, MVE Millennium 2000 XC20 | Diagramm | ||
| Bäckerhefe | Je älter desto besser, um eine übermäßige Produktion von Gasen (CO2) zu vermeiden | ||
| Zahnstocher | |||
| Thermoelement-Datenlogger EL-USB-TC | OMEGA Engineering Inc. | OM-EL-USB-TC | Ersatzakku separat erhältlich |
| Temperaturfühler | Elektronenmikroskopie Sciences | 34505 | |
| Heizblock 12/13 mm | |||
| Rotationsschüttler | Fisher Scientific | 11-402-10 | |
| Blattlocher - Harris Uni-core 2.00 | Ted-Pella Inc. | 15076 | |
| Rosa Zahnwachs | Elektronenmikroskopie | Wissenschaft 72660 | |
| Kryofläschchen 2 ml | Elektronenmikroskopie Wissenschaft | 61802-02 | |
| Methanol | |||
| Föhn | |||
| Trockeneis | |||
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