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Dieses Protokoll beschreibt eine Methode, die es ermöglicht, Zellen durch den Zellzyklus zu verfolgen, ohne dass die Zellen synchronisiert werden müssen. Das Erreichen einer Zellsynchronisation kann für viele Zellsysteme schwierig sein. Die gängige Praxis besteht darin, das Fortschreiten des Zellzyklus in einem bestimmten Stadium zu blockieren und dann die akkumulierten Zellen freizusetzen, wodurch eine Welle von Zellen entsteht, die den Zyklus gemeinsam durchlaufen. Einige Zelltypen empfinden diesen Block jedoch als toxisch, was zu abnormalen Zellzyklen oder sogar zum Massensterben führt. Die Aufnahme von Bromodeoxyuridin (BrdU) kann verwendet werden, um das Zellzyklusstadium einzelner Zellen zu verfolgen. Die Zellen integrieren dieses synthetische Thymidin-Analogon, während sie während der S-Phase neue DNA synthetisieren. Durch die Bereitstellung von BrdU für einen kurzen Zeitraum ist es möglich, einen Pool von Zellen zu markieren, die sich in der S-Phase befanden, während das BrdU vorhanden war. Diese Zellen können dann über den Rest des Zellzyklus bis in die nächste Replikationsrunde verfolgt werden, so dass die Dauer der Zellzyklusphasen bestimmt werden kann, ohne dass ein potenziell toxischer Zellzyklusblock induziert werden muss. Es ist auch möglich, die Expression von internen und externen Proteinen in den nachfolgenden Stadien des Zellzyklus zu bestimmen und zu korrelieren. Diese können verwendet werden, um die Zuordnung des Zellzyklusstadiums weiter zu verfeinern oder Auswirkungen auf andere zelluläre Funktionen wie die Checkpoint-Aktivierung oder den Zelltod zu bewerten.