Ambient Ionisierungsquellen für die Massenspektrometrie (MS) sind das Thema von großem Interesse in den letzten zehn Jahren. Matrix-unterstützte Laser - Desorption Elektrospray - Ionisation (MALDESI) ist ein Beispiel für solche Verfahren, in denen Merkmale der Matrix-unterstützte Laser - Desorption / Ionisation (MALDI) (zB gepulste Art der Desorption) und Elektrospray - Ionisation (ESI) (zB Soft Ionisierung ) kombiniert werden. Einer der wichtigsten Vorteile der MALDESI ist die inhärente Variabilität. In MALDESI Experimenten eine Ultraviolett (UV) oder Infrarot (IR) -Laser kann auf resonant eine endogene oder exogene Matrix erregt verwendet werden. Die Wahl der Matrix ist nicht Analyten abhängig und hängt allein von der Laserwellenlänge zur Anregung verwendet. In IR-MALDESI Experimenten wird eine dünne Eisschicht auf der Probenoberfläche als eine energieabsorbierende Matrix abgeschieden. Die IR-MALDESI Quellengeometrie wurde für die Analyse von flüssigen Proben sowie biol mittels statistischer Versuchsplanung (DOE) optimiertlogischen Gewebeproben. Weiterhin wurde eine robuste IR-MALDESI Abbildungsquelle entwickelt, bei denen ein abstimmbarer mid-IR-Laser wird mit einem computergesteuerten XY-Translationsstufe und ein hohes Auflösungsvermögen Massenspektrometers synchronisiert. Eine angepasste grafische Benutzeroberfläche (GUI) Benutzerauswahl der Repetitionsrate des Lasers, die Anzahl der Aufnahmen pro Voxel, Schrittgröße der Probe Bühne, und die Verzögerung zwischen der Desorption und Scan-Ereignisse für die Quelle erlaubt. IR-MALDESI wurde in einer Vielzahl von Anwendungen, wie forensische Analyse von Fasern und Farbstoffe und MSI von biologischen Gewebeschnitten verwendet. Verteilung verschiedener Analyten aus endogenen Metaboliten exogene Xenobiotika in Gewebeschnitten im Bereich kann mit dieser Technik gemessen und quantifiziert werden. Das Protokoll in diesem Manuskript präsentiert beschreibt wichtige Schritte, die für IR-MALDESI MSI von Ganzkörpergewebeschnitten.