Es ist wichtig, die Rolle von Faktoren zu verstehen, die die Homöostase des Darmepithels und die Reaktion auf Verletzungen und Regeneration regulieren. In der aktuellen Literatur werden verschiedene methodische Ansätze beschrieben, um Bilder von Darmgewebe für die Datenvalidierung zu erhalten. In diesem Artikel beschreiben wir ein gängiges Protokoll in Bezug auf die Gewinnung und Verarbeitung von Darmgewebe von Mäusen. Die richtige Fixierung des Darmgewebes und Swiss-Roll-Techniken, die die Darmepithelmorphologie verbessern, werden diskutiert. Die Nachresektion und die Neuorientierung des eingebetteten Darmgewebes sind entscheidend für die Gewinnung von in Paraffin eingebetteten Blöcken, die nach dem Schnitt intakte Darmstrukturmerkmale aufweisen. Die Swiss-Rolling-Technik hilft bei der histologischen Beurteilung der gesamten untersuchten Darm- oder Dickdarmschnitte. Die Fähigkeit, strukturelle Merkmale des Darms zu unterscheiden, kann bei der quantitativen Messung von Darmentzündungen und Tumorgenese über die gesamte Länge von entscheidender Bedeutung sein. Schließlich sind in Paraffin eingebettete Schnitte ideal für eine robuste Verarbeitung sowohl mit immunhistochemischen als auch mit immunfluoreszierenden Nachweismethoden. Nicht-fluoreszierende immunhistochemische Schnitte liefern ein lebendiges Bild des Gewebes, das verschiedene zelluläre Strukturmerkmale detailliert beschreibt, bieten jedoch keine Flexibilität für intrazelluläre Kolokalisationsexperimente. Mehrere Fluoreszenzkanäle können mit der Immunfluoreszenzdetektion für Co-Lokalisierungsexperimente genutzt werden, was mechanistische Studien unterstützt.