Die Goldstandard-Definition einer hämatopoetischen Stammzelle (HSC) ist eine Zelle, die, wenn sie in einen bestrahlten Empfänger übertragen wird, die Fähigkeit hat, die Blutzellproduktion für die Lebensspanne des Empfängers wiederherzustellen. In diesem Protokoll wird erläutert, wie ein funktioneller Assay eingerichtet wird, um die HSC-Kapazitäten von zwei verschiedenen Zellpopulationen, wie z. B. Knochenmark von Mäusen mit zwei verschiedenen Genotypen, zu vergleichen, und wie die Empfängermäuse mittels Durchflusszytometrie analysiert werden. Das Protokoll verwendet zur Standardisierung HSC-Äquivalente anstelle von Zellsortierung und diskutiert die Vor- und Nachteile beider Ansätze. Darüber hinaus diskutieren wir verschiedene Variationen des Basisprotokolls, einschließlich serieller Transplantationen, limitierender Verdünnungsassays, Homing-Assays und nicht-kompetitiver Transplantationen, einschließlich der Vorteile und bevorzugten Anwendungen dieser verschiedenen Ansätze. Diese Assays sind von zentraler Bedeutung für die Untersuchung der HSC-Funktion und könnten nicht nur für die Untersuchung grundlegender HSC-intrinsischer Aspekte der Biologie verwendet werden, sondern auch für die Entwicklung präklinischer Assays für die Knochenmarktransplantation und die HSC-Expansion in Kultur.