Diese Arbeit stellt eine einfache und visuelle Methode Multi-Nukleotid-Polymorphismen auf einem pneumatischen Tröpfchenmanipulationsplattform zu erfassen. Mit dem vorgeschlagenen Verfahren wird das gesamte Experiment, einschließlich Tropfenmanipulation und zum Nachweis von Mehr nucleotide polymorphisms, kann in der Nähe von 23 ° C ohne Zuhilfenahme moderner Instrumente durchgeführt werden.
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Methodenartikel
Der Visual kolorimetrischen Nachweis von Multi-Nukleotid-Polymorphismen auf einem pneumatischen Droplet Manipulation Platform
In diesem Artikel
Zusammenfassung
Zusammenfassung
Eine einfache und visuelle Methode Multi-Nukleotid-Polymorphismus (MNP) zu erfassen wurde auf einem pneumatischen Tröpfchenmanipulationsplattform auf einer offenen Fläche ausgeführt. Dieser Ansatz zur farbmetrischen DNA-Nachweis auf der Hybridisierung vermittelte Wachstum von Gold-Nanopartikel-Sonden (AuNP Sonden) basiert. Die Wachstums Größe und Konfiguration des AuNP werden durch die Anzahl von DNA-Proben mit den Sonden hybridisierten dominiert. Auf der Grundlage der spezifischen größen- und formabhängigen optischen Eigenschaften der Nanopartikel, die Anzahl von Fehlpaarungen in einer Proben-DNA-Fragment an die Sonden können unterschieden werden. Die Versuche wurden über jeweils Tröpfchen durchgeführt, enthaltend Reagenzien und DNA-Proben und wurden transportiert und an der pneumatischen Plattform mit dem gesteuerten pneumatischen Ansaugen des flexiblen PDMS-basierten superhydrophoben Membran gemischt. Droplets können gleichzeitig und präzise auf eine offene Fläche an der vorgeschlagenen pneumatischen Plattform geliefert werden, die ohne Neben eff hoch biokompatibelect von DNA-Proben in den Tröpfchen. Die Kombination der beiden vorgeschlagenen Verfahren kann das multi-Nukleotid-Polymorphismus auf den Blick auf den pneumatischen Tröpfchenmanipulationsplattform detektiert werden; kein zusätzliches Gerät erforderlich ist. Das Verfahren von der Installation der Tröpfchen auf der Plattform zum Endergebnis in weniger als 5 min, viel weniger als mit bestehenden Methoden. Darüber hinaus erfordert diese kombinierte MNP Detektionsansatz ein Probenvolumen von nur 10 & mgr; l in jede Operation, die bemerkenswert geringer ist als die eines Makrosystem.
Einleitung
Einzelnukleotid-Polymorphismus (SNP), die eine einzelne Basenpaarunterschied in einer DNA-Sequenz ist, ist eine der häufigsten genetischen Veränderungen. Aktuelle Studien berichten , dass SNPs mit Erkrankungsrisiko assoziiert sind, Wirksamkeit von Medikamenten und Nebenwirkungen von Individuen durch die Genfunktion zu beeinflussen. 1,2 Jüngste Studien zeigten auch , dass zwei- oder mehrPunktMutationen (Multi-nucleotide polymorphism) verursachen bestimmte Krankheiten und individuelle Unterschiede in den Auswirkungen der Krankheit. 3,4 der Nachweis von Nukleotid - Polymorphismus ist in prescreening Krankheit daher unerlässlich. Einfache und effizi....
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Protokoll
1. Verfahren zum Erkennen von MNP
Hinweis: Dieser Abschnitt beschreibt das Verfahren, das MNP basierend auf der Hybridisierung vermittelte Wachstum von Gold-Nanopartikeln zu erkennen.
- Bereiten Sie die DNA-Sonde (5'-Thiol-GAGCTGGTGGCGTAGGCAAG-3 ') Lösung bei einer Konzentration von 100 uM.
- Bereiten Sie die Sonde DNA-modifizierten AuNP (AuNP Sonde) Partikel. 21
Hinweis: Die Lautstärke hier hängt von der Anforderung der Sonde DNA-modifizierten AuNP (AuNP Sonde) Teilchen verwendet. Es ist daher abhängig von der Anzahl von Experimenten durchgeführt werden. Wir bereiten typischerweise überschüssige AuNP Meßteilchen als....
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Ergebnisse
unter Verwendung eines einfachen und neuartigen Nachweismethode durch die DNA-Hybridisierung vermittelte Wachstum der AuNP Sonden in dieser Arbeit wurden drei DNA-Proben getestet. Die Sequenzen der Sonden-DNA und DNA-Proben von drei Arten, nämlich, CDNA, TMDNA (drei Basenpaar nicht übereinstimmen DNA) und SixMDNA (sechs Basenpaar nicht übereinstimmen DNA) aufgelistet sind in Protokoll Schritt 1 (völlig komplementäre DNA-Sonde). die Fehlpaarungen an die Sonde der hier getesteten DNA - Pro.......
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Diskussion
In diesem Protokoll zu erfassen ein einfaches kolorimetrisches Verfahren kann MNP bei Konzentrationen von 0,11 bis 0,50 & mgr; M in Mikrozentrifugenröhrchen Bereich realisiert werden. Darüber hinaus ist die vorgeschlagen MNP Detektionsverfahren auf einem pneumatischen Tröpfchenmanipulationsplattform durchgeführt, die für die DNA-Screening und andere biomedizinische Anwendungen ein hohes Potential aufweist. In der Praxis hängt der detektierbare Bereich der Proben-DNA-Konzentration auf die Mischeffizienz der Betriebss.......
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Offenlegungen
Die Autoren erklären, dass sie keine konkurrierenden finanziellen Interessen haben.
Danksagungen
Das Ministerium für Wissenschaft und Technologie von Taiwan hat diese Forschung im Rahmen der Verträge MOST-103-2221-E-002 -097 -MY3 finanziell unterstützt.
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Materialien
| Name | Unternehmen | Katalognummer | Kommentare |
|---|---|---|---|
| PDMS | Dow Corning | SYLGARD 184 | |
| Tischgravierer | Roland DG | EGX-400 | |
| Laserschneidmaschine | Universal Laser Systems, Inc. | VLS 3.50 | |
| Sauerstoffplasmabehandlungssystem | Femto Science Inc. Korea | CUTE-MPR | |
| Magnetventil | hausgemachte | ||
| Vakuumpumpe | ULVAC KIKO, Inc. | DA-30D | |
| 13-nm AuNP-Lösung | TAN Bead Inc., Taiwan | NG-13 | |
| DNA (mit 5'-Ende markiertem Thiol) | MDBio, Inc., Taiwan | ||
| phosphatgepufferte Kochsalzlösung (PBS) | UniRegion Biotechnologie,. Taiwan | PBS001-1L | |
| Natriumdodecylsulfat (SDS) | J. T. Baker | 4095-04 | |
| Hydroxylaminlösung (NH2OH) | Sigma-Aldrich | 467804 | |
| Chloraurensäure (HAuCl4) | Sigma-Aldrich | G4022 | |
| Natriumchlorid (NaCl) | |||
| Vortex-Mischer | Digisystem Laborinstrumente Inc. | VM-2000 | |
| Zentrifuge | Hermle Labortechnik GmbH. | Z 216 MK |
Referenzen
- Chorley, B. N., et al. Discovery and verification of functional single nucleotide polymorphisms in regulatory genomic regions: current and developing technologies. Mutat. Res. Rev. Mutat. 659 (1), 147-157 (2008).
- Hinds, D. A., et al.
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Nachdrucke und Genehmigungen
