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Die zellfreie Schicht ist definiert als die parietale Plasmaschicht in der Mikrogefäßströmung, die frei von roten Blutkörperchen ist. Die Messung der in vivo zellfreien Schichtbreite und ihrer räumlich-zeitlichen Variationen kann ein umfassendes Verständnis der Hämodynamik in der Mikrozirkulation liefern. In dieser Studie verwendeten wir ein intravitales mikroskopisches System, gekoppelt mit einer Hochgeschwindigkeits-Videokamera, um die zellfreien Schichtbreiten in Arteriolen in vivo zu quantifizieren. Der Cremaster-Muskel von Sprague-Dawley-Ratten wurde chirurgisch exteriorisiert, um den Blutfluss sichtbar zu machen. Außerdem wurde ein eigens entwickeltes Bildgebungsskript entwickelt, um die Bildverarbeitung und Analyse der zellfreien Schichtbreite zu automatisieren. Dieser Ansatz ermöglicht die Quantifizierung raumzeitlicher Variationen konsistenter als bisherige manuelle Messungen. Die Genauigkeit der Messung hängt jedoch zum Teil von der Verwendung eines Blaufilters und der Auswahl eines geeigneten Schwellenwertalgorithmus ab. Insbesondere bewerteten wir den Kontrast und die Qualität von Bildern, die mit und ohne Verwendung eines Blaufilters aufgenommen wurden. Darüber hinaus haben wir fünf verschiedene Bildhistogramm-basierte Schwellenwertalgorithmen (Otsu, Minimum, Intermode, iterative Auswahl und fuzzy entropic thresholding) verglichen und die Unterschiede bei der Bestimmung der zellfreien Schichtbreite veranschaulicht.