Es gibt immer mehr Hinweise darauf, dass Entzündungen und in der Folge Makrophagen bei der Entwicklung und dem Fortschreiten von Nierenerkrankungen eine wichtige Rolle spielen. Makrophagen sind heterogene Zellen, die mit Nierenschäden in Verbindung gebracht werden. Makrophagen können in zwei verschiedene Phänotypen eingeteilt werden: klassisch aktivierte Makrophagen (M1-Makrophagen), die entzündungsfördernde Zytokine freisetzen und die Fibrose fördern; und alternativ aktivierte Makrophagen (M2-Makrophagen), die mit immunregulatorischen und geweberemodellierenden Funktionen assoziiert sind. Diese Makrophagen-Phänotypen müssen unterschieden und analysiert werden, um ihren Beitrag zur Nierenschädigung zu bestimmen. Es gibt jedoch nur wenige Studien, die über konsistente phänotypische und funktionelle Informationen über Makrophagen-Subtypen in Modellen für entzündliche Nierenerkrankungen, insbesondere bei Ratten, berichten. Diese Tatsache könnte mit den begrenzten Makrophagenmarkern zusammenhängen, die bei Ratten im Gegensatz zu Mäusen verwendet werden. Daher sind neue Strategien notwendig, um den Nierengehalt dieser infiltrierenden Zellen zuverlässig zu quantifizieren und zu charakterisieren. Dieses Manuskript beschreibt ein Protokoll für die Nierenverdauung und weitere phänotypische und quantitative Analysen von Makrophagen aus Rattennieren mittels Durchflusszytometrie. Kurz gesagt, die Nieren wurden mit Kollagenase inkubiert und die Gesamtmakrophagen wurden anhand des dualen Vorhandenseins von CD45 (gemeinsames Leukozytenantigen) und CD68 (PAN-Makrophagenmarker) in lebenden Zellen identifiziert. Es folgte die Oberflächenfärbung von CD86 (M1-Marker) und CD163 (M2-Marker). Peritoneale Makrophagen der Ratte wurden als Positivkontrolle für den Makrophagen-Markernachweis mittels Durchflusszytometrie verwendet. Unser Protokoll führte zu einer niedrigen zellulären Mortalität und ermöglichte die Charakterisierung verschiedener intrazellulärer und Oberflächenproteinmarker, wodurch der Verlust der zellulären Integrität, der in anderen Protokollen beobachtet wurde, begrenzt wurde. Darüber hinaus ermöglicht dieses Verfahren die Verwendung von Makrophagen für weitere Techniken, darunter Zellsortierung und mRNA- oder Proteinexpressionsstudien.