Richtlinien und Erfahrung mit Imaging-Biomarker Explorer (Steinbock), für Radiomics

Summary

Wir beschreiben Steinbock, ein Open Source Tool für medizinische bildgebende Radiomics und wie Sie dieses Tool verwenden. Darüber hinaus sind einige Veröffentlichungen, die IBEX für Unsicherheitsanalyse verwendet und Modell Gebäude präsentiert.

Abstract

Imaging Biomarker Explorer (IBEX) ist ein Open-Source-Werkzeug für medizinische bildgebende Radiomics Arbeit. Der Zweck dieses Artikels ist zu beschreiben, wie STEINBÖCKE die grafische Benutzeroberfläche (GUI) zu verwenden und zu zeigen, wie IBEX berechnet, dass Funktionen in klinischen Studien verwendet wurden. IBEX ermöglicht den Import von DICOM-Bilder mit DICOM Strahlung Therapie Struktur oder Pinnacle Dateien. Sobald die Bilder importiert wurden, hat IBEX Werkzeuge innerhalb der Daten-Auswahl-GUI, das Betrachten der Bilder, Voxel Messwerte und Entfernungen, zu manipulieren und erstellen und Bearbeiten von Konturen. Steinbock kommt mit 27 Vorverarbeitung und 132 Feature, Feature-Sets zu entwerfen. Jede Vorverarbeitung und Funktion Kategorie verfügt über Parameter, die geändert werden können. Die Ausgabe von IBEX ist eine Tabellenkalkulation, die enthält: (1) jedes Feature aus der Feature-set berechnet für jede Kontur in einem Dataset, Bild 2) Informationen über jede Kontur in ein Dataset und 3) eine Übersicht über die Vorverarbeitung und Features, die mit ihren ausgewählten verwendet Parameter. Funktionen von IBEX berechnet haben in Studien verwendet wurde, um die Variabilität der Funktionen unter anderen bildgebenden Bedingungen und überleben Modelle zur Verbesserung der aktuellen klinischen Modelle zu testen.

Introduction

In der Medizin, Patienten Diagnose in der Regel beinhaltet zahlreiche diagnostische Untersuchungen wie Röntgen, Ultraschall, Computertomographie (CT), Magnetresonanztomographie (MRT) und Positronen-Emissions-Tomographie (PET)-scans helfen bei der Bestimmung der Kurs der Patientenversorgung. Während Ärzte diese Bilder verwenden, um die Diagnose des Patienten qualitativ zu bewerten, möglicherweise zusätzliche quantitative Funktionen, die extrahiert werden können, um die Versorgung der Patienten zu führen. Das Grundprinzip ist, dass diese Funktionen Proteomic und genomische Muster auf der makroskopischen Skala¹ausgedrückt darstellen können. Diese ....

Protocol

1. installieren Sie Steinbock

Hinweis: Installieren eine Quellcode Version gehen Sie zu Schritt 1.1. Alternativ installieren eine Stand-alone-Version gehen Sie zu Schritt 1.2.

1. Quellcode version
   1. Gehen Sie die IBEX-Quellcode Version Website³. Laden Sie die Dateien "IBEX_Source.zip" und "How_to_use.pdf". Suchen Sie in der Datei "How_to_use.pdf", die Voraussetzungen, verwenden Sie die neueste Version von Steinbock zu finden.
      Hinweis: IBEX funktioniert nur auf 32-Bit und 64-Bit-Versionen von Matlab 2011a und 2014b, beziehungsweise.
   2. Sobald der Download abgeschlossen ist, ....

Results

Die Ausgabe von IBEX ist eine Tabellenkalkulation (siehe Abbildung 4), 3 Registerkarten enthält. Registerkarte "Ergebnisse" enthält die Funktionswerte für jede ROI im Dataset (Abb. 4A). Die Registerkarte "Daten Info." "" enthält Informationen über die Bilder aus jeder ROI im Dataset (Abbildung 4B). Die Registerkarte "Feature Info." "" enthält eine umfassende Liste vo.......

Discussion

Steinbock ist ein leistungsfähiges Werkzeug für die medizinische Bildgebung Radiomics Forschung. Es wurde bisher vor allem für Strahlung Onkologie Zwecke in Studien, die von der MD Anderson Radiomics Gruppe eingesetzt. IBEX ermöglicht die Manipulation des ROIs und Berechnung von Funktionen innerhalb von 5 Hauptmerkmal Kategorien. Die Source-Code-Version des STEINBOCKS ermöglicht dem Benutzer, Design-Anwendungen, die nicht bereits Teil des STEINBOCKS, z. B. Ebene Grauzone Matrix Features.

Die w.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Excel	Microsoft Office		Jede Version von Excel sollte funktionieren.
Matlab	MathWorks		verwendet IBEX nur auf 32-Bit-Matlab 2011a oder 64-Bit-Matlab 2014b.