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Methodenartikel

Extrazelluläre Protein-Microarray-Technologie für hohen Durchsatz-Erkennung von geringe Affinität-Rezeptor-Ligand-Wechselwirkungen

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DOI:

10.3791/58451

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7. Januar 2019

 ,  ,  , 
1Receptor Discovery group, Microchemistry, Proteomics and Lipidomics Department, Genentech, 2Portfolio Management and Operations, Genentech

In diesem Artikel

Zusammenfassung

Hier präsentieren wir ein Protokoll zum Bildschirm extrazelluläre Protein Microarrays zur Identifizierung von Roman-Rezeptor-Ligand-Interaktionen in hohem Durchsatz. Wir beschreiben auch eine Methode zur Erkennung von transienten Proteinprotein Interaktionen zu verbessern mithilfe von Protein-Microbead-komplexe.

Zusammenfassung

Sezernierten Faktoren, Membran-angebunden-Rezeptoren und ihren Interaktionspartnern sind wichtigsten Regulatoren des Mobilfunkes und Einleitung der Signalisierung Kaskaden während der Homöostase und Krankheit, und als solche therapeutischen Ziele dar. Trotz ihrer Relevanz bleiben diese Interaktion Netze deutlich unterrepräsentiert in aktuellen Datenbanken; Daher müssen die extrazellulären Proteine keine dokumentierten Bindungspartner. Diese Diskrepanz ist vor allem auf die Herausforderungen im Zusammenhang mit dem Studium der extrazellulären Proteine, einschließlich Ausdruck Funktionsproteine und der schwachen, niedrige Affinität, Protein-Interaktionen, die oft zwischen Zellrezeptoren Oberfläche hergestellt. Diese Methode dient zum Drucken einer Bibliothek von extrazellulären Proteinen in einem Microarray-Format für das Screening von Protein-Protein-Wechselwirkungen beschreiben. Zur Erkennung der schwachen Wechselwirkungen zu ermöglichen, wird eine Methode basiert auf Multimerization des Proteins Abfrage unter Studie beschrieben. Dabei Microbead-basierte Multimerization für erhöhte Multivalenz gekoppelt, ermöglicht die Protein-Microarray robuste Erkennung von transienten Protein-Protein-Interaktionen in hohem Durchsatz. Diese Methode bietet einen schnellen und niedrigen Probe verbraucht-Ansatz zur Identifizierung von jedem extrazelluläre Protein für neue Interaktionen. Protein-Microarray-Druck und screening-Protokoll werden beschrieben. Diese Technologie wird für die Ermittler suchen eine robuste Methode zur Entdeckung von Protein-Interaktionen in den Extrazellulärraum nützlich sein.

Einleitung

Die Methode überprüft hier beschreibt das Drucken aus einer Sammlung von extrazellulären Proteine in einem Microarray-Format, gefolgt von einer Methode für das Screening eines Ziels des Interesses gegen diese Bibliothek. Wir haben als ein entscheidender Schritt für die Erkennung von Interaktionen gekennzeichnet durch niedrige verbindliche Affinitäten Protein Multimerization identifiziert. Zur Erkennung dieser Interaktionen zu verbessern, beschreiben wir ein Protokoll basiert auf Multimerization der Abfrage-Proteins des Interesses mit Microbeads.

Sezerniert und Oberfläche ausgedrückt Zellproteinen (kollektiv extrazellulären Proteine genannt) zusammen mit ihren Interaktionspartnern sind wichtige Regulatoren des Mobilfunkes, Signalisierung und Interaktion mit der Mikroumgebung. Sie sind daher unerlässlich bei der Regulierung der vielen physiologischer und pathologischer Prozessen. Etwa ein Viertel des menschlichen Genoms (≈5, 000 Proteine) für extrazelluläre Proteine kodiert, die aufgrund ihrer Bedeutung und Zugänglichkeit systematisch gelieferten Medikamente, wesentliche Ziele für Droge-Entwicklung-1vertreten. Folglich stellen extrazellulären Proteine mehr als 70 % der Protein-Targets mit bekannten pharmakologischen Wirkung für zugelassene Medikamente auf dem Markt, bekannt als das "druggable Proteom". Trotz ihrer Bedeutung und Fülle bleiben die extrazelluläre Protein-Protein Interaktion (ePPI) Netze auffallend unterrepräsentiert in den verfügbaren Datenbanken. Dies ist grundsätzlich aufgrund der komplexen biochemischen Natur der extrazellulären Proteine, die deren Charakterisierung mit den meisten verfügbaren Technologien2ausschließt. Erstens sind Membranproteine schwer zu lösen, einen Prozess, der oft harten waschen Bedingungen und Reinigungsmittel beinhaltet; Zweitens fehlt extrazellulären Proteine häufig relevanten post-translationalen Modifikationen wie Glykosylierung, die fehlen, wenn diese Proteine in allgemein ausgedrückt werden heterologe Systemen verwendet. Schließlich, Wechselwirkungen zwischen Rezeptoren, wie Co-Rezeptoren auf Immunzellen, ausgedrückt sind oft vorübergehend und zeichnet sich durch sehr niedrige Affinitäten (K-D in ~ 1 μM bis > 100 μM-Bereich). Insgesamt verwendet die Natur dieser Proteine und deren Bindung, die am weitesten verbreitete Partner erbringen Technologien wie Affinität Reinigung/Massenspektrometrie (AP/MS) oder Hefe-zwei-Hybrid, ungeeignet für die Erkennung von Interaktionen in den Extrazellulärraum 2 , 3.

In dem Bemühen, diese technische Herausforderungen zu meistern und beschleunigen die Entdeckung neuartiger Interaktionen für extrazelluläre Proteine entwickelten wir eine hohe Abdeckung extrazelluläre Protein Microarray4,5. Microarrays bieten den Vorteil hoher Dichte Oberflächen mit kleinen Probenmengen zu erzeugen und sind in der Regel für Hochdurchsatz Studien zugänglich. Protein Microarray-basierte Studien haben bereits relevante Einblicke in Protein-Interaktionen für mehrere Modellorganismen vorgesehen, allerdings mit Schwerpunkt vor allem auf cytosolischen Interaktionen oder spezifisches Protein Familien6,7, 8. Im Gegensatz dazu hat begrenzte gearbeitet um extrazelluläre Protein-Interaktionen mit dieser Technologie zu untersuchen. Haben wir eine Protein Microarray Methode zum Studium der ePPIs ermöglichen durch den Aufbau einer umfassenden und vielseitigen Bibliothek der gereinigten sekretierten Proteine und einzelne transmembrane (STM) Rezeptoren ausgedrückt als rekombinante extrazelluläre Domänen (ECD) verschmolzen häufige Tags für Affinität Reinigung4. Der Erfolg der Protein-Microarray-Bildschirme stützt sich auf die Schaffung einer qualitativ hochwertigen Protein-Bibliothek. Für den Ausdruck von der Bibliothek und die Abfrage Protein wurden Säugerzellen oder Insektenzellen bevorzugt als heterologe Expressionssysteme gewählt um richtige Zugabe von post-translationalen Modifikationen wie Glykosylierung oder umgeformt Anleihen sicherzustellen. SDS-PAGE, Größe Ausgrenzung Chromatographie und Laser Multiwinkel Lichtstreuung sind Techniken häufig genutzt, um rekombinante Proteinqualität zu bewerten. Die Protein-Bibliothek ist dann auf Epoxysilane Dias gesichtet und bei-20 ° C für die langfristige Nutzung gespeichert. Proteinkonzentrationen oberhalb von 0,4 mg/mL sind für die nachfolgend beschriebenen Protokoll empfohlen. Daher erfordern niedrig exprimierenden Proteine einen Konzentration Schritt vor der Probe drucken und speichern. Ein wesentlicher Vorteil dieser Technik ist jedoch das geringe Volumen des Proteins erforderlich (50 μg des Proteins ist ausreichend, um ausführen > 2.000 Bildschirme), neben minimalen Abfrage Proteinkonsum (20-25 μg pro Duplikate Bildschirm). Mit dem Protokoll und Ausrüstung hier beschrieben und Bibliotheken zur Verfügung gestellt, können Ergebnisse für Einzelabfrage Proteine erzeugt werden, innerhalb eines Arbeitstages.

Eine große Herausforderung bei der Aufdeckung von Protein-Interaktionen in der extrazellulären Umgebung ergibt sich aus ihrer charakteristisch schwach oder vorübergehender Natur, die Identifizierung durch die am häufigsten verwendeten Methoden ausschließt. Erhöhung der verbindlichen Avidity stark verbessert Empfindlichkeit zur Erkennung von schwachen Protein Interaktionen9,10,11. Basierend auf diesem Prinzip wir entwickelten eine Methode, um Multimerize die Abfrage-Proteine (ausgedrückt als Fc Fusion) mit Protein A-beschichtete Perlen4,5. Um jede mögliche Inaktivierung des Abfrage-Proteins durch zufällige Kennzeichnung zu vermeiden, wir stattdessen eine irrelevante menschliche Immunglobulin G mit Cy5 beschriften und fügen Sie es zusammen mit dem Abfrage-Protein Protein A-Perlen, wodurch Artefakte aufgrund der direkten Konjugation von einem Färben Sie, das Protein des Interesses. Angesichts der mikromolaren Affinitäten von mehreren Paaren Ko-Rezeptor, verbessern die multivalente Anlagen stark Signal-Rausch-Verhältnis, im Vergleich zu Fc-Abfrage Fusionsproteine als lösliche Proteine4gezeigt.

Zusammenfassend lässt sich sagen ist das Ziel dieses Protokolls, die Vorbereitung der Microarray-Folien mit einer vorbestehenden extrazelluläre Protein Bibliothek zur Identifizierung von Rezeptor-Ligand-Interaktionen zu beschreiben. Wir überprüfen die Schritte für die Folie drucken, gefolgt von einem Protokoll für das Screening von einem Protein des Interesses gegen die extrazelluläre Protein-Bibliothek. Darüber hinaus beschreiben wir eine Methode für die erweiterte Erkennung von ePPIs basierend auf Microbeads erhöhte Avidität des Proteins unter Studie zu erreichen. Die hier beschriebenen extrazelluläre Protein-Microarray-Technologie stellt einen schnellen, robusten und effektiven Ansatz für screening und Erkennung von neuartigen ePPI mit niedrige False-Positive-Verhältnisse und durch die einzige Mikrogramm Mengen des Proteins Abfrage unter Verwendung Untersuchung. Diese Technologie hat mehrere Studien angeheizt, die relevante Einblicke in bisher unbekannte Zellfunktionen und Signalwege für eine Vielzahl von Rezeptoren12,13, darunter virale Immunoregulators14zur Verfügung gestellt haben, und kann genutzt werden, um eine extrazelluläre Protein des Interesses de-orphanize.

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Protokoll

1. Generation aus einer Bibliothek von extrazellulären menschliche Proteine

  1. Stellen Sie eine Liste der Zelle Oberfläche Rezeptoren oder sekretierten Proteine des Interesses, die Protein-Microarray-Bibliothek zu bauen. Bestimmte Proteinfamilien (z. B. der Immunglobulin-Superfamilie) oder Proteine selektiv ausgedrückt insbesondere Zelle Arten für die Studie ausgewählt werden können.
  2. Bestimmen Sie für Oberfläche Zellrezeptoren die Domänengrenzen der extrazellulären (ECD) durch Ermittlung der Signalpeptid und transmembranen Regionen mit Software-Tools. Einige der einschlägigen Werkzeuge, online frei verfügbar, sind in der Tabelle der Materialien15,16,17,18verwiesen.
  3. ECD für die Gene von Interesse und Klon in den relevanten Vektor zu synthetisieren. Sekretierten Proteine oder die ECD STM-Rezeptoren verschmolzen zu einer Reihe von gemeinsamen Affinität-Tags können von den konditionierten Medien mit den entsprechenden Vektor transfected Zellen oder Baculovirus-Insekt Zelle Expressionssysteme gereinigt werden.
    Hinweis: Säugetier-Zelle-basierten Systemen (z. B. HEK/293 oder CHO-Zellen) werden empfohlen, um die Wahrscheinlichkeit der richtigen Proteinfalte und Zugabe von relevanten posttranslationale Modifikationen wie Glykosylierung zu maximieren.
  4. Reinigen Sie die Proteine durch standard Affinität Reinigungsverfahren. Frühere Bemühungen haben geeignet für die Reinigung von Hunderten von Proteinen, automatische oder halbautomatische Verfahren beschrieben, die skaliert werden kann, um die Menge der Proteine des Interesses9,19,20zu generieren, 21.
    Hinweis: SDS-PAGE, Größe Ausgrenzung Chromatographie (S) oder Multi-Angle-Laser Licht Streuung (MALLS) sind empfehlenswert, nicht-kovalente Aggregation zu bewerten und für die Gesamtqualität der Protein-Vorbereitungen zu kontrollieren.
  5. Proteine, 200 oder 400 μg/mL wann immer möglich, anpassen und verdünnen Sie Aktien mit 80 % Glycerin für die Langzeitlagerung in kryogenen Fläschchen bei-20 ° C. Diese Meister Aktien und sollte nur bei Bedarf abgerufen werden.
  6. Aliquote jedes Proteins (100 μl) auf 96-Well-Platten (Lager-Platten) übertragen, versiegeln mit Klebefolie und bei-20 ° C bis zur Microarray Folie Vorbereitung lagern. Lager-Platten werden generiert, um Frost-Tau-Wechseln zu minimieren und Proteinstabilität zu gewährleisten.

(2) extrazelluläre Protein Microarray drucken

  1. Verwenden Sie ein standard Microarrayer für Folie drucken. Das Instrument für das hier beschriebene Protokoll verwendet hat eine Kapazität von 57 Folien/Lauf und nutzt einen Druckkopf 48 spotting Stifte halten. Diese Pins generieren Spots von ~ 100 μm Durchmesser eine Punkt-zu-Punkt-Abstand von ~ 350 μm und zieht 0,25 μl pro Ladung. Bei dieser Konfiguration können bis zu 8.000 Punkte pro Folie untergebracht werden.
  2. Generieren Sie Arbeits-Platten (384 well-Platten, 10 μl Probe/Brunnen) von den Lager-Platten. Führen Sie diesen Schritt manuell vor dem Folie drucken mit der Microarrayer. Vor Ort dann Proteine mit Feder-Typ spotting Pins auf Epoxysilane Folien bei 60 % Luftfeuchtigkeit (um Austrocknung der Proteinspots zu verhindern).
    Hinweis: Cy3 beschriftet Rinderserumalbumin (BSA) kann in Duplikate zwischen jedes Protein Sample (5 μg/mL in PBS/40% Glycerin) gesichtet werden, um das Array für Maske passend (siehe Abschnitt 4) zu visualisieren. Obwohl empfohlen wird, ist dieser Schritt optional.
  3. Im Anschluss an drucken, entfernen Sie die Protein-Microarray-Folien aus der feuchte Umgebung und blockieren sie über Nacht mit 5 % Milch in PBST, die Oberfläche zu inaktivieren.
    Hinweis: Der bevorzugte Ansatz ist mit einem Ultraschall Nebelmaschine erzeugen einen feinen Nebel blockiert Lösung, die auf der Folie Oberfläche ablagern.
  4. Speichern Sie Folien bei-20 ° C in 50 % Glycerin, Einfrieren zu verhindern.

3. Vorbereitung der multivalente Köder-komplexe

Hinweis: Interaktionen zwischen extrazellulären Proteinen zeichnen sich oft durch niedrige Affinitäten. Zur Erkennung dieser Interaktionen zu ermöglichen, durch die Erhöhung der Bindung Avidität, einen multivalente Ansatz basiert auf der Erfassung der Abfrage Proteins, ausgedrückt als Fc-Tags ECD wurde auf Protein A-beschichtete Microbeads entwickelten4.

  1. Beschriften des Trägers IgG für die Erkennung mit Cy5 Monoreactive Farbstoff eingesetzt und den freien Farbstoff mit Entsalzung Spalten zu trennen. Bestimmen Sie den Farbstoff zu Protein-Verhältnis durch UV Absorption bei 280 bis 650 nm messen.
    Hinweis: Protein-Farbstoff Verhältnisse zwischen 2.0 und 4.0 werden normalerweise verwendet. Es empfiehlt sich, drehen Sie die Cy5 Konjugate bei 100.000 x g für 15 min, potenzielle lösliche Aggregate aufgrund der Kennzeichnung zu entfernen.
  2. Bestimmen Sie die optimale Microbead-Protein-Verhältnis durch Titration von Protein A gegen eine konstante Menge des Proteins Abfrage. Minimal ist Sättigung von Perlen, wo keine kostenlosen Fc-markierte Protein bleibt, gemessen mit einem wettbewerbsfähigen Assay durch Biolayer Interferometrie, bestimmt für das Screening verwendet.
  3. Bilden Sie das Microbead-Protein-komplexe durch Inkubation der Fc-Tags Abfrage und Cy5-IgG mit Protein A Microbeads und Mischung auf ein Rohr-Rotator mit PBS-Puffer für 30 min bei Raumtemperatur vor Licht geschützt werden.
  4. Um diese komplexe bilden, verwenden Sie das Abfrage-Protein eine Endkonzentration von 20 μg/mL. Um das molare Verhältnis von Abfrage-Protein und Cy5-IgG zu berechnen, teilen Sie das Molekulargewicht des Abfrage-Proteins durch das Molekulargewicht der IgG (150.000 Da) und multiplizieren Sie mit 40 μg/mL zur Bestimmung der Konzentration von Cy5-IgG benötigt.
  5. Ergänzen Sie Proben mit lösliche Protein eine (1 mg/mL) unmittelbar vor der Inkubation mit dem Microarray (siehe Abschnitt 4.2) gleitet nach Bindung von jeder freie Protein A Perlen der Fc Fusionsproteine zu verhindern, die auf das Array vorhanden sein können.
    Hinweis: Die endgültige Reaktionsvolumen variieren je nach der Hybridisierung Station oder Inkubation Kammer genutzt. Die Instrumentation in der Tabelle der Materialien beschrieben können Probe Inkubation mit relativ kleinen Mengen (~ 200 μL pro Folie).

(4) extrazelluläre Protein Microarray Screening und Verarbeitung.

Hinweis: Es gibt eine Reihe von Herstellern, die automatische Verarbeitungsplattformen bereitstellen. Wenn eine Hybridisierung-Station nicht verfügbar ist, können die folgenden Schritte manuell durchgeführt werden, sicherstellen, dass Sie ausreichendes Volumen des Puffers, die Folien halten zu allen Zeiten eingetaucht.

  1. Die Folien bei Raumtemperatur erwärmen und Spülen mit PBS/0.1% Tween 20 (PBST), restliche Glycerin vor der Verladung auf die Hybridisierung Station zu entfernen.
  2. Verwenden Sie das folgende Screening-Protokoll:
    1. Für 1 min mit PBST waschen.
    2. Laden Sie 200 μL von 1 mg/mL Protein A in PBS/5% Milch und inkubieren Sie für 30 min, Uncomplexed Protein zu verhindern ein Microbeads aus der Bindung an Fc-markierten Proteine, die möglicherweise in der Microarray vorhanden.
    3. Waschen Sie fünf Mal für 1 min mit PBST.
    4. Laden Sie 200 μL der Abfrage: Microbeads Komplex in Anwesenheit von 1 mg/mL Protein A und 30 min inkubieren.
    5. Für 1 min mit PBST waschen.
  3. Legen Sie nach Hybridisierung in 50 mL konische Einzelrohre Folien mit Wasser spülen und Trocknen von Spinnen bei 900 X g für 5 min.
  4. Schließlich Scannen der Dias mit einem Microarray Scanner angebracht, Cy3 erkennen (Wenn BSA-Cy3 gedruckt wurde) und Cy5 Fluoreszenz durch spannende bei 532 und 635 nm bzw..
  5. Datenanalyse mit den begleitenden Microarray-Datenanalyse. Die entsprechenden Array-Liste (als .gal Datei) wird in den Daten-Extraktion-Software geladen. Nutzen Sie in dieser Phase die Cy3-BSA-Spots um Blöcke zu finden und verwenden Sie die Auto-Montage-Optionen in der Software, gefolgt von manuelle Ausrichtung der Funktionen bei Bedarf. Speichern Sie die Dateien als .gpr-Dateien für die weitere Analyse.

(5) Datenanalyse

  1. Speichern Sie Daten als GPR-Dateien und einen Prozess mit dem Limma-Paket, allgemein verwendet für die Analyse von Microarray Daten4,5R.
    1. Für die Vorverarbeitung, Hintergrund-Korrektur und in Folie Normalisierung. Da jedes Protein in doppelte Punkte gedruckt wird, kombinieren Sie beide wiederholte Messungen, um eine einzelne Partitur für das Protein in der Bibliothek zu erstellen.
    2. Berechnen Sie Noten für jede Folie zu und analysieren Sie die Ergebnisse für die Kreuzung von High-scoring Kandidaten zwischen den Folien.
    3. Verwenden Sie doppelte Microarrays aus separaten Auflagen zu steuern für Folie Variabilität und Kreuzung Grundstücke Darstellung von Daten aus beiden Bildschirmen letzten Hits zu nennen.
    4. Schließlich führen Sie ein zusätzliches Maß an Filtern um promiscuous Proteine innerhalb des Arrays auszuschließen. Solche unspezifischen Bindemittel werden identifiziert, wie Proteine, die einen bestimmten Schwellenwert überschreiten Häufigkeit getroffen, als unabhängige Monitoren vom Benutzer definiert.
      Hinweis: Dieses Protokoll ist in Tom Et Al. 20135ausführlich beschrieben. In unserem Fall das unspezifische Bindemittel Aufruf basiert auf der Bestimmung von der kumulativen Beute Trefferquote und eine datenbasierte Beseitigung Schwelle von 5 % verwendet.

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Ergebnisse

Eine schematische Darstellung des Workflows für die extrazelluläre Protein-Microarray-Technologie ist in Abbildung 1dargestellt. Sobald die Microarray-Folien mit der extrazelluläre Protein-Bibliothek zur Verfügung stehen, kann das Screening des Proteins des Interesses und Datenanalyse innerhalb eines Tages abgeschlossen werden. Viele physiologisch relevante Wechselwirkungen zwischen Membran eingebettet Rezeptoren zeichnen sich durch sehr schwache Bindung stär...

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Diskussion

Eine beträchtliche Anzahl von Orphan Rezeptoren bleiben im menschlichen Genom und neuartige interagierenden Partner weiterhin für die extrazellulären Proteine mit bisher charakterisierten Liganden entstehen. Festlegung der Rezeptor-Ligand-Interaktionen in der Human- und Modellorganismen ist wichtig zum Verständnis der Mechanismen, die zelluläre Kommunikation während der Homöostase sowie Dysregulation führt zu Krankheit zu bestimmen, und daher zu informieren, neue oder verbesserte therapeutische Optionen. Erkennung von ex...

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Offenlegungen

B.h., S.R-R und nm-M. sind Mitarbeiter von Genentech und eigene Aktien im Genentech Inc./Roche-Konzern.

Danksagungen

Wir danken Philamer Calses und Kobe Yuen kritisch das Manuskript zu lesen. Wir sind dankbar für Randy Yen für gute technische Beratung.

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Materialien

Liste der in diesem Artikel verwendeten Materialien
NameUnternehmenKatalognummerKommentare
Ultrareines Glycerin in MB-QualitätUSB Corporation56-81-5Proteinspeicherung
SeptoMark BlockierungspufferZeptosensBB1, 90-40Blocking-Puffer-Microarray-Objektträger
RinderserumalbuminRoche03-117-957-001Objektträgersteuerung für die Maskenanpassung (optional)
Polypropylen-Multiwell-PlattenGreiner Bio One82050-678Proteinlagerung
Polypropylen-Multiwell-PlattenArrayitMMP384Objektträgerdruck
NanoPrint LM60 oder ähnlicher Kontakt MicroarrayerArrayitNanoPrint LM60 oder ein ähnlicher Kontakt-MicroarrayerObjektträgerdruck
Mikro-Spotting-PinsArrayitMicro-Spotting-PinsObjektträgerdruck
ZeptoFOG-BlockierstationZeptosensZeptoFOG-Blockierstation, 1210Block-Objektträger nach dem Druck
MagermilchpulverThermo FisherLP0031Blocklösung
Objektträger mit Epoxysilan-BeschichtungNextrion Objektträger E1064016Microarray-Objektträger
Glashalter und Objektträgergestell SetWheaton900303Objektträgeraufbewahrung
Cy5 MonoreaktivfarbstoffGE HealthcarePA23031Albuminmarkierung
Cy5 MonoreaktivfarbstoffGE HealthcarePA25001Human IgG-Markierung
Pro-Spin EntsalzungssäulePrinceton TrennungenCS-800Entfernen Sie den freien Farbstoff
Selbstklebende AluminiumfolieSiegel AlumaSealF-384-100Versiegeln Sie Lagerplatten
Polypropylen KryofläschchenCorning430658Master Fläschchen für die Lagerung von Proteinbibliotheken
Protein A MikrokügelchenMiltenyi120-000-396Abfrage Proteinmultimerisierung
Human IgGJackson Immunresearch& nbsp; 009-000-003Irrelevantes IgG für die Markierung von
Protein ASigma  P7837Microarray-Objektträgerblockierung
Hybridisierungsstation, a-Hyb oder ähnlicheMiltenyiHybridisierungsstation, a-Hyb oder ähnlichAutomatisierte Microarray-Verarbeitung (optional)
GenePix 4000B Scanner oder ähnlichMolecular DevicesGenePix 4000B Scanner oder ähnlichesObjektträgerscannen
GenePix Pro oder gleichwertige DatenextraktionssoftwareMolecular DevicesGenePix Pro oder gleichwertige DatenextraktionssoftwareDatenverarbeitung
Signal P4.1DTU Bioinformatics, Technische Universität DänemarkOnline-SoftwareVorhersagetool zur Bestimmung des Vorhandenseins und der Lage von Signalpeptid-Spaltstellen
TMHMM 2.0 ServerDTU Bioinformatics, Technische Universität DänemarkOnline-SoftwareVorhersage von Transmembranhelices in Proteinen
PhobiusStockholm Bioinformatics CenterOnline-SoftwareEin kombinierter Transmembran-Topologie- und Signalpeptid-Prädiktor
TOPCONSOnline-Softwareder Universität StockholmVorhersage von Membrantopologie und Signalpeptiden

Referenzen

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