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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Das Ziel dieses Protokolls ist, lymphatische Endothelzellen Populationen innerhalb der Leber mit den beschriebenen Markern zu identifizieren. Wir nutzen Kollagenase IV und DNase und eine sanfte Zerkleinerung des Gewebes, kombiniert mit Durchflusszytometrie, um eine verschiedene Bevölkerung der lymphatische endothelial Zellen zu identifizieren.
In der Leber Lymphgefäße befinden sich innerhalb des Portals Dreiklang, und ihre beschriebene Funktion soll interstitielle Flüssigkeit aus der Leber, die Lymphknoten zu entfernen, wo Zelltrümmer und Antigene befragt werden. Wir sind sehr daran interessiert, zu verstehen wie das lymphatische Gefäßsystem in Entzündung und Immunzelle Funktion innerhalb der Leber beteiligt sein könnten. Jedoch sehr wenig veröffentlicht wurden zur Gründung Verdauung Protokolle für die Isolierung von lymphatische Endothelzellen (LECs) aus der Leber oder spezifischer Marker, die verwendet werden, um die Leber zu bewerten LECs pro Zelle. Daher haben wir eine Methode für die Verdauung und das Beflecken der Leber für die Beurteilung die LEC-Bevölkerung in der Leber optimiert. Wir sind zuversichtlich, dass die hier beschriebene Methode nützlich für die Identifizierung und Isolierung von LECs aus der Leber ist und stärkt unser Verständnis wie LECs auf die Leber Mikroumgebung reagieren.
Die Rolle der Lymphgefäße und LECs in der Leber ist nicht gut verstanden. Während Lymphgefäße finden Sie unter dem Portal Dreiklang aus der Leber1 und Krankheit2auszubauen, ist sehr wenig über die Funktion und den Phänotyp der LECs innerhalb der Leber verstanden. Mit der Entdeckung von Markern, die in erster Linie auf LECs3gefunden werden, wird die Bedeutung dieser Zellen in verschiedene Gewebe Nischen in Homöostase und Krankheit eine bedeutende Lücke in unserem Verständnis füllen. LECs haben eine wichtige Rolle bei der Aufrechterhaltung der peripheren Toleranz in den Lymphknoten und metastasierten Tumoren durch die Interaktion direkt mit T Zellen4,5,6,7,8, 9 , 10 , 11 , 12 , 13. LECs in den Lymphknoten können schützende Immunität über ihre Interaktionen mit wandernden dendritischen Zellen14,15,16fördern. Daher gibt es mehrere Rollen für LECs möglicherweise spezifisch für die Gewebe und Interaktionen, in denen sie vertreten sind. Jedoch sehr wenig verstanden wie LECs mit Immunzellen im Gewebe interagieren oder LECs in verschiedenen Organsystemen Funktionsweise; so kann die Bewertung LECs auf einer Basis pro Zelle innerhalb der Leber oder andere Organe zu Fortschritte in der wie LECs Gewebe-spezifische Immunität Programm führen. Während ein Großteil der Literatur, die in der Leber auf LECs konzentriert Mikroskopie nutzt, um mit ein oder zwei Markierungen und Morphologie17LECs zu visualisieren, wurde sehr wenig getan, um speziell LECs anhand einer Zelle für Zelle Durchflusszytometrie, obwohl eine Studie bewerten Unterschiede zwischen sinusförmigen endothelial Zellen der Leber (LSECs) und LECs18bewerten. Möglichkeit, LEC Populationen in der Leber durch Durchflusszytometrie analysieren können für die eingehende Untersuchung der LEC Phänotyp bei normalen Homöostase oder Krankheit.
Um LECs durch Durchflusszytometrie zu bewerten, werden mehrere Oberflächenmarker benötigt. In der Regel sind LECs durch den Ausdruck von Prospero-bezogene Homeobox 1 (Prox-1), Lymphgefäßsystem endotheliale Hyaluronan Rezeptor 1 (LYVE1) oder vaskulären endothelialen Wachstumsfaktor Rezeptor 3 (VEGFR3) mit Mikroskopie visualisiert. Jedoch ist der Ausdruck dieser Marker in der Leber nicht auf LECs beschränkt. Prox-1 drückt sich häufig durch Hepatozyten während Leber Entwicklung, Regeneration und Verletzungen19, und LYVE1 und VEGFR3 durch die Leber sinusförmigen Endothelzellen18ausgedrückt werden. In den Lymphknoten werden LECs durch Durchflusszytometrie als Cluster der Differenzierung (CD) identifiziert CD45 - CD31 + und Podoplanin + (PDPN)16. Dieser Ansatz ist jedoch zu gering, LECs in der Leber zu isolieren, da CD45 - CD31 + Zellen werden Endothelzellen zu erfassen, und die überwiegende Bevölkerung von vaskulären endothelialen Zellen in der Leber LSECs sind. Daher sind andere Markierungen erforderlich, um die seltenen LEC Bevölkerung aus der reichlich LSEC Bevölkerung zu unterscheiden. CD16/32 (ausgedrückt durch ausgereifte LSECs18) und CD146 (eine gemeinsame vaskulären Endothelzellen Symbol, das sich überwiegend innerhalb der Leber Sinusoide geäußerten Leber sinusförmigen Endothelzellen20 mit wenig bis kein Ausdruck von lymphatischen Endothelzellen21) wurden Kandidaten Marker.
Daher haben wir eine Methode zur Isolierung und Visualisierung LECs in der Leber, die mit den oben genannten Markierungen, CD45 CD31, CD146, CD16/32 und PDPN für Durchflusszytometrie optimiert. Wir beschreiben die Verwendung von Kollagenase IV, DNase 1 und mechanische Trenntechnik für Lebergewebe Verdauung in eine einzelne Zelle-Suspension. Wir beschreiben auch die Verwendung des Iodixanol Dichtegradient für die Isolierung von nicht-parenchymal Zellen (NPC) und Zelltrümmer zu beseitigen. Zu guter Letzt ermitteln mit mehreren Markern, wir die optimalen Fluss Cytometry gating Strategie LECs aus der Leber mit PDPN als die vorherrschende Marker zu identifizieren.
Alle hier beschriebene Methoden wurden von den institutionellen Animal Care und Nutzung Committee (IACUC) von der University of Colorado Anschutz Medical Campus genehmigt.
1. Vorbereitung der Materialien
2. Vorbereitung einer einzelligen Suspension aus einer Maus-Leber
(3) durchflusszytometrischen Analyse einzelner Zellen aus der Leber
(4) Datenanalyse
Studien analysieren Leber Lymphgefäße haben in erster Linie Immunohistochemistry verwendet, um die Häufigkeit und den Durchmesser der Lymphgefäße in der Leber quantitate. Diese Methode erlaubt allerdings nicht für die Bewertung der LECs auf Basis einer Zelle für Zelle oder Ausdruck mehrerer Marker, Zytokine, Chemokine oder Transkriptionsfaktoren. Also, wir fragten ob Leber LECs isoliert aus der Leber werden konnte und mittels Durchflusszytometrie. Isolieren von Lymphknoten LECs Vorarbeiten erfolgte mittels Liberase DL (Kollagenase i-II-und-Dispase) und DNase-1 kombiniert mit der mechanischen Trennung von Lymphknoten Gewebe mit Nadeln14,16. Daher das gleiche Protokoll der Verdauung auf Lebergewebe diente oder Kollagenase IV und DNase-1 verwendet wurde, wie zuvor beschrieben, für Immunzelle isoliert von der Leber22 und die Verdauung mit einem Dichte Gradienten Trennung (Iodixanol) Schritt, gefolgt Entfernen von Hepatozyten und erhöhen Sie die Häufigkeit von anderen Zelltypen innerhalb der Leber (Abbildung 1A). Nach Leber Verdauung und Zentrifugation mit der Dichtegradient wurden die Zellen mit CD45, CD31, PDPN und CD16/32 gebeizt. CD16/32 ist beschrieben worden, um durch ausgereifte LSEC Bevölkerungen, aber nicht LEC Populationen18ausgedrückt werden. So wurden LECs als CD45-CD31 + CD16/32 gated-, PDPN + Zellen, während LSECs als CD45-CD31 + CD16 eingezäunt waren / 32 + und PDPN-(Abbildung 1A). Tore waren auf lebende Zellen (rote Geist negativ) und basierend auf Isotype Kontrollen und FMO Färbung (Abbildung 1A). LYVE-1 APC auf der LEC-Bevölkerung wurde auch bestätigt (Abbildung 1 b). Beide Methoden erlaubt die Visualisierung der LEC Bevölkerung innerhalb der Leber; die Färbung Profil der Zellen war jedoch optisch besser, bei der Verwendung von Kollagenase IV und DNase-1 als Kollagenase ich-II-und-Dispase (Abbildung 1). Daher wurden alle zukünftigen Manipulationen durchgeführt mit Kollagenase IV und DNase-1, wie im Protokoll beschrieben. Im Durchschnitt erhielten wir rund 1.300 LECs pro Gramm des Lebergewebes oder 2.200 LECs pro naiv Leber, mit dieser Methode der Verdauung.
Zur Optimierung der gating-Strategie und die Kombination von Fluorophore und Kontamination von LSECs zu beseitigen, wurden CD16/32 und CD146 verwendet. CD16/32 ist Fc-Gamma-Rezeptoren II und III und drückt sich auf ältere LSECs aber nicht auf LECs18. CD16/32 könnte unterscheiden die PDPN + CD16/32-Zellen aus dem PDPN-CD16 / 32 + Zellen, vor allem wenn APC oder PE konjugiert mit PDPN und CD16/32 konjugiert, FITC (Abbildung 1A), aber weniger gut als PDPN an PE-Cy7 (Abbildung 1) konjugiert war. Der Ausdruck des CD16/32 befindet sich nicht auf LECs jedoch findet sich auf LSECs. FC-Block verwendet den CD16/32-Antikörper, um die Fc-Rezeptor-Bindung und Nonantigen spezifische Bindung der Immunglobuline an die Fc-Rezeptoren zu minimieren. Da CD16/32 verwendet wurde, um LSECs zu visualisieren, die unspezifische Bindung von Immunglobulinen war höher und CD146 als Alternative zur LSECs Messung optimiert wurde. Daher haben wir CD146 konjugiert, V450, hoch von LSECs und anderen vaskulären endothelialen Zellen20 , aber mit niedrigen bis kein Ausdruck von LECs23geäußerten vaskulären endothelialen Zellen Marker getestet. Wir zunächst optimiert die Färbung des CD146 mit Steuerelementen FMO und Isotype für CD16/32 und CD146 (Abbildung 2A). Wenn wir nur die CD16 ausgewertet / 32 + Zellen oder die CD16/32-Zellen, die CD16 / 32 + Zellen waren alle CD146 + / PDPN, während die CD16/32-Zellen in erster Linie CD146 - und PDPN- oder PDPN + (Abb. 2 b waren). Um zu bestätigen, diese Färbung, diente der FMO. PDPN aus den Fleck zu entfernen, verschwunden die PDPN + Bevölkerung (Abbildung 2). Interessanterweise gab es keine CD146 + PDPN + Zellen, bestätigt, dass CD146 nicht oder sehr gering durch PDPN + LECs zum Ausdruck kommt. So sind wir zuversichtlich, dass entweder dieser Marker verwendet werden kann zum Tor, vaskulären endothelialen Zellen in der Leber.
Um weiter zu validieren, dass PDPN einen geeigneten Marker für LECs, waren Leber Abschnitte von Mäusen mit PDPN (grün) und F4/80 (braun) (Abbildung 3A) gefärbt. Gefäßendothels weder die Makrophagen in der murinen Leber PDPN ausgedrückt. Wir waren auch in der Lage, Cholangiocytes, zu unterscheiden, die für PDPN von Lymphgefäße, basierend auf unterschiedlichen atomaren Strukturen der Gallengänge und von Cytokeratin 7 Färbung positiv beflecken können (Abbildung 3 b; rot: Cytokeratin 7, grün: PDPN). Da mehrere Marker für Durchflusszytometrie, z. B. CD31, verwendet werden, die nicht durch Cholangiocytes24ausgedrückt wird, sind wir zuversichtlich, dass wir sind Zellen aus der Analyse entfernt, dadurch bestätigt, dass Zellen aus der Leber, die CD45-CD31 + CD146 Lo/Neg, CD16/32-, und PDPN + LECs sind. Schließlich um nachzuweisen, dass die gefärbten Zellen LECs sind, sortiert diese Population von Zellen und qualitative Echtzeit Polymerase-Kettenreaktion verwendet, um die Vegfr3 und Prox-1 Ausdrücke auswerten. Vegfr3 und Prox-1 wurden ausgewertet, da diese Protokolle von anderen Zellen in der Leber exprimiert werden —prox1 von Hepatozyten und Vegfr3 von LSECS (unter anderem) – aber keine anderen Zellen neben LECs express beide. Der Ausdruck dieser beiden Marker war signifikant höher in der sortierten Bevölkerung als in der kultivierten murinen Makrophagen-Zell-Linie (RAW264.7) die drückt diese Markierungen nicht normalerweise, aber ähnlich im Ausdruck kultivierten murinen LECs (Abbildung 3 ).

Abbildung 1 : Repräsentative Flow Cytometry Analyse Kollagenase ich-II-Dispase und Kollagenase IV verdaut murinen Lebergewebe. (A) dieses Panel zeigt die gating Strategie, Fluoreszenz abzüglich einer Färbung und Isotype regelt das Verfahren. (B) dieses Panel zeigt die LYVE-1-Färbung des CD16/32-PDPN +-Zellen. (C) dieser Bereich zeigt die endgültige Flow Cytometry Tor nach Maus Lebern mit entweder Kollagenase ich-II-Dispase (z.B., Liberase DL) zu verdauen oder Kollagenase IV und Bewertung CD16/32 PerCP X PDPN PE-Cy7 wo LECs CD16/32 sind- und PDPN +. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.

Abbildung 2 : Identifikation von CD146 und PDPN als geeignete Marker für Leber lymphatische Endothelzellen. (A) dieses Panel zeigt Fluoreszenz minus eins und Isotype Steuerelemente für CD16/32 (links) und CD146 (rechts). (B) zeigt dieses Panel gated CD16/32 positive oder negative Zellen aus Panel Aermittelt. Dargestellt ist CD146XPDPN aus beiden Populationen. (C) zeigt dieses Panel Fluoreszenz minus eins für PDPN zu zeigen, dass die Färbung ist nicht vorhanden, wenn die Antikörper nicht hinzugefügt wird. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.

Abbildung 3 : Identifikation des Flusses PDPN + Zellen als lymphatische Endothelzellen. (A) dieses Panel zeigt repräsentative Immunohistochemistry von einer Maus Leber gebeizt mit PDPN (blau/grün) und F4/80 (braun). Das Lymphgefäßsystem (LV), Blutgefäß (BV) und Makrophagen (MF) sind gekennzeichnet. Maßstabsleiste = 100 µm. Formalin fixierten Paraffin-eingebetteten Gewebe war für 20 Minuten in Xylol entparaffiniert. Gewebe wurden durch einen Farbverlauf von Ethanol Wasser hydratisiert und Antigen-Retrieval erfolgte mittels pH 6 Antigen Abruf Puffer in einem Schnellkochtopf für 15 min. Gewebe blockiert wurde mit 0,1 % BSA und befleckt mit Anti-Maus-PDPN und Anti-Maus F4/80 für 1 h bei Zimmer Temperatur. Anti-Hamster IgG HRP und Anti-Kaninchen-IgG-HRP dienten als sekundäre Antikörper. 3, 3'-Diaminobenzidine (DAB) + und Vina grün wurden verwendet, um die F4/80 und PDPN, bzw. zu erkennen. Gewebe wurde counterstained mit Hämatoxylin und am Mikroskop abgebildet. (B) dieses Panel zeigt das gleiche Experiment durchgeführt wie in Feld A, außer hier, PDPN in grün, Cytokeratin 7 in rot und 4 ', 6-Diamidino-2-Phenylindole (DAPI) in blau angezeigt. Maßstabsleiste = 100 µm. Gewebe wurde blockiert, mit 5 % Esel und 5 % Ziegenserum und befleckt mit Anti-Maus PDPN (8.1.1) 1: 100 und Anti-Maus Cytokeratin 7 1: 200 für 1 h bei Raumtemperatur. Anti-Hamster AF647 IgG und Anti-Kaninchen IgG-PE dienten als sekundäre Antikörper. Gewebe wurde counterstained mit DAPI und abgebildet. Maßstabsleiste = 100 µm. Das Lymphgefäßsystem (LV), Blutgefäß (BV) und Gallenwege (BD) sind gekennzeichnet. (C) dieses Panel zeigt eine Log-Falte ändern in Vegfr3 und Prox-1 Ausdruck von sortierten Leber LECs basierend auf die Färbung des Protokolls (CD45 - CD31 +, CD146lo/Negund PDPN +) im Vergleich zum RAW Zellen oder primären murinen Lymphknoten LECs. Sortierte Zellen wurden durch ein Biopolymer-Schreddern-Spalte übergeben, RNA wurde mit einem RNA-Extraktion-Kit extrahiert und cDNA erfolgte mit einem reversen Transkription-Kit. Transkript Fülle wurde auf das Zimmermädchen-gen, Gapdh, für jede Probe normalisiert. Bitte klicken Sie hier für eine größere Version dieser Figur.
Die Autoren haben nichts preisgeben.
Das Ziel dieses Protokolls ist, lymphatische Endothelzellen Populationen innerhalb der Leber mit den beschriebenen Markern zu identifizieren. Wir nutzen Kollagenase IV und DNase und eine sanfte Zerkleinerung des Gewebes, kombiniert mit Durchflusszytometrie, um eine verschiedene Bevölkerung der lymphatische endothelial Zellen zu identifizieren.
Die Autoren möchten den GI und Leber angeborene Immune Programme für finanzielle Unterstützung dieses Projektes danken. B.A.J.T. wird auch von R01 AI121209 finanziert.
| Clicks/EHAA media | Irvine Scientific | 9195 | |
| Collagenase IV | Worthington Biochemical Corporation | LS004188 | |
| DNase I | Worthington Biochemical Corporation | LS002145 | Deoxyribonuclease 1 |
| OptiPrep | Sigma Aldrich | D1556 | Density Gradient Medium |
| V450 Anti Maus CD146 (Klon ME-9F1) | BD biosciences | 562232 | |
| FITC Anti-Maus CD146 (Klon ME-9F1) | Biolegend | 134706 | Fluorescein isothiocyanat (FITC) |
| Pacific Blue anti mouse CD31 (Klon 390) | Biolegend | 102422 | |
| PerCp/Cy5.5 anti mouse CD31 (Klon 390) | Biolegend | 102420 | Peridinin-Chlorophyll Proteine-Cyanin 5.5 (PerCP-Cy5.5) |
| APC anti mouse PDPN (Klon 8.1.1) | Biolegend | 127410 | Allophycocyanin (APC), Podoplanin (PDPN) |
| APC/Cy7 Anti-Maus CD45 (Klon 30-F11) | Biolegend | 103116 | |
| Brilliant Violet 510 Anti-Maus CD45 (Klon 30-F11) | Biolegend | 103138 | |
| FITC Anti-Maus CD16/32 (Klon 93) | Biolegend | 101306 | Fluorescein isothiocyanat (FITC) |
| PerCp/Cy5.5 Anti-Maus CD16/32 (Klon 93) | Biolegend | 101324 | Peridinin-Chlorophyll-Proteine-Cyanin 5.5 (PerCP-Cy5.5) |
| Ghost Red 780 Lebensfähigkeitsfarbstoff | TONBO biosceinces | 3-0865-T100 | |
| APC syrischer Hamster IgG (Klon SHG-1) | Bioleged | 402102 | |
| PerCp/Cy5.5 Ratte IgG2a (Klon RTK2758) | Biolegend | 400531 | |
| FITC Ratte IgG2 (Klon eBR2a) | ebioscience | 1-4321-80 | |
| Anti-Maus LYVE1 (Klon 223322) | R& D-Systeme | FAB2125A | |
| Anti-Maus Cytokeratin (Klon EPR17078) | abcam | ab181598 | |
| Anti-Maus F4/80 (Klon Cl:A3-1) | Bio-rad | MCA497 | |
| BSA (Fraktion V) | Fischer | BP1600-100 | Rinderserum Albumin (BSA) |
| Ziegenserum | Jackson Immunoresearch | 017-000-121 | |
| Eselsserum | Jackson Immunforschung | 017-000-121 | |
| EDTA | VWR | E177 | Ethylendiamintetraessigsäure (EDTA) -für Erythrozyten-Lysepuffer |
| Ammoniumchlorid | Fischer | A687-500 | für Erythrozyten-Lysepuffer |
| Kaliumbicarbonat | Fischer | P184-500 | für Erythrozyten-Lysepuffer |
| Scalpel | Feather | 2975#21 | |
| 100 μ m-Zell-Sieb | Fischer | 22363549 | |
| 2.4G2 | im Haus/ATCC | ATCC HB-197 | FC-Block zur Hemmung der unspezifischen Bindung an Fc-gamma+-Zellen -hergestellt aus Hybridom |
| Phosphat-gepufferte Kochsalzlösung (PBS) | Corning | 21-040-CV | |
| Hanks Balanced Salt Solution (HBSS) | Gibco | 14185-052 | |
| Fetales Rinderserum (FBS) | Atlanta Biologicals | S11550 | |
| 96-Well-Platte | Corning | 3788 | |
| 6-Well-Platte | Corning | 3506 | |
| 50 mL konisch | Truline | TR2004 | |
| 15 mL konisch | Falcon | 352196 | |
| 1 mL Pipettenspitze | USA scientific | 1111-2721 | |
| 200 & micro; L Pipettenspitze | USA scientific | 1110-1700 | |
| 10 µ L Pipettenspitze | USA scientific | 1111-3700 | |
| seriologisch 10 mL Pipette | Greiner bio-one | 607107 | |
| seriologisch 5 mL Pipette | greiner bio-one | 606107 | |
| Zellinkubator | Fischer | Heracell 160i | |
| BD FacsCanto II Durchflusszytometer | BD Biosciences | ||
| Klinische Zentrifuge | Beckman Schar | Modell X-14R |