Methodenartikel

Die Durchführung von Datenkinining und die integrative Analyse von Biomarker bei Brustkrebs mit mehreren, öffentlich zugänglichen Datenbanken

DOI:

10.3791/59238

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17. Mai 2019

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1Department of Thyroid and Breast Surgery, First Affiliated Hospital of Shantou University Medical College, 2Department of Medical Oncology, Cancer Hospital of Shantou University Medical College, 3Shantou University Medical College

In diesem Artikel

Zusammenfassung

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Hier stellen wir ein Protokoll vor, um den Biomarker und den Überlebensprediger von Brustkrebs zu erforschen, das auf der umfassenden Analyse von gebündelten klinischen Datensätzen basiert, die aus einer Vielzahl von öffentlich zugänglichen Datenbanken abgeleitet werden, und dabei die Strategie des Ausdrucks, der Korrelation und Überlebensanalyse Schritt für Schritt.

Zusammenfassung

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In den letzten Jahren wurden neue Datenbanken entwickelt, um die Barrieren für die Annäherung an die experimentellen genetischen Daten des Krebses zu verringern und damit den Forschern die Möglichkeit zu geben, Gene, Proben und klinische Daten über verschiedene Krebsarten zu analysieren und zu interpretieren. Hier beschreiben wir ein praktisches Operationsverfahren, bei dem ID1 (Inhibitor von DNA-Bindungsproteinen 1) als Beispiel die Expressionsmuster von Biomarker und Überlebensvorhersagen von Brustkrebs anhand von gebündelten klinischen Datensätzen, die von gebündelten klinischen Datensätzen abgeleitet werden, charakterisiert werden. Online-zugängliche Datenbanken, darunter ONCOMINE, bcGenExMiner v4.0 (Brustkrebs-Gen-Ausdruck miner v4.0), GOBO (Gene expression-basiertes Outcome for Breast cancer Online), HPA (Der menschliche Proteinatlas) und Kaplan-Meier Plotter. Die Analyse begann mit der Abfrage des Ausdrucksmusters des Gens von Interesse (z.B. ID1) bei Krebsproben vs. normalen Proben. Anschließend wurde die Korrelationsanalyse zwischen ID1 und klinikathologischen Merkmalen bei Brustkrebs durchgeführt. Als nächstes wurden die Expressionsprofile von ID1 nach verschiedenen Untergruppen geschichtet. Schließlich wurde der Zusammenhang zwischen ID1-Ausdruck und Überlebensergebnis analysiert. Das Operationsverfahren vereinfacht das Konzept, multidimensionale Datentypen auf der Genebene aus verschiedenen Datenbanken und Testhypothesen auf Rezidiven und genomischen Kontext von Genveränderungsereignissen bei Brustkrebs zu integrieren. Diese Methode kann die Glaubwürdigkeit und Repräsentativität der Schlussfolgerungen verbessern und damit eine informative Perspektive auf ein Gen von Interesse bieten.

Einleitung

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Brustkrebs ist eine heterogene Erkrankung mit unterschiedlichen Prognose-und Behandlungsstrategien in verschiedenen molekularen Subtypen, bei der die Pathogenese und-entwicklung wahrscheinlich mit unterschiedlichen molekularen Mechanismen 1, 2 in Verbindung gebracht werden. , 3. Die Identifizierung eines therapeutischen Ziels dauert jedoch in der Regel Jahre oder sogar Jahrzehnte, von der ersten Entdeckung in derGrundlagenforschung bis zur klinischen Anwendung 4. Die genomweite Anwendung der Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologie für Krebsgenom hat de....

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Protokoll

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1. Ausdrucksmuster Analyse

  1. Gehen Sie zur ONCOMINE Webschnittstelle26.
  2. Erhalten Sie die relativen Expressionswerte des Gens ID1 in verschiedenen Arten von bösartigen Erkrankungen, indem Sie ID1 in die Suchboxeingeben.
  3. Wählen Sie den Analysetyp aus dem Menü Primärfilter . Wählen Sie dann Krebs vs . NormaleAnalyse, Brustkrebs vs. NormaleAnalyse.
  4. Wählen Sie die Gene-Übersicht aus dem Menü "OTHER VIEWS ". Setzen Sie die Schwelle des P-Wertesauf 0.01. Laden S....

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Ergebnisse

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Ein repräsentatives Ergebnis des Data-Mining und der integrativen Analyse von Brustkrebsbiomarker wurde mit ID1 durchgeführt, einem der Inhibitoren von DNA-bindenden Familienmitgliedern, die in der vorherigen Studie 25 berichtet wurden.

Wie in Abbildung2 gezeigt, wurden die Unterschiede der ID1 mRNA-Expression zwischen Tumor und normalem Gewebe bei mehreren Krebsarten anhand .......

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Diskussion

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Eine umfassende Analyse öffentlicher Datenbanken kann die zugrunde liegende Funktion des Gens von Interesse aufzeigen und den möglichen Zusammenhang zwischen diesem Gen und klinikathologischen Parametern in bestimmten Krebsarten27,31aufzeigen. Die Erkundung und Analyse auf der Grundlage einer einzigen Datenbank könnte aufgrund der potenziellen Selektionsneigung oder in gewissem Maße, möglicherweise aufgrund der Vielfalt der Datenqualität, einschließlich der Daten.......

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Offenlegungen

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Die Autoren haben nichts zu offenbaren

Danksagungen

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Diese Arbeit wurde teilweise von der Natural Science Foundation der Provinz Guangdong, China (Nr. 2018A030313562), dem Lehrreformprojekt der Guangdong Clinical Teaching Base (NO.  2016JDB092), National Natural Science Foundation of China (81600358), und Youth Innovative Talent Project of Colleges and Universities in Guangdong Province, China (NO. 2017KQNCX073)

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Vectr OnlineVectr Labs Inc.Es kann frei verwendet werden https://vectr.com/newDies ist notwendig, um viele der herunterladbaren Dateien und Bilder zu visualisieren und zu bearbeiten
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Referenzen

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  1. van 't Veer, L. J., et al. Gene expression profiling predicts clinical outcome of breast cancer. Nature. 415 (6871), 530-536 (2002).
  2. Loi, S., et al. Definition of clinically distinct molecular subtyp....

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Schlagwörter

Brustkrebs Biomarkerffentliche DatenbankenONCOMINEbcGenExMinerGOBOHuman Protein AtlasKaplan Meier Plotterberlebensanalyse

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