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Anwendungen des neuartigen Affinitätsharzes
Wir haben gezeigt, dass kundenspezifische Affinitätschromatographieharze für die Aufnahme von mAbs hergestellt werden können, indem ein Liganden, der ein mAb-spezifisches Epitop enthält, zu NHS-aktivierter vernetzter Agarose immobilisiert wird. Um ein solches Harz zu entwerfen, war es notwendig, die Epitopsequenz zu kennen und ein lineares Epitop zu verwenden. Die resultierenden Harze sind vorteilhaft für die Erfassung von mAbs, da sie möglicherweise teure Protein-A-Affinitätschromatographieschritte ersetzen könnten. Die Wechselwirkung zwischen 2F5 und DFE in unserer Fallstudie wurde durch Epitop-Paratopbindung vermittelt, daher sollte unser Liganden selektiver sein als Protein A, das an die Fc-Region der meisten murinen und menschlichen IgGs bindet. Da für jeden mAb individuelle Liganden benötigt werden, kann unsere Methode zunächst vor allem für Antikörper geeignet sein, die in sehr großem Maßstab produziert werden. Durch die Kombination unseres Ansatzes mit einer schnellen pflanzlichen transienten Proteinexpression können jedoch neue Affinitätsliganden in weniger als 2 Wochen27 mit minimalem Aufwand28zubereitet werden. Daher eignet sich das Verfahren auch für die kleinräumige mAb-Reinigung.
Produktion und mögliche Verbesserungen der Affinität Ligand
Pflanzen bieten eine schnelle und sichere Produktionsplattform für Affinitätsliganden5,29,30, wie das DFE-Fusionsprotein, das in unserer Fallstudie vorgestellt wird. Das Blanchieren des Pflanzenmaterials reduzierte die Menge an Wirtszellproteinen in einem einzigen Schritt erheblich und wurde problemlos in eine Standard-Klärungsroutine integriert. Allerdings war die Rückgewinnung des Liganden im aktuellen Aufbau gering, wahrscheinlich aufgrund seiner moderaten thermischen Stabilität und einiger unspezifischer Bindung an die Filterschichten, wie für andere Produkte berichtet31,32,33. Die Entwicklung des Trägers zur Erhöhung seiner thermischen Stabilität kann daher dazu beitragen, die Ligandenausbeute in Zukunft zu verbessern, wie für den Malaria-Impfstoff-Kandidaten CCT, das Antitumor-Enzym PpADI oder ein mesophiles 35,36. Dasselbe gilt für den Tiefenfiltrationsschritt, bei dem die Proteintechnik dazu beitragen kann, die unspezifische Bindung an das Filtermaterial37zu reduzieren. Die Produktionskosten für DFE und ähnliche Liganden könnten auch durch die Verbesserung der Gesamteffizienz der Klärung mit Flockungsmitteln oder Filterzusätzen38,39reduziert werden.
Wenn DsRed als Träger verwendet wird, bildet es einen tetramerischen Komplex. Dies ist vorteilhaft, da es die Anzahl der Epitope pro Liganden erhöht, aber es kann auch den Liganden anfälliger für Demontage oder Denaturierung während der Affinitätschromatographie machen. Ein monomeres Trägerprotein wie mCherry kann daher vorzuziehen sein, da es bei niedrigem pH-Wert40stabil ist und die Einbeziehung von Tandemwiederholungen des Epitops die Avidität des Liganden erhöhen und damit die Harzkapazität erhöhen würde5, 26 , 41. Bei einfachen Träger-Epitop-Proteinen (d. h. solchen ohne Disulfidbindungen oder posttranslationalen Modifikationen) können mikrobielle Produktionssysteme die Herstellungskosten senken und die Liganden mit Protein A wettbewerbsfähiger machen. Zum Beispiel wurde grünes fluoreszierendes Protein in Bakterienzellen mit einer Ausbeute von 1 g-kg-1 Biomasse exprimiert, was die Ligandenproduktionskosten deutlich senken würde42.
Unabhängig vom Expressionswirt war während der Kopplung eine gereinigte Affinitätsligadeand erforderlich, um die Immobilisierung von Wirtszellproteinen oder Medienkomponenten zu minimieren, die ansonsten die Selektivität und Kapazität des Harzes reduzieren können. Die Aufnahme eines Polyhistidin-Tags für die IMAC-Reinigung erhöhte die Reinheit in einem einzigen Schritt auf 90 %, was eine schnelle und kostengünstige Ligandenproduktion5,43,44ermöglicht. Die Position des Fusionstags ist jedoch wichtig, da es das Potenzial hat, die Epitopbindung sterisch zu behindern oder die Spaltung des Tags oder des Epitops vom Träger45,46zu induzieren.
Immobilisierung des Affinitätsligandens auf NHS-aktivierten Chromatographiesäulen
Die Immobilisierung erfolgte manuell oder mit einem Chromatographiesystem. Die geringen Puffervolumina pro Kolonne schienen die manuelle Handhabung zu begünstigen (z.B. aufgrund der minimalen Abfallmengen). Wenn jedoch mehrere/größere Säulen benötigt werden, erleichtert das Chromatographiesystem die Steuerung der Kopplungsbedingungen (z. B. regulierte Durchflussraten) und ist daher eher zu reproduzierbaren Ergebnissen in Bezug auf DBC. Unsere Daten deuten darauf hin, dass der Kopplungspuffer und der pH-Wert einen wichtigen Einfluss auf die Kopplungseffizienz und die Gesamtsäulenkosten haben. Screening-Faktoren, die die Kopplungsreaktion beeinflussen und sie für jedes Trägerprotein (oder sogar für jede Träger-Ligand-Fusion) anpassen, könnten daher die Kopplungseffizienz und Harzleistung verbessern, und wir empfehlen diesen Ansatz.
Testen der 2F5-Isolierung mit dem DFE-Affinitätsharz
Produktausbeute und Reinheit sind wichtige Aspekte der Harzleistung, und bei DFE erreichten wir eine Ausbeute von 105 x 11 % (SD, n=3) und eine Reinheit von 97 x 3 % (SD, n=3), die mit der Leistung von Benchmark-Protein-A-Harzen25 vergleichbar ist. ,26. Ein weiterer wichtiger Leistungsindikator für Harze im Allgemeinen (und insbesondere für solche, die auf Affinitätsliganden basieren) ist der DBC bei 10% Produktdurchbruch, da dieser Parameter die für einen bestimmten Prozess benötigte Harzmenge und damit die Kosten beeinflusst. Für den DFE-Ligand betrug der anfangse DBC L-1 Harz, das unter ähnlichen Bedingungen 13 % des entsprechenden Wertes für Protein A beträgt (nur 2 min Kontaktzeit)25,47, aber etwa 15-fach höher im Vergleich zu anderen kundenspezifischen Affinitätsharzen wie Anti-FSH-Immunoaffinitätligand mit der gleichen Verweilzeit von 2 min48. Die DBC von DFE sank auf 15% des Startwertes nach 25 Bind-and-Elute-Zyklen, während mehr als 50 Zyklen für den gleichen Verlust von DBC in kommerziellen Protein A Harzen49erforderlich sind. Es ist jedoch wichtig zu beachten, dass unser Träger noch nicht im gleichen Maße optimiert wurde wie Protein A, das in den letzten vier Jahrzehnten umfassend untersucht und verbessert wurde8.
Bisher haben wir die Harzstabilität und Produktrückgewinnung verbessert, indem wir von einem niedrigen pH-Elutionspuffer auf eine hohe Konzentration von Magnesiumchlorid umgestellt haben (Abbildung 3), wie in früheren Studienempfohlen 13. Die charakteristische rote Farbe des Affinitätsligands verblasste während der 25 Binde-und-Elut-Zyklen nicht wesentlich, so dass wir spekulieren, dass endogene Pflanzenproteasen in den geklärten Pflanzenextrakten31 das Epitop von den Liganden. Daher kann das Entwerfen von proteaseresistenten Linkern, um den Träger und das Epitop zu verbinden, dazu beitragen, den anfänglichen DBC über eine längere Anzahl von Zyklen aufrechtzuerhalten. Angesichts der schnellen und einfachen Expression und Reinigung des DFE-Ligands, seiner einfachen Kopplung an kommerzielle Chromatographieharze und seiner hervorragenden Produktausbeute und -reinheit glauben wir, dass unsere Methode eine geeignete Alternative zu Protein A für die Reinigung von mAbs und Antikörperderivaten, die nicht an Protein A binden, insbesondere wenn Verbesserungen am Träger und Linker die DBC- und Ligandenstabilität verbessern können. Diese Annahme wurde durch den geringen Unterschied in der Dissoziationskonstante von DFE-gereinigtem und Protein A-gereinigtem 2F5-Antikörper5gestützt, was darauf hindeutet, dass unser neuer Affinitätsligand die Rückgewinnung hochwertiger mAbs ermöglicht.
Vorteile und aktuelle Einschränkungen der Methode
Die Herstellung des Affinitätsligands als genetische Fusion mit einem Trägerprotein erhöht die Löslichkeit in wässrigen Puffern und damit die Kompatibilität mit typischen Liganden-Kopplungsbedingungen. Im Gegensatz dazu können blanke Peptide, die aus der Volumenphasenpeptidsynthese abgeleitet werden, aufgrund ihrer Sequenz50eine begrenzte Löslichkeit aufweisen, die nicht geändert werden kann, da sie durch die vom mAb erkannte Aminosäuresequenz des Epitops gereinigt werden. Andere haben daher eine On-Harz-Synthese von Peptid-Ligen51verwendet. Die statische Bindungskapazität des resultierenden Harzes war hoch (ca. 80 g L-1), aber der Prozess der Harzvorbereitung ist langwierig, eine dynamische Bindungskapazität wurde nicht gemeldet und die erhaltene Reinheit und Rückgewinnung waren niedriger als in unserem Ansatz. Ein weiterer Vorteil eines Fusionsproteinsligenden im Labormaßstab ist, dass der Ligand und dessen Varianten schnell in einem einfach zu bedienenden High-Through-Expressionssystem52mit minimalem Aufwand produziert, gereinigt und getestet werden können.
Die beiden aktuellen Einschränkungen der hier vorgestellten Methode sind die geringe dynamische Bindungskapazität von 3 L-1 und seine 90%ige Reduktion im Laufe von 25 Binde-und-Elut-Zyklen5. Diese Einschränkungen können in Zukunft durch weniger strenge Belastungsbedingungen und den Austausch des aktuellen DsRed-Trägers durch eine konstruierte, stabilere Variante behoben werden. Beispielsweise hat die Verdoppelung der aktuellen Kontaktzeit von 2 auf 4 Minuten das Potenzial, die dynamische Bindungskapazität zu verdoppeln, wie für einige Protein A Harze26gezeigt wurde.
Problembehandlung
In der folgenden Tabelle werden potenzielle Probleme aufgezeigt, die während dieses Protokolls auftreten können, und es werden Hinweise zur Lösung dieser Probleme (Tabelle1) angezeigt.
| Tabelle 1: Potenzielle Probleme, die auftreten können, und mögliche Korrekturen. |
| Protokollschritt | problem | Couse | Lösung |
| 1 | Pflanzen wachsen nicht | Gefährdete Wachstumsbedingungen | Überprüfen Sie den pH-Wert und die Leitfähigkeit des Düngers |
| | | Überprüfen Sie die Temperatur- und Lichtverhältnisse |
| 2 und 3 | Große Mengen an Wirtszellproteinen sind nach der Extraktion vorhanden | Unvollständiger Niederschlag | Überprüfen Sie die Temperatur während des Blanchierens |
| | | Überprüfen Sie die Rührung im Blanchierungsbad |
| 2 und 3 | Kein Produkt im Pflanzenextrakt gefunden | Blanchiertemperatur zu hoch | Temperatur und pH-Wert beim Blanchieren prüfen |
| | pH-Wert im Blanchierungspuffer zu niedrig | |
| 3 | Große Stamm- oder Blattteile bleiben nach der Extraktion | Unvollständige Mischung im Mixer | Stellen Sie sicher, dass das Pflanzenmaterial keinen Stecker im Mixer bildet |
| 3 | Schnelle Druckerhöhung bei tiefen Filtration | Falsche Filterauswahl und/oder Ausrichtung | Überprüfen Sie den Filtertyp und die Ausrichtung |
| 4 | Wenig Fusionsprotein während der Elution / viel Fusionsprotein im Durchfluss | IMAC-Harz wurde nicht mit Metallionen aufgeladen | Prüfen Sie, ob das IMAC-Harz korrekt mit Ionen aufgeladen wurde |
| | Fusion-Protein verlor das Affinitäts-Tag | Vermeiden Sie intensives Sonnenlicht und hohe Temperaturen während des Pflanzenanbaus |
| 4 | Fusionsprotein während der Konzentration verloren | Fusionsprotein an die Membran gebunden | Überprüfen Sie den Membrantyp |
| | | Stellen Sie sicher, dass der Konzentrationsfaktor nicht zu hoch war |
| 5 | Geringe Kupplungsausbeute | Falsche Reihenfolge der Kopplungreagenzzugabe | Überprüfen Sie die Reagenzienetiketten und die Reihenfolge der |
| | Falsche Vorbereitung der Säulen vor der Kopplung | Überprüfen Sie die Bedingungen der Säulenvorparaiton |
| 5 und 6 | Niedriger mAb-Ertrag | Niedrige mAb-Expression in der pflanzlichen Biomasse | Test mAb-Expression in Biomasse |
| | Niedrige Ligandendichte | Überprüfen Sie die Reinheit der Fusionsproteinzubereitung |
| 7 | Sehr niedrige/hohe Proteinkonzentrationen in Bradford Assay | Blasenbildung beim Pipetieren | Prüfen Sie auf Blasen im 96-Well-Palte |
| 7 | Niedrige mAb-Konzentration bei SPR-Messung | Compromised Protein A Chip | Vergleichen Sie mit den Ergebnissen der Standard-mAb mit bekannter Konzentration |
| | Falsche Probenverdünnung | Überprüfen Sie die Verdünnungsrate und den Puffer |
Tabelle 1: Trouble-Shooting.