$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Auf der Erde ist molekularer Sauerstoff in bemerkenswerten Konzentrationen in Bereichen mit direktem Kontakt mit der Atmosphäre oder in Gegenwart von sauerstoffhaltigen Phototrophen verfügbar. Umgebungen, in denen Sauerstoff fehlt, werden anaerobe genannt. Die Energieumwandlung ist jedoch unter anaeroben Bedingungen über zwei verschiedeneStoffwechselprozesse, Fermentation und anaerobe Atmung 1, weiterhin möglich.
Während Organismen, die sich einer aeroben Atmung unterziehen, Sauerstoff als Terminalelektronenakzeptor verwenden, erfordert die anaerobe Atmung alternative Elektronenakzeptoren wie Nitrat oder Sulfat2. Im sogenannten "Elektronenturm" sind Redoxpaare nach ihrem Redoxpotential organisiert, wobei sich die negativsten an der Spitze (Elektronenspender) und die stärksten Oxidationsmittel mit positivem Redoxpotenzial am Boden (Elektronenakzeptoren) befinden. Der Elektronentransfer zwischen Spendern und Akzeptoren führt über die sogenannte Atemkette zur Energieeinsparung und Elektronen können von Elektronenakzeptoren - um im Bild zu bleiben - in verschiedenen Stockwerken des Turms eingefangen werden. Je höher der Fall der Elektronen durch den Elektronenturm, desto mehr Energie kann durch die jeweilige Reaktion konserviert werden. Daher ist die Atmung auch in anaeroben Lebensräumen möglich, z.B. mit Redoxpaaren wie NO3-/NO2-, Fumarsäure/Bernsteinsäure, SO32-/H2S, S°/H2S, Mn(IV)/Mn(II ), Fe(III)/Fe(II)2,3. Zunächst wird die resultierende Energie als Membranpotential konserviert, das anschließend durch Elektronentransportphosphorylierung zur Adenosin-Triphosphat-Synthese (ATP) durch membrangebundene ATP-Synthasen genutzt wird. Im Gegensatz zur aeroben Atmung kann die Energiemenge, die durch anaerobe Atmung konserviert werden kann, drastisch reduziert werden; jedoch ist die Energieleistung der meisten anaeroben Reapirationen noch höher als bei der Fermentation, einem anaeroben Energiesparpfad in Lebensräumen ohne Sauerstoff und anderen Terminalelektronenakzeptoren2.
Während der Fermentation werden energiereiche, organische Substrate zu verschiedenen Fermentationsprodukten abgebaut, die oft den Namen des Gesamtprozesses definieren, z. B. die alkoholische Fermentation. Im Gegensatz zu Atmungsprozessen beschränkt sich die ATP-Erzeugung während der Fermentation auf die Phosphorylierung auf Substratebene, bei der eine Phosphatgruppe von einem energiereichen phosphorylierten Substrat2auf Adenosin-Di-Phosphat (ADP) übertragen wird. Fermentierende Mikroorganismen spielen eine zentrale Rolle beim anaeroben Abbau organischer Stoffe, da sie Schlüsselfaktoren beim Substratabbau sind. Die primären Fermentationsprodukte, wie organischeSäuren, Alkohole, CO2 und H2, können anschließend von sekundären Fermentmikroorganismen zur Herstellung von Essigsäure, CO2 und H2 verwendet werden. Beispiele für Fermentationsprodukte sind Milchsäure, verschiedene flüchtige Fettsäuren (Formic-, Essig-, Propion-, Butyric-, Baldriansäure), n-Butanol, 2,3-Butandiol, Aceton und Ethanol.
Die Kultivierung von Mikroorganismen unter streng anaeroben Bedingungen erfordert völlig andere Methoden und Ausrüstungen als die Kultivierung von aeroben Organismen. Während sauerstofftolerante Organismen oft auf Agargerichten, sogenannten Oberflächenkulturen, kultiviert werden, ist dies - bis auf wenige Ausnahmen - für streng anaerobe Mikroorganismen kaum möglich. Daher werden Anreicherungskulturen streng anaeroben Mikroorganismen hauptsächlich in flüssigen Medien hergestellt, die Kulturgefäße auftragen, die mit gasdichten Septen versiegelt sind, die eine sauerstofffreieKopfraumatmosphäre4,6, 7.
Die aktuelle Protokollbeschreibung wird geeignete Anbaumethoden für Zielmikroorganismen einer gemischten Population aus einer anaeroben Biogasanlage enthalten. Die Isolation und Kultivierung reiner Kulturen ist noch schwieriger, aber nicht Teil dieser Arbeit.
Hier zeigen wir das Verfahren zur Kultivierung einer anaeroben mikrobiellen Gemeinschaft auf der Grundlage einer Studie über die Bildung von Phenylsäuren während der anaeroben Verdauung von proteinhaltigen Substraten8. Die mikrobielle Gemeinschaft bestand aus Mitgliedern aus allen vier Phasen der anaeroben Verdauung: Hydrolyse, Säuerung, Acetogenese und Methanogenese. Ein Mineralsalzmedium, ergänzt durch eine Kohlenstoffquelle, Redox-Indikator, Vitamin- und Spurenelementlösung, und Reduktionsmittel wurdeangewendet 9. Das Medium wurde mit den jeweiligen proteinhaltigen Phenylsäurevorläufersubstraten8geändert.