Integration von Bioinformatik-Ansätzen und experimentellen Validierungen, um die Rolle der Notch-Signalisierung bei Eierstockkrebs zu verstehen

Summary

Bioinformatik ist eine nützliche Möglichkeit, große Datensätze zu verarbeiten. Durch die Umsetzung von Bioinformatik-Ansätzen können Forscher schnell, zuverlässig und effizient aufschlussreiche Anwendungen und wissenschaftliche Entdeckungen erhalten. Dieser Artikel zeigt den Einsatz von Bioinformatik in der Eierstockkrebsforschung. Es validiert auch erfolgreich bioinformatische Erkenntnisse durch Experimente.

Abstract

Notch-Signalisierung ist ein hochkonservierter regulatorischer Weg, der an vielen zellulären Prozessen beteiligt ist. Dysregulation dieses Signalwegs führt oft zu Störungen in der richtigen Entwicklung und kann in bestimmten Fällen sogar zur Einleitung oder Progression von Krebs führen. Da dieser Weg komplexen und vielseitigen Funktionen dient, kann er durch viele verschiedene Ansätze ausgiebig untersucht werden. Davon bietet die Bioinformatik eine unbestreitbar kosteneffiziente, ansprechbare und benutzerfreundliche Methode. Bioinformatik ist eine nützliche Möglichkeit, kleinere Informationen aus großen Datensätzen zu extrahieren. Durch die Implementierung verschiedener Bioinformatik-Ansätze können Forscher diese großen Datensätze schnell, zuverlässig und effizient interpretieren und so aufschlussreiche Anwendungen und wissenschaftliche Entdeckungen liefern. Hier wird ein Protokoll zur Integration von bioinformatischen Ansätzen vorgestellt, um die Rolle der Notch-Signalisierung bei Eierstockkrebs zu untersuchen. Darüber hinaus werden bioinfordische Erkenntnisse durch Experimente validiert.

Introduction

Der Notch-Signalweg ist ein hochkonservierter Weg, der für viele Entwicklungsprozesse innerhalb biologischer Organismen wichtig ist. Kerb-Signalisierung hat gezeigt, dass eine bedeutende Rolle bei der Zellproliferation und Selbsterneuerung zu spielen, und Defekte in der Kerb Signalweg kann zu vielen Arten von Krebs^1,2,3,4,5,6führen. Unter bestimmten Umständen wurde der Notch-Signalweg sowohl mit Gewebewachstum und Krebs als auch mit Zelltod und Tumorsuppression in Verbindu....

Protocol

1. Vorhersage klinischer Ergebnisse aus Genomprofilen (PRECOG)

HINWEIS: Das PRECOG-Portal (precog.stanford.edu) greift auf öffentlich verfügbare Daten aus 165 Krebsexpressions-Datensätzen zu, einschließlich Genexpressionsniveaus und klinischen Ergebnissen der Patienten¹⁷. Es bietet speziell die Meta-u2012Z-Analyse, die große Datensätze enthält, um Z-u2012scores verschiedener Gene in 39 Krebsarten bereitzustellen, um das Gesamtüberleben des Patienten anzuzeigen. Schlechte und gute Überlebensraten werden durch positive bzw. negative Z-2012score-Werte angezeigt.

1. Erstellen Sie ein Konto mit einer akademischen v....

Results

Mit dem in Schritt 1 genannten Verfahren wurden die Z-Scores von NOTCH2, NOTCH3und MAML1 bei Eierstockkrebs (1.3, 2.32, 1.62) erhalten. Die negativen Z-2012score-Werte deuten auf das schlechte Gesamtüberleben von Patienten mit hohem Expressionsniveau der drei Gene hin. Mit der bedingten Formatierung der Tabellenkalkulationssoftware werden die Werte von Z-u2012score in einem farbigen Balkendiagramm in Abbildung 1dargestellt.

Discussion

Da es unzählige Ansätze und Methoden für den Einsatz von Bioinformatik gibt, stehen der breiten Öffentlichkeit zahlreiche Datenbanken online zur Verfügung. Aus jeder dieser Datenbanken kann eine Fülle von Informationen extrahiert werden, aber einige eignen sich am besten für bestimmte Zwecke, wie z. B. die Beurteilung des Überlebens von Patienten auf der Grundlage bestimmter Inputs. Systematische Analysen von abgerufenen Daten aus verschiedenen einzelnen Datenbanken können überzeugende wissenschaftliche Erkenntnisse lief.......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
DAPI (4',6-Diamidino-2-phenylindole, Dihydrochlorid)	Invitrogen	D1306	1:1000 Verdünnung
PBS, phosphatgepufferte Kochsalzlösung, 10X Pulver, pH 7,4	ThermoFisher	FLBP6651	Gelöst mit ddH2O, um 1X PBS
Ziegenserum	herzustellen Gibco	16210064	Serum
Embryoschale	Elektronenmikroskopie Sciences	70543-45	Sezierschale
Nutatormischer	Fisherbrand	88861041	Nutator
tj-Gal4, Gal80ts/ CyO; UAS-NICD-GFP/ TM6B	Dr. Wu-Min Deng an der Florida State University	N/A	Fliegenbestand
w*; UAS-mam.A	Bloomington Drosophila Stock Center	#27743	Fliegenbestand
mit [1118]	Bloomington Drosophila Stock Center	#5905	Fliegenbestand
Das PRECOG-Portal	Stanford University	precog.stanford.edu	Öffentlich zugängliche Datenbank mit Krebsexpressionsdatensätzen
CSIOVDB	Cancer Science Institute of Singapore	csibio.nus.edu.sg/CSIOVDB/CSIOVDB.html	Microarray-Datenbank zur Untersuchung von Eierstockkrebs
The Gene Expression across Normal and Tumor Tissue (GENT) Portal	Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)	medical– genome.kribb.re.kr/GENT	Öffentlich zugängliche Datenbank mit Genexpressionsdaten in verschiedenen Geweben, unterteilt in Tumor- und Normalgewebe.
Broad Institute Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)	Broad Institute und die Novartis Institutes for BioMedical Research	portals.broadinstitute.org/ccle	Bietet genomische Profile und Mutationen menschlicher Krebszelllinien
cBioPortal	Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK)	cioportal.org	Portal, das es Forschern ermöglicht, nach genetischen Veränderungen und Signalnetzwerken
zu suchenZeiss 710 Inverses Konfokalmikroskop	Carl Zeiss	ID #M 210491	Untersuchung und Bildsammlung von fluoreszenzmarkierten Proben