Methodenartikel

Genetischer Variantennachweis im CALR-Gen mittels hochauflösender Schmelzanalyse

DOI:

10.3791/61642

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26. August 2020

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1Department of Hematology, University Medical Centre Ljubljana, 2Clinical Institute for Genomic Medicine, University Medical Centre Ljubljana, 3Faculty of Pharmacy, University of Ljubljana

In diesem Artikel

Zusammenfassung

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Die hochauflösende Schmelzanalyse (HRM) ist eine empfindliche und schnelle Lösung für den genetischen Variantennachweis. Es hängt von Sequenzunterschieden ab, die dazu führen, dass Heteroduplexe die Form der Schmelzkurve verändern. Durch Kämmen von HRM und Agarosegelelektrophorese können verschiedene Arten von genetischen Varianten wie Indels identifiziert werden.

Zusammenfassung

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Die hochauflösende Schmelzanalyse (HRM) ist eine leistungsstarke Methode für die Genotypisierung und das Scannen genetischer Variationen. Die meisten HRM-Anwendungen hängen von sättigenden DNA-Farbstoffen ab, die Sequenzunterschiede erkennen, und Heteroduplexen, die die Form der Schmelzkurve verändern. Eine ausgezeichnete Instrumentenauflösung und eine spezielle Datenanalysesoftware sind erforderlich, um die kleinen Schmelzkurvenunterschiede zu identifizieren, die eine Variante oder einen Genotyp identifizieren. Verschiedene Arten von genetischen Varianten mit unterschiedlichen Häufigkeiten können im Gen speziell für Patienten mit einer bestimmten Krankheit, insbesondere Krebs, und im CALR-Gen bei Patienten mit Philadelphia-Chromosom-negativen myeloproliferativen Neoplasmen beobachtet werden. Einzelne Nukleotidveränderungen, Insertionen und/oder Deletionen (Indels) im interessierenden Gen können durch die HRM-Analyse nachgewiesen werden. Die Identifizierung verschiedener Arten von genetischen Varianten basiert hauptsächlich auf den Kontrollen, die im qPCR-HRM-Assay verwendet werden. Mit zunehmender Produktlänge wird der Unterschied zwischen Wildtyp- und Heterozygotenkurven jedoch kleiner und die Art der genetischen Variante ist schwieriger zu bestimmen. Wenn Indels die vorherrschende genetische Variante sind, die im interessierenden Gen erwartet wird, kann daher eine zusätzliche Methode wie die Agarosegelelektrophorese zur Klärung des HRM-Ergebnisses verwendet werden. In einigen Fällen muss ein nicht schlüssiges Ergebnis durch Standard-Sanger-Sequenzierung erneut überprüft / erneut diagnostiziert werden. In dieser retrospektiven Studie wandten wir die Methode auf JAK2 V617F-negative Patienten mit MPN an.

Einleitung

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Somatische genetische Varianten im Calreticulin-Gen (CALR) wurden 2013 bei Patienten mit myeloproliferativen Neoplasmen (MPN) wie essentieller Thrombozythämie und primärer Myelofibrose erkannt1,2. Seitdem wurden mehr als 50 genetische Varianten im CALR-Gen entdeckt, die eine +1 (−1+2) Frameshift3induzieren. Die beiden häufigsten CALR-Genvarianten sind eine 52 bp Deletion (NM_004343.3 (CALR):c.1099_1150del52, p.(Leu367Thrfs*46)), auch Typ-1-Mutation genannt, und eine 5 bp Insertion (NM_004343.3 (CALR):c.1154_1155insTTGTC, p.(Lys385Asnfs*47)), auch Typ-2-Mutation genannt. Diese beiden genetischen Varianten machen 80% aller CALR-Genvarianten aus. Die anderen wurden als Typ 1-ähnlich oder Typ 2-ähnlich klassifiziert, wobei Algorithmen verwendet wurden, die auf der Erhaltung einer α Helix in der Nähe des Wildtyps CALR4basieren. Hier stellen wir eine der hochempfindlichen und schnellen Methoden zum CALR-Genvariantennachweis vor, die Hochauflösende Schmelzanalysemethode (HRM). Diese Methode ermöglicht den schnellen Nachweis genetischer Varianten vom Typ 1 und Typ 2, die die Mehrheit der CALR-Mutationen ausmachen5. HRM wurde 1997 in Kombination mit der Echtzeit-»Polymerase-Kettenreaktion« (qPCR) als Werkzeug zum Nachweis der Mutation im Faktor V Leiden6eingeführt. Im Vergleich zur Sanger-Sequenzierung, die die goldene Standardtechnik darstellt, ist HRM eine empfindlichere und weniger spezifische Methode5. Die HRM-Methode ist eine gute Screening-Methode, die eine schnelle Analyse einer großen Anzahl von Proben mit einem großen Kosten-Nutzen-Verhältnis ermöglicht5. Es ist eine einfache PCR-Methode, die in Gegenwart eines Fluoreszenzfarbstoffs durchgeführt wird und keine spezifischen Fähigkeiten erfordert. Ein weiterer Vorteil ist, dass das Verfahren selbst die analysierte Probe nicht beschädigt oder zerstört, so dass wir die Probe für die Elektrophorese oder Sanger-Sequenzierung nach dem HRM-Verfahren wiederverwendenkönnen 7. Der einzige Nachteil ist, dass es manchmal schwierig ist, die Ergebnisse zu interpretieren. Darüber hinaus erkennt HRM die genaue Mutation bei Patienten mit Nicht-Typ-1- oder Typ-2-Mutationen nicht8. Bei diesen Patienten sollte eine Sanger-Sequenzierung durchgeführt werden (Abbildung 1).

HRM basiert auf der Amplifikation der spezifischen DNA-Region in Gegenwart von sättigendem DNA-Fluoreszenzfarbstoff, der in doppelsträngige DNA (dsDNA) eingebaut wird. Der Fluoreszenzfarbstoff emittiert Licht, wenn er in die dsDNA eingebaut wird. Nach einem fortschreitenden Temperaturanstieg zerfällt dsDNA in einzelsträngige DNA, die auf der Schmelzkurve als plötzliche Abnahme der Fluoreszenzintensität nachgewiesen werden kann. Die Form der Schmelzkurve hängt von der DNA-Sequenz ab, die zum Nachweis der Mutation verwendet wird. Schmelzkurven von Proben werden mit Schmelzkurven bekannter Mutationen oder Wildtyp-CALR verglichen. Unterschiedliche Schmelzkurven stellen eine andere Mutation dar, die nicht Typ 1 oder Typ 2ist 9.

Der Algorithmus für den somatischen genetischen Variantennachweis im CALR-Gen durch HRM, Agarosegelelektrophorese und Sequenzierungsmethode ( Abbildung 1 ) wurde in der vor10veröffentlichten retrospektiven Studie verwendet und validiert.

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Protokoll

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Die Studie wurde vom Komitee für medizinische Ethik der Republik Slowenien genehmigt. Alle Verfahren standen im Einklang mit der Erklärung von Helsinki.

1. Fluoreszenzbasierte quantitative real-time PCR (qPCR) und Post-qPCR-Analyse mittels HRM

  1. Resuspend Primer, die in der Materialtabelle aufgeführt sind, auf 100 μM mit sterilem, RNase- und DNase-freiemH2O(siehe Materialtabelle). Machen Sie einen 10 μM Arbeitskonzentrationsprimer. Die im Protokoll verwendeten Primer wurden vor2veröffentlicht.
  2. Quantifizieren Sie Granulozyten-DNA durch die Fluoreszenzfärbungsmethode gemäß der Herstelleranweisung11 (siehe Materialtabelle). Bereiten Sie eine 20 ng /μL DNA-Lösung mit 10 mM Tris-Cl, 0,5 mM EDTA, pH 9,0 vor (siehe Materialtabelle).
    1. Bereiten Sie zusätzlich zu dna-Proben mindestens drei DNA-Kontrollen vor: zwei Positivkontrollen mit dem NM_004343.3 (CALR): c.1099_1150del52, p.(Leu367Thrfs*46) (52 bp Deletion oder Typ-1-Mutation) und NM_004343.3 (CALR): c.1154_1155insTTGTC, P.(Lys385Asnfs*47) (5 bp Insertion oder Typ-2-Mutation) genetische Variante, sowie Wildtyp-DNA und Negativkontrolle als Non-Template (NTC) Kontrolle.
      HINWEIS: Vergewissern Sie sich vor der HRM-Einrichtung, dass das qPCR-Gerät für HRM-Experimente kalibriert ist.
  3. Bereiten Sie qPCR HRM Master Mix gemäß Herstellerprotokoll (siehe Materialtabelle)wie folgt vor: 10 μL 2x qPCR Master Mix mit Farbstoff, 0,2 μL 10 μM Forward Primer, 0,2 μL 10 μM Reverse Primer, 8,6 μL steriles, RNase- und DNasefreies H2O. Verwenden Sie die Primer aus der Materialtabelle. Führen Sie drei Replikate für jede DNA-Probe und -Kontrolle durch.
    1. Bereiten Sie den qPCR HRM Master Mix entsprechend der Anzahl der zu verarbeitenden Proben vor. Beziehen Sie ein Überschussvolumen von mindestens 10% in die Berechnungen ein, um ein Überschussvolumen für den Verlust bereitzustellen, der bei Reagenzientransfers auftritt.
  4. Mischen Sie den Reaktionsinhalt durch vorsichtiges Klopfen und Invertieren des Röhrchens und Wirbeln für 2-3 s. Sammeln Sie alle verstreuten Tröpfchen von der Wand der Röhre bis zum Boden durch eine kurze Drehung.
  5. Bereiten Sie eine Reaktionsplatte vor, die für das Instrument und das HRM-Experiment geeignet ist (siehe Tabelle der Materialien). Übertragen Sie 19 μL des qPCR HRM Master Mix in die entsprechenden Vertiefungen der optischen Reaktionsplatte mit 96 Wellen.
  6. Pipettieren Sie 1 μL der Negativkontrollen, Positivkontrollen und Proben in die entsprechenden Vertiefungen der optischen Reaktionsplatte. Für die NTC werden 1 μL steriles, RNase- und DNase-freiesH2O, das zur Herstellung des qPCR HRM Master Mix verwendet wird, anstelle von DNA übertragen.
  7. Verschließen Sie die Reaktionsplatte mit der optischen Klebefolie. Tun Sie es fest, um eine Verdunstung während des Laufs zu verhindern. Überprüfen Sie, ob der optische Klebefilm über alle Vertiefungen in der Reaktionsplatte ebener ist, um eine korrekte Fluoreszenzdetektion sicherzustellen.
  8. Drehen Sie die Reaktionsplatte bei 780 x g bei Raumtemperatur (RT) für 1 Minute. Überprüfen Sie, ob sich die Flüssigkeit am Boden der Vertiefungen in der Reaktionsplatte befindet. Fahren Sie mit dem Ausführen des Assays fort.
    HINWEIS: Das Protokoll kann hier angehalten werden. Lagern Sie die Platte bei 4 °C für nicht mehr als 24 h. Lassen Sie die bei 4 °C gelagerte Platte auf RT erwärmen und drehen Sie die Platte dann kurz, bevor Sie sie laufen lassen.
  9. Bereiten Sie gemäß den Anweisungen des Herstellers den Lauf vor und starten Sie ihn, um die DNA zu amplifizieren und zu schmelzen und HRM-Fluoreszenzdaten im qPCR-Instrument zu generieren. Ordnen Sie in der Gerätesystemsoftware die Steuerungen und Proben den entsprechenden Vertiefungen zu.
  10. Ändern Sie für den Nachweis der genetischen CALR-Variante das Standard-Instrumentenamplifikationsprotokoll und amplifizieren Sie die DNA mithilfe des folgenden thermischen Zyklusprotokolls: 95 °C für 10 Minuten, gefolgt von 50 Zyklen von 95 °C für 10 s und 62,5 °C für 60 s.
  11. Führen Sie die Schmelzekurve/Dissoziationsstufe (HRM) unmittelbar nach der qPCR gemäßherstellerseitiger Anleitung 12 wie folgt durch: 95 °C für 10 s, 60 °C für 1 min und dann eine Rampenrate von 0,025 °C/s bis 95 °C. Halten Sie die Temperatur bei 95 °C für 15 s und bei 60 °C für 15 s.
  12. Der Lauf endet automatisch. Überprüfen und verifizieren Sie zunächst das Verstärkungsdiagramm (Abbildung 2).
  13. Wählen Sie im Experimentmenü der Gerätesystemsoftware die Option Verstärkungsdiagramm aus. Wenn keine Daten angezeigt werden, klicken Sie auf die grüne Schaltfläche Analysieren.
    1. Wählen Sie auf der Registerkarte Verstärkungsdiagramm im Dropdown-Menü Diagrammtyp das Diagramm aus, in dem die Verstärkungsdaten als rohe Fluoreszenzmesswerte angezeigt werden, die von der passiven Referenz (ΔRn) als Funktion der Zyklusnummer (ΔRn vs. Zyklus) auf die Fluoreszenz normiert wurden. Wählen Sie im Dropdown-Menü Plotfarbe die Option Beispielaus.
  14. Wählen Sie im Dropdown-Menü Diagrammtyp den Diagrammtyp für die lineare Verstärkung aus. Zeigen Sie den Start- und Endzyklus der Baseline im diagramm zur linearen Verstärkung an, indem Sie die Option Baseline-Start auswählen. Stellen Sie sicher, dass die Baseline korrekt festgelegt ist. Der Endzyklus sollte einige Zyklen vor der Zyklusnummer eingestellt werden, in der ein signifikantes Fluoreszenzsignal erkannt wird. Die Baseline wird in der Regel von 3 bis 15 Zyklen festgelegt (Abbildung 2).
  15. Wählen Sie im Dropdown-Menü Diagrammtyp den Verstärkungsdiagrammtyp log10 aus. Zeigen Sie die Schwellenwertlinie im Diagramm an, indem Sie die Option Schwellenwert auswählen. Passen Sie den Schwellenwert entsprechend an, wenn er nicht richtig eingestellt ist. Der korrekt eingestellte Schwellenwert bedeutet, dass die Schwellenwertlinie die exponentielle Phase der qPCR-Kurven kreuzt (Abbildung 2).
  16. Stellen Sie sicher, dass normale Amplifikationskurven in allen Proben- und Positivkontrollbohrungen vorhanden sind. Stellen Sie sicher, dass vor Zyklus 40 keine Verstärkung in den NTC-Vertiefungen vorhanden ist. Ein normales Amplifikationsdiagramm zeigt einen exponentiellen Anstieg der Fluoreszenz, der den Schwellenwert zwischen den Zyklen 15 und 35 überschreitet (Abbildung 2). Schließen Sie die Probenbohrungen von der Analyse aus, wenn in der Bohrlochposition keine Amplifikation vorliegt.
    HINWEIS: Wenn das Amplifikationsdiagramm abnormal aussieht oder das NTC-Well die Verstärkung anzeigt, identifizieren und beheben Sie das Problem gemäß der Fehlerbehebungsanleitung des Herstellers.
  17. Schließen Sie den Ausreißer mit dem Cq-Wert (Quantification Cycle) aus, der sich von Replikaten um mehr als 2 in der Gerätesystemsoftware12unterscheidet. Die Ausreißer können zu fehlerhaften HRM-Ergebnissen führen.
  18. Überprüfen Sie in den abgeleiteten Schmelzekurven die Bereiche/Temperaturlinien vor und nach der Schmelze. Die Regionen vor und nach der Schmelze sollten sich in einem flachen Bereich befinden, in dem es keine großen Spitzen oder Steigungen in den Fluoreszenzwerten gibt (Abbildung 3). Bei Bedarf passen Sie es entsprechend an. Setzen Sie den Start und Stopp der Temperaturlinien vor und nach der Schmelze etwa 0,5 °C voneinander entfernt auf (Abbildung 3). Starten Sie die Analyse neu, wenn die Parameter durch Klicken auf die Schaltfläche Analysieren angepasst werden.
  19. Wählen Sie auf der Registerkarte Differenzdiagramm auf der Registerkarte Diagrammeinstellungen eines der Wildtyp-Steuerelemente (homozygot) als Referenz-DNA aus, und starten Sie die Analyse neu, indem Sie auf die Schaltfläche Analysieren klicken.
  20. Bestätigen Sie auf der Registerkarte ausgerichtete Schmelzkurven, dass alle Positivkontrollen den richtigen Genotyp aufweisen und NTC nicht verstärkt werden konnte (Abbildung 4). Wählen Sie aus der Bohrlochtabelle die Vertiefungen aus, die eine Positivkontrolle enthalten, um die entsprechende Schmelzkurve in den Analysediagrammen hervorzuheben. Vergewissern Sie sich, dass die Farbe der Linie dem richtigen Genotyp entspricht. Wiederholen Sie die Schritte für die Vertiefungen, die die anderen Positivkontrollen und NTC enthalten.
  21. Überprüfen Sie auf der Registerkarte ausgerichtete Schmelzkurven sorgfältig die Diagrammanzeigen für die unbekannten Proben, und vergleichen Sie sie mit den Diagrammanzeigen für Steuerelemente (Abbildung 4). Wählen Sie aus der Bohrlochtabelle die Vertiefungen aus, die die unbekannten Probenreplikate enthalten, überprüfen Sie die Farbe der Schmelzekurve und richten Sie sie in einer geordneten Reihenfolge an den Kontrollen aus, indem Sie die Vertiefungen mit positiven Kontrollen nacheinander auswählen. Wiederholen Sie den Vorgang für alle unbekannten Beispiele.
    HINWEIS: Die unbekannte Probe enthält die Variante einer der Kontrollen, wenn ihre Schmelzkurve eng darauf ausgerichtet ist. Verschiedene Variantengruppen (verschiedene Farben) könnten angezeigt werden, was darauf hinweist, dass die unbekannte Stichprobe aus einer unbekannten Variante besteht, die nicht den Steuerelementen entspricht (Abbildung 8). Ein geringes Niveau der somatischen genetischen Variante kann in der Probe des Patienten vorhanden sein. Dies könnte die Interpretation des HRM-Ergebnisses beeinflussen, insbesondere an der Nachweisgrenze des Assays (Abbildung 9). In diesen Fällen könnte die Farbe oder sogar die Form der Linie der des Wildtyp-Genotyps sehr ähnlich sein.
    1. Wenn das Ergebnis nicht schlüssig ist, kombinieren Sie die HRM-Ergebnisse mit den Ergebnissen der Agarosegelelektrophorese und Sequenzierungsmethoden. Testen Sie das Beispiel erneut oder fordern Sie es an, und testen Sie bei Bedarf ein neues Beispiel erneut.
    2. Überprüfen Sie den Datensatz sorgfältig auf Replikationskurven, und stellen Sie sicher, dass die Ausrichtung jedes Replikats innerhalb der Gruppe eng ist. Schließen Sie das Replikat aus, wenn es nicht eng mit den anderen Stichproben in der Gruppe ausgerichtet ist (Ausreißer). Testen Sie die Stichprobe erneut, wenn weitere Ausreißer vorhanden sind und die Ergebnisse nicht schlüssig sind. Beachten Sie, dass die Quantität und Qualität der DNA-Probe die HRM-Ergebnisse beeinflussen.
  22. Analysieren Sie das Ergebnis für die unbekannte Probe auf der Registerkarte Differenzdiagramm. Wiederholen Sie das in Schritt 1.21 beschriebene Verfahren, und überprüfen Sie, ob die für die unbekannte Probe erhaltenen Ergebnisse identisch sind.
  23. Führen Sie dann die qPCR HRM-Produkte auf dem Agarosegel aus.
    HINWEIS: Das Protokoll kann hier angehalten werden. Lagern Sie die Platte bei 4 °C nicht länger als 24 Stunden oder bei -20 °C für einen längeren Zeitraum, jedoch nicht länger als 7 Tage. Lassen Sie die bei 4 °C gelagerte Platte auf RT erwärmen und drehen Sie die Platte dann kurz, bevor Sie sie laufen lassen. Lassen Sie die bei - 20 °C gelagerte Platte auftauen und auf RT erwärmen, und drehen Sie die Platte dann kurz, bevor Sie sie laufen lassen.

2. Agarose-Gel-Elektrophorese

  1. Führen Sie qPCR HRM-Produkte auf einem 4% igen Agarose-Vorgussgel, das eine fluoreszierende Nukleinsäurefärbung enthält, unter Verwendung des geeigneten Gelelektrophoresesystems (siehe Materialtabelle, Abbildung 5). Führen Sie nur eine positive, negative, NTC- und Stichproben-qPCR-HRM-Replikation aus.
    HINWEIS: Handschuhe sollten immer beim Umgang mit Gelen getragen werden. Jedes andere Gelelektrophoresesystem kann diesen Zweck erfüllen, wenn der äquivalente Agaroseanteil, die fluoreszierende Nukleinsäurefärbung und das Well-Format gewählt werden.
  2. Führen Sie das Gelelektrophoresesystem gemäß dem Protokoll des Herstellers aus (siehe Materialtabelle). Entfernen Sie das vorgegossene Gel in der Kassette aus der Verpackung, entfernen Sie den Kamm und legen Sie es gemäß den Anweisungen des Herstellers in das Gerät ein (siehe Materialtabelle).
    HINWEIS: Laden Sie das Gel innerhalb von 15 Minuten nach dem Öffnen der Packung ein.
  3. Verdünnen Sie eine 10 μL-Probe auf 20 μL mit sterilem, RNase- und DNase-freiemH2O. Laden Sie jede Vertiefung mit 20 μL verdünnter Probe auf.
  4. Verdünnen Sie 3 μL DNA-Größenstandardlösung auf 20 μL mit sterilem, RNase- und DNase-freiemH2O(siehe Materialtabelle). Laden Sie die M-Vertiefung mit 20 μL verdünnter DNA-Standardlösung (Abbildung 6).
  5. Füllen Sie alle leeren Vertiefungen mit 20 μL sterilem, RNase- und DNase-freiemH2O.
  6. Wählen Sie sofort das Programm entsprechend dem Prozentsatz des gels aus, das ausgeführt wird, und stellen Sie die Laufzeit am Gerät auf 10 Minuten ein.
  7. Starten Sie die Elektrophorese innerhalb von 1 Minute nach dem Laden der Probe, indem Sie die GO-Taste drücken. Die Elektrophoresezeit kann verlängert werden, wenn eine unzureichende Auflösung erreicht wird.
    HINWEIS: Überschreiten Sie nicht die maximal empfohlene Agaroseelektrophorese-Laufzeit gemäß den Anweisungen des Herstellers.
  8. Wenn die Elektrophorese abgeschlossen ist, visualisieren Sie dna im Gel mit einer Blaulicht- oder UV-Transillumination. Die Visualisierung, Analyse und Speicherung der Elektrophoresebilder erfolgt meist durch einen Gel-Imager mit Fotodokumentationssystem (Abbildung 5).
  9. Analysieren und interpretieren Sie das visualisierte qPCR HRM-Produktgelmuster, indem Sie die Ergebnisse der unbekannten Probe mit Positivkontrollen vergleichen (Abbildung 7 und Abbildung 8).
  10. Wenn die Ergebnisse der unbekannten Probe-HRM und der Gelelektrophorese darauf hindeuten, dass eine unbekannte genetische Variante vorhanden ist, sequenzieren Sie das qPCR-HRM-Produkt unter Verwendung von Primern, die in der Materialtabelle gemäß dem in13beschriebenen Protokoll beschrieben sind.
    ACHTUNG: Die Agarosegele, die einen fluoreszierenden Nukleinsäurefleck enthalten, müssen gemäß den Vorschriften der Institution ordnungsgemäß entsorgt werden.

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Ergebnisse

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Die erfolgreich amplifizierte DNA-Region von Interesse mit einem exponentiellen Anstieg der Fluoreszenz, der die Schwelle zwischen den Zyklen 15 und 35 überschreitet, und sehr engen Werten des Quantifizierungszyklus (Cq) in allen replizierten Proben und Kontrollen (Abbildung 2) ist eine Voraussetzung für die zuverlässige Identifizierung genetischer Varianten durch HRM-Analyse. Dies wird durch eine präzise Bestimmung der DNA mit Fluoreszenzfärbung und einer gleichen Menge an DNA im qPCR HRM-E...

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Diskussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Das hochauflösende Schmelzen von DNA ist eine einfache Lösung für die Genotypisierung und das Scannen genetischer Varianten14. Es hängt von Sequenzunterschieden ab, die zu Heteroduplexen führen, die die Form der Schmelzkurve verändern. Verschiedene Arten von genetischen Varianten mit unterschiedlichen Häufigkeiten können in dem Gen beobachtet werden, das für eine bestimmte Gruppe von Patienten mit Krebsspezifisch ist 1,2,

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Offenlegungen

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Die Autoren haben keine Interessenkonflikte offenzulegen.

Danksagungen

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Die Autoren danken allen akademischen Experten und Mitarbeitern des Spezialisierten Hämatologielabors, Abteilung für Hämatologie, Abteilung für Innere Medizin, Universitätsklinikum Ljubljana.

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Materialien

Liste der in diesem Artikel verwendeten Materialien
NameUnternehmenKatalognummerKommentare
E-Gel EX 4% AgaroseInvitrogen, Thermo Fischer ScientificG401004
Fuorometer 3.0 QUBITInvitrogen, Thermo Fischer ScientificQ33216
Invitrogen E-Gel iBase und E-Gel Safe Imager Combo KitInvitrogen, Thermo Fischer ScientificG6465EU
MeltDoctor HRM MasterMix 2XApplied Biosystem, Thermo Fischer Scientific4415440Komponenten: AmpliTaqGold 360 DNA-Polymerase, MeltDoctor Trade HRM-Farbstoff, dNTP-Mischung einschließlich dUTP, Magnesiumsalze und andere Pufferkomponenten, präzise formuliert, um optimale HRM-Ergebnisse zu erzielen
MicroAmp Fast 96-Well-Reaktionsplatte (0,1 ml)Applied Biosystems, Thermo Fischer Scientific4346907
MicroAmp Optischer KlebefilmApplied Biosystems, Thermo Fischer Scientific4311971
NuGeniusSyngeneNG-1045Gel-Dokumentationssysteme
Primer CALRex9 ForwardEurofins GenomicsSequenz: 5'GGCAAGGCCCTGAGGTGT'3 (hochrein, salzfrei)
Primer CALRex9 ReverseEurofins GenomicsSequenz: 5'GGCCTCAGTCCAGCCCTG'3 (hochrein, salzfrei)
QIAamp DNA Mini KitQIAGEN51306DNA-Isolationskit mit dem Puffer für die DNA-Verdünnung.
Qubit Assay TubesInvitrogen, Thermo Fischer ScientificQ32856
QUBIT dsDNA HS AssayInvitrogen, Thermo Fischer ScientificQ32854
Trackit 100bp DNA LadderInvitrogen, Thermo Fischer Scientific10488058Ladder besteht aus 13 einzelnen Fragmenten mit den Referenzbanden bei 2000, 1500 und 600 bp.
ViiA7 Real-Time PCR SystemApplied Biosystems, Thermo Fischer Scientific4453534
Wasser nukleasefreiVWR, Life Science436912CRNase-, DNase- und Proteasefreies Wasser

Referenzen

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Schlagwörter

Myeloproliferative NeoplasienJAK2 V617FAgarose GelelektrophoreseqPCR HRM AssaySchmelzkurvenanalyseGenetisches ScreeningSomatische Mutationen

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