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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Wir berichten über einen einfachen, zeiteffizienten und auf Fluoreszenzspektroskopie basierenden Hochdurchsatz-Assay zur Quantifizierung von Aktinfilamenten in ex vivo biologischen Proben aus Hirngeweben von Nagetieren und menschlichen Probanden.
Actin, der Hauptbestandteil des Zytoskeletts, spielt eine entscheidende Rolle bei der Aufrechterhaltung der neuronalen Struktur und Funktion. Unter physiologischen Zuständen tritt Aktin im Gleichgewicht in seinen zwei Formen auf: monomeres kugelförmiges (G-Aktin) und polymerisiertes Filament (F-Aktin). An den synaptischen Terminals bildet das Aktin-Zytoskelett die Grundlage für kritische prä- und postsynaptische Funktionen. Darüber hinaus sind dynamische Veränderungen des Aktinpolymerisationsstatus (Interkonversion zwischen kugelförmigen und filamentösen Formen von Aktin) eng mit plastizitätsbedingten Veränderungen der synaptischen Struktur und Funktion verbunden. Wir berichten hier über eine modifizierte fluoreszenzbasierte Methodik zur Beurteilung des Polymerisationsstatus von Aktin unter Ex-vivo-Bedingungen. Der Assay verwendet fluoreszierend markiertes Phalloidin, ein Phallotoxin, das spezifisch an Aktinfilamente (F-Actin) bindet und ein direktes Maß für polymerisiertes filamentöses Aktin liefert. Als Proof of Principle liefern wir den Nachweis für die Eignung des Assays sowohl in Nagetier- als auch in postmortalen menschlichen Hirngewebehomogenaten. Mit Latrunculin A (einem Medikament, das Aktinfilamente depolymerisiert) bestätigen wir den Nutzen des Assays bei der Überwachung von Veränderungen der F-Aktinspiegel. Darüber hinaus erweitern wir den Assay auf biochemische Fraktionen isolierter synaptischer Terminals, wobei wir eine erhöhte Aktinpolymerisation bei Stimulation durch Depolarisation mit hohem extrazellulärem K+bestätigen.
Cytoskelettprotein Aktin ist an mehreren zellulären Funktionen beteiligt, einschließlich struktureller Unterstützung, zellulärem Transport, Zellmotilität und -teilung. Aktin kommt im Gleichgewicht in zwei Formen vor: monomeres kugelförmiges Aktin (G-Aktin) und polymerisiertes filamentöses Aktin (F-Aktin). Schnelle Veränderungen im Polymerisationsstatus von Aktin (Interkonversion zwischen seinen G- und F-Formen) führen zu einem schnellen Auf- und Abbau von Filamenten und liegen seiner regulatorischen Rolle in der Zellphysiologie zugrunde. Aktin bildet den Hauptbestandteil der neuronalen Zytoskelettstruktur und beeinflusst ein breites Spektrum neuronaler Funktionen1,2. Bemerkenswert ist, dass das Aktin-Zytoskelett ein integraler Bestandteil der strukturellen Plattform der synaptischen Terminals ist. Als solches ist es eine wichtige Determinante der synaptischen Morphogenese und Physiologie und spielt eine grundlegende Rolle bei der Kontrolle der Größe, Anzahl und Morphologie der Synapsen3,4,5. Insbesondere die dynamische Aktinpolymerisation-Depolymerisation ist eine Schlüsseldeterminante des synaptischen Umbaus, der mit der synaptischen Plastizität verbunden ist, die den Gedächtnis- und Lernprozessen zugrunde liegt. Tatsächlich hängen sowohl präsynaptische (wie Neurotransmitterfreisetzung6,7,8,9,10) als auch postsynaptische Funktionen (plastizitätsbezogene dynamische Umgestaltung11,12,13,14) kritisch von dynamischen Veränderungen des Polymerisationsstatus des Aktin-Zytoskeletts ab.
Unter physiologischen Bedingungen werden die F-Aktinspiegel dynamisch und eng durch einen multimodalen Weg reguliert, der posttranslationale Modifikation4,15,16 sowie Aktin-bindende Proteine (ABPs)4,17umfasst . ABPs können die Aktindynamik auf mehreren Ebenen beeinflussen (z. B. Initiierung oder Hemmung der Polymerisation, Induktion von Filamentverzweigungen, Durchtrennen von Filamenten in kleinere Stücke, Förderung der Depolymerisation und Schutz vor Depolymerisation) und stehen wiederum unter einer strengen modulatorischen Kontrolle, die empfindlich auf verschiedene extra- und intrazelluläre Signalereagiert 18,19,20. Solche regulatorischen Kontrollen auf mehreren Ebenen diktieren eine strenge Regulierung der Aktindynamik am synaptischen Zytoskelett und verfeinern prä- und postsynaptische Aspekte der neuronalen Physiologie sowohl im basalen als auch im aktivitätsinduzierten Zustand.
Angesichts der wichtigen Rolle von Aktin in der neuronalen Physiologie ist es nicht verwunderlich, dass mehrere Studien Hinweise auf Veränderungen der Aktindynamik als kritische pathogene Ereignisse im Zusammenhang mit einer Vielzahl von neurologischen Störungen wie Neurodegeneration, psychischen Erkrankungen sowie neurologischen Entwicklungsbeschwerden erbracht haben3,21,22,23,24,25,26,27. Trotz der Fülle von Forschungsdaten, die auf eine Schlüsselrolle von Aktin in der neuronalen Physiologie und Pathophysiologie hinweisen, bestehen jedoch noch erhebliche Lücken im Verständnis der Aktindynamik, insbesondere am synaptischen Zytoskelett. Weitere Forschungsstudien sind erforderlich, um ein besseres Verständnis von neuronalem Aktin und seinen Veränderungen unter pathologischen Bedingungen zu haben. Ein Schwerpunkt in diesem Zusammenhang ist die Beurteilung des Aktinpolymerisationsstatus. Es gibt kommerzielle Kits auf Basis von Western Blotting (G-Actin / F-Actin in vivo Assay biochemisches Kit; Cytoskeleton SKU BK03728,29) und hausgemachte Assays zur Beurteilung der F-Aktin-Spiegel6. Da diese jedoch eine biochemische Isolierung von F-Aktin und G-Aktin erfordern und ihre anschließende Quantifizierung auf Immunblotting-Protokollen basiert, können sie zeitaufwändig sein. Wir berichten hier über einen auf Fluoreszenzspektroskopie basierenden Assay, der aus einer früheren Studie30 mit Modifikationen angepasst wurde, die verwendet werden können, um sowohl den basalen Gehalt an F-Aktin als auch dynamische Veränderungen in seiner Montage-Demontage zu bewerten. Insbesondere haben wir das ursprüngliche Protokoll, das Proben erfordert, die für eine 1-ml-Küvette geeignet sind, effizient auf das aktuelle 96-Well-Plattenformat modifiziert. Das modifizierte Protokoll hat daher die für den Assay erforderliche Gewebe-/Probenmenge deutlich reduziert. Darüber hinaus liefern wir den Nachweis, dass das Protokoll nicht nur für Hirngewebehomogenate, sondern auch für subzelluläre Fraktionen wie isolierte synaptische Terminals (Synaptosomen und Synaptoneurosomen) geeignet ist. Schließlich kann der Assay für frisch seziertes Nagetier-Hirngewebe und langfristig gelagerte postmortale menschliche Gehirnproben eingesetzt werden. Bemerkenswert ist, dass der Assay zwar in einem neuronalen Kontext präsentiert wird, aber in geeigneter Weise auf andere Zelltypen und damit verbundene physiologische Prozesse ausgedehnt werden kann.
Alle experimentellen Verfahren wurden in Übereinstimmung mit den Vorschriften des University of Otago Committee on Ethics in the Care and Use of Laboratory Animals (Ethics Protocol No. AUP95/18 und AUP80/17) und neuseeländischer Gesetzgeber. Menschliches Hirngewebe wurde aus der Neurologischen Gewebebank des Krankenhauses Clínic-IDIBAPS BioBank in Barcelona, Spanien, gewonnen. Alle Gewebeentnahmeprotokolle wurden von der Ethikkommission des Krankenhauses Clínic, Barcelona, genehmigt und die Einwilligung der Familien nach Aufklärung eingeholt.
1. Herstellung von Puffern und Reagenzien
2. Homogenisierung des Hirngewebes
3. Vorbereitung isolierter Nervenbahnen
4. KCl-vermittelte Depolarisation isolierter synaptischer Klemmen
5. Fixierung und Phalloidinfärbung von Proben
6. Fluorometrische Analyse und Lichtstreuung
7. Datenanalyse
Linearität des Assays zur Bewertung der F-Aktin-Spiegel
Zunächst wurde eine Standardkurve für den linearen Anstieg der Fluoreszenz von Alexa Fluor 647 Phalloidin ermittelt und für jede Reihe von Experimenten wiederholt(Abbildung 1). Um den linearen Bereich des Assays zu untersuchen, wurden unterschiedliche Mengen an Hirnhomogenaten von Nagetieren (Abbildungen 2A und 2B) und postmortalen menschlichen Probanden (Abbildung 3A und 3B) verarbeitet. Der Assay erwies sich als linear im Bereich von 50-200 μg Protein, bewertet anhand der Mengen an markiertem Phalloidin, die zurückgehalten wurden. Zur Bestätigung der unterschiedlichen Probenmengen wurde eine Lichtstreuung bei 540 nm verwendet (Abbildung 2C und Abbildung 3C).
Latrunculin, ein Aktin-Depolymerisationsmittel, reduziert die Bindung von markiertem Phalloidin
Latrunculin A ist dafür bekannt, Aktinfilamente zu depolymerisieren und den Gehalt an F-Actin36,37,38,39zu reduzieren . Homogenate aus Nagetier- oder menschlichem Hirngewebe wurden mit 2 μM Latrunculin A für 1 Stunde bei 37 °C inkubiert, um Aktinfilamente zu depolymerisieren. Entsprechende unbehandelte Regelsätze wurden mit DMSO für die gleiche Dauer von 1 Stunde bei 37 °C inkubiert. Der Assay maß robust den Verlust der F-Actin-Spiegel von 95,7 ± 6,6 (mittlere ± REM) in Kontrollproben auf 72,0 ± 3,2 (mittlere ± REM) μU gebundenes Phalloidin in Latrunculin A-behandelten Proben in Nagetier-Hirnhomogenaten(Abbildung 4A). Eine ähnliche Abnahme (von 83,7 ± 3,9 auf 66,9 ± 4,2 μU) bei der Retention von markiertem Phalloidin wurde auch beobachtet, wenn Homogenate aus menschlichem Hirngewebe einer Latrunculin-A-Behandlung unterzogen wurden (Abbildung 4B). Bemerkenswert ist, dass sich die Gesamtaktinspiegel, wie sie durch Immunblotting beurteilt wurden, bei der Behandlung mit Latrunculin A sowohl bei Ratten (Ergänzende Abbildung 1A-B) als auch bei menschlichen (Ergänzende Abbildung 1C-D) Gehirnhomogenaten nicht veränderten.
Depolarisation isolierter synaptischer Terminalsstimuliert Aktinpolymerisation und Filamentbildung
Es wurde gezeigt, dass die Ex-vivo-Depolarisation isolierter synaptischer Terminals zu einer schnellen Stimulation der Aktinpolymerisation6,30,40führt, und dieses Phänomen wurde als weitere Bestätigung des hier berichteten Assays verwendet. Biochemische Fraktionen, die in synaptischen Terminals angereichert waren, wurden auf zwei verschiedene Arten hergestellt; ein gradientenbasiertes Ultrazentrifugationsverfahren zur Gewinnung von "Synaptosomen"41,42,43,44 und ein sequenzielles filtrationsbasiertes Protokoll zur Gewinnung von "Synaptoneurosomen"43,45,46. Da der Ertrag für Letzteres höher ist, haben wir es für menschliches postmortales Hirngewebe verwendet, wobei die Gewebemengen oft limitierend sind. Auf der anderen Seite bevorzugten wir Synaptosomen mit einem höheren Anreicherungsgrad von synaptischen Fragmenten41 für unsere Ratten-Hirngewebe-Experimente.
Die Depolarisation von Synaptosomen oder Synaptoneurosomen und die Stimulation der Aktinpolymerisation wurden durch einen kurzen (30 Sekunden) Anstieg des extrazellulären K+ auf 50 mM erreicht. Die KCl-Exposition führte zu einer um fast 40% erhöhten Phalloidinbindung in Nagetier-Hirnsynaptomen im Vergleich zu den jeweiligen mock-stimulierten Kontrollen (Abbildung 5A; siehe auch ergänzende Abbildung 2A). Eine kleinere (ca. 20%) ein konstanter Anstieg wurde jedoch auch bei humanen Synaptoneurosomen beobachtet, die mit KCl behandelt wurden (Abbildung 5B; siehe auch Ergänzende Abbildung 2A). Diese Experimente bestätigen die Robustheit unseres Assays bei der Bestimmung von Veränderungen des F-Aktinspiegels in Hirngewebeproben, einschließlich isolierter synaptischer Terminals.

Abbildung 1. Standardkurve für die Fluoreszenz von Alexa Fluor 647 Phalloidin. Die Linearität der Fluoreszenzemission unterschiedlicher Mengen (25-500 μU) von markiertem Phalloidin wurde durch Fluoreszenzspektroskopie bei einer Anregung von 645 nm und einer Emission von 670 nm(R2 = 0,9942) bestätigt. Die Daten werden als Mittelwert ± SEM (n=3) dargestellt. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 2. Linearität der Phalloidinbindung an Ganzzellhomogenate aus Rattengehirngewebe. (A) Die Bindung von Phalloidin an unterschiedliche Mengen an Homogenaten (50-300 μg Protein) wurde bewertet. (B) Die Bindung war linear im Bereich von 50-200 μg Protein(R2 = 0,9602). (C) Streuung bei 540 nm wurde verwendet, um unterschiedliche Mengen der Proben zu bestätigen (R2 = 0,8319). Die Daten werden als Mittelwert ± SEM (n=4) dargestellt. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 3. Phalloidin bindet an Ganzzellhomogenate aus postmortalem menschlichem Hirngewebe. (A) Die Phalloidinretention in einer Reihe von Homogenatmengen (50-300 μg Protein) wurde bewertet. (B) Die Phalloidinbindung wurde als linear im Bereich von 50-200 μg Protein(R2 = 0,8832) gefunden. (C) Streuung bei 540 nm bestätigte die unterschiedlichen Mengen der Proben(R2 = 0,9730). Die Daten werden als Mittelwert ± SEM (n=4) dargestellt. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 4. Auswirkungen von Latrunculin A auf den F-Aktinspiegel. Die Behandlung von Gehirnhomogenaten mit dem Aktin-Depolymerisationsmittel Latrunculin A (2 μM, 1 h bei 37 °C) führte zu einer signifikanten Abnahme der Mengen an Aktinfilamenten im Vergleich zu den jeweiligen nachbehandelten Kontrollproben, die durch Retention von markiertem Phalloidin sowohl bei Nagetieren (p = 0,0034; gepaarter zweiseitiger Student's t-Test)(A) als auch bei postmortalem menschlichem Gewebe (p = 0,0011; gepaarter zweiseitiger Student's t-Test)(B) beurteilt wurden. Die Daten werden als Mittelwert ± SEM dargestellt (n=6 Paare). Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 5. Auswirkungen der KCl-vermittelten Depolarisation auf F-Aktinmengen in isolierten synaptischen Terminals. (A) Inkubation von Synaptosomen aus dem Rattengehirn mit 50 mM KCl für 30 s bei 37°C stimulierte Die Aktinpolymerisation, die folglich zu einer Erhöhung der Phalloidinbindung führte (p = 0,0014; gepaarter zweiseitiger Student's t-Test). (B) Ein geringerer Anstieg wurde auch bei der synaptoneurosomalen Fraktion aus postmortalem menschlichem Hirngewebe beobachtet (p = 0,014; gepaarter zweiseitiger Student's t-Test). Die Daten werden als Mittelwert ± SEM dargestellt (n=6 Paare). Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
Ergänzende Abbildung 1. Auswirkungen von Latrunculin A auf den Gesamtaktinspiegel. Gehirnhomogenate wurden mit Latrunculin A (2 μM, 1 h bei 37 °C) oder gleichem DMSO-Volumen (1 h bei 37 °C) inkubiert. 10 μg Protein pro Probe (Latrunculin A behandelt und DMSO Mock-behandelte Kontrollen) wurden vor der Fixierung gesammelt. Die Gesamtaktinspiegel wurden durch Immunblotting beurteilt. Repräsentative Blots werden für Ratten (A) und menschliche (C) Gehirnhomogenate gezeigt. Latrunculin A veränderte nicht die Gesamtaktinspiegel sowohl bei Ratten (B; p = 0,40; gepaarter zweiseitiger Student's t-Test)als auch bei Menschlichen (D; p = 0,42; gepaarter zweiseitiger Student's t-Test) Gehirnhomogenaten. Die Daten werden als Mittelwert ± SEM (n=3 Paare) dargestellt. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterzuladen.
Ergänzende Abbildung 2. Auswirkungen der KCl-vermittelten Depolarisation auf den F-Aktinspiegel in Rattensynptosomen und menschlichen Synaptoneurosomen. (A) Inkubation von Synaptosomen aus dem Rattengehirn mit 50 mM KCl (30 s bei 37 °C) stimulierte die Aktinpolymerisation und eine daraus resultierende Erhöhung der Phalloidinbindung (p = 0,0019; gepaarter zweiseitiger Student's t-Test). (B) Ein Anstieg der Phalloidinretention wurde auch bei der durch KCl depolarisierten menschlichen synaptoneurosomalen Fraktion im Vergleich zu den jeweiligen unstimulierten Kontrollen beobachtet (p = 0,015; gepaarter zweiseitiger Student's t-Test). Die Daten werden als Mittelwert ± SEM dargestellt (n=6 Paare). Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterzuladen.
Die Autoren haben nichts preiszugeben.
Wir berichten über einen einfachen, zeiteffizienten und auf Fluoreszenzspektroskopie basierenden Hochdurchsatz-Assay zur Quantifizierung von Aktinfilamenten in ex vivo biologischen Proben aus Hirngeweben von Nagetieren und menschlichen Probanden.
Diese Arbeit wurde von der Neurological Foundation of New Zealand (1835-PG), dem New Zealand Health Research Council (#16-597) und dem Department of Anatomy der University of Otago, Neuseeland, unterstützt. Wir sind der Neurologischen Gewebebank der HCB-IDIBAPS BioBank (Spanien) für menschliches Hirngewebe zu Dank verpflichtet. Wir danken Jiaxian Zhang für ihre Hilfe bei der Aufnahme und Bearbeitung des Videos.
| 3,5 ml, offenes, dickwandiges Polycarbonat-Röhrchen | Beckman Coulter | 349622 | Für die Gradientenzentrifugation (Synaptosomenvorbereitung) |
| Alexa Fluor 647 Phalloidin | Thermo Fisher Scientific | A22287 | F-Aktin-spezifischer |
| Ligand Antikörper gegen b-actin | Santa Cruz Biotechnology | Sc-47778 | Zur Bestimmung des Gesamtaktinspiegels durch Immunblotting |
| Antikörper gegen GAPDH | Abcam | Ab181602 | Zur Bestimmung der GAPDH-Spiegel durch Immunblotting |
| Bio-Rad Protein Assay Farbstoffreagenzkonzentrat | Bio-Rad | 5000006 | Bradford-basierte Proteinschätzung |
| Calciumchlorid-Dihydrat (CaCl2· 2H2O) | Sigma-Aldrich | C3306 | Krebs Pufferkomponente |
| cOmplete, Mini, EDTA-freier Protease-Inhibitor-Cocktail | Sigma-Aldrich | 4693159001 | Zur Hemmung der endogenen Proteaseaktivität während der |
| Probenvorbereitung Corning 96-Well Clear Flat Bottom | Polystyrol Corning | 3596 | Für lichtstreuende Messungen |
| D-(+)-Glukose | Sigma-Aldrich | G8270 | Krebspufferkomponente |
| Dimethylsulfoxid | Sigma-Aldrich | D5879 | Lösungsmittel für Phalloidin und Latrunculin A |
| Fluoreszierender Flachbettscanner (Odyssey Infrared Scanner) | Li-Cor Biosciences | Zum Nachweis immunreaktiver Signale auf Immunoblots | |
| Glutaraldehydlösung (25 % in Wasser) Grade II | Sigma-Aldrich | G6257 | Fixiermittel |
| HEPES | Sigma-Aldrich | H3375 | Pufferbestandteil für die Probenvorbereitung und Krebspufferkomponente |
| Latrunculin A | Sigma-Aldrich | L5163 | Depolymerisierer von Aktinfilamenten |
| Magnesiumchlorid-Hexahydrat (MgCl2· 6H2O) | Sigma-Aldrich | M2670 | Krebs Pufferkomponente |
| Microtiterplatten | |||
| Mitex Membranfilter 5 mm | Millipore | LSWP01300 | Präparation von Synaptoneurosomen |
| Nunc F96 MicroWell Black Plate | Thermo Fisher Scientific | 237105 | Für fluorometrische Messungen |
| Nylon-Netzfilter 100 mm | Millipore | NY1H02500 | Präparation von Synaptoneurosomen |
| Phosphatase-Inhibitor Cocktail IV | Abcam | ab201115 | Zur Hemmung der endogenen Phosphataseaktivität während der Probenvorbereitung |
| Kaliumchlorid (KCl) | Sigma-Aldrich | P9541 | Krebspufferkomponente und zur Depolarisation synaptischer Terminalisationen |
| Kaliumphosphat monobasisch ((KH2PO4 ) | Sigma-Aldrich | P9791 | Krebs-Pufferkomponente |
| Natriumborhydrid (NaBH4 | )Sigma-Aldrich | 71320 | Komponente des Permeabilisierungspuffers |
| Natriumchlorid (NaCl) | LabServ (Thermo Fisher Scientific) | BSPSL944 | Krebspufferkomponente |
| Natriumhydrogencarbonat (NaHCO3) | LabServ (Thermo Fisher Scientific) | BSPSL900 | Krebs Pufferkomponente |
| SpectraMax i3x | Molekulare Geräte | Für fluorometrische Messungen | |
| Saccharose | Fisher Chemical | S/8600/60 | Pufferbestandteil für die Probenvorbereitung |
| Swimnex Filter Holder | Millipore | Sx0001300 | Präparation von Synaptoneurosomen |
| Gewebemühle 5 mL Potter-Elvehjem | Duran Wheaton Kimble | 358034 | Für die Gewebehomogenisierung |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100 | Komponente des Permeabilisierungspuffers |
| Trizma-Basis | Sigma-Aldrich | T6066 | Pufferbestandteil für die Probenvorbereitung |