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Aspergillus fumigatus conidia sind luftgetragene Krankheitserreger, die in die menschlichen Atemwege eindringen können. Immunkompetente Menschen ohne Allergien zeigen Resistenz und immunologische Toleranz, während bei immungeschwächten Patienten Konidien die Atemwege besiedeln und schwere invasive Atemwegserkrankungen verursachen können. Verschiedene Zellen in verschiedenen Atemwegskompartimenten sind an der Immunantwort beteiligt, die das Eindringen von Pilzen verhindert; die räumlich-zeitlichen Aspekte der Erregereliminierung sind jedoch noch nicht vollständig verstanden. Die dreidimensionale (3D) Bildgebung von optisch gereinigten Ganzkörperorganen, insbesondere der Lunge von Versuchsmäusen, ermöglicht den Nachweis fluoreszierend markierter Krankheitserreger in den Atemwegen zu unterschiedlichen Zeitpunkten nach der Infektion. In der vorliegenden Studie beschreiben wir einen Versuchsaufbau, um eine quantitative Analyse der Verteilung von A. fumigatus conidia in den Atemwegen durchzuführen. Mit Hilfe der fluoreszierenden konfokalen Laserscanning-Mikroskopie (CLSM) verfolgten wir die Lage fluoreszierend markierter Konidien in den Bronchialästen und im Alveolarkompartiment 6 Stunden nach oropharyngealer Anwendung bei Mäusen. Der hier beschriebene Ansatz wurde bisher zum Nachweis des genauen Erregerortes und zur Identifizierung der pathogen-interagierenden Zellen in verschiedenen Phasen der Immunantwort verwendet. Der Versuchsaufbau kann verwendet werden, um die Kinetik der Erregerelimination unter verschiedenen pathologischen Zuständen abzuschätzen.