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Live-Bildgebung von Z-REX-behandelten transgenen Neutrophilen/Makrophagen-Reporterfischen, Tg(lyz:TagRFP) und Tg(mpeg1:EGFP). Induktion der Apoptose von Neutrophilen/Makrophagen durch Keap1 HNEylierung. (Siehe auch Abbildung 2). Die Wirkung der elektrophilen Markierung von Keap1 auf die Konzentrationen von Neutrophilen und Makrophagen wurde durch die Injektion heterozygoter transgener Embryonen, die von Tg(lyz:TagRFP) oder Tg(mpeg1:EGFP) abstammen, mit mRNA, die für Halo-Keap1 kodiert, und die anschließende Behandlung mit Ht-PreHNE(alkin) untersucht. Im Anschluss an die Verfahren für Schritt 6.1-Downstream-Assay wurde Option 1-HNE (Alkin) freigesetzt und Keap1 markiert. Die Konzentrationen von Neutrophilen und Makrophagen wurden durch Live-Bildgebung der Reporterlinien Tg(lyz:TagRFP) bzw. Tg(mpeg1:eGFP) bestimmt. Der Spiegel beider Zelltypen sank um 30%-40% nach der Z-REX-Behandlung, bei der HNE an Keap1 abgegeben wurde. Im Gegensatz dazu wurde in den technischen Kontrollgruppen von Z-REX kein Verlust von Neutrophilen oder Makrophagen beobachtet [ohne Licht und Ht-PreHNE (Alkin), Licht allein oder Ht-PreHNE (Alkin) allein] (Abbildung 1D und Abbildung 2A-D).
Die Induktion der Apoptose von Neutrophilen/Makrophagen deutete auf eine erfolgreiche HNE-Abgabe an Keap1 durch Z-REX hin. Details zur Signalwegsanalyse und zum Apoptosemechanismus wurden veröffentlicht5. Um Off-Target-Effekte von HNE (Alkin) zu berücksichtigen, wurden mehrere Kontrollen verwendet. (1) Unter den gleichen experimentellen Bedingungen wurde den Embryonen anstelle von Halo-TeV-Keap1 mRNA Halo-P2A-Keap1 mRNA injiziert. Der P2A-Linker ermöglichte es, die Proteine Halo und Keap1 unabhängig voneinander zu exprimieren. In diesem Szenario konnte HNE(alkin), das von Halo freigesetzt wurde, Keap1 nicht markieren, da es sich nicht mehr proximal zu Halo befand (Abbildung 1D); Der Apoptose-Signalweg wurde also nicht ausgelöst. In dieser Gruppe wurden keine Veränderungen der Makrophagen- oder Neutrophilenkonzentration beobachtet (Abbildung 2A,B). (2) Die gleichen experimentellen Bedingungen wurden mit mRNA durchgeführt, die für Halo-TeV-Keap1(C151S,C273W,C288E) kodiert, eine Mutante von Keap1, die nicht auf HNE(Alkin) reagiert (Abbildung 1D). Es wurden keine Veränderungen der Makrophagen- oder Neutrophilenkonzentration beobachtet (Abbildung 2G,H).
Biotin-Azid-Klick-Kopplung und Biotin-Pull-Down-Assay. Bewertung der Zielkennzeichnung. (Siehe auch Abbildung 3). Die Target-Marking-Bewertung wurde mit WT-Embryonen durchgeführt, die mit mRNA injiziert wurden, die entweder für Halo-TeV-Keap1-2xHA (Halo-POI-Fusionskonstrukt) oder Halo-2xHA-P2A-Keap1-2xHA (P2A-Split-Konstrukt, in dem Halo und Keap1 nicht fusioniert sind; Abbildung 1D). Das markierte Keap1-Protein wurde nur in der Gruppe, die das Fusionsprotein exprimierte, heruntergezogen und mit Z-REX (zweite Spur im oberen Anti-HA-Blot) behandelt, nicht aber in anderen Kontrollgruppen (keine mRNA-Injektion, Fusionskonstrukt ohne Z-REX oder P2A-Split-Konstrukt). Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass das HNE (Alkin) erfolgreich an Keap1 geliefert wurde, und das modifizierte Keap1 anschließend durch Click-Reaktion mit Biotin konjugiert wurde und das Biotin-markierte Keap1 durch Streptavidinharz nach unten gezogen wurde.
Transkriptionsanalyse. RNA-seq und qRT-PCR. (Siehe auch Abbildung 4). Die transkriptionelle Veränderung nach Z-REX-Behandlung wurde mittels RNA-seq und qRT-PCR untersucht. In RNA-seq wurden mehrere immunrelevante Gene nach Z-REX herunterreguliert. Im Gegensatz dazu waren viele Gene, die mit der antioxidativen Antwort (AR) in Verbindung stehen, nach Z-REX hochreguliert, was aus der Induktion des Keap1-Nrf2-AR-Signalwegs bei HNEylierung auf Keap1resultierte 10 (Abbildung 4A). In der qRT-PCR-Analyse wurden ähnliche Ergebnisse bei der Analyse von drei immunrelevanten Genen (lyz, mpeg1.1 und coro1a) gefunden (Abbildung 4B). Die Hoch- und Herunterregulierung der jeweiligen Gene zeigte die erfolgreiche Induktion von Signalwegen, die durch Keap1 HNEylierung vermittelt werden.
Whole-Mount (Co-)Immunfluoreszenz-Färbe-Assay und Kolokalisationsanalyse. (Siehe auch Abbildung 5). Die exogene Expression von Halo-TeV-Keap1-2xHA und Halo-2xHA-P2A-Keap1-2xHA wurde mittels Whole-Mount Immunfluoreszenz (IF) Färbung bestimmt (Abbildung 5A,B). Das P2A-Split-Konstrukt hatte doppelt so viele HA-Tags wie das TeV-Fusions-Konstrukt, was einem doppelt höheren Anti-HA-Signal in der P2A-Split-Construct-mRNA-injizierten Gruppe entspricht als die andere, was darauf hindeutet, dass das Expressionsniveau der beiden Konstrukte ähnlich war (Abbildung 5C). Die Expressionsniveaus von Halo-TeV-Keap1 (wt) und Halo-TeV-Keap1 (C151S,C273W,C288E) waren auch bei der Sondierung mit Anti-Halo ähnlich (Abbildung 5D,E). Die Kolokalisation von neutrophilen Granulozyten und aktiver Caspase 3 in Z-REX-behandelter Tg(lyz:TagRFP) wurde durch Co-Immunfärbung mit Anti-RFP und Anti-Aktiv-Caspase 3 beobachtet (Abbildung 5F). Active Caspase 3 ist ein Indikator für Apoptoseereignisse.

Abbildung 1: Z-REX-Arbeitsablauf. (A,B) Ein Zebrafischembryo im 1-4-Zellstadium wird mit (morpholino und) mRNA injiziert, die für Halo-POI kodiert (z. B. Halo-Keap1). Injizierte Embryonen werden dann mit einer Sonde behandelt, die aus einem HaloTag-Liganden und einem Photokäfig-Elektrophil besteht, an das eine funktionelle Alkingruppe angehängt ist, wie z. B. Ht-PreHNE (Alkin) in B. Nach dem Entfernen der überschüssigen Sondenmenge wird der Embryo Licht ausgesetzt, um das interessierende Elektrophil freizusetzen [z. B. HNE oder sein Analogon HNE (Alkin)]. Die nachgelagerte Analyse wird zu einem gegebenen/benutzerdefinierten Zeitpunkt durchgeführt. (C) Design und Mechanismus der Ht-PreLDE-Sonde, die auf verschiedene Lipid-abgeleitete Elektrophile (LDE) anwendbar ist. (D) Negative/technische Kontrollgruppen für Z-REX. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 2: Live-Bildgebung von transgenen Neutrophilen/Makrophagen-Reporterfischen, die Z-REX ausgesetzt waren. Z-REX-vermittelte Keap1 HNEylierung induziert Neutrophilen/Makrophagen-Apoptose. (A) Repräsentative Bilder von Tg(lyz:TagRFP)- Fischen, die entweder Halo-TeV-Keap1 (Fusionskonstrukt) oder Halo-P2A-Keap1 (Split-Konstrukt) exprimieren und negativen Kontrollbedingungen ausgesetzt wurden [keine Behandlung, Licht allein oder Ht-PreHNE (Alkin) allein oder Z-REX]. Alter des Embryos: 36 hpf. (B) Quantifizierung der Neutrophilenkonzentration in A. (C) Repräsentative Bilder von Tg(mpeg1:eGFP)- Fischen, die Halo-TeV-Keap1 exprimieren, mit oder ohne Z-REX-Behandlung. Alter der Embryonen: 34 hpf. (D) Quantifizierung der Makrophagenkonzentration in C. (E,F) Zeitverlaufsmessung der (E) Neutrophilen- und (F) Makrophagenspiegel nach Z-REX-Behandlung. (G) Ähnliches Experiment wie in A an Fischen, die entweder Halo-TeV-Keap1 (WT) oder Halo-TeV-Keap1 (C151S, C273W, C288E) exprimieren, eine Mutante, die keine HNE-Sensorfähigkeit besitzt. (H) Quantifizierung der neutrophilen Granulozyten in G. Maßstabsbalken: 500 μm. Alle Graphen werden mit Mittelwert ± REM dargestellt. Die p-Werte wurden mit einer einfaktoriellen ANOVA (blau) und einem zweiseitigen Student-t-Test (schwarz) berechnet. Diese Abbildung wurde von Poganik et al.7 modifiziert. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 3: Biotin-Pull-Down-Assay. WT-Embryonen, die Halo-TeV-Keap1-2XHA oder Halo-2XHA-P2A-Keap1-2XHA exprimierten, wurden mit Z-REX oder entsprechenden Negativkontrollbedingungen behandelt (in diesem Fall keine Sondenbehandlung). Nach der Entnahme wurden die Embryonen lysiert und mit TeV-Protease behandelt, bevor der Biotin-Pull-Down-Assay durchgeführt wurde. Die Ergebnisse wurden mittels Western Blot analysiert. Diese Abbildung wurde von Huang et al. Z-REX: Lenkung reaktiver Elektrophile zu spezifischen Proteinen, die entweder gewebespezifisch oder ubiquitär exprimiert werden, und Aufzeichnung der daraus resultierenden funktionellen elektrophil-induzierten Redoxantworten in Fischlarven. Diese Abbildung wurde von Huang et al.11. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 4: Transkriptionsanalyse. (A) RNA-seq-Ergebnisse von Z-REX-behandelten und unbehandelten Embryonen. Statistisch signifikante differentiell exprimierte (SDE) Gene werden hervorgehoben. Immunitätsbezogene SDE-Gene sind rot eingefärbt. Gene, die mit der antioxidativen Reaktion (AR) in Verbindung stehen, sind grün eingefärbt. Andere SDE-Gene sind blau gefärbt. Alle p-Werte wurden mit CuffDiff berechnet. (B-D) Drei immunitätsrelevante SDE-Gene aus A: (B) lyz, (C) mpeg1.1 und (D) coro1a wurden mittels qRT-PCR weiter analysiert, und nur die Z-REX-behandelten Embryonen zeigten die Suppression dieser Transkripte. Alle Graphen werden mit Mittelwert ± REM dargestellt. Die p-Werte wurden mit einer einfaktoriellen ANOVA (blau) und einem zweiseitigen Student-t-Test (schwarz) berechnet. Diese Abbildung wurde von Poganik et al.7 modifiziert. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.

Abbildung 5: Whole-Mount-Immunfluoreszenz-Färbeassay. (A,B) Repräsentative Bilder von Embryonen, die entweder (A) Halo-TeV-Keap1-2xHA oder (B) Halo-2xHA-P2A-Keap1-2xHA exprimieren, immungefärbt mit Anti-HA und sekundärem Antikörper, der mit AlexaFluor568 konjugiert ist. mRNA-injizierte Fische wurden mit altersgleichen, nicht injizierten Fischen verglichen. (C) Quantifizierung des Anti-HA-Signals in (A,B). (D) Repräsentative Bilder von Embryonen, die Halo-TeV-Keap1 (WT) oder Halo-TeV-Keap1 (C151S, C273W, C288E) exprimieren, immungefärbt mit Anti-Halo und sekundären Antikörpern, die mit AlexaFluor647 konjugiert sind. mRNA-injizierte Fische wurden mit altersgleichen, nicht injizierten Fischen verglichen. (E) Quantifizierung des Anti-Halo-Signals in D. p-Werte wurden mit dem zweiseitigen Student-t-Test berechnet. (F) Tg(lyz:TagRFP)-Embryonen, die Z-REX ausgesetzt waren, wurden mit Anti-RFP und antiaktiver Caspase 3 sowie entsprechenden Fluorophor-konjugierten Sekundärantikörpern co-immungefärbt. Der weiße Kasten markiert den vergrößerten Bereich. Weiße Pfeile zeigen Kolokalisationen von neutrophilen Granulozyten und aktiver Caspase 3 an. Maßstabsbalken: 500 μm. Alle Graphen werden mit Mittelwert ± REM dargestellt. Diese Abbildung wurde von Poganik et al.7 modifiziert. und Huang et al.11. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung zu sehen.
Ergänzende Tabelle 1: Liste der in dieser Studie verwendeten Puffer. Bitte klicken Sie hier, um diese Datei herunterzuladen.