Neurobilder sind ein wertvolles Werkzeug für die Untersuchung der Gehirnmorphologie in Experimenten mit Tiermodellen. Die Magnetresonanztomographie (MRT) hat sich zur Standardmethode für Weichteile entwickelt, obwohl ihre geringe räumliche Auflösung für Kleintiere einige Grenzen mit sich bringt. Hier beschreiben wir ein Protokoll zur Gewinnung hochauflösender dreidimensionaler (3D) Informationen über Gehirne und Schädel von Mäusen bei Neugeborenen mittels Mikro-Computertomographie (Mikro-CT). Das Protokoll umfasst die Schritte, die erforderlich sind, um die Proben zu sezieren, das Gehirn zu färben und zu scannen und morphometrische Messungen des gesamten Organs und der interessierenden Regionen (ROIs) zu erhalten. Die Bildanalyse umfasst die Segmentierung von Strukturen und die Digitalisierung von Punktkoordinaten. Zusammenfassend zeigt diese Arbeit, dass die Kombination von Mikro-CT und Lugol-Lösung als Kontrastmittel eine geeignete Alternative für die Darstellung der perinatalen Gehirne von Kleintieren darstellt. Dieser Bildgebungs-Workflow hat Anwendungen in der Entwicklungsbiologie, Biomedizin und anderen Wissenschaften, die daran interessiert sind, die Auswirkungen verschiedener genetischer und umweltbedingter Faktoren auf die Gehirnentwicklung zu bewerten.