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Research Article
Elena Levi-D’Ancona1,2, Vaibhav Sidarala1, Scott A. Soleimanpour1,3,4
1Department of Internal Medicine, Division of Metabolism, Endocrinology and Diabetes,University of Michigan, Ann Arbor, 2Graduate Program in Immunology,University of Michigan Medical School, 3Department of Molecular and Integrative Physiology,University of Michigan, Ann Arbor, 4VA Ann Arbor Healthcare System
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Dieses Protokoll beschreibt zwei Methoden zur quantitativen Analyse der Mitophagie in β-Zellen der Bauchspeicheldrüse: erstens eine Kombination zellpermeabler Mitochondrien-spezifischer Farbstoffe und zweitens einen genetisch kodierten Mitophagie-Reporter. Diese beiden Techniken ergänzen sich und können je nach Bedarf eingesetzt werden, was Flexibilität und Präzision bei der quantitativen Qualitätskontrolle der Mitochondrien ermöglicht.
Die Mitophagie ist ein Qualitätskontrollmechanismus, der für die Aufrechterhaltung einer optimalen Mitochondrienfunktion erforderlich ist. Eine dysfunktionale β-Zell-Mitophagie führt zu einer unzureichenden Insulinausschüttung. Fortgeschrittene quantitative Bewertungen der Mitophagie erfordern oft den Einsatz genetischer Reporter. Das mt-Keima-Mausmodell, das eine auf die Mitochondrien abzielende pH-sensitive ratiometrische Sonde mit doppelter Erregung zur Quantifizierung der Mitophagie mittels Durchflusszytometrie exprimiert, wurde in β-Zellen optimiert. Das Verhältnis von sauren zu neutralen mt-Keima-Wellenlängen kann zur robusten Quantifizierung der Mitophagie verwendet werden. Die Verwendung genetischer Mitophagie-Reporter kann jedoch eine Herausforderung darstellen, wenn mit komplexen genetischen Mausmodellen oder schwer zu transfizierenden Zellen, wie z. B. primären menschlichen Inseln, gearbeitet wird. Dieses Protokoll beschreibt eine neuartige komplementäre farbstoffbasierte Methode zur Quantifizierung der β-Zell-Mitophagie in primären Inselzellen mittels MtPhagy. MtPhagy ist ein pH-empfindlicher, zelldurchlässiger Farbstoff, der sich in den Mitochondrien anreichert und ihre Fluoreszenzintensität erhöht, wenn sich Mitochondrien in Umgebungen mit niedrigem pH-Wert befinden, wie z. B. Lysosomen während der Mitophagie. Durch die Kombination des MtPhagy-Farbstoffs mit Fluozin-3-AM, einemZn2+ -Indikator, der für β-Zellen selektiert, und Tetramethylrhodamin, Ethylester (TMRE) zur Beurteilung des mitochondrialen Membranpotenzials kann der Mitophagiefluss in β-Zellen mittels Durchflusszytometrie spezifisch quantifiziert werden. Diese beiden Ansätze ergänzen sich in hohem Maße und ermöglichen Flexibilität und Präzision bei der Beurteilung der mitochondrialen Qualitätskontrolle in zahlreichen β-Zell-Modellen.
β-Zellen der Bauchspeicheldrüse produzieren und sezernieren Insulin, um den Stoffwechselbedarf zu decken, und β-Zell-Dysfunktion ist für Hyperglykämie und das Auftreten von Diabetes sowohl bei Typ-1- als auch bei Typ-2-Diabetes verantwortlich. β-Zellen koppeln den Glukosestoffwechsel mit der Insulinsekretion über die mitochondriale Energetik und die Stoffwechselleistung, die von einer Reserve an funktioneller mitochondrialer Masse abhängen 1,2,3. Um eine optimale β-Zell-Funktion aufrechtzuerhalten, verlassen sich β-Zellen auf mitochondriale Qualitätskontrollmechanismen, um gealterte oder beschädigte Mitochondrien zu entfernen und die funktionelle mitochondriale Masse zu erhalten4. Die selektive mitochondriale Autophagie, auch bekannt als Mitophagie, ist eine Schlüsselkomponente des mitochondrialen Qualitätskontrollwegs.
Die Beurteilung der Mitophagie in lebenden Zellen beruht oft auf Veränderungen des mitochondrialen pH-Werts, die während der Mitophagie auftreten. Mitochondrien haben einen leicht alkalischen pH-Wert, und gesunde Mitochondrien befinden sich normalerweise im pH-neutralen Zytosol. Während der Mitophagie werden beschädigte oder dysfunktionale Mitochondrien selektiv in Autophagosomen eingebaut und schließlich in sauren Lysosomen abgebaut5. Mehrere in vivo transgene Mitophagie-Reportermausmodelle, wie mt-Keima6, mitoQC7 und CMMR8, sowie transfektierbare Mitophagiesonden, wie das Cox8-EGFP-mCherry-Plasmid9, nutzen diese pH-Änderung, um quantitative Bewertungen der Mitophagie zu ermöglichen. Die Verwendung transgener Mäuse, die die pH-sensitive ratiometrische Sonde mt-Keima exprimieren, wurde für die Beurteilung der Mitophagie in Inselzellen und β-Zellen mittels Durchflusszytometrie optimiert10,11. Das Verhältnis von sauren zu neutralen mt-Keima-Wellenlängen (das Verhältnis von saurer 561 nm zu neutraler 480 nm Anregung) kann verwendet werden, um die Mitophagie robust zu quantifizieren 6,12.
Dieses Protokoll beschreibt einen optimierten Ansatz zur Bestimmung des Mitophagieflusses in primären Inselzellen und β-Zellen, die aus mt-Keima-transgenen Mäusen isoliert wurden10,11. Obwohl mt-Keima eine hochempfindliche Sonde ist, erfordert sie entweder komplizierte Tierzuchtschemata oder die Transfektion von Zellen, was in Kombination mit anderen genetischen Modellen oder mit primären menschlichen Inseln oft eine Herausforderung darstellen kann. Darüber hinaus kann die Verwendung mehrerer Fluoreszenzlaser und -detektoren zur Identifizierung neutraler und saurer Zellpopulationen die kombinatorische Verwendung anderer fluoreszierender Reporter einschränken.
Um diese Herausforderungen zu meistern, beschreibt dieses Protokoll auch eine komplementäre, farbstoffbasierte Methode mit einem einzigen fluoreszierenden Kanal für den robusten Nachweis von Mitophagie in β-Zellen von isolierten Mäuseinseln. Dieser Ansatz, der als MtPhagy-Methode bezeichnet wird, verwendet eine Kombination aus drei zellpermeablen Farbstoffen, um nach β-Zellen zu selektieren, die Zellpopulationen zu quantifizieren, die aktiv der Mitophagie unterzogen werden, und gleichzeitig das mitochondriale Membranpotenzial (MMP oder Δψm) zu bewerten.
Der erste dieser Farbstoffe ist Fluozin-3-AM, ein zelldurchlässigerZn2+-Indikator mit einem Ex/Em 494/516 nm13. Mäuseinseln bestehen aus einer heterogenen Population funktionell unterschiedlicher Zellen, darunter α-, β-, δ- und PP-Zellen. β-Zellen umfassen etwa 80% der Zellen innerhalb der Mausinsel und können von anderen Inselzelltypen durch ihre hoheZn2+-Konzentration in Insulingranula14,15 unterschieden werden, was die Identifizierung von β-Zellen als Fluozin-3-AM-Population mit hohem Fluozin-3-AM-Gehalt ermöglicht. Der MtPhagy-Farbstoff, ein pH-empfindlicher Farbstoff, der über eine chemische Bindung auf Mitochondrien immobilisiert wird und schwache Fluoreszenz emittiert, wird ebenfalls in diesem Protokoll verwendet16. Bei der Induktion der Mitophagie werden beschädigte Mitochondrien in das saure Lysosom eingebaut, und der MtPhagy-Farbstoff erhöht seine Fluoreszenzintensität in der Umgebung mit niedrigem pH-Wert (Ex/Em 561/570-700 nm).
Darüber hinaus wird Tetramethylrhodamin, Ethylester (TMRE), zur Beurteilung von MMP verwendet. TMRE ist ein zellpermeabler, positiv geladener Farbstoff (Ex/Em 552/575 nm), der von gesunden Mitochondrien aufgrund der relativen negativen Ladung, die durch ihr Membranpotential aufrechterhalten wird, sequestriert wird17. Beschädigte oder ungesunde Mitochondrien lösen ihr Membranpotenzial auf, was zu einer verminderten Fähigkeit zur Sequestrierung von TMRE führt. Durch die gemeinsame Verwendung dieser Farbstoffe können β-Zellen, die einer Mitophagie unterzogen werden, mittels Durchflusszytometrie als Fluozin-Populationmit hohemMtPhagy-hohemTMRE-Gehalt identifiziert werden. Da es sich bei der Mitophagie um einen dynamischen und nicht um einen statischen Prozess handelt, wurde dieses Protokoll optimiert, um den Mitophagiefluss mit Valinomycin zu bestimmen, einem K+-Ionophor, der die Mitophagie nach Dissipation von MMP18 induziert. Der Vergleich der Mitophagie in Gegenwart und Abwesenheit von Valinomycin ermöglicht die Beurteilung des Mitophagieflusses in verschiedenen Probengruppen.
Die farbstoffbasierte Natur des derzeitigen Ansatzes ermöglicht die Extrapolation auf menschliche Inseln und andere schwer zu transfizierende Zelltypen und umgeht im Gegensatz zum mt-Keima-Protokoll die Notwendigkeit komplizierter Tierzuchtschemata. Das übergeordnete Ziel dieses Protokolls ist die Quantifizierung der Mitophagie in β-Zellen auf Einzelzellebene durch zwei unabhängige, auf Durchflusszytometrie basierende Methoden. Zusammengenommen beschreibt dieses Protokoll zwei leistungsstarke und komplementäre Methoden, die sowohl Präzision als auch Flexibilität bei der quantitativen Untersuchung der mitochondrialen Qualitätskontrolle ermöglichen.
Die in diesem Protokoll vorgestellten Tierstudien wurden vom Institutional Animal Care and Use Committee der University of Michigan geprüft und genehmigt. Für diese Studie wurden zwanzig Wochen alte männliche C57BL/6J-Mäuse verwendet, die entweder eine 15-wöchige normale Fettdiät (RFD) oder eine fettreiche Diät (HFD) erhielten.
1. Beurteilung der Mitophagie mit dem farbstoffbasierten MtPhagy-Ansatz (Methode 1)
2. Beurteilung der Mitophagie mit dem genetisch kodierten mt-Keima-Reporter (Methode 2)
Beurteilung der Mitophagie mit dem farbstoffbasierten MtPhagy-Ansatz
Dieser farbstoffbasierte Ansatz wurde optimiert, um den Mitophagiefluss in primären β-Zellen der Maus zu analysieren, ohne dass ein genetischer Reporter erforderlich ist, wobei Fluozin-3-AM, TMRE und MtPhagy sowie DAPI verwendet wurden, um tote Zellen auszuschließen. Durch die Kombination dieser Farbstoffe mit Valinomycin, um die Mitophagie zu induzieren, skizziert dieses Protokoll eine farbstoffbasierte Methode zur selektiven Messung des Mitophagieflusses in primären β-Zellen der Maus18. Für die mit dieser MtPhagy-Methode gezeigten Daten wurden sowohl basale als auch Valinomycin-induzierte Mitophagie in Inselzellen analysiert, die entweder aus normaler Fettdiät (RFD) oder fettreicher Diät (HFD, 60 kcal% Fett) gefütterten Mäusen isoliert wurden, um die Wirkung von metabolischem Stress auf den Mitophagiefluss zu bewerten. Um die interessierende Population zu identifizieren, wurden die Zellen mit unbehandelten RFD-Inseln angefeindet. Die FSC- und SSC-Spannungen wurden zunächst angepasst, um eine gleichmäßige Verteilung der Zellen in einem SSC-A- vs. FSC-A-Diagramm zu erreichen (Abbildung 1A). Für die Auswahl einzelner Zellen werden sowohl FSC-H als auch FSC-H vs. FSC-W und SSC-H vs. Es wurden SSC-W-Diagramme verwendet, in denen Multipletts aufgrund ihrer höheren Signalbreite im Vergleich zu Einzelzellen ausgeschlossen wurden (Abbildung 1B,C). Als nächstes wurden DAPI-negative Zellen ausgewählt, um tote Zellen20 auszuschließen (Abbildung 1D). Nach der Etablierung von Primärgattern wurden einzeln gefärbte Kontrollen verwendet, um Fluoreszenzgatter für Fluozin-3-AM, MtPhagy und TMRE (Abbildung 1E-G) sowie Kompensationskontrollen für die Mehrfarben-Fluoreszenz-Durchflusszytometrie zu etablieren.
Sobald diese Primär- und Fluoreszenzgatter etabliert waren, wurden β-Zellen mit hoher Mitophagie-Auslastung als Fluozin-Populationmit hoherMtPhagie-hoher TMRE in Quadrant 3 (Q3) unter Verwendung von RFD ohne Valinomycin-Exposition definiert (Abbildung 1H). Mit dieser Gating-Strategie wurden die basalen und Valinomycin-induzierten Mitophagie-Niveaus sowohl in RFD- als auch in HFD-Inseln charakterisiert (Abbildung 2). Zur Quantifizierung des Mitophagieflusses, basal vs. Die Valinomycin-induzierten Mitophagie-Spiegel wurden unter Verwendung des folgenden Verhältnisses verglichen:

Unter Verwendung dieses Verhältnisses wurde der Mitophagiefluss quantifiziert und in RFD vs. HFD-β-Zellen zur Beurteilung von Unterschieden in der Mitophagie nach Induktion von Adipositas und peripherer Insulinresistenz. Quantifizierung des Mitophagieflusses bei RFD vs. HFD-Proben sind in Abbildung 2E dargestellt. Dieses Ergebnis unterstreicht die Machbarkeit dieses Assays zur Quantifizierung der Mitophagie in β-Zellen mit einem einfachen farbstoffbasierten Ansatz. Diese Methode kann auch auf menschlichen Inseln, schwer zu transfizierenden Zellen und auf Inseln angewendet werden, die aus komplexen genetischen Modellen isoliert wurden, bei denen eine Kreuzung mit dem transgenen mt-Keima-Modell umständlich wäre.
Beurteilung der Mitophagie mit dem genetisch kodierten mt-Keima-Reporter
Mt-Keima ist ein fluoreszierendes Protein mit doppelter Anregung, das mit einer Cox8-Lokalisierungssequenz fusioniert ist, die es ermöglicht, auf die innere Mitochondrienmembran abzuzielen. Die bimodale Fluoreszenzeigenschaft von mt-Keima ermöglicht es ihm, seine Anregungsspektren von der neutralen (405 nm) auf die saure (561 nm) Wellenlänge umzuschalten, abhängig vom pH-Wert des intrazellulären Kompartiments6. Dies ermöglicht eine robuste ratiometrische Fluoreszenzanalyse der Mitophagie, bei der ein Anstieg des Säure-neutral-Verhältnisses auf eine Mitophagie-Induktion hinweist. In diesem Protokoll wurde Fluozin-3-AM auch zur Selektion von β-Zellen mittels Durchflusszytometrie verwendet. In diesen repräsentativen Studien wurde der Mitophagiefluss anhand von Inseln untersucht, die von Mäusen isoliert wurden, die mit einer RFD-Diät gefüttert wurden10,11. Die FSC- und SSC-Spannungen wurden zunächst angepasst, um eine gleichmäßige Verteilung der Zellen auf einem SSC-A im Vergleich zu einem SSC-A zu erreichen. FSC-A-Diagramm (Abbildung 3A). Für die Auswahl einzelner Zellen werden sowohl FSC-H als auch FSC-H vs. FSC-W und SSC-H vs. Es wurden SSC-W-Diagramme verwendet, bei denen Multipletts aufgrund ihrer höheren Breitensignalwerte im Vergleich zu Einzelzellen ausgeschlossen wurden (Abbildung 3B,C). Die Spannungs- und Gating-Strategie für DAPI und Fluozin-3-AM wurde mit Hilfe von einfach gefärbten Inseln bestimmt (Abbildung 3D,E). Dreieckstore für die saure und neutrale Population wurden dann unter Verwendung der mt-Keima-positiven Probe ohne Valinomycin-Exposition identifiziert (Abbildung 3F).
Nachdem diese Primär- und Fluoreszenzgatter etabliert waren, wurde der Mitophagiefluss anhand von basalen und Valinomycin-induzierten Veränderungen der mt-Keima-Fluoreszenz beurteilt (Abbildung 3F,G). Zur Quantifizierung des Mitophagieflusses, der basalen Mitophagie vs. Valinomycin-induzierte Spiegel wurden unter Verwendung des folgenden Verhältnisses verglichen:

Anhand dieses Verhältnisses wurde der Mitophagiefluss in RFD-Zellen quantifiziert. Die Quantifizierung dieses Ergebnisses ist in Abbildung 3H dargestellt. Wichtig ist, dass diese Ergebnisse mit den Ergebnissen in RFD-Inselzellen vergleichbar sind, die mit dem MtPhagy-Ansatz erzeugt wurden (Abbildung 3H).

Abbildung 1: Gating-Schema für die MtPhagy-Methode. (A) Flussdiagramm mit dem für alle Zellen auszuwählenden Gating-Schema. (B) Gating zur Auswahl von Singuletts basierend auf FSC-H vs. FSC-W und (C) SSC-H vs. SSC-W. (D) Gating für DAPI-negative Zellen, um tote Zellen auszuschließen. (E) Gating für Fluozin-3-AM-Hochzellen zur Selektion für β-Zellen. (F) Gating-Schema für den MtPhagy-Farbstoff zur Identifizierungvon MtPhagy hohen undMtPhagy niedrigen Zellpopulationen. (G) Gating-Schema für TMRE zur Identifizierungvon TMRE-hohen undTMRE-niedrigen TMRE-Zellpopulationen. (H) Quadranten-Gating-Schema mit unbehandelten RFD-Inseln zur Identifizierung von Fluozin-Zellenmit hohemMtPhagy-hohem TMRE-Gehalt in Quadrant 3 (Q3) als β-Zellen, die einer Mitophagie unterzogen werden. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 2: Bewertung von Mitophagie-Flussunterschieden in β-Zellen der Maus nach metabolischem Stress unter Verwendung des MtPhagy-Gating-Schemas. Repräsentative Durchflusszytometrie-Diagramme von (A) unbehandelten RFD-β-Zellen, (B) unbehandelten HFD-β-Zellen, (C) Valinomycin-exponierten RFD-β-Zellen und (D) Valinomycin-exponierten HFD-β-Zellen. (E) Quantifizierung des Mitophagieflusses in β-Zellen, berechnet unter Verwendung eines Verhältnisses der MtPhagy-Zellenmit hoherTMRE, die Valinomycin ausgesetzt waren, zu den MtPhagy-Zellenmit niedrigerTMRE, die nicht Valinomycin ausgesetzt waren, sowohl für RFD- als auch für HFD-Proben. *p < 0,05 durch den ungepaarten t-Test des Schülers. n = 3/Gruppe. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.

Abbildung 3: Anschnittschema für die mt-Keima-Methode und Vergleich zwischen beiden Methoden. (A) Flussdiagramm mit dem für alle Zellen auszuwählenden Anschnittschema. (B) Gating zur Auswahl von Singuletts basierend auf FSC-H vs. FSC-W und (C) SSC-H vs. SSC-W. (D) Gating für DAPI-negative Zellen, um tote Zellen auszuschließen. (E) Gating für Fluozin-3-AM-Hochzellen zur Selektion für β-Zellen. (F) Repräsentative Durchflusszytometrie-Diagramme von mt-Keima/+ unbehandelten Zellen und (G) mt-Keima/+ Valinomycin-exponierten Zellen. (H) Quantifizierung des Mitophagieflusses in β-Zellen von RFD-gefütterten Mäusen, berechnet unter Verwendung eines Verhältnisses der sauren/neutralen Zellen, die Valinomycin ausgesetzt waren, zum Verhältnis der sauren/neutralen Zellen, die nicht Valinomycin ausgesetzt waren, unter Verwendung der mt-Keima-Methode und verglichen mit der MtPhagy-Methode (Daten für das MtPhagy-Protokoll ursprünglich in Abbildung 2E dargestellt). n = 3/Gruppe. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzuzeigen.
SAS hat Zuschüsse von Ono Pharmaceutical Co., Ltd. erhalten und ist als Berater für Novo Nordisk tätig.
Dieses Protokoll beschreibt zwei Methoden zur quantitativen Analyse der Mitophagie in β-Zellen der Bauchspeicheldrüse: erstens eine Kombination zellpermeabler Mitochondrien-spezifischer Farbstoffe und zweitens einen genetisch kodierten Mitophagie-Reporter. Diese beiden Techniken ergänzen sich und können je nach Bedarf eingesetzt werden, was Flexibilität und Präzision bei der quantitativen Qualitätskontrolle der Mitochondrien ermöglicht.
E.L-D. dankt der Unterstützung durch die NIH (T32-AI007413 und T32-AG000114). SAS bedankt sich für die Unterstützung durch die JDRF (COE-2019-861), die NIH (R01 DK135268, R01 DK108921, R01 DK135032, R01 DK136547, U01 DK127747), das Department of Veterans Affairs (I01 BX004444), die Familie Brehm und die Familie Anthony.
| Antibiotikum-Antimykotika | Life Technologies | 15240-062 | |
| Attune NxT Durchflusszytometer | Thermofisher Scientific | A24858 | |
| Dimethylsulfoxid | Sigma-Aldrich | 317275 | |
| Fettsäure Freier Hitzeschock BSA-Pulver | Equitech | BAH66 | |
| Fötales Rinderserum | Gemini Bio | 900-108 | |
| Fluozin-3AM | Thermofisher Wissenschaftlich | F24195 | 100 μ g Fluozin-3AM-Pulver, rekonstituiert in 51 μa; L DMSO und 51 μ L Pluronic F-127 erreicht einen Lagerbestand von 1 mM. |
| Gibco RPMI 1640 Medium | Fisher Scientific | 11-875-093 | |
| HEPES (1M) | Life Technologies | 15630-080 | |
| MtPhagy Farbstoff | Dojindo | MT02-10 | 5 μ g MtPhagy Pulver, rekonstituiert mit 50 μm; L DMSO auf 100 μ M Lagerbestände |
| MtPhagy Farbstoff | Dojindo | MT02-10 | |
| Penicillin-Streptomycin (100x) | Life Technologies | 15140-122 | 1x Lösung zur Verwendung in Prokotol durch Verdünnung von 1:10 in ddH2O |
| Phosphatgepufferte Kochsalzlösung, 10x | Fisher Scientific | BP399-20 | 1x Lösung zur Verwendung in Prokotol durch Verdünnung von 1:10 in ddH2O |
| Natriumpyruvat (100x) | Leben Technologien | 11360-070 | 5 μ g MtPhagy Pulver, rekonstituiert mit 50 μm; L DMSO auf 100 μ M Lagerbestände |
| TMRE [Tetramethylrhodamin, Ethylester, Perchlorat] | Anaspec | AS-88061 | TMRE-Pulver in DMSO rekonstituiert, um 100 μm zu erreichen M Lagerbestände. |
| Trypsin-EDTA (0,05%), Phenolrot | Thermofisher Scientific | 25300054 | |
| Valinomycin | Sigma | V0627 | Valinomycin-Pulver in DMSO rekonstituiert, um einen Lagerbestand von 250 nM zu erreichen. |