Der in diesem Protokoll beschriebene halbautomatische Verarbeitungsweg ermöglicht die effiziente Verarbeitung und Kryokonservierung von Korallenspermien, um die Genetik bedrohter Arten zu sichern und die Wiederherstellung und Anpassung an Riffe zu unterstützen. Die Motivation für die Entwicklung dieses Protokolls war der Mangel an bestehenden Systemen, die für die Durchsatzanforderungen der Kryokonservierung von Korallenspermien und die Verwendung von Kryoröhrchen geeignet sind, da Hochdurchsatz-Verarbeitungssysteme für die Kryokonservierung von Spermien in der Regel auf der Probenverpackung in 0,25 mL oder 0,5 mL französischen Strohhalmen basieren21,22. Im Vergleich dazu werden Kryofläschchen im Allgemeinen entweder in kleinem Maßstab für die Verarbeitung mit niedrigem Durchsatz (z. B. Kryokonservierung von Laborproben für die Forschung 23,24) oder in Hochdurchsatz-Verarbeitungssystemen für Massenproben mit teuren, nicht tragbaren Geräten (z. B. Zellkulturverarbeitung für die Industrie 18,25) verwendet ). Wir untersuchten auch das Potenzial für den Einsatz eines Auto-Decapping-Systems, um die Entnahme und den Austausch von Kryoröhrchenkappen zu rationalisieren, aber die Systeme waren nur für einzelne Kryoröhrchen oder für ganze Kryoröhrchengestelle verfügbar, so dass sie keine kostengünstige Lösung boten. Derzeit gibt es weltweit mehrere Gruppen, die das von Hagedorn et al.4 entwickelte Kryokonservierungsprotokoll verwenden, um die genetische Vielfalt von Korallen zu sichern, und es ist wichtig, dass diese Arbeit auf weitere Riffe auf der ganzen Welt ausgeweitet wird. Daher war eine wichtige Überlegung bei der Entwicklung des aktuellen Protokolls die Notwendigkeit, kostengünstige und zugängliche Technologien zu nutzen, die von diesen anderen Gruppen leicht implementiert werden können und die für neue Gruppen, die mit der Kryokonservierung von Korallenspermien beginnen möchten, nicht unerschwinglich sind.
Eine Schlüsselkomponente des beschriebenen Protokolls ist die verbesserte Handhabung von Beispiel-Metadaten über verknüpfte Tabellenkalkulationen in Microsoft Excel. Die Dateneingabe ist im Allgemeinen einfach, aber es muss beachtet werden, dass die Bearbeitung von Informationen in den automatischen Datenblättern nur durch Löschen und erneutes Eingeben von Informationen erfolgen sollte, da Schnellfunktionen (z. B. Strg + C, Strg + V) zum Bearbeiten von Daten möglicherweise gleichzeitige Eingaben durch andere Benutzer beeinträchtigen und Probleme bei der Datenverknüpfung zwischen Tabellenkalkulationen verursachen können. Eine wichtige Metadatenkomponente ist ein eindeutiger Identifikator (nämlich die Kolonie-ID), der mit der Donorkolonie verknüpft ist und in allen Phasen des Verarbeitungswegs an die Probe angehängt wird. Es ist wichtig, dass die Probenröhrchen zum Zeitpunkt der Bündelentnahme deutlich mit der Kolonie-ID gekennzeichnet sind und dass diese Informationen genau auf alle neuen Röhrchen übertragen werden, in die die Probe während der Vorbereitung (z. B. während der Filtration zur Trennung von Eizellen und Spermien oder für die Zugabe von Kryoverdünnungsmitteln) übertragen wird. Obwohl das Protokoll die automatische Übertragung von Informationen zur Probenqualität vom CASA-Bediener zur Kryokonservierungsworkstation ermöglicht, können Probleme auftreten, wenn die Internet- oder Wi-Fi-Abdeckung schlecht ist. Wenn Verzögerungen bei der Datenübertragung auftreten, wird empfohlen, dass die beiden Arbeitsstationen offline arbeiten und separate automatische Datenblätter führen, die anschließend abgeglichen werden können. Die wichtigsten Informationen, die der Bediener der Kryokonservierung benötigt, sind die Kolonie-ID und die Probenkonzentration, daher wird empfohlen, dass der CASA-Bediener die Probenkonzentration als Backup auf das Probenröhrchen schreibt, um sicherzustellen, dass diese Informationen für die Vorbereitung der Kryokonservierung zur Verfügung stehen, wenn es zu einer Verzögerung beim Hoch- oder Herunterladen von Metadaten zwischen Computern kommt.
Die Auswahl an Barcode-Scannern und barcodierten Kryofläschchen, die für dieses Protokoll verwendet werden, kann je nach Budget und Produktverfügbarkeit variiert werden. Es gibt jedoch einige Schlüsselelemente, die bei ihrer Auswahl berücksichtigt werden sollten. Der Barcode-Scanner sollte über die Fähigkeit verfügen, benutzerdefinierte Einstellungen vorzunehmen, insbesondere die Möglichkeit, die Dateneingabespezifikationen und die Richtung der Dateneingabe zu ändern. Die für dieses Protokoll verwendeten Auto-Datenblätter verwenden einen horizontalen Eintrag, aber in einigen Fällen (z. B. beim Beitritt in die Biobank oder für andere Laboranwendungen) kann ein vertikaler Eintrag erforderlich sein, daher ist es wichtig, dass diese Funktion anpassbar ist. Obwohl das Protokoll sowohl mit 1D- als auch mit 2D-Barcodes verwendet werden kann, wird empfohlen, dass die ausgewählten Kryoröhrchen eine für Menschen lesbare Komponente haben (z. B. enthalten 1D-Barcodes in der Regel eine eindeutige Nummer), um eine Gegenkontrolle des Probeneingangs während der Kryokonservierung zu ermöglichen. Zusätzlich zur Probeneingabe kann der Barcode-Scanner verwendet werden, um die Eingabe einiger Metadatenfelder zu automatisieren, indem QR-Codes für Informationen erstellt und ausgedruckt werden, die sich vor dem Laichen in den Proben wiederholen (z. B. Artennamen, Daten und Riffstandorte). Diese Informationen können dann schnell und einfach durch Scannen mit dem Barcode-Scanner in die Auto-Datenblätter eingetragen werden. Darüber hinaus ist es durch das Anbringen von Seriennummern-Barcodes an jedem Kryo-Rack und jeder Thermoelementsonde auch möglich, jeden Kryokonservierungslauf mit einem bestimmten Satz von Geräten innerhalb der Datenbank zu verknüpfen, was für die Qualitätskontrolle und zur Identifizierung von Komponenten, die repariert oder ausgetauscht werden müssen, nützlich ist.
Die limitierenden Faktoren bei der Verarbeitung sind oft die Zeit, die mit dem Warten auf das Aufbrechen der Bündel verbracht wird, und die Zeit, die benötigt wird, um die Spermien vor der CASA und der Kryokonservierung zu filtern und von den Eizellen zu trennen. Es wird empfohlen, die Proben nach Möglichkeit in der Reihenfolge zu behandeln, in der die Bündel aufbrechen. Weitere Effizienzgewinne können jedoch durch das strategische Management von Aufträgen für die Probenbearbeitung erzielt werden. Wenn es beispielsweise 5 oder weniger Kryoröhrchen pro Kolonie gibt, aufgrund eines geringen Probenvolumens (d. h. weniger als 3 ml Spermien pro Kolonie) oder einer niedrigen Spermienkonzentration, die eine 2:1-Verdünnung mit Kryoverdünnungsmittel erfordert (d. h. weniger als 2 × 109/ml), dann ist es besser, Kryoverdünnungsmittel zu zwei Kolonieproben gleichzeitig hinzuzufügen, damit sie zusammen auf demselben Kryogestell betrieben werden können (insgesamt # verfügbare Slots = 11). anstatt sie separat mit Dummys laufen zu lassen, die die leeren Räume füllen. Darüber hinaus ist es möglich, mehrere Kryo-Racks gleichzeitig zu betreiben (für Proben >6 mL Volumen), vorausgesetzt, es wird darauf geachtet, dass alle Prozesse innerhalb der 10-minütigen Kryoverdünnungs-Äquilibrierungszeit abgeschlossen werden können, was den Probendurchsatz weiter erhöhen kann. Wenn jedoch mehrere Kryo-Racks betrieben oder mehrere Kolonien auf einem einzigen Kryo-Rack kombiniert werden, muss darauf geachtet werden, dass die Kryokonservierungsmetadaten der richtigen Probe im Auto-Datenblatt zugeordnet werden, insbesondere wenn die Proben in einer anderen Reihenfolge als ihrer CASA-Bewertung kryokonserviert werden.
Neben der Entwicklung des halbautomatischen Arbeitsablaufs bietet die vorliegende Protokollbeschreibung auch zwei methodische Vergleiche in Bezug auf die Spermienkonzentration, die darauf abzielen, die Ergebnisse der Spermienanalyse und der Kryokonservierung zu verbessern. Im Allgemeinen führt die Entnahme von 5 ml Gametenbündeln über 5 ml Meerwasser (Gesamtvolumen 10 ml) zu einer Spermienkonzentration von 2 × 109 Zellen/ml, aber es gibt Fälle, in denen die Spermienkonzentration aufgrund von Speziesunterschieden oder Bündeln, die während der Entnahme auseinanderbrechen, niedriger sein kann. Die Verwendung eines DMSO-Kryoverdünnungsmittels mit höherer Konzentration (30 % v/v) reduziert die Menge, um die Spermien verdünnt werden, um die Schwankungen der Spermienkonzentration im Kryofläschchen von Charge zu Charge zu minimieren. Wichtig ist, dass die Verwendung von 30 % DMSO zur Erreichung der endgültigen DMSO-Konzentration keinen Einfluss auf die Konzentration nach dem Auftauen oder die Motilitätsparameter hat, wie die repräsentativen Daten in Abbildung 3 zeigen. Der zweite methodische Vergleich bietet eine Alternative zu den für CASA typischerweise verwendeten Einmal-Deckglas-Objektträgern. Die größte Herausforderung bei der Verwendung von kommerziell erhältlichen Objektträgern für die Analyse von Korallenspermien besteht darin, dass sie die Genauigkeit der Motilitätsbeurteilung beeinträchtigen können, da die Spermien an der Objektträgerbeschichtung haften bleiben. Die Verwendung der Aktivierungslösung überwindet dieses Problem bei vielen, aber nicht bei allen Proben, daher wird weiterhin empfohlen, eine separate CASA-Analyse der Motilität mit einem einfachen Objektträger durchzuführen, um Zuverlässigkeit und Konsistenz zu gewährleisten. Die Verwendung einer Makler-Zählkammer überwindet die Notwendigkeit, Konzentration und Motilität separat zu analysieren, und verbessert möglicherweise die Genauigkeit von Konzentrationsmessungen (Abbildung 2), daher wird sie für die Verwendung mit dem aktuellen Protokoll empfohlen. Angesichts dieser Diskrepanz bei den Konzentrationsmessungen, ein Befund, über den bereits berichtet wurde20, ist es wichtig, neben den Daten zur Spermienqualität immer die Objektträgerdetails in der Datenbank aufzuzeichnen und, wo immer möglich, bei der Art des verwendeten Objektträgers konsistent zu sein, um die Variation von Charge zu Charge zu minimieren und zuverlässige Berechnungen des Spermien-Ei-Verhältnisses für die Befruchtung zu gewährleisten.
Der hierin beschriebene halbautomatische Prozess bietet einen standardisierten und effizienten Weg für die Kryokonservierung und Biobank von Spermien bedrohter Korallenarten unter Beibehaltung der Biosicherheit und Qualität der Probe. Das beschriebene Protokoll ist leicht übertragbar und relativ kostengünstig in Programmen auf der ganzen Welt zu implementieren, die daran arbeiten, die vorhandene Korallenvielfalt durch Kryokonservierung zu sichern, was unerlässlich sein wird, um das Aussterben zu verhindern und die für die Wiederherstellung der Riffe verfügbaren Ressourcen jetzt und in Zukunft zu maximieren.