Das einfachste 3D-PREFUL-Bildgebungsprotokoll umfasst zwei Sequenzen: einen anatomischen Lokalizer und eine Messung in freier Atmung mithilfe der Golden-Winkel-3D-Stack-of-Stars-Aufnahme. Die Stack-of-Stars-Trajektorie ist in Abbildung 1 dargestellt. Diese Trajektorie kombiniert radiale Abtastung (in der Ebene) mit linearer kartesischer Abtastung (in z-Richtung). Zunächst werden Abtastwerte in kz-Partitionierungsrichtung erfasst, gefolgt von einer Drehung um den Goldenen Winkel zur Abtastung der kx-ky-Ebene. Das Golden-Winkel-Aufnahmeschema ermöglicht eine Selbstgating-Funktion mit gleichmäßiger Abdeckung des k-Raums und erleichtert die Bildrekonstruktion auch bei stark unterabgetasteten Daten. Die gesamte Untersuchung dauert nicht länger als 10 Minuten. Weitere Einzelheiten zur 3D-PREFUL-Aufnahme finden sich im Materialverzeichnis.

Abbildung 1: Nach dem Goldenen Schnitt rotierte Stapel-Stern-Trajektorie. Beachten Sie die radiale Abtastung entlang der in-Ebene-Dimension (kx-ky) und die kartesische Abtastung entlang der Schichtrichtung (kz). Dieses Schema führt zu einer zylindrischen Abdeckung des erfassten k-Raums. In diesem Beispiel sind drei Partitionen dargestellt, wobei jede 32 radiale Projektionen umfasst. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzusehen.
Eine Liste typischer MRT-Parameter, die für die 3D-PREFUL-Bildgebung auf einem 1,5-T-Gerät verwendet werden, ist in Tabelle 1B dargestellt. Für den 3-T-Gerät werden die in Tabelle 2 aufgeführten Sequenzparameter vorgeschlagen.
Nach Abschluss der Datenaufnahme und des Datentransfers beginnt der Teil der Bildrekonstruktion. Dieser Schritt erfolgt mithilfe eines MATLAB-Codes, der zum geistigen Eigentum (IP) eines Unternehmens (BioVisioneers GmbH) gehört und nicht öffentlich geteilt werden kann. Das Skript ist vollständig automatisiert, sobald der Pfad zu den Rohdaten angegeben wurde. Eine schematische Übersicht des Rekonstruktionsverfahrens ist in Abbildung 2 dargestellt.

Abbildung 2: Schematische Übersicht der 3D-Phasenaufgelösten Funktionellen Lungen-(PREFUL-)MRT-Methode. Zunächst werden Daten mittels einer 8-minütigen MRT-Aufnahme während freier Atmung mit einer Stack-of-Stars-Trajektorie erfasst. Nach der Übertragung der Daten vom MRT-Scanner auf eine Recheneinheit werden 3D-Bilder mit niedriger räumlicher Auflösung und einer zeitlichen Auflösung von etwa 100 ms rekonstruiert. Das Lungengewebe jedes Bildes wird segmentiert und das Lungenvolumen berechnet. Diese Volumeninformation wird anschließend als Gatingsignal verwendet. Basierend auf der Amplitude und Phase des Gatingsignals werden die radialen Projektionen in Atemphasen-Bins sortiert, die einen kompletten Atemzyklus abdecken. Der Binning-Schritt wird gefolgt von der dynamischen Rekonstruktion von Vollauflösungs-Bildern, die danach auf das endinspiratorische Niveau registriert werden. Nach mehreren Schritten der Nachbearbeitung wird der regionale Ventilationszyklus (RVent) berechnet und die Bildanalyse einschließlich der Parameterextraktion durchgeführt. Der RVent-Zyklus wird durch die Berechnung der Fluss-Volumen-Kurve (FVL) für jeden Voxel bewertet. Die FVL-CM-Ventilationskarten werden durch einen Vergleich der FVL jedes Voxel mit einer gesunden Referenz-FVL gewonnen, wobei die Ähnlichkeit anhand eines Kreuzkorrelationsmaßes bewertet wird. Für sowohl RVent als auch FVL-CM werden die globalen Gesamtventilationsdefektprozente (VDP) quantifiziert. Darüber hinaus wird die Dynamik des RVent-Zyklus mittels Zeit-zu-Spitze-Analyse analysiert, was zu einer Ventilationszeit-zu-Spitze-(VTTP-)Parameterkarte führt. Zusätzlich wird die Abweichung des erwarteten Ventilationsspitzenwerts bei 50 % des RVent-Zyklus in der VTTPDev-Karte quantifiziert. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzusehen.
Nach dem Bildrekonstruktionsverfahren werden alle Bilder räumlich auf einen einzigen festen Zustand ausgerichtet. Die Registrierung selbst wird auf der CPU mithilfe der Advanced Normalization Tools (ANTs27) oder des Forsberg-Registrierungspakets28 durchgeführt. Während das ANTs-Paket weiterhin als Goldstandard für Bildregistrierungsaufgaben in der MRT- und CT-Bildgebung gilt, ermöglicht die Forsberg-Registrierung ein bis zu zehnmal schnelleres Verfahren mit vergleichbaren Ergebnissen, das in bis zu 9 Minuten abgeschlossen ist19. Die Wahl des Registrierungspakets kann je nach Benutzerprioritäten und verfügbaren Recheneinheiten getroffen werden. Nach Abschluss der Registrierung werden die registrierten morphologischen Bilder erneut invertiert, sodass die Lunge im Graustufenbild dunkel erscheint.
In Abbildung 3 ist der nächste Schritt der Pipeline dargestellt, der die Segmentierung des Lungenparenchyms beinhaltet. Zunächst wird das Lungenparenchym aus dem endinspiratorischen Bild mithilfe eines konvolutionalen neuronalen Netzwerks mit der nnUnet-Architektur segmentiert29. Anschließend erfolgt eine Erkennung der Blutgefäße30, die von der endgültigen Segmentierungsmaske ausgeschlossen wird.

Abbildung 3: Beispielhafte Ergebnisse der segmentierungsbasierten Tiefenlernanalyse für einen 32-jährigen männlichen Probanden. Die oberste Zeile zeigt morphologische Bilder von acht repräsentativen koronaren Schnitten. In der zweiten und dritten Zeile sind jeweils die entsprechende Lungenparenchymmaske und die endgültige Maske nach Ausschluss der Gefäße zu sehen. Bitte klicken Sie hier, um eine vergrößerte Version dieser Abbildung anzusehen.
Ein Beispiel einer fehlerhaften Segmentierung des Lungenparenchyms ist in Abbildung 4 dargestellt. Es ist unerlässlich, die auf Deep Learning basierenden Segmentierungen visuell zu überprüfen, und falls diese als unbefriedigend erachtet werden, sollten manuelle Korrekturen in Betracht gezogen werden, um die Genauigkeit der endgültigen Lungenparenchym-Maske zu verbessern.

Abbildung 4: Beispielhafte Ergebnisse einer fehlerhaften, auf Deep Learning basierenden Segmentierung bei einem 57-jährigen männlichen Probanden. Die oberste Zeile zeigt morphologische Bilder von acht repräsentativen koronaren Schnitten. In der zweiten und dritten Zeile sind jeweils die entsprechende Lungenparenchymmaske und die endgültige Maske nach Ausschluss der Gefäße zu sehen. Wie ersichtlich ist, werden mehrere fibrotische Regionen fälschlicherweise als Gefäße oder nicht-pulmonale Strukturen erkannt. Diese Ungenauigkeiten wurden manuell korrigiert, wie in der vierten Zeile dargestellt. Bitte klicken Sie hier, um eine vergrößerte Version dieser Abbildung anzusehen.
Nach mehreren im Protokoll beschriebenen Filterschritten werden Belüftungssurrogate berechnet. Die 3D-PREFUL-MRT erzeugt quantitative Karten für die statische regionale Belüftung (RVent), dynamische Fluss-Volumen-Korrelationsmetriken (FVL-CM) sowie zwei Parameter, die auf der Analyse der Zeit-zum-Belüftungspitzenwert (VTTP) basieren, wie in Abbildung 5 veranschaulicht. Diese Abbildung zeigt acht koronare Schnitte eines 32-jährigen gesunden Mannes. Beachten Sie die erwartete homogene Verteilung aller Belüftungsparameter.

Abbildung 5: 3D PREFUL-MRT eines gesunden Probanden (32-jähriger Mann). Repräsentative morphologische (obere Zeile) und 3D PREFUL-MRT-Ventilationsparameterkarten (zweite bis fünfte Zeile) für einen gesunden Probanden (32-jähriger Mann). Die statische regionale Ventilation wird durch die regionale Ventilation (RVent) dargestellt, während die Ventilationsdynamik anhand des Fluss-Volumen-Kurven-Korrelationsmaßes (FVL-CM), der Ventilationszeit bis zum Peak (VTTP) und der Abweichung von VTTP (VTTPDev) bewertet wird, welche Parameter zur Beurteilung der Ventilationsdynamik darstellen. Wie erwartet, zeigen alle Ventilationsparameterkarten homogene Ventilationswerte. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzusehen.
Zur Vereinfachung der Ventilationskarten werden für RVent und FVL-CM Ventilationsdefekt-Karten (VD-Karten) abgeleitet, die eine schnellere Interpretation der Ergebnisse ermöglichen. Die beispielhaften VD-Karten sind in Abbildung 6 dargestellt. Für sowohl VDRVent als auch VDFVL-CM wurden VDP-Werte von 3,6 % bzw. 3,0 % ermittelt, die im gesunden Normbereich liegen. Im Idealfall sollte der VDP-Wert, abhängig vom Alter gesunder Probanden, 10 % nicht überschreiten. Die oben genannten Parameter (RVent, FVL-CM und ihre VD-Karten) wurden in mehreren Studien11,12,35,36 validiert und zeigen sich empfindlich bei der Erkennung von Erkrankungen sowie therapieinduzierten Effekten20,34,37,38,39.

Abbildung 6: Repräsentative RVent- und FVL-CM-Karten einschließlich ihrer Ventilationsdefektkarten. Dargestellt sind die RVent- (obere Reihe) und FVL-CM-Karten (zweite Reihe) sowie die daraus abgeleiteten Ventilationsdefektkarten (dritte und vierte Reihe), die mittels 3D-PREFUL-MRT bei einem gesunden Probanden (32-jähriger Mann) gewonnen wurden. Auf den VD-Karten sind gesunde Bereiche grün und ventilationsdefizitäre Areale rot markiert. Bitte klicken Sie hier, um eine vergrößerte Version dieser Abbildung anzusehen.
Mehrere Studien zur pulmonalen MRT wurden sowohl bei magnetischen Feldstärken von 1,5 T als auch von 3 T veröffentlicht. Obwohl 3 T aufgrund des höheren Signal-Rausch-Verhältnisses (SNR) einen theoretischen Vorteil bietet, könnte dieser durch stärkere magnetische Suszeptibilitätseffekte bei 3 T aufgewogen werden. Der genaue Einfluss der magnetischen Feldstärken auf die Bildqualität von 3D-PREFUL-Ventilationskarten ist derzeit unbekannt. Hier präsentieren wir Machbarkeitsergebnisse (Abbildung 7), die an einem gesunden Probanden (35-jähriger Mann) mit einem 3-T-MRT-Gerät gewonnen wurden. Beachten Sie das heterogenere Erscheinungsbild der Ventilationsparameter bei 3 T im Vergleich zu 1,5 T (Abbildung 5).

Abbildung 7: 3D PREFUL-MRT eines gesunden Probanden (35-jähriger Mann). Repräsentative morphologische (oberste Zeile) und 3D PREFUL-MRT-Ventilationsparameterkarten (zweite bis fünfte Zeile) für einen gesunden Probanden (35-jähriger Mann) bei 3 T. Die statische regionale Ventilation wird durch die regionale Ventilation (RVent) dargestellt, während die Ventilationsdynamik anhand des Fluss-Volumen-Kurven-Korrelationsmaßes (FVL-CM), der Ventilationszeit bis zum Maximum (VTTP) und der Abweichung von VTTP (VTTPDev) bewertet wird, welche Parameter zur Beurteilung der Ventilationsdynamik darstellen. Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Abbildung anzusehen.
Ein Vergleich bzw. eine Validierung von 3D-PREFUL mit direkteren Messverfahren ist derzeit nicht veröffentlicht. Es gibt mehrere Studien, die eine positive Korrelation zwischen VDP-Werten und räumlicher Überschneidung von Ventilationsdefekten zwischen der 2D-PREFUL-Technik und 129Xe11,12,14 sowie 19F-MRT35 berichten. Ein kürzlich durchgeführter Vergleich zwischen mittels 3D-PREFUL bestimmter Ventilation und direkten Ventilationsmessungen mittels 19F-MRT bei Patienten mit chronisch obstruktiver Lungenerkrankung (COPD), Asthma und gesunden Probanden zeigte eine moderate bis starke Korrelation auf globaler Ebene40. Dargestellt ist ein Beispielvergleich (Abbildung 8) für einen Patienten mit chronisch obstruktiver Lungenerkrankung (54-jährige Frau, FEV1 = 42 % des vorhergesagten Wertes), der mit 3D-PREFUL und 19F-Wash-in-MRT untersucht wurde.

Abbildung 8: 3D PREFUL-MRT einer 54-jährigen weiblichen COPD-Patientin. Morphologische Bilder (oberste Zeile), Ventilationsparameter und entsprechende Ventilationsdefekt-Karten einer 54-jährigen weiblichen COPD-Patientin (FEV1 = 42 % pred., FVC = 102 % pred.) wurden mittels 3D PREFUL-MRT (2. und 3. Zeile) und 19F-MRT (4. und 5. Zeile) dargestellt, zusammen mit einem Vergleich der Ventilationsdefekt-Karten beider Methoden (unterste Zeile). Insgesamt betrug der Sørensen-Dice-Koeffizient über alle Schichten hinweg 25,5 % in defekten Bereichen und 80,6 % in gesunden Regionen, was einer gesamten räumlichen Übereinstimmung von 69,2 % entspricht. Bemerkenswert ist die visuelle Korrelation zwischen übereinstimmenden Ventilationsbereichen in gesunden und defekten Regionen (dargestellt in dunkelgrün). Bitte klicken Sie hier, um eine vergrößerte Version dieser Abbildung anzusehen.
Mithilfe der 3D-PREFUL-MRT können regionale Therapieantworten gemessen werden20. Als Beispiel zeigt Abbildung 9 einen Vergleich von drei Schnitten aus der Lunge einer Person mit zystischer Fibrose (43-jährige Frau) im Ausgangszustand (links, FEV1 = 94 % des vorhergesagten Wertes) und nach einer CFTR-Modulator-Therapie (rechts, FEV1 = 112 % des vorhergesagten Wertes). Da beide Messungen räumlich übereinstimmen, ermöglicht die 3D-PREFUL eine Analyse der regionalen Therapieantwort, wie am unteren Rand von Abbildung 9 veranschaulicht. Beachten Sie die erhöhten Werte der Korrelationsmetrik der Fluss-Volumen-Schleife sowie die Verringerung der Ventilationsdefekte nach der Therapie.

Abbildung 9: 3D-PREFUL-Messungen einer 43-jährigen weiblichen Mukoviszidosepatientin (CF). Beispielhafte Ventilationsmarkerkarten der Basislinienmessung (links) und der Messung nach der Behandlung (rechts) einer 43-jährigen weiblichen CF-Patientin. Der VDPFVL-CM verringerte sich von 18,0 % (Basislinie) auf 3,6 % (nach der Behandlung). FEV1 % Sollwert vor Behandlung: 94 %, FEV1 % Sollwert nach Behandlung: 112 %. LCI vor Behandlung: 10,48, LCI nach Behandlung: 9,39. Die entsprechenden Behandlungsreaktionskarten sind unten dargestellt. Beachten Sie die grünen Bereiche, die die nach der Therapie aufgelöste Ventilation anzeigen. Bitte klicken Sie hier, um eine vergrößerte Version dieser Abbildung anzusehen.
Tabelle 1: Liste typischer MRT-Parameter, die für die Lokalisierung und die 3D-PREFUL-Aufnahme an einem 1,5-T-Gerät verwendet werden. (A) Lokalisierung und (B) 3D-PREFUL-Aufnahme. Bitte klicken Sie hier, um diese Tabelle herunterzuladen.
Tabelle 2: Vorgeschlagene MRT-Parameter für die 3D-PREFUL-Aufnahme an einem 3T-Scanner. Bitte klicken Sie hier, um diese Tabelle herunterzuladen.
Tabelle 3: Beispielhafter statistischer Bericht der 3D-PREFUL-Parameter für einen gesunden Probanden (35-jähriger männlicher) Bitte klicken Sie hier, um diese Tabelle herunterzuladen.