Schlaganfall ist weltweit eine der häufigsten Todesursachen und langfristigen Behinderungen, wobei ischämischer Schlaganfall die Mehrheit der Fälle ausmacht. Nach einem ischämischen Schlaganfall werden residente und infiltrierende Immunzellen aktiviert, was zu weiteren neuronalen Schäden beiträgt. Die Rolle des Immunsystems bei der Pathologie des ischämischen Schlaganfalls ist jedoch nicht vollständig verstanden, was vor allem auf die komplexe und dynamische Regulation der Immunantworten als Reaktion auf Veränderungen in der Mikroumgebung während der Neuroinflammation zurückzuführen ist. Daher ist es wichtig, die Aktivierung von residenten und infiltrierenden Immunzellen im Laufe der Zeit nach einem ischämischen Schlaganfall zu überwachen und zu analysieren. In dieser Studie stellen wir ein Protokoll zur Beurteilung der Funktion dieser Immunzellen nach ischämischem Schlaganfall mittels durchflusszytometrischer Analyse in einem Mini-Schlaganfallmodell vor. Wir präparieren das infarzierte Hirngewebe zu bestimmten Zeitpunkten und dissoziieren es dann sowohl mit mechanischen als auch mit enzymatischen Methoden in eine Einzelzellsuspension. Die Zellen werden durch ein 70-μm-Zellsieb geleitet und mit fluoreszenzmarkierten Antikörpercocktails markiert, bevor sie durch durchflusszytometrische Analyse quantifiziert werden. Während dieser Assay speziell für die Untersuchung neuroimmuner Interaktionen nach ischämischem Schlaganfall entwickelt wurde, kann er auch leicht angepasst werden, um neuroimmune Mechanismen bei anderen neurodegenerativen Erkrankungen wie Multipler Sklerose, Parkinson und Alzheimer zu untersuchen.