Neue Erkenntnisse, einschließlich früherer Studien, deuten auf eine Subpopulation von Zellen im Gewebe des hepatozellulären Karzinoms (HCC) hin, die eine überlegene metabolische Aktivität und Stressresistenz aufweisen. Diese Zellen sind wichtige Treiber für das Fortschreiten des Tumors und die Therapieresistenz. Bestehende Methoden zum Nachweis lebensfähiger Zellen in situ beeinträchtigen jedoch häufig die Integrität des Gewebes, verändern die zelluläre Lebensfähigkeit oder sind technisch anspruchsvoll. In dieser Arbeit wird ein neuartiger, einfacher, zerstörungsfreier Ansatz für den in situ Nachweis von metabolisch aktiven Zellen in HCC-Geweben durch mitochondrienabhängige Reduktion von 3-(4,5-Dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazoliumbromid (MTT) zu unlöslichen Formazankristallen vorgestellt. Durch die Optimierung der Gewebefragmentgröße (1 × 1 × 0,2 cm3), der Kulturbedingungen (20 % FBS, 1 mg/ml MTT und 3 h Inkubation mit intermittierender Verwirbelung) und der Kryosektionsparameter (20 μm Dicke, 4 % PFA-Fixierung und DAPI-Gegenfärbung) wurde eine räumliche Kartierung lebensfähiger HCC-Zellen innerhalb von 5 Stunden erreicht. Dieses kostengünstige Protokoll erfordert keine spezielle Ausrüstung und behält die Gewebearchitektur bei, was die räumliche Identifizierung von hochlebensfähigen und stressresistenten Zellclustern in Oberflächenregionen ermöglicht. Zu den Einschränkungen gehören ein fortschreitender Viabilitätsverlust über 6 h hinaus und eine Kristallverschiebung während des Schnitts, die durch FBS-Supplementierung und kontrolliertes Einfrieren gemildert werden kann. Diese Methode bietet eine praktische Plattform für die Einzelzellisolierung therapieresistenter Subpopulationen und bringt die Forschung an HCC-Mikroumgebungen voran.