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Schleim spielt eine entscheidende Rolle bei der Aufrechterhaltung der Darmhomöostase, indem er die Verdauung erleichtert, eine Barriere gegen Mikroben bildet und die Immunreaktionen im Darm reguliert. Seine Sekretion wird durch verschiedene intrinsische und extrinsische Faktoren moduliert, einschließlich mikrobieller Infektionen und Entzündungen. Während traditionelle Methoden zur Schleimanalyse auf relativer Quantifizierung beruhen, wie z. B. die Messung der Schleimdicke in histologischen Schnitten, bieten diese Ansätze nur einen begrenzten Einblick in das tatsächliche Volumen und die räumliche Verteilung des sezernierten Schleims im Darmlumen. In dieser Arbeit stellen wir eine detaillierte Methodik zur absoluten, dreidimensionalen Quantifizierung von Schleim unter Verwendung von Ganzkörper-Darmgeweben und Multiphotonenmikroskopie vor. Dieses Protokoll umfasst die Präparation ligierter Darmschlingen, die Behandlung mit Carbamoylcholinchlorid als Stimulus für die Aktivierung von Becherzellen, die Gewebefixierung und die Färbung für die Bildgebung. Mit Hilfe der Multiphotonenmikroskopie nehmen wir Z-gestapelte Bilder der luminalen Oberfläche auf. Diese werden in der Imaris-Software verarbeitet, um das Volumen und die räumliche Verteilung des sezernierten Schleims zu quantifizieren. Wir zeigen, dass Carbamoylcholinchlorid die Schleimsekretion sowohl im Ileum- als auch im Dickdarmgewebe innerhalb von 30 Minuten robust induziert. Der sezernierte Schleim tritt sporadisch und diskontinuierlich im gesamten Lumen auf, was die Bedeutung der volumetrischen Analyse gegenüber herkömmlichen zweidimensionalen Ansätzen unterstreicht. Dieses Protokoll ermöglicht es Forschern, absolute quantitative Daten zu erhalten und die Schleimverteilung in situ zu visualisieren, und bietet ein leistungsfähiges Werkzeug zur Untersuchung der Darmschleimdynamik unter physiologischen und pathologischen Bedingungen.