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Das Verständnis der strukturellen und funktionellen Beziehungen innerhalb komplexer neuronaler Netzwerke im Gehirn erfordert die Erstellung von Hirnatlassen, die sowohl ein breites Sichtfeld als auch eine subzelluläre Auflösung besitzen. Allerdings haben aktuelle optische und elektronenmikroskopische Bildgebungsverfahren jeweils Einschränkungen, was es erschwert, alle Zellen in einer einzigen Probe abzubilden. Dieses Protokoll führt eine Bildgebungstechnik namens Optical Multilayer Interference Tomography (OMLIT) ein, die eine ununterschiedliche optische Bildgebung aller Zellen in Hirnproben ermöglicht, die nach der Elektronenmikroskopie-Probenvorbereitung hergestellt wurden, und so einen vollständigen Hirnatlas aller neuronalen Zellen rekonstruiert. Darüber hinaus kann die OMLIT-Bildgebung nahtlos in den Bildgebungsworkflow der automatisierten Bandaufnahme-Ultramikrotomie-Rasterelektronenmikroskopie (ATUM-SEM) integriert werden. Dies ermöglicht es Forschern, vor der Elektronenmikroskopie-Bildgebung mesoskalige strukturelle Informationen von Zellen zu erhalten, was die präzise Auswahl interessanter Bereiche erleichtert und die für hochauflösende Elektronenmikroskopie-(EM)-Bildgebung erforderliche Fläche und Datenvolumen erheblich reduziert. Wir validierten die Genauigkeit und Kompatibilität dieser Methode in tatsächlichen Proben aus dem erwachsenen Maushirnrinde und demonstrierten so ihre breiten Anwendungsmöglichkeiten im Multi-Skala-Hirnatlas-Bau.