Eine Herausforderung in biologischen Studien besteht darin, biologische Baustoffe in ihrem ursprünglichen Zustand und in der intakten Architektur von Zellen und Geweben genau nachzuweisen. Die Raman-Spektroskopie zeigt ein beispielloses Potenzial für den Nachweis von intrinsischen Metaboliten und chemischen Spezies in biologischen Proben und wurde kürzlich als aufstrebendes Werkzeug für die Erstellung von Stoffwechselprofilen biologischer Proben anerkannt1. Durch die Analyse der Peaks verschiedener Stoffwechselgruppen, die in Raman-Fingerabdruckspektren gezeigt werden, gibt es immer mehr Beweise dafür, dass die Fingerabdruckmerkmale zur Erkennung der frühen Stadien von Krankheiten wie Krebs 2,3,4, Herzerkrankungen 5,6 und neurodegenerativen Erkrankungenverwendet werden können 7,8 und besonders nützlich sind, um grundlegende biologische Probleme zu lösen 9,10 Dazu gehören die Abbildung intrazellulärer Strukturen ohne Markierungsstörung11, die Differenzierung verschiedener Zellzustände12,13 und die Zelltypklassifikation 14,15,16. Der größte Teil der chemischen Information ( > 90 %), die in den Raman-Spektren kodiert ist, befindet sich im Fingerabdruckbereich (500 bis 1800 cm-1), was diesen Bereich bei weitem am nützlichsten für die Unterscheidung chemischer Zusammensetzungen in biologischen Proben macht17. Das schwache Raman-Signal in diesem Frequenzbereich macht die Anwendung der Raman-Fingerabdruckspektroskopie in biologischen Studien jedoch zu einer Herausforderung, insbesondere für lebende, intakte biologische Proben1.
Kohärente Raman-Imaging-Ansätze (CRI) verkürzen die Erfassungszeit von Raman-Signalen erheblich, aber die meisten von ihnen erfassen relativ schmale Spektralsegmente und sind für die starken CH-Dehnungssignale zwischen 2800 und 3100 cm-1 optimiert. Schmalbandige CARS und stimulierte Raman-Streuung (SRS) (Abbildung 1A,B) verwenden zwei Pikosekundenpulse, in der Regel, um einen schmalen Teil des starken CH-Signals 18,19,20,21,22,23 zu erfassen. Multiplex-CRI-Ansätze, wie z. B. Multiplex-CARS (Abbildung 1C), verwenden eine Kombination aus einer Pikosekunde und ~100 fs-Impulsen, um einen moderaten Spektralbereich (normalerweise ≤ 400 cm-1) zu erhalten, der normalerweise im CH-Bereich 24,25,26,27,28,29,30 liegt. Die Erfassung eines gesamten biologisch relevanten Raman-Spektrums (von 600 - 3200 cm-1) pro Pixel mit diesen bildgebenden Ansätzen ist in der Regel unerschwinglich, da die meisten Fingerabdrucksignale 10-100 Mal schwächer sind als CH-Dehnungssignale31. Im Gegensatz zu den meisten CRI-Ansätzen ist die breitbandige kohärente Anti-Stokes-Raman-Streuung (BCARS) für die Single-Shot-Breitbanderfassung optimiert, die den Fingerabdruck und die CH-Dehnungsbereiche 31,32,33 abdeckt. BCARS nutzt Intra-Puls-Wechselwirkungen eines ~10 fs-Impulses, um niederfrequente (Fingerabdruck-)Schwingungen effizient anzuregen (Abbildung 1D), und verwendet den gleichen Mechanismus wie Multiplex-CARS, die Kombination des fs-Impulses mit einem ps-Impuls, um Schwingungskohärenz im CH-Dehnungsbereich zu erzeugen (Abbildung 1C)32,33. Darüber hinaus sind die BCARS-Signale aufgrund ihrer Wechselwirkung mit dem nicht-resonanten Hintergrund (NRB) intrinsisch kalibriert, was zu einem quantitativen und instrumenteninvarianten vollen Raman-Spektrum pro Laserpuls an jedem Pixel 31 führt, mit der Fähigkeit, schnell Daten mit hohem Informationsgehalt von Zellen, intakten Geweben und lebenden biologischen Organismen zu erfassen32,34,35,36,37,38,39.
Die aufgenommenen BCARS-Rohspektren enthalten einen starken sogenannten "non-resonanten Hintergrund" (NRB). Der NRB ist der Beitrag der elektronischen Reaktion auf die Laserpulse, der chemisch nicht spezifisch ist. Der NRB interferiert kohärent mit dem schwingungsschwingungsresonanten Signal, indem er als Heterodynverstärker32 wirkt. Der NRB verzerrt auch das zugrundeliegende Raman-Spektrum (Abbildung 2A), aber das Raman-Spektrum kann abgerufen werden, solange signifikante zusammenhängende Spektralabschnitte erfasst werden. Derzeit gibt es keine Nachbearbeitungsmethode, um das resonante CARS-Signal von der nicht-resonanten Komponente unter Verwendung eines schmalbandigen CARS-Ansatzes zu trennen. Die Gewinnung des Raman-Signals aus dem breitbandigen CARS-Signal kann unter Verwendung der Kramers-Kronig-Beziehung im Zeitbereich (oder der Hilbert-Transformation)33,40 (Abbildung 2B), der maximalen Entropie41,42 oder des maschinellen Lernens 43,44,45,46,47,48 erreicht werden Annäherungen. Beachten Sie, dass die ersten beiden Methoden die Phase (das resonante Raman-Signal) analytisch aus den rohen BCARS-Spektren abrufen, die Ansätze des maschinellen Lernens können stark von der Instrumentierung und den Trainingsmodellen abhängen.
Während die BCARS-Mikroskopie eine markierungsfreie Charakterisierung des metabolischen Profilings biologischer Proben ermöglicht, kann derselbe Superkontinuumslaser (950 - 1200 nm für den in dieser Arbeit vorgestellten BCARS-Aufbau), der für die BCARS-Signalerzeugung verwendet wird, auch eine breite Palette von Farbstoffen anregen, wie z. B. Rhodamin-basierte, Bodipy-basierte, Alexa-Fluor-basierte und Cyanin-basierte Farbstoffe sowie verschiedene fluoreszierende Proteine, einschließlich GFP und mCherry49. 50. Im Vergleich zur Einzelphotonen-Anregung mit sichtbaren Dauerstrichlasern (CW) bietet die Multiphotonen-Fluoreszenzmikroskopie, wie z. B. die Zwei-Photonen-Fluoreszenz-Lebensdauer-Bildgebungsmikroskopie (2p-FLIM) und die Zwei-Photonen-Anregungs-Fluoreszenzmikroskopie (TPEF), mit Nahinfrarotlicht (NIR) eine tiefere Probeneindringtiefe, intrinsische 3D-Schnittfähigkeit, kontrastreiche Bilder und eine gute Auflösung, die mit der modernen konfokalen Mikroskopie vergleichbar ist, was sie zu einem attraktiven Werkzeug für die biologische Forschung 51,52. Die Fluoreszenzlebensdauer-Bildgebungsmikroskopie (FLIM) unter Verwendung eines zeitkorrelierten Einzelphotonenzählverfahrens (TCSPC) detektiert die Fluoreszenzzerfallssignale, die wiederholt von einer zeitmodulierten Laserquelle angeregt werden53,54. Das Fluoreszenzspektrum eines bestimmten Fluorophors kann sich mit Umweltfaktoren wie der Polarität des Lösungsmittels ändern, aber diese Änderungen sind in der Regel subtil. Auf der anderen Seite variiert die Lebensdauer der Fluoreszenz oft um zwei oder mehr Faktoren mit Umweltänderungen wie pH-Werten55, Viskosität56, Polarität57 und Konzentration ionischer Spezies58,59, Bindungswechselwirkungen, dem Vorhandensein von Quenchern oder strukturellen Veränderungen53,54. Diese einzigartige Eigenschaft der Fluoreszenzlebensdauer sorgt für einen zusätzlichen Signalkontrast in der Fluoreszenzbildgebung und hat erfolgreich die Probleme der Autofluoreszenzinterferenz in der Zell- und Gewebebildgebung60 gelöst, die Entmischung mehrerer Fluorophore unter Verwendung eines spektral aufgelösten FLIM-Ansatzes61, die Überwachung der Krebsdiagnose und -behandlung62, die markierungsfreie Detektion zellulärer Heterogenität63 und metabolische Veränderungen64,65.
In dieser Arbeit stellen wir eine multimodale Bildgebungsplattform vor, die BCARS, 2p-FLIM und TPEF kombiniert. Nach unserem besten Wissen ist dies das erste Mal, dass eine Bildgebungsplattform vorgestellt wird, die gleichzeitige BCARS- und 2p-FLIM/TPEF-Bildgebung ermöglicht. Wir demonstrieren die in vivo Bildgebungsmöglichkeiten dieses Instruments anhand eines weit verbreiteten genetisch manipulierbaren Modellorganismus, Caenorhabditis elegans (C. elegans). Wir zeigen, dass die BCARS-Spektren, die 2p-FLIM-Zerfälle von Nilrot (einem lebenswichtigen Lipidfarbstoff) und die Zwei-Photonen-Fluoreszenz-GFP-Signale eines berichteten Lipidmarkers (DHS-3::GFP) gleichzeitig in vivo von Nilrot-gefärbten Würmern erfasst werden können. Ein praktischer Leitfaden für den hier vorgestellten Bildgebungsansatz beinhaltet: (i) die Probe sollte optisch transparent sein und eine Dicke von typischerweise weniger als 100 μm aufweisen; (ii) Der Färbezustand kann je nach Farbstoff und Probe unterschiedlich sein. In den hier gezeigten Ergebnissen der Nilrot-Färbung von C. elegans liegt die Nilrot-Konzentration bei ~μM, und die Färbezeit kann von einigen Stunden bis über Nacht reichen66; (iii) Eine dunkle Probenumgebung ist erforderlich, um ein Eindringen von sichtbarem Licht in die 2p-FLIM/TPEF-Detektoren zu vermeiden. Diese Bildgebungsbedingungen sind identisch mit den Bildgebungsbedingungen der meisten nichtlinearen optischen und Fluoreszenzmikroskopie. Darüber hinaus kann unser hier demonstriertes System weiter eingesetzt werden, um neben Nilrot und GFP auch andere Farbstoffe und Fluoreszenzreporter zu detektieren, indem ein zusätzlicher Ti:Saphir fs-Laser eingeführt wird, der den Bereich von 700 bis 950 nm für die Zwei-Photonen-Fluoreszenzanregung abdeckt. Während also die in diesem Protokoll beschriebenen repräsentativen Ergebnisse die in vivo-Bildgebung von farbstoffgefärbten C. elegans , die GFP exprimieren, sind, hat die chemische Bioimaging-Plattform mit ultrahohem Informationsgehalt Anwendungen, die breit und weitreichend sind.