Die Linse ist ein spezialisiertes, transparentes Gewebe in der vorderen Augenkammer, das aus zwei Hauptzelltypen besteht, Epithelzellen und Faserzellen. Eine Monoschicht aus Linsenepithelzellen bedeckt die vordere Hemisphäre der Linse, während der größte Teil der Linse aus einer Masse von Linsenfaserzellen besteht. Eine kollagene Basalmembran, die sogenannte Kapsel, umgibt und umhüllt das gesamte Gewebe. Linsenepithelzellen haften stark an der Linsenkapsel und können leicht von der Fasermasse getrennt werden, indem die Kapsel vom Gewebe abgezogen wird. Schwierigkeiten, eine ausreichende RNA-Konzentration aus der geringen Anzahl von Epithelzellen in der Linsenmonoschicht zu erhalten, haben bisher die Untersuchung von Epithelzell-Transkriptomen im Vergleich zu Faserzell-Transkriptomen behindert. Dieses Protokoll stellt eine Methode zur sauberen Trennung und Isolierung der Epithel- und Faserzellkompartimente sowie RNA-Konzentrationsschritte vor, um nachfolgende transkriptomische Experimente an Epithelzellproben aus einem einzigen Paar Mauslinsen zu ermöglichen. Die Möglichkeit, die wichtigsten Zelltypen der Linse einzeln zu untersuchen, hilft bei der Untersuchung biologischer Mechanismen der Linsenerhaltung und -dysregulation und ermöglicht die Charakterisierung zelltypspezifischer Störungen, die für altersbedingte Linsenpathologien verantwortlich sind.