Die dreidimensionale (3D) Kokultur ist eine sich schnell entwickelnde Technik für Forscher, die Zell-Cell-Interaktionen mithilfe von In-vitro-Experimenten genau untersuchen möchten. Die Einschränkungen der Monoschicht-Zellkultur, einschließlich begrenzter Wechselwirkungen zwischen zellulärer und extrazellulärer Umgebung sowie gestörter Zellmorphologie, werden durch die Simulation der zellulären Umgebung in vivo angegangen. Mit einem Gerüst zur strukturellen Unterstützung und der Einbeziehung biologisch aktiver extrazellulärer Matrixkomponenten zeigen 3D-Kulturen Verhaltensweisen und Morphologien, die stärker mit dem Gewebe übereinstimmen. Die Integration mehrerer Zelltypen in diese Art von 3D-Umgebung ermöglicht die Untersuchung von Zell-Zell-Interaktionen innerhalb eines biomimetischen Modellsystems. Eine Vielzahl von 3D-Kokultur-Technologien ist entstanden, jede mit ihren eigenen Vor- und Nachteilen. Oft erfordern diese Technologien spezielle Ausrüstung, ein komplexes Setup oder spezielles technisches Wissen. Außerdem existieren einige standardisierte Methoden zur Untersuchung indirekter Zell-Cell-Interaktionen zwischen zwei Zelltypen, die durch eine rekonstituierte Basalmembran getrennt sind. Hier beschreiben wir eine 3D-Kokulturmethode, die nur grundlegende technische Fähigkeiten erfordert und weiter verbreitete Materialien verwendet, um indirekte Zell-Zell-Interaktionen über eine Basalmembran erfolgreich nachzubilden. Eine Monoschicht von Zellen wird mit einer Schicht extrazellulärer Matrix in Form von Matrigel bedeckt, und ein zweiter Zelltyp wird oben angesiedelt. Die resultierende Kokultur wird fünf Tage lang aufrechterhalten, woraufhin die Zellen auf morphologische Veränderungen durch Immunfluoreszenz analysiert oder aus der Kokultur für detailliertere genomische, transkriptomische oder proteomische Analysen extrahiert werden. Dieses Protokoll ist ideal, um die Auswirkungen der Zell-zu-Zell-Kommunikation auf das Zellverhalten zu untersuchen, wenn physischer Kontakt durch eine Basalmembran unterbrochen ist. Da Forscher weiterhin auf in-vivo-relevante Zellkulturmethoden setzen, ist ein vereinfachter Ansatz notwendig, um hohe Markteintrittsbarrieren zu vermeiden.