Univariable, multivariable und zweistufige MRT-Mediationsanalysen mit zwei Stichproben wurden durchgeführt, um zu untersuchen, ob genetisch vorhergesagte chronische Stoffwechselerkrankungen kausal mit dem SVS-Risiko assoziiert sind und um den Anteil der Mediation durch MDD zu bewerten. Das Flussdiagramm der MR-Analysen in dieser Studie ist in Abbildung 1 dargestellt. Detaillierte Eigenschaften aller in dieser Studie verwendeten GWAS-Datensätze sind in der ergänzenden Tabelle 1 zusammengefasst. GWAS-Zusammenfassungsstatistiken wurden aus einer öffentlich verfügbaren Datenbank (IEU OpenGWAS: https://gwas.mrcieu.ac.uk/) mit einer mendelschen Randomisierungsanalyse-Softwareplattform (siehe Materialtabelle) über die Funktionen extract_instruments() und extract_outcome_data() gewonnen. Zu den Expositionen gehörten BMI15 (ebi-a-GCST90013974), Fettleibigkeit16 (ieu-a-90) und Typ-2-Diabetes (Typ-2D; ebi-a-GCST006867). Der Mediator war eine schwere depressive Störung (MDD; ieu-a-1188)18, und das Ergebnis war SVS (ebi-a-GCST006909). Alle GWAS-Datensätze enthielten Individuen überwiegend europäischer Abstammung, um eine Populationsstratifizierungsverzerrung zu minimieren.
GWAS-Daten zu chronischen Stoffwechselmerkmalen
Chronische Stoffwechselerkrankungen wurden als Expositionen untersucht, darunter BMI, Fettleibigkeit und Typ-2-Diabetes. GWAS-Zusammenfassungsstatistiken für BMI15 (ebi-a-GCST90013974) und Fettleibigkeit16 (ieu-a-90) wurden vom MRC-IEU- und GIANT-Konsortium erhalten (europäische Abstammung, bis zu 407.609 Personen für BMI und 32.858 Fälle/65.839 Kontrollgruppen für Fettleibigkeit). Typ-2-Diabetes-17-Daten (EBI-a-GCST006867) stammen aus dem DIAGRAM-Konsortium (europäische Abstammung, 62.892 Fälle/596.424 Kontrollen). Diese GWAS-Datensätze sind öffentlich zugänglich und basieren hauptsächlich auf der UK Biobank und anderen groß angelegten Kohorten.
GWAS-Daten für Depressionen
Für das Ergebnis der Depression wurden die neuesten GWAS-Zusammenfassungsstatistiken des Psychiatric Genomics Consortium (PGC) (ieu-a-1188)18 verwendet, darunter 59.851 Fälle und 113.154 Kontrollen europäischer Abstammung. Die MDD-Diagnose in den eingeschlossenen Kohorten basierte auf strukturierten klinischen Interviews oder validierten Selbstberichten gemäß den Diagnosekriterien DSM-III/IV oder ICD-9/10. Personen mit einer Vorgeschichte von bipolarer Störung oder Schizophrenie wurden ausgeschlossen.
GWAS-Daten für SVS
Zusammenfassende Statistiken zum Schlaganfall wurden vom MRC-IEU-Konsortium (EBI-a-GCST006909)19 gewonnen, das bis zu 5.386 Fälle und 192.662 Kontrollen mit überwiegend europäischer Abstammung umfasste. SVS wurde auf Basis der ärztlichen Diagnose und/oder klinischen Unterlagen definiert. Dieser Datensatz wurde häufig in MRT-Studien zur Untersuchung vaskulärer Risikofaktoren verwendet und ist öffentlich verfügbar.
Statistische Analyse
Alle Analysen wurden in R (Version 4.1.2) mit einer Mendelschen Randomisierungsanalyse-Software durchgeführt (siehe Materialtabelle). Die Zwei-Proben-MR wurde unter Verwendung von Single-Nucleotid-Polymorphismen (SNPs) als instrumentelle Variablen (IVs) durchgeführt, die drei Kernannahmen erfüllen müssen: Relevanz (im Zusammenhang mit der Exposition), Unabhängigkeit (nicht mit Störfaktoren verbunden) und Ausschlussbeschränkung (die das Ergebnis nur durch die Exposition beeinflusst)20,21,22. SNPs wurden basierend auf genomweiter Signifikanz (p < 5 × 10-5), Verknüpfungsungleichgewichts-Pruning (r2 < 0,001 innerhalb eines 10.000 kB-Fensters) und F-Statistiken >10 ausgewählt, um schwache Instrumentenverzerrung20,22 zu vermeiden. LD-Klumping wurde mit dem europäischen Referenzpanel des 1000 Genomes Project23 durchgeführt. Palindromische und mehrdeutige SNPs wurden sowohl bei der Datenentnahme als auch bei der Harmonisierung ausgeschlossen. Während der Ergebnisdatenextraktion über die extract_outcome_data()-Funktion wurden palindromische SNPs zunächst mit Standardextraktionsfunktionen erhalten, und Allelfrequenzinformationen wurden verwendet, um die Strangausrichtung abzuleiten, wenn möglich. SNPs mit geringer Allelfrequenz (MAF) unterhalb eines vordefinierten Schwellenwerts (z. B. MAF < 0,3) wurden beibehalten, da die Strangorientierung zuverlässig abgeleitet werden konnte, während solche mit intermediären Allelfrequenzen als mehrdeutig angesehen wurden. Während des Harmonisierungsschritts durch die harmonise_data()-Funktion wurden palindromische SNPs mit mehrdeutiger Strangorientierung – insbesondere solche mit intermediären Allelfrequenzen – ausgeschlossen, um eine konsistente Ausrichtung der Effektallele über Expositions-, Mediator- und Ergebnisdatensätze zu gewährleisten. Die SNP-Harmonisierung erfolgte über die harmonise_data()-Funktion, um Effektallele über Datensätze hinweg auszurichten. Während dieses Prozesses wurden Allelstränge ausgerichtet, um Konsistenz zu gewährleisten, und SNPs mit inkompatiblen Allelen oder Strängambiguität wurden ausgeschlossen. Nach der Filterung wurden etwa 600–800 SNPs für BMI, 70–90 SNPs für Fettleibigkeit und 326 SNPs für T2D für nachgelagerte Analysen erhalten (siehe Tabelle 1 und Tabelle 2).
Für univariable MR wurde die primäre Methode invers-varianzgewichtet (IVW) verwendet, bei der der kausale Effekt geschätzt wird, indem SNP-spezifische Verhältnis-Schätzungen mit inverser Varianzgewichtung unter der Annahme fehlender horizontaler Pleiotropie20 kombiniert werden. Die Pleiotropie wurde mit dem MR-Egger-Interzept-Test bewertet, der über die mr_pleiotropy()-Funktion durchgeführt wurde, wobei P < 0,05 eine potenzielle horizontale Pleiotropie anzeigt. Die Heterogenität wurde mit dem Q-Test von Cochran bewertet, der über die Funktion mr_heterogeneity() implementiert wurde. Wurde Heterogenität festgestellt (P < 0,05), wurde ein random-effects IVW-Modell angewendet; ansonsten wurde ein Fixed-Effects-IVW-Modell verwendet. Bei multivariablen MRT-Analysen wurden SNPs über Expositionen und Mediatoren hinweg kombiniert. Die Effektallele wurden mittels der harmonise_data()-Funktion über Expositions-, Mediator- und Outcome-Datensätze harmonisiert, und die multivariable IVW-Analyse wurde als primäre Methode durchgeführt.
Um mehrere Vergleiche zu berücksichtigen, wurde die Falschentdeckungsrate (FDR)-Korrektur mit der Benjamini–Hochberg-Methode über die p.adjust()-Funktion in R über die wichtigsten mendelschen Randomisierungsanalysen angewandt. Konkret wurde die Gesamtzahl der primären kausalen Tests angepasst, einschließlich der Auswirkungen von metabolischen Merkmalen auf SVS (n = 3), metabolische Merkmale auf Depression (n = 3) und Depression auf SVS (n = 1), was insgesamt sieben Tests ergab. Angepasste P-Werte (FDR q-Werte) wurden berechnet, und die statistische Signifikanz wurde unter Berücksichtigung sowohl nominaler P-Werte als auch FDR-korrigierte Werte interpretiert. Ergebnisse, die nach der FDR-Korrektur weiterhin signifikant blieben, wurden als robust angesehen, während nur nominale Signifikansergebnisse vorsichtig interpretiert wurden.
Mediationsanalyse
Für Mediationsanalysen wurde ein zweistufiges MRT-Framework angewandt, um die indirekten Auswirkungen chronischer Stoffwechselmerkmale auf SVS bei Depressionen zu schätzen. Dieses Rahmenwerk wurde durch die Durchführung von zwei sequentiellen MR-Analysen unter Verwendung von GWAS-Zusammenfassungsstatistiken implementiert. In diesem Rahmen bezeichnet E die Exposition (BMI, Fettleibigkeit oder T2D), M den Mediator (Depression) und Y das Ergebnis (SVS). Erstens wurde der kausale Effekt jedes chronischen Stoffwechselmerkmals (BMI, Fettleibigkeit und Typ-2D) auf den Mediator (β (E
M)) geschätzt. Zweitens wurde der kausale Effekt des Mediators auf das Ergebnis (β (M
Y)) bewertet. Der indirekte Effekt (Mediationseffekt) wurde berechnet, indem diese beiden Schätzungen multipliziert wurden:

und der vermittelte Anteil wurde ermittelt, indem der indirekte Effekt durch den Gesamteffekt geteilt wurde
(Vermittelter Anteil =
).
Der Standardfehler (SE) des indirekten Effekts wurde mit der Delta-Methode geschätzt, wobei die Unabhängigkeit zwischen den beiden Effektschätzungen angenommen wurde:
SE indirekt = 