Alle Verfahren entsprachen institutionellen und nationalen Vorschriften und wurden vom Ethikausschuss des Volkskrankenhauses Xingtai (Nr. 2024-124) genehmigt. Die Verpflichtung zur schriftlichen informierten Einwilligung wurde aufgehoben, da routinemäßig gesammelte klinische Daten und Restproben verwendet wurden. Alle Daten wurden vor der Analyse anonymisiert.
Studiendesign, Setting und Gesamtschema
Diese Studie wurde als ein-zentrische Beobachtungskohorte durchgeführt, die darauf abzielte, die klinischen Implikationen von Serum-MMP-12 und Tumor CDH13 einzeln und in Kombination für die molekulare Subtypisierung von Lungenkrebs und personalisierte Therapie zu bewerten. Die Studie wurde im Xingtai People's Hospital durchgeführt. Geeignete Patienten, die zwischen Januar 2021 und Juni 2022 behandelt wurden, wurden identifiziert, und 262 aufeinanderfolgende Patienten, die die vorgegebenen Ein- und Ausschlusskriterien erfüllten, wurden aufgenommen.
Der gesamte Studienablauf ist in Abbildung 1 dargestellt. Das Schema zeigt den gesamten Prozess von der Patientenidentifikation bis zur Analyse, einschließlich Patientenscreening und -aufnahme, klinisch-pathologischer Charakterisierung und molekularer Profilierung, die aus routinemäßigen klinischen Tests, Entnahme und Verarbeitung von Vorbehandlungsserum, Tumorgewebevorbereitung für CDH13-Immunhistochemie, Quantifizierung von Serum-MMP-12, CDH13-Immunreaktiv-Scoring, Klassifikation der Erstlinientherapie und nachfolgenden Behandlungswege sowie longitudinalem Ergebnis Feststellung, einschließlich Behandlungsansprechwert, progressionsfreiem Überleben und Gesamtüberleben. Der Schaltplan unterscheidet diagnostische und molekulare Subtypisierungsanalysen von Behandlungs- und Ergebnisanalysen und gibt die Zeitpunkte an, zu denen Bioproben entnommen, molekulare Ergebnisse generiert, die Therapie eingeleitet und Nachuntersuchungen durchgeführt wurden.
Teilnehmerscreening, Zulassungskriterien und klinische Datenabstraktion
Potenziell berechtigte Patienten wurden während des vordefinierten Einschreibungszeitraums (Januar 2021 bis Juni 2022) aus dem Krankenhausinformationssystem und dem pathologischen Register identifiziert. Primärer Lungenkrebs wurde mittels Histopathologie bestätigt, ergänzt durch eine multidisziplinäre klinische Überprüfung, falls erforderlich. Aufeinanderfolgende erwachsene Patienten, die alle Zulassungskriterien erfüllten, wurden aufgenommen. Zu den Einschlusskriterien gehörten histologisch bestätigter primärer Lungenkrebs, die Verfügbarkeit einer Serumprobe vor der Behandlung vor Beginn einer Antitumortherapie (und vor der Operation bei Patienten, die sich einer Frontresektion unterziehen), Verfügbarkeit von Tumorgewebe, das für die CDH13-Immunhistochemie ausreichend ist, sowie die Verfügbarkeit von molekularen Subtypinformationen, die im Rahmen der routinemäßigen klinischen Behandlung erzeugt werden. Patienten mit dokumentierter Vorgeschichte eines weiteren bösartigen Tumors vor der Einschreibung, Patienten mit unzureichendem Serumvolumen oder beeinträchtigter Probenintegrität, Patienten ohne wertvolles Tumorgewebe für CDH13-Bewertung sowie Patienten, die vor der Ausgangsblutentnahme systemische Antikrebstherapie erhielten, wurden ausgeschlossen.
Kliniopathologische und Behandlungsdaten wurden aus elektronischen Krankenakten abstrahiert, indem ein standardisiertes Fallberichtsformular mit vordefinierten Variablendefinitionen und Codierungsregeln verwendet wurde. Zu den erfassten Variablen gehörten Demografie (Alter und Geschlecht), Rauchexposition, Leistungszustand der Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG), Komorbiditäten, Bildbefunde aus der Basisaufnahme, histologischer Subtyp, Tumor-Knoten-Metastasestadium (TNM) (entsprechend dem während der Studienzeit verwendeten Stadiensystem), Laborparameter und detaillierte Behandlungsinformationen (einschließlich Erstlinienregime, Starttermine, Dosisanpassungen und Behandlungsübergänge). Die Rauchexposition wurde in Packjahren wie folgt quantifiziert: Packungsjahre = (Zigaretten pro Tag ÷ 20) × gerauchte Jahre. Wenn die Rauchgeschichte zwischen den Aufzeichnungen unvollständig oder inkonsistent ist, wurde die Rauchervariable als unbekannt klassifiziert und die Quelle als Diskrepanz im Abstraktionsprotokoll dokumentiert; Fehlverhalten wurde gemäß dem vorgegebenen statistischen Analyseplan behandelt.
Probenentnahme, -verarbeitung und -lagerung
Peripheres venöses Blut wurde zu Beginn vor Beginn einer Antitumortherapie zu Beginn entnommen. Serum wurde durch Zentrifugation bei 1.500 × g für 10 Minuten bei Raumtemperatur getrennt. Der Serumsupernatant wurde in niedrigbindende Kryoviale übertragen, ohne die Zellschicht zu stören. Serum wurde in 200–500 μL Portionen aliquotiert, um die Frost-Tau-Zyklen zu minimieren, und die Aliquots wurden bis zur Chargenanalyse bei −80 °C gelagert. Der Zeitraum von der Blutentnahme bis zum Einfrieren für jede Probe wurde erfasst, und Proben mit einer Entnahme- bis Gefrierzeit von mehr als 2 Stunden wurden ausgeschlossen.
Vordefinierte präanalytische Qualitätskontrollverfahren wurden angewendet, indem Hämolyse und Lipämie bei der Verarbeitung dokumentiert wurden. Sichtbar hämolysierte Proben wurden von der ELISA-Quantifizierung ausgeschlossen. Serum-Aliquoten wurden unmittelbar vor dem Assay auf Eis aufgetaut, durch sanfte Inversion gemischt und bei 2.000 × g für 5 Minuten zentrifugiert, um bei Bedarf Partikel zu entfernen. Starke Bewegungen und Vortexbildung wurden vermieden, um Blasenbildung und optische Artefakte während der Absorptionsmessungen zu verhindern.
Aufnahme und Vorbereitung von Tumorgewebe
Tumorgewebe wurde aus routinemäßigen diagnostischen Eingriffen (Biopsie, Bronchoskopie, Kernnadelbiopsie oder chirurgische Resektion) gewonnen. Das Gewebe wurde gemäß der pathologischen Standardpraxis in neutralem Formalin fixiert und in Paraffin eingebettet. Schnitte (3–4 μm) wurden auf geladenen Objektträgern zur Immunhistochemie vorbereitet. Ungefärbte Objektträger wurden in einer trockenen Umgebung bei Raumtemperatur gelagert und innerhalb eines vorgegebenen Abstands gefärbt, um den Antigenabbau zu minimieren. Ein Kettenprotokoll wurde geführt, das Probenkennungen mit deidentifizierten Studiencodes verknüpfte. Der Pathologe, der die CDH13-Bewertung durchführte, war auf Serum-MMP-12-Werte, molekularen Subtyp, Behandlung und Ergebnisse verblindet.
Serum-MMP-12-Quantifizierung durch enzymgekoppelten Immunsorbent-Assay (ELISA)
Peripheres venöses Blut wurde vor jeglicher Antitumortherapie entnommen, idealerweise innerhalb von 7 Tagen vor Biopsie oder Behandlungsbeginn. Das Serum-MMP-12 wurde mit einem kommerziellen menschlichen MMP-12 ELISA-Kit gemessen. Jedes Serum-Aliquot wurde einmal auf Eis aufgetaut, sanft gemischt und entsprechend der Anleitung des Kits doppelt geprüft. Auf jeder Platte wurde eine Standardkurve durch serielle Verdünnungen des bereitgestellten rekombinanten Standards erzeugt, und die Absorption wurde bei 450 nm mit einer Referenzkorrektur mittels eines Mikroplattenlesers abgelesen. Die Konzentrationen wurden berechnet, indem eine vierparametrige logistische Regressions-Standardkurve angepasst wurde. Um die analytische Robustheit zu gewährleisten, wurden auf jeder Platte interne Qualitätskontrollseren (QC) eingebaut und auf intraassay- und interassay-Präzision überwacht (Ziel-Koeffizienten der Variation, die mit der Assay-Validierung übereinstimmen). Wenn die Ergebnisse unter die untere Quantifizierungsgrenze fielen, wurde die Hälfte dieser Grenze für die statistische Analyse zugewiesen; Wenn die Ergebnisse die Obergrenze überschritten, wurde die Messung nach angemessener Verdünnung wiederholt. Um Batch-Effekte zu minimieren, wurden Proben zufällig über die Platten verteilt, und auf jeder Platte wurde ein identischer Satz QC-Seren angebracht, um die Variabilität zwischen den Platten zu verfolgen. Das Laborpersonal, das ELISA durchführte, war für klinische Gruppierungen und Ergebnisse blind.
Tumor-CDH13-Immunhistochemie und immunreaktive Scoring
Die CDH13-Immunhistochemie wurde an formalinfixierten, paraffin-eingebetteten Tumorschnitten mit einem validierten Anti-CDH13-Primärantikörper durchgeführt. Antigen-Antikörper-Komplexe wurden mit einem polymerbasierten Detektionssystem nachgewiesen, und die Färbung wurde mit 3,3′-Diaminobenzidin (DAB) visualisiert. Ein identischer Färbungsprozess wurde auf alle Studienproben angewendet; Die Objektträger wurden in Chargen verarbeitet, und entsprechende Kontrollen waren enthalten.
Paraffinblöcke wurden bei 3–4 μm abschnittiert, in Xylol deparaffinisiert und durch graduales Ethanol in destilliertes Wasser rehydriert. Die hitzeinduzierte Epitopenrückgewinnung erfolgte im Citratpuffer (10 mM, pH 6,0) mit einem Mikrowellenofen bei 95–100 °C für 15 Minuten, gefolgt von 20 Minuten Kühlung auf Raumtemperatur. Die endogene Peroxidase-Aktivität wurde mit 3 % Wasserstoffperoxid bei Raumtemperatur für 10 Minuten abgeschreckt, und die Proteinblockierung wurde mit normaler Serumblocklösung für 20 Minuten bei Raumtemperatur durchgeführt. Schnitte wurden über Nacht mit dem primären Anti-CDH13-Antikörper bei 4 °C inkubiert. Nach dem Waschen wurde das polymerbasierte sekundäre Detektionsreagenz bei Raumtemperatur 20–30 Minuten lang angewendet, gefolgt von einer Visualisierung mit 3,3′-DAB-Chromogen für 3–5 Minuten unter mikroskopischer Überwachung. Die Abschnitte wurden mit Hämatoxylin gekontert, durch gradiertes Ethanol dehydriert, mit Xylol behandelt und mit permanentem Montagemedium montiert.
Interne Qualitätskontrollen wurden bei jedem Verfärbungslauf einbezogen. Ein bekannter CDH13-positiver Gewebeschnitt wurde parallel als positive Kontrolle durchgeführt, und der primäre Antikörper wurde in der negativen Kontrolle weggelassen. Ein Durchlauf wurde nur akzeptiert, wenn die positive Kontrolle das erwartete Färbungsmuster mit angemessener Intensität zeigte, und die negative Kontrolle zeigte keine spezifische Färbung. Die Färbung wurde bei Durchläufen mit übermäßigem Hintergrund, fehlgeschlagener Steuerungsleistung oder mit einem unspezifischen Signal, das die Interpretation beeinträchtigt, wiederholt.
Die CDH13-Expression wurde mithilfe eines immunreaktiven Scores (IRS) quantifiziert, der aus der Färbungsintensität und dem Anteil positiver Tumorzellen abgeleitet wurde. Zwei ausgebildete Pathologen bewerteten alle Objektträger unabhängig voneinander, während sie auf Serum-Biomarker-Messungen, molekularen Subtyp, Behandlung und Ergebnisse verblindet waren. Unterschiedliche Bewertungen wurden durch gemeinsame Überprüfung an einem mehrköpfigen Mikroskop festgestellt, und das beurteilte IRS wurde erfasst. Die Färbungsintensität wurde als 0 (keine Färbung), 1 (schwach), 2 (moderat) oder 3 (stark) zugewiesen. Der Anteil der positiven Tumorzellen wurde als 0 (0 %), 1 (1–10 %), 2 (11–50 %), 3 (51–80 %) oder 4 (81–100 %) zugewiesen. Der IRS wurde wie folgt berechnet: IRS = Intensitätsscore × Anteilswert. Die IRS-Werte reichten von 0 bis 12. Die niedrige CDH13-Expression wurde als IRS ≤ 3 definiert, basierend auf einem häufig verwendeten Schwellenwert für immunreaktive Bewertung. IRS wurde sowohl als kontinuierliche Variable als auch als dichotomisierte Kategorie für nachgelagerte Analysen beibehalten, einschließlich Untergruppenvergleichen und kombinierter Biomarkermodellierung. Die Interobserver-Übereinstimmung wurde in einer vordefinierten Zufallsstichprobe bewertet, die 30 % der Fälle unter Verwendung einer gewichteten Kappa-Statistik ausmachte, und das Stichproben-Verfahren, die Einigungsschätzung und die Entscheidungsentscheidungen wurden in einem Audit-Trail dokumentiert.
Molekulare Subtypisierung und Behandlungsklassifikation
Die Informationen zum molekularen Subtyp wurden aus routinemäßigen klinischen Tests am diagnostischen Tumorgewebe gewonnen. Die Ergebnisse wurden durch klinisch validierte Assays in der Standardversorgung erstellt, darunter gezielte PCR-basierte Tests, gezielte Next-Generation-Sequenzierungspanels, Immunhistochemie und Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung. Für jeden Patienten wurden der Prüftyp, die Probenquelle, die Nachweis der Probenangemessenheit und das Berichtsdatum erfasst. Die Patienten wurden nach dem Status einer verwertbaren Treiberänderung klassifiziert, darunter EGFR-aktivierende Mutationen, ALK-Umstellungen, ROS1-Umstellungen, KRAS-Mutationen, BRAF-Mutationen, MET-Exon-14-Übersprung-Veränderungen, RET-Umstellungen, ERBB2-Veränderungen und NTRK-Fusionen. Der PD-L1-Tumorproportionsscore wurde an der durchgeführten Stelle aufgezeichnet, und die PD-L1-Expression wurde entsprechend den Schichten kategorisiert, die während des Studienzeitraums in der routinemäßigen Praxis verwendet wurden. Alle molekularen Subtypisierungskategorien wurden vor der Analyse vorgegeben. Wenn mehr als eine handlungsfähige Veränderung gemeldet wurde, wurden die Patienten nach einer vordefinierten hierarchischen Klassifikationsregel zugeordnet, die Veränderungen mit etablierten, genotypgesteuerten therapeutischen Implikationen in folgender Reihenfolge priorisierte: EGFR-Mutationen, ALK-Umstellungen, ROS1-Umstellungen, BRAF-Mutationen, MET-Exon-14-Überspring-Veränderungen, RET-Umstellungen, ERBB2-Veränderungen, NTRK-Fusionen und KRAS-Mutationen.
Behandlungsinformationen wurden aus medizinischen Unterlagen entnommen, einschließlich Erstlinienregime, Start- und Abschlussdaten sowie nachfolgenden Therapielinien. Die Erstbehandlung wurde in gegenseitig ausschließende Behandlungskategorien eingeteilt, die a priori definiert waren: genotypgesteuerte zielgerichtete Therapie, immuncheckpoint-inhibitorbasierte Therapie, Chemotherapie-basierte Therapie und multimodale Behandlung, die Chirurgie mit perioperativer systemischer Behandlung integrierte, je zutreffend. Das Indexdatum wurde als Startdatum der systemischen Erstlinientherapie definiert; Bei Patienten, die mit Frontresektion behandelt wurden, war das Indexdatum das Datum der Operation, und die anschließende systemische Therapie wurde laut klinischer Akte als adjuvans eingestuft. Für Analysen zur personalisierten Therapie wurden die Patienten gemeinsam nach molekularem Subtyp und Behandlungskategorie geschichtet, und Serum-MMP-12-Konzentrationen sowie die CDH13-Expression des Tumors wurden zwischen Driver-positiven und Driver-negativen Erkrankungen sowie zwischen gezielten Therapiegruppen und Immuncheckpoint-Inhibitor-Therapiegruppen verglichen.
Ergebnisdefinitionen und Nachverfolgung
Das Indexdatum wurde als Beginn der Erstlinien-Antitumortherapie definiert. Für Patienten, die mit einer voranschreitenden chirurgischen Resektion behandelt wurden, wurde das Indexdatum als Operationsdatum definiert; Die anschließende systemische Therapie wurde laut Krankenakte als adjuvans oder palliativ eingestuft. Jeder Patient wurde vom Indexdatum bis zum Tod, dem Datum des letzten bestätigten Kontakts oder dem administrativen Zensurdatum verfolgt, je nachdem, was zuerst eintritt. Die Nachbeobachtungsdauer wurde in Monaten erfasst, und für jeden Endpunkt wurden der Ereignisindikator sowie das entsprechende Ereignis- oder Zensurdatum beibehalten. Die Ergebnisse wurden durch eine strukturierte Abstraktion der elektronischen Patientenakte ermittelt, einschließlich Radiologieberichten, Dokumentationen der Onkologieklinik, stationären Unterlagen und bei Bedarf telefonischer Nachsorge. Ein vorgegebenes Fallberichtsformular wurde verwendet, und einheitliche Quellhierarchieregeln wurden angewendet. Wenn Daten oder Klassifikationen zwischen den Unterlagen variierten, wurden Unstimmigkeiten durch Priorisierung zeitgleicher radiologischer Berichte und Behandlungsentscheidungsnotizen behoben; Der endgültig bewertete Wert und seine unterstützenden Quellen wurden dokumentiert. Ein Folgeprotokoll mit Bilddaten, Behandlungsübergängen, Krankenhausaufenthalten und Kontaktversuchen wurde geführt, um Nachsorgeverluste zu minimieren und Rückverfolgbarkeit sicherzustellen.
Die Tumorantwort wurde bei Patienten mit messbarer Erkrankung gemäß RECIST Version 1.1 bewertet. Die beste Gesamtansprache wurde als vollständige Antwort, Teilantwort, stabile Erkrankung oder fortschreitende Erkrankung klassifiziert. Die objektive Ansprechrate wurde als vollständige oder teilweise Antwort definiert, und die Krankheitskontrollrate als vollständige Antwort, Teilantwort oder stabile Erkrankung. Reaktions- und Verlaufsdaten wurden auf Grundlage der frühesten dokumentierten Beweise zugewiesen.
Progressionsfreies Überleben (PFS) wurde definiert als der Zeitraum vom Indexdatum bis zum ersten Auftreten eines Krankheitsverlaufs oder Todes aus irgendeiner Ursache, je nachdem, was zuerst eintritt. Das Fortschreiten wurde hauptsächlich anhand radiologischer Berichte bestimmt, die den Verlauf gemäß RECIST 1.1 dokumentieren. Wenn Radiologie zum Zeitpunkt der klinischen Verschlechterung nicht verfügbar ist, wurde das von Ärzten dokumentierte Fortschreitung akzeptiert, wenn es explizit mit einer verschlechternden Tumorlast in Verbindung steht und eine Änderung der Krebsbehandlung bewirkt. Patienten ohne Ereignis am Tag der letzten objektiven Beurteilung wurden zensiert, was das Ausbleiben eines Fortschreitens bestätigte. Wenn eine neue systemische Therapielinie ohne explizite Dokumentation des Fortschreitens begonnen wurde, wurde die Bildgebung überprüft und zeitgleich klinische Dokumentation vorgelegt. Wenn der Fortschreiten nicht bestätigt werden konnte, wurden die Patienten bei der letzten röntgentechnischen Begutachtung vor einer Behandlungsänderung zensiert und die angewandte Entscheidungsregel festgehalten.
Das Gesamtüberleben (OS) wurde als das Intervall vom Indexdatum bis zum Tod durch jede Ursache definiert. Der Vitalstatus wurde anhand von Krankenhausunterlagen und ambulanten Nachsorgenotizen bestimmt, ergänzt durch strukturierte telefonische Bestätigungen bei Bedarf. Das Todesdatum wurde in der Krankenakte dokumentiert oder, falls nicht verfügbar, als das von der Familie während der Nachsorge bestätigte Datum, wobei unterstützende Unterlagen im Nachsorgeprotokoll festgehalten wurden. Patienten, die zum Zeitpunkt des letzten bestätigten Kontakts noch lebten, wurden zensiert.
Ein standardisierter Nachsorge-Workflow, der mit routinemäßigen Versorgungswegen abgestimmt ist, wurde implementiert. Während der aktiven systemischen Therapie wurden klinische Bewertungen in jedem Behandlungszyklus dokumentiert, und radiographische Nachuntersuchungen in regelmäßigen Abständen, die durch das klinische Protokoll bestimmt wurden, wobei Bildgebungsmodalität und Datum für jede Beurteilung erfasst wurden. Nach Abschluss der Erstlinientherapie oder während der postoperativen Überwachung wurden Nachsorgetermine und bildgebende Untersuchungen gemäß dem institutionellen Zeitplan erfasst. Wenn eine persönliche Nachsorge nicht durchgeführt werden konnte, wurde eine strukturierte telefonische Nachsorge durchgeführt, um die Fortsetzung der Behandlung zu bestätigen, Krankenhausaufenthalte zu dokumentieren, den Krankheitsstatus wie durch externe Bildgebung dokumentiert zu bestätigen, sofern zutreffend, und den Überlebensstatus zu bestätigen. Alle verpassten Besuche, unerreichbare Versuche und Gründe für das Abbrechen der Nachsorge wurden dokumentiert. Bevor ein Patient als durch Nachsorge verloren klassifiziert wurde, wurde Kontakt mindestens zweimal an verschiedenen Tagen versucht, und jeder Versuch wurde erfasst.
Die prozedurale Trennung zwischen Biomarkerbewertung und Ergebnisfeststellung wurde beibehalten. Mitarbeiter, die Serum-MMP-12-Messungen und CDH13-Scoring durchführten, waren auf klinische Ergebnisse blind. Die Outcome-Abstraktion wurde wann immer möglich ohne Zugang zu Biomarker-Ergebnissen durchgeführt. Ein zweistufiges Entscheidungsverfahren wurde für Progressions- und Antwortendpunkte angewandt. Ein geschulter Abstractor bestimmte die Ereignisklassifikation und Termine nach den vorgegebenen Regeln, danach überprüfte ein leitender Kliniker die Zuweisungen eigenständig. Unstimmigkeiten wurden durch eine gemeinsame Prüfung des ursprünglichen Radiologieberichts, der Onkologie-Notizen und des Behandlungszeitplans behoben, und eine Prüfungsspur aller Entscheidungsprozesse wurde aufrechterhalten.
Konsistenzprüfungen zur Identifizierung unwahrscheinlicher Sequenzen, einschließlich Ereignissen vor dem Indexdatum, Behandlungsübergängen ohne entsprechende Bewertungen oder Sterbedaten ohne unterstützende Dokumente, wurden durchgeführt. Markierte Fälle wurden durch Rückkehr zu Quelldokumenten und Aktualisierung des Datensatzes mit einer datierten Korrekturnotiz abgestimmt, die den Grund für die Änderung und die unterstützenden Beweise angibt.
Statistische Analyse
Statistische Analysen wurden mit SPSS (Version 26.0) und R (Version 4.3.0) durchgeführt. Kontinuierliche Variablen wurden als Mittelwert ± Standardabweichung oder Median (Interquartilbereich) dargestellt, je nachdem, und kategoriale Variablen als Zählungen und Prozentsätze dargestellt. Gruppenvergleiche verwendeten parametrische oder nichtparametrische Tests, je nach Anwendung, mit Chi-Quadrat- oder Fisher-Exakt-Tests für kategorische Daten. Alle Tests waren zweiseitig, wobei P < 0,05 als statistisch signifikant galt.
Kovariaten wurden a priori basierend auf klinischer Relevanz und vorherigen Evidenzen ausgewählt, und derselbe Kovariatensatz wurde auf verwandte Modelle angewandt, um die Vergleichbarkeit zu unterstützen. Zentrale Anpassungsvariablen umfassten Alter, Geschlecht, Rauchexposition, TNM-Stadium, ECOG-Leistungsstatus und histologischen Subtyp, mit zusätzlicher Anpassung für die Behandlungsgruppe, wenn das Analyseziel innerhalb der behandelten Populationen der molekulare Subtyp ist. Multikollinearität wurde anhand von Varianzinflationsfaktoren bewertet, und problematische Kollinearität wurde mit vorgegebenen Variablenreduktionsregeln behandelt. Angepasste Odds-Ratios mit 95%-Konfidenzintervallen und zweiseitigen P-Werten wurden berichtet. Die Anzahl der Kovariaten, die in den multivariablen logistischen und Cox-Regressionsmodellen enthalten sind, wurde vorab festgelegt und relativ zur Anzahl der Ergebnisereignisse begrenzt, um das Risiko einer Überanpassung zu minimieren. Das Verhältnis von Ereignissen pro Variablen blieb für alle Modelle akzeptabel (≥10). Für multikategorische molekulare Subtyp-Ergebnisse wurden entweder multinomielle logistische Regressionsmodelle angepasst oder eine Reihe binärer logistischer Vergleiche mit einer vorgegebenen Referenzkategorie durchgeführt, wobei die Modellierungsstrategie klar formuliert wurde.
Das progressionsfreie Überleben und das Gesamtüberleben wurden mit Kaplan–Meier-Schätzungen analysiert, und die Überlebenskurven wurden mit dem Log-Rank-Test verglichen. Die Zusammenhänge zwischen Biomarkern und Endpunkten wurden mittels Cox-Proportional-Hazard-Regression quantifiziert, wobei Hazard Ratios mit 95%-Konfidenzintervallen berichtet wurden. Multivariable Cox-Modelle wurden unter Verwendung vordefinierter klinisch-pathologischer Kovariaten, einschließlich molekularer Subtyp und Behandlungskategorie, erstellt, um die Auswirkungen auf eine personalisierte Therapie zu bewerten. Die Annahme proportionaler Gefahren wurde mit Schoenfeld-Residualdiagnostik und log-minus-log-Überlebensdiagrammen bestätigt. Wenn die Annahme der proportionalen Gefahren für eine Kovariate verletzt wurde, wurde das Problem mit einem vorgegebenen Ansatz wie Stratifizierung dieser Kovariate oder der Einbeziehung eines zeitabhängigen Interaktionsterms gelöst, und die endgültige Modellspezifikation wurde veröffentlicht.
Fehlende Daten wurden mit einer vorgegebenen Strategie behandelt. Wenn die Fehlfunktion minimal war, wurden vollständige Fallanalysen durchgeführt; ansonsten wurde mehrfache Imputation mit Kettengleichungen verwendet, wobei alle Variablen in den analytischen Modellen einbezogen wurden. Zehn imputierte Datensätze wurden generiert und gepoolte Schätzungen nach Rubins Regeln berechnet. Bei Analysen mit mehreren Untertypvergleichen oder mehreren Endpunkten wurde die Falschentdeckungsrate mit einem vorgegebenen Verfahren gesteuert, oder die Analysen wurden klar als explorativ bezeichnet, um Transparenz hinsichtlich der Multiplizität zu gewährleisten.
Der Analysedatensatz wurde vor der Modellanpassung gesperrt, und es wurde ein umfassendes Datenwörterbuch geführt, das jede Variable, jede Einheit, jedes Codierungsschema und den zulässigen Bereich definierte. Duplikate Qualitätskontrollproben über Prüfplatten wurden eingeschlossen, um die Variabilität zwischen den Platten zu quantifizieren und die Drift zu überwachen. Für die immunhistochemische Bewertung wurden die Bewertungsrubrik, die Blindierungsverfahren und die Bewertung der Interobserver-Übereinstimmung dokumentiert, und für unterschiedliche Fälle wurden Adjudikationsprotokolle geführt. Programmierte Bereichsprüfungen und logische Konsistenzprüfungen über wichtige Variablen hinweg, einschließlich Indexdatum, Stichprobenentnahmedatum, Behandlungsbeginn und Ergebnisdaten, wurden implementiert. Alle statistischen Skripte und versionskontrollierten Ausgabeprotokolle wurden erhalten, um eine vollständige Replikation des analytischen Workflows zu ermöglichen.