Ethische Erklärung
Diese Studie wurde vom Ethikkomitee des Vierten Krankenhauses von Shijiazhuang genehmigt (Genehmigungsnummer 20200031). Von allen Spendern von Plazentagewebe wurde vor der Probenentnahme schriftlich informierte Einwilligung eingeholt. Alle Verfahren an menschlichen Probanden wurden gemäß der Deklaration von Helsinki durchgeführt. Eine vollständige Liste der in diesem Protokoll verwendeten Reagenzien, Verbrauchsmaterialien, Geräte und Software finden Sie in der Tabelle der Materialien.
Datenerhebung
RNA-Seq-Daten wurden aus der GEO-Datenbank bezogen. Die Datensätze umfassten GSE75010, das Genexpressionsdaten von 157 PE-Plazentas und 173 nicht an PE erkrankten Plazentas enthält (N = 330). GSE10588 enthält Genexpressionsdaten von 26 normalen Plazentas und 17 schweren PE-Plazentas (N = 43). GSE60438 enthält Transkriptom-Profilierungsdaten des Decidua-basalis-Gewebes von Patientinnen mit Präeklampsie und normotensiven Schwangerschaften (N = 125). Einzelzell-Transkriptomdaten wurden aus dem GEO-Datensatz GSE183338 bezogen. Dieser umfasst Einzelkernproben aus den Chorionzotten/dem Mutter-Kind-Interface von Schwangerschaften mit Präeklampsie und gesunden Schwangerschaften.
Analyse differentiell exprimierter Gene
Zunächst wurden die mit PE assoziierten DEGs aus den Datensätzen GSE75010, GSE10588 und GSE60438 vorverarbeitet und normalisiert. Anschließend wurde die differentielle Analyse mithilfe des R-Pakets „limma“14 basierend auf den Stichprobengruppierungsinformationen durchgeführt. Gene mit einem p < 0,05 und |log2FC| > 0,5 wurden ausgewählt. Die Volcano-Plots der DEGs wurden mit dem R-Paket ggplot2 erstellt. Heatmaps der 20 am stärksten differentiell exprimierten Gene wurden mit dem R-Paket pheatmap generiert. Danach wurde der Durchschnitt der aus den drei Datensätzen ausgewählten DEGs gebildet, und ein Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk (PPI) für die Kandidatengene wurde mittels der Online-Plattform STRING mit einem Interaktionsscore ≥0,15 konstruiert. Die 20 wichtigsten Hub-Gene wurden anschließend aus diesem PPI-Netzwerk basierend auf ihrem Vernetzungsgrad identifiziert und mittels der Software Cytoscape rangiert. Die PPI-Netzwerk-Ergebnisse wurden mit der Software Cytoscape oder STRING visualisiert.
Anreicherungsanalyse
Die Genanreicherungsanalyse wurde unter Verwendung der ClusterProfiler- und DOSE-Pakete in Kombination mit der Metascape-Website durchgeführt. Die Datenbanken wurden aus GO und KEGG bezogen. Die Anreicherungsanalyse wurde mithilfe der Funktion „EnrichGO“ durchgeführt. Wege mit p < 0,05 galten als signifikant angereichert. Die Ergebnisse der Anreicherung wurden mit den Paketen „ggplot2“ und „ggpubr“ visualisiert.
Maschinelles Lernen
Um robuste und biologisch aussagekräftige differentiell exprimierte Gene (DEGs), die mit Präeklampsie assoziiert sind, zu identifizieren, wurde eine mehrmodellbasierte Analyse zur Merkmalsauswahl mittels maschinellen Lernens anhand des öffentlich zugänglichen Transkriptom-Datensatzes GSE60438 (Plattform: GPL6884) durchgeführt. Dieser Datensatz enthält die Expressionsprofilerstellung von Decidua-basalis-Proben, die bei Präeklampsie und normotensiven Schwangerschaften während eines Kaiserschnitts gewonnen wurden. Die vorbereinigten DEGs wurden standardisiert, und die Expressionsmatrix zusammen mit den entsprechenden klinischen Gruppierungsinformationen diente als Eingabedaten für vier verschiedene Algorithmen des maschinellen Lernens, um die Modellverzerrung zu verringern und die Stabilität der Merkmalsauswahl zu erhöhen.
Die vier Algorithmen wurden gleichzeitig angewendet, ohne eine bestimmte Reihenfolge. LASSO wurde mithilfe des „glmnet“-Pakets zur Durchführung der Regressionsanalyse und zur Auswahl wichtiger Merkmalsgene verwendet. Ein L1-Regularisierungsterm wurde der Verlustfunktion hinzugefügt, wodurch die Koeffizienten weniger wichtiger Merkmale auf null geschrumpft werden, wodurch eine Merkmalsauswahl erreicht wird. SVM-RFE wurde mit dem „e1071“-Paket implementiert, um eine Support-Vektor-Maschine mit rekursiver Merkmalseliminierung aufzubauen. Zunächst wurde ein Klassifizierer mittels SVM trainiert, und die am wenigsten aussagekräftigen Merkmale wurden iterativ basierend auf den Merkmalsgewichten entfernt, wodurch eine optimale Teilmenge von Merkmalen erhalten wurde. XGBoost wurde mit dem „xgboost“-Paket angewendet, um mehrere Entscheidungsbäume zu erstellen. Jeder Baum passte die Residuen des vorherigen Baums an, und die gewichteten Ausgaben wurden kumuliert, um die endgültige Vorhersage zu erhalten. Boruta wurde mit dem „randomForest“-Paket durchgeführt und erzeugte Schattenmerkmale, die mit echten Merkmalen bei der Schulung eines zufälligen Waldes konkurrierten. Merkmale mit einer Bedeutung, die signifikant über dem Zufallsrauschen lag, wurden beibehalten.
Analyse von Einzelzell-Transkriptomdaten
Einzelzell-Transkriptomdaten wurden aus der GEO-Datenbank bezogen, und die rohe Zählmatrix wurde aus GSE183338 abgerufen. Die Zählmatrix wurde mithilfe der „Read10X“-Funktion des Seurat-Pakets importiert und in das dgCMatrix-Format konvertiert. Einzelne Objekte wurden mit der „merge“-Funktion zu einem einzigen aggregierten Objekt zusammengeführt, und die Zellbeschriftungen wurden mithilfe von „RenameCells“ eindeutig gemacht. Zellen geringer Qualität wurden anhand folgender Kriterien herausgefiltert: Gene, die in weniger als drei Zellen exprimiert wurden, wurden entfernt, und Zellen mit weniger als 200 exprimierten Genen wurden ausgeschlossen. Die qualitätsgeprüften Zellen wurden normalisiert, und hochvariable Gene wurden identifiziert. Eine globale Skalierungsnormalisierung wurde mithilfe von „LogNormalize“ (Skalierungsfaktor = 10.000) durchgeführt, hochvariable Gene (n = 2.000) wurden mit „FindVariableFeatures“ ausgewählt, und die Daten wurden mit „ScaleData“ skaliert. Eine Hauptkomponentenanalyse wurde an den hochvariablen Merkmalen durchgeführt, wobei die 30 wichtigsten Hauptkomponenten beibehalten wurden. Batch-Effekte zwischen den Proben wurden mit der Harmony-Methode korrigiert. Die Zellen wurden mittels UMAP visualisiert und herunterskaliert. Gemeinsame nächstgelegene Nachbargraphen wurden mithilfe von „FindNeighbors“ und „FindClusters“ basierend auf dem Louvain-Algorithmus erstellt. Der Auflösungsparameter in „FindClusters“ wurde zwischen 0,1 und 1 optimiert. Der Clusterbaum wurde mit der „clustree“-Funktion visualisiert, und eine Auflösung von 0,9 wurde gewählt, um Zellcluster zu definieren. Mögliche Doubletts wurden mithilfe des Scrublet-Algorithmus entfernt. Die Zellcluster wurden durch Identifizierung differenziell exprimierter Markergene mit der „FindAllMarkers“-Funktion annotiert. Der nichtparametrische Wilcoxon-Rangsummentest wurde mit Bonferroni-Korrektur angewandt. Die Zellidentitäten wurden basierend auf Oberflächenmarkern, relevanter Literatur und der Cell Classification Database15 zugewiesen.
Zellkultur
Die Trophoblasten-Zelllinie HTR-8/SVneo-Zellen wurde in RPMI-1640-Medium, ergänzt mit 10 % fetalem Kälberserum und 1 % Penicillin/Streptomycin, kultiviert. Hypoxische Bedingungen wurden durch die Kultivierung der Zellen bei 1 % O₂, 5 % CO₂ und 94 % N₂ für 24 h erzeugt; normoxische Kontrollen wurden bei 20 % O₂ und 5 % CO₂16 aufrechterhalten. Alle Zellkulturverfahren sollten in einem Biosicherheitswerkbank der Klasse II unter Verwendung aseptischer Techniken durchgeführt werden. Kulturmedien, Transfektionsreagenzien und zellulärer Abfall sind gemäß den institutionellen Richtlinien für Biosicherheit zu entsorgen.
Transfektion von Zellen
Plasmide, die sh-SASH1, sh-NC, OE-SASH1 und OE-NC enthielten, wurden synthetisiert. HTR-8/SVneo-Zellen wurden mit einer Dichte von 5 × 105 Zellen pro Vertiefung in 6-Loch-Platten ausgesät. Anschließend wurden die Zellen mit jeweils 2 µg sh-SASH1-, sh-NC-, OE-SASH1- oder OE-NC-Plasmid pro Vertiefung unter Verwendung eines Transfektionsreagenzes gemäß den Herstelleranweisungen transfiziert. Kurz gesagt, wurden Plasmid-DNA und P3000-Reagenz in Opti-MEM verdünnt, mit Lipofectamine 3000, das separat in Opti-MEM verdünnt wurde, vermischt, 15 Minuten bei Raumtemperatur inkubiert und Zellen mit 70–80 % Konfluenz zugegeben. 48 Stunden nach der Transfektion wurde die Expression von SASH1 mittels RT-qPCR und Western Blot überprüft. Die für die SASH1-Genstummschaltung verwendeten shRNA-Zielsequenzen sind in Zusatz-Tabelle 1 aufgeführt.
Quantitative Echtzeit-PCR
Gesamt-RNA wurde aus HTR-8/SVneo-Zellen isoliert und mit einem Reverse-Transkriptionskit bei 42 °C für 30 min in cDNA umgeschrieben, gefolgt von 85 °C für 5 min. Die echtzeitnahe quantitative PCR (qPCR) wurde mit SYBR Green Mastermix unter folgenden Zyklenbedingungen durchgeführt: 95 °C für 10 min, gefolgt von 40 Zyklen mit 95 °C für 15 s und 60 °C für 1 min. Die relative mRNA-Expression wurde nach der ΔΔCt-Methode berechnet, wobei β-Aktin als interne Referenz diente. Die in diesem Experiment verwendeten Primersequenzen sind in Supplementary Table 2 aufgeführt.
Western-Blot-Assay
Gesamtprotein wurde aus HTR-8/SVneo-Zellen unter Verwendung des Lysepuffers extrahiert. Die Zelllysate wurden gesammelt, auf Eis inkubiert und bei 4 °C 30 min bei 12.000 × g zentrifugiert, um unlösliche Bestandteile zu entfernen. Die Proteinmenge wurde mithilfe eines Spektrophotometers bestimmt. Gleichmäßige Proteinmengen (50 µg) wurden mittels SDS-PAGE getrennt und anschließend auf PVDF-Membranen übertragen. Die Membranen wurden mit 5 % fettfreier Milch blockiert und über Nacht bei 4 °C mit primären Antikörpern inkubiert. Nach dem Waschen wurden die Membranen mit den entsprechenden sekundären Antikörpern inkubiert, und die Proteinbanden wurden mittels eines verbesserten Chemilumineszenz-Detektionssystems sichtbar gemacht.
Zur Proteinnachweis wurden die primären Antikörper anti-SASH1 und β-Aktin verwendet. Passende mit Horseradish-Peroxidase (HRP) konjugierte sekundäre Antikörper – Ziegen-anti-Kaninchen und Ziegen-anti-Maus – kamen zum Einsatz. β-Aktin diente als interne Ladekontrolle, um eine gleichmäßige Proteinbeladung sicherzustellen. Die Intensität der Proteinbanden wurde mithilfe der ImageJ-Software gemessen und quantifiziert.
Isolierung von P-EXOS
P-EXOS wurden aus Plazentavillengewebe isoliert, das von gesunden Frauen stammte, die eine geplante Kaiserschnittentbindung erhielten. Das Plazentavillengewebe wurde gründlich mit steriler PBS gewaschen, in etwa 1 mm große Stücke zerkleinert und anschließend weiterverarbeitet.3 Fragmente und kultiviert in RPMI-1640-Medium, ergänzt mit 10 % exosomenfreiem FBS, bei 37 °C in 5 % CO₂2 für 48 h. Das konditionierte Medium wurde einer differenziellen Zentrifugation unterzogen, wie folgt: 300 × g 10 min, um Zellen und Gewebeabfälle zu entfernen; 2.000 × g für 20 min, um Zelltrümmer zu entfernen; und 10.000 × g für 30 min, um Mikrovesikel zu entfernen, jeweils bei 4 °C. Das resultierende Überstand wurde bei 120.000 × g 70 min bei 4 °C, um Exosomen zu pelletieren. Der Pellet wurde einmal mit PBS gewaschen und erneut bei 120.000 × g 70 min bei 4 °C. Das endgültige Pellet wurde in PBS resuspendiert. Die isolierten Exosomen wurden mittels Western-Blot-Analyse auf Exosomenmarker (PLAP, CD63 und TSG101, mit GM130 als negativer Kontrolle) charakterisiert und zusätzlich mittels Transmissionselektronenmikroskopie zur morphologischen Beurteilung untersucht.
P-EXOS-Zellaufnahmeversuch
Um die zelluläre Aufnahme von P-EXOS zu bestätigen, wurden Exosomen gemäß der Herstelleranleitung mit dem lipophilen Membranfarbstoff PKH67 fluoreszenzmarkiert. Kurz gesagt, wurden P-EXOS 5 min bei Raumtemperatur mit PKH67 (4 µM) in Verdünnungsmittel C inkubiert, und die Reaktion wurde durch Zugabe eines gleichen Volumens von 1 % bovinem Serumalbumin (BSA) gestoppt. Markierte Exosomen wurden durch Ultrazentrifugation (120.000 × g, 70 min, 4 °C) erneut isoliert, um nicht gebundenen Farbstoff zu entfernen. Anschließend wurden PKH67-markierte P-EXOS (50 µg/mL) HTR-8/SVneo-Zellen zugegeben und 24 h unter normoxischen oder hypoxischen Bedingungen (1 % O₂) gemeinsam inkubiert. Die Zellen wurden danach dreimal mit PBS gewaschen, 15 min mit 4 % Paraformaldehyd fixiert und die Kerne mit DAPI (1 µg/mL) kontragefärbt. Die Aufnahme der PKH67-markierten Exosomen wurde mittels konfokaler Laser-Scanning-Mikroskopie (CLSM; Anregung 490 nm, Emission 502 nm) visualisiert. Für funktionelle Kokulturversuche wurden HTR-8/SVneo-Zellen 24 h lang unter hypoxischen Bedingungen (1 % O₂) mit P-EXOS in einer Konzentration von 50 µg/mL (Proteinäquivalent) in vollständigem RPMI-1640-Medium, ergänzt mit 10 % exosomenfreiem FBS, behandelt.
Enzymgebundener Immunosorbens-Assay (ELISA)
Kulturüberstände von Zellen wurden gesammelt, und die Konzentrationen von IL-6, IL-1β und TNF-α wurden entsprechend den Herstelleranweisungen mithilfe eines IL-6-ELISA-Sets, eines IL-1β-ELISA-Sets und eines TNF-α-ELISA-Sets gemessen. Die Absorption bei 450 nm wurde mit einem Mikroplattenlesegerät gemessen, und die tatsächlichen Konzentrationen wurden anhand der Standardkurven berechnet.
TdT-vermittelte dUTP-Nick-End-Labeling (TUNEL)
Apoptotische Zellen wurden mit dem TUNEL-Assay-Kit gemäß den Herstelleranweisungen nachgewiesen. Kurz gesagt wurden die Zellen 15 min bei Raumtemperatur mit 4 % Paraformaldehyd fixiert, auf Eis für 5 min mit 0,1 % Triton X-100 in PBS permeabilisiert und anschließend 60 min bei 37 °C im Dunkeln mit der TUNEL-Reaktionsmischung inkubiert. Die Kerne wurden mit DAPI kontrastgefärbt, und die TUNEL-positiven Zellen wurden mittels Fluoreszenzmikroskop sichtbar gemacht und durch Bestimmung des Prozentsatzes an TUNEL-positiven Zellen in mindestens fünf zufällig ausgewählten Feldern pro Probe quantifiziert.
Statistische Analyse
Alle Daten wurden mit R und GraphPad Prism analysiert. Stetige Variablen werden als Mittelwert ±SD angegeben. Der Vergleich von zwei Gruppen erfolgte mittels Students t-Test, während der Vergleich mehrerer Gruppen mittels einfaktorieller ANOVA mit anschließendem Tukey’schen Post-hoc-Test durchgeführt wurde. Die statistische Signifikanz kategorialer Variablen wurde mittels Chi-Quadrat-Test oder exaktem Fisher-Test bewertet. Sofern nicht anders angegeben, wurden Korrelationen zwischen Molekülen mittels Spearman-Korrelationsanalyse berechnet. Experimente zur Charakterisierung von Exosomen wurden mit P-EXOS durchgeführt, die aus drei unabhängigen Plazentaspenderinnen isoliert worden waren. Zellbasierte Experimente wurden in drei unabhängigen biologischen Wiederholungen durchgeführt, die jeweils unabhängige Experimente zu verschiedenen Zeitpunkten mit HTR-8/SVneo-Zellen unterschiedlicher Passage darstellen; jede Wiederholung verwendete P-EXOS, die aus einer anderen plazentalen Spenderin isoliert worden waren. Ein p < 0,05 wurde als statistisch signifikant angesehen.