Details zu allen Tieren, Futtermitteln, Reagenzien, Kits, Instrumenten, Software und Dienstleistern, die in diesem Protokoll verwendet werden, finden Sie in der Materialtabelle. Alle Tierversuche wurden gemäß den Richtlinien des National Institutes of Health (NIH) für die Pflege und Nutzung von Labortieren durchgeführt und erhielten die Zustimmung des Experimental Animals Committee des Shandong Provincial Hospital (ethische Genehmigung Nr. 2022–007, genehmigt am 24. Januar 2022).
VORSICHT: Tierblut, Stuhlproben und Gewebe sollten als potenziell biologisch gefährliche Materialien behandelt werden. Alle Verfahren mit lebenden Tieren, biologischen Proben, scharfen Gegenständen, organischen Lösungsmitteln und chemischen Testreagenzien sollten gemäß den institutionellen Vorschriften zur Biosicherheit, Tierpflege und chemischer Sicherheit durchgeführt werden. Tierkadaver, Gewebe, blutkontaminierte Materialien und Kotproben sollten in ausgewiesenen Biohazard-Abfallbehältern gesammelt und über die institutionelle Tiereinrichtung oder das Biosicherheitsamt entsorgt werden. Nadeln, Gavage-Nadeln, Kapillarröhren und andere scharfe Gegenstände sollten sofort nach Verwendung in zugelassenen Schatzbehältern entsorgt werden. Organische Lösungsmittelabfälle, darunter Methanol, Acetonitril und Ameisensäurehaltige Lösungen, sollten in etikettierten chemischen Abfallbehältern gesammelt und im Rahmen des institutionellen Programms für gefährliche chemische Abfälle entsorgt werden. Abfälle aus biochemischen und oxidativen Stresstests sollten gemäß den Sicherheitsdatenblättern des Herstellers und den institutionellen Chemikaliensicherheitsregeln gesammelt und entsorgt werden.
Versuchstiere
Sechs Wochen alte männliche C57BL/6J-Mäuse (n = 4 pro Gruppe) wurden unter spezifischen, pathogenfreien (SPF) Bedingungen mit einem 12-stündigen Hell/Dunkel-Zyklus bei 22 ± 2 °C und 50–60 % relativer Luftfeuchtigkeit gehalten. Die Tiere hatten ad libitum Zugang zu Futter und Wasser, mit maximal fünf Mäusen pro Käfig. Die Kontrollmäuse erhielten eine Standard-Chow-Diät mit 70 % Kohlenhydraten, 20 % Protein und 10 % Fett (kcal). Um das MASLD-Mausmodell zu etablieren, wurden die Mäuse 8 Wochen lang mit einer fettreichen Ernährung gefüttert, die 20 % Kohlenhydrate, 20 % Protein und 60 % Fett (kcal) enthielt. Alle Diäten wurden bei 4 °C gelagert und zweimal pro Woche nachgefüllt. Mäuse wurden mit einem Zufallszahlengenerator zufällig in experimentelle Gruppen eingeteilt, und die Stichprobengröße (n = 4 pro Gruppe) wurde auf Basis früherer Studien mit ähnlichen, fettreich induzierten Mausmodellen und vorläufigen Experimenten bestimmt. Alle Behandlungen wurden täglich zur gleichen Zeit verabreicht, um zirkadiane Schwankungen zu minimieren.
Mikroalgenöl wurde von der Shandong Academy of Agricultural Sciences gewonnen und gereinigt, mit einer Reinheit von etwa 99%. Das Mikroalgenöl wurde bei −30 °C vor Licht geschützt gelagert. Vor der Verabreichung wurde das Öl mit einem Emulgator vorbereitet und gründlich vermischt, um die Homogenität zu gewährleisten. Konkret wurde DHA-reiches Mikroalgenöl in sterilem 0,5 % Carboxymethylcellulose-Natrium mit 0,5 % Tween-80 in normaler Kochsalzlösung emulgiert. Das Mikroalgenöl und das Emulgator-Vehikel wurden im Verhältnis 1:9 (v/v) gemischt und unmittelbar vor dem Gavage 2 Minuten lang vortexiert, um eine gleichmäßige Aufhängung zu erzielen. Mäuse der mit Mikroalgen ölbehandelten Gruppe erhielten die Zubereitung einmal täglich durch orale Ernährung mit einer sterilen Futternadel bei einer Dosis von 10 μL/g Körpergewicht. Das Gavagevolumen wurde täglich an das Körpergewicht angepasst, um eine Dosiskonsistenz zu gewährleisten. Mäuse in der Kontrollgruppe erhielten unter denselben Bedingungen ein äquivalentes Volumen steriler normaler Kochsalzlösung. Die verwendete Kochsalzlösung war eine Injektion von 0,9 % Natriumchlorid.
Die probiotische Behandlung bestand aus einer zusammengesetzten Formulierung, die Lactobacillus plantarum (DY-1), Lactobacillus acidophilus (KDB-03), Lactobacillus casei (KDB-LC) und Bacillus coagulans (GIM 1.645) enthielt. Die vier Stämme wurden mit einem gleichwertigen Viable-Cell-Verhältnis von 1:1:1:1 gemischt. Jeder Stamm trug 2,5 × 107 CFU /mL zur endgültigen Formulierung bei, was eine Gesamtbakterienkonzentration von 1 × 108CFU /mL ergab. Die probiotische Mischung wurde von der Shandong Academy of Agricultural Sciences synthetisiert und ist nicht kommerziell erhältlich. Die probiotische Behandlung bestand aus einer zusammengesetzten probiotischen Fermentationsbrühe mit Lactobacillus plantarum DY-1, Lactobacillus acidophilus KDB-03, Lactobacillus casei KDB-LC und Bacillus coagulans GIM 1.645. Die bakterielle Konzentration der Formulierung betrug 1 × 108CFU /mL. Die probiotische Gärungsbrühe wurde vor der Verwendung bei 4 °C gelagert. Mäuse in der probiotikabehandelten Gruppe erhielten die probiotische Formulierung einmal täglich oral mit einer Dosis von 0,01 mL/g Körpergewicht während des gesamten Versuchszeitraums.
Einzelne Stämme wurden unter geeigneten Bedingungen kultiviert und in der mittleren Stockwachstumsphase (OD₆₀₀ ≈ 0,6) geerntet, anschließend im angegebenen Verhältnis kombiniert. Bakterienkulturen wurden zentrifugiert, um das Supernatant zu entfernen, und die Pellets wurden in steriler phosphatgepufferter Kochsalzlösung (PBS) wieder suspendiert. Die frisch zubereitete bakterielle Suspension wurde vor der Verabreichung auf Eis gelegt, um die Lebensfähigkeit zu erhalten. Die endgültige Bakterienkonzentration wurde vor der Verabreichung auf 1 × 108 CFU /mL angepasst. Mäuse in der probiotischen Gruppe erhielten die Formulierung durch orale Gavage mit einer Dosis von 0,01 mL/g Körpergewicht einmal täglich während des gesamten Versuchszeitraums. Vor der Verabreichung von Probiotika wurde keine antibiotische Vorbehandlung angewendet. Um experimentelle Verzerrungen zu verringern, wurde die Outcome-Bewertung von verblindeten Forschern, wo angebracht, durchgeführt. MASLD wurde durch eine biochemische Blutanalyse bestätigt.
Blutanalyse
Am Ende des Versuchszeitraums wurden die Mäuse über Nacht (12 Stunden) nütternd und hatten vor der Glukosemessung und der Endblutentnahme freien Zugang zu Wasser. Die Mäuse wurden tief mit Isofluran und einem Anästhesieverdampfer betäubt, bis der Verlust des Pedalreflexes bestätigt wurde. Terminale Blutproben wurden durch retroorbitale Blutungen entnommen. Nach der Blutentnahme wurden die Mäuse durch eine zervikale Verrenkung unter Tiefnarkose eingeschläfert, und der Tod wurde durch Beatmungs- und Herzstillstand bestätigt. Das Blut wurde bei Raumtemperatur gerinnen und anschließend 10 Minuten lang bei 3.000 × g zentrifugiert, um Serum zu erhalten. Serumproben wurden aliquotiert und bis zur Analyse bei −80 °C gelagert. Serumglukose, Gesamtcholesterin (TC), Triglyzeride (TG), Low-Density Lipoprotein-Cholesterin (LDL-c), High-Density Lipoprotein-Cholesterin (HDL-c), Aspartat-Aminotransferase (AST) und Alaninaminotransferase (ALT) wurden mit einem automatischen biochemischen Analysator gemessen, der den Anweisungen des Herstellers folgte. Diese Parameter wurden mittels enzymatischer kolorimetrischer Tests quantifiziert, wobei Standardreagenzien-Kits in das Analysatorsystem integriert wurden. Alle biochemischen Parameter wurden auf das Serumvolumen normalisiert und in den vom Hersteller angegebenen Einheiten ausgedrückt.
Oxidative Stresstests
Biomarker für oxidativen Stress wurden mit Sets gemessen, darunter solche für Malondialdehyd, Superoxiddismutase und Katalase. Die Tests wurden gemäß den Anweisungen des Herstellers durchgeführt. Kurz gesagt wurden Lebergewebe in einem eiskalten Puffer homogenisiert und zentrifugiert, um Überstandsmittel für die Analyse zu gewinnen. Die Malondialdehydwerte (MDA) wurden mittels eines Thiobarbitursäure-Reaktivstofftests (TBARS) bestimmt; Die Aktivität der Superoxiddismutase (SOD) wurde anhand ihrer Fähigkeit gemessen, superoxidvermittelte Reaktionen zu hemmen; und die Katalase (CAT)-Aktivität wurde durch Überwachung der Zersetzungsrate von Wasserstoffperoxid quantifiziert. Die Messungen wurden mit einem Mikroplattenleser durchgeführt, und die Werte wurden anhand von Standardkurven oder den in den Bausätzen bereitgestellten Formeln berechnet. Die Marker für oxidativen Stress wurden auf das Lebergewebegewicht normalisiert und gemäß den Herstellerspezifikationen ausgedrückt.
16S rRNA-Sequenzierung und Mikrobiomanalyse
Am Ende der Versuchsphase wurden direkt von einzelnen Mäusen unter sterilen Bedingungen entnommen, sofort in flüssigem Stickstoff eingefroren und bei −80 °C bis zur DNA-Extraktion gelagert. Mikrobielle DNA wurde gemäß dem Protokoll des Herstellers mit einem kommerziellen Kit extrahiert. Die V3–V4-Region des bakteriellen 16S-rRNA-Gens wurde mit den Primern 341F/806R amplifiziert. Die PCR-Amplifikation erfolgte in einem 25-μL-Reaktionssystem, das Template-DNA, 2x PCR-Mastermix und 0,2 μM jedes Primers enthielt. Das Verstärkungsprogramm bestand aus einer anfänglichen Denaturierung bei 95 °C für 3 Minuten, gefolgt von 25 Zyklen mit 95 °C für 30 Sekunden, 55 °C für 30 Sekunden und 72 °C für 45 Sekunden, mit einer abschließenden Verlängerung bei 72 °C für 10 Minuten. Amplicon-Bibliotheken wurden auf einer Illumina MiSeq-Plattform mit einer gepaarten 2- × 250-bp-Strategie von einem kommerziellen Sequenzierungsdienstanbieter konstruiert und sequenziert. Die Bibliotheksqualität wurde vor der Sequenzierung bewertet, und Pool-Bibliotheken wurden mit der vom Hersteller empfohlenen Clusterdichte geladen. Minderwertige Lektüren mit mehrdeutigen Basis, unzureichender Länge oder einem durchschnittlichen Qualitätswert unter Q20 wurden vor der nachfolgenden Analyse entfernt.
Roh-Sequenzierungslesungen wurden mit QIIME 2 Version 2019.420 verarbeitet. Kurz gesagt wurden gepaarte Endlesungen mit DADA2 mit Standardparametern demultiplexiert, qualitätsgefiltert, entrauscht, zusammengeführt und chimäre-gefiltert. Nicht-Einzelton-Amplikon-Sequenzvarianten (ASVs) wurden für die nachgelagerte Analyse beibehalten. Die taxonomische Zuweisung erfolgte mit der Greengenes-Datenbank Version 13_8, implementiert in QIIME221. Angesichts der inhärenten Auflösungsbeschränkungen der 16S-rRNA-Gensequenzierung, insbesondere bei Verwendung der Greengenes-Datenbank, wurden taxonomische Annotationen ausschließlich auf Gattungsebene interpretiert. Die Klassifikation auf Artebene galt nicht als zuverlässig und wurde daher weder in nachgelagerten Analysen, statistischen Vergleichen noch biologischen Interpretationen verwendet. Alle mikrobiellen Merkmale wurden vor der Visualisierung und Analyse auf Gattungsebene kollabiert.
Alpha-Diversitätsmetriken (Chao1, Beobachtete Arten, Shannon, Simpson, Faiths PD und Pielous Gleichheit) wurden verwendet. Statistische Vergleiche der Alpha-Diversität zwischen Gruppen wurden mit geeigneten nichtparametrischen Tests (z. B. Kruskal–Wallis-Test) durchgeführt. Die Jaccard-Distanz und die Bray-Curtis-Unterschiede wurden als Beta-Diversitätsmetriken verwendet. Principal Coordinate Analysis (PCoA)-Plots, nicht-metrische multidimensionale Skalierung (NMDS) und lineare Diskriminantenanalyse-Effektgröße (LEfSe) wurden verwendet, um Veränderungen in Mikrobiom-Gemeinschaften mit einem LDA-Schwellenwert von 2,0 zu illustrieren. Permutationale multivariate Varianzanalyse (PERMANOVA) wurde verwendet, um die statistische Signifikanz der Beta-Diversität zu bewerten. Datenvisualisierung und statistische Analysen wurden mit der GenesCloud-Plattform (https://www.genescloud.cn) durchgeführt.
Mikrobielle funktionelle Profile wurden aus 16S-rRNA-Sequenzierungsdaten abgeleitet, anstatt direkt durch Shotgun-Metagenom- oder Transkriptomsequenzierung gemessen zu werden. Basierend auf der normalisierten Signalweg- oder funktionalen Gruppen-Häufigkeitstabelle wurden vorhergesagte funktionale Einheiten in häufig verwendete Datenbanken wie KEGG, MetaCyc und COG abgebildet. Die Häufigkeit der KEGG-Signalwege wurde anhand seiner hierarchischen funktionalen Kategorien zusammengefasst, wobei Level-2-Pfadklassifikationen für den nachgelagerten Vergleich verwendet wurden. Die durchschnittliche Häufigkeit jeder Pfadkategorie wurde mit R-Software berechnet.
Untargeted Metabolomics-Analyse von Leberproben
Lebergewebe wurden unmittelbar nach der Todesbestätigung schnell entfernt, sofort in flüssigem Stickstoff eingefroren und vor der Analyse bei −80 °C gelagert. Ungefähr 50 mg gefrorenes Lebergewebe wurden in eiskalten Methanol homogenisiert: Wasser (4:1, v/v) ergänzt mit internen Standards. Das Gewebe-zu-Extraktionslösungsmittel-Verhältnis betrug 1:10 (w/v). Die Proben wurden für 1 Minute vortexiert, 10 Minuten auf Eis soniziert und dann 30 Minuten bei −20 °C inkubiert, um die Proteinausschlagzeit zu verbessern. Die Homogenate wurden gründlich vermischt, auf Eis Sonikation unterzogen und bei 12.000 × g für 15 Minuten bei 4 °C zentrifugiert. Die Supernatanten wurden sorgfältig gesammelt, unter einem milden Stickstofffluss verdampft und zu 50 % Methanol für die spätere Analyse rekonstituiert.
Qualitätskontrollproben (QC) wurden durch das Poolen gleicher Mengen jeder Probe erzeugt und während des gesamten Laufs intermittierend analysiert, um die analytische Stabilität und Reproduzierbarkeit zu bewerten. Die ungezielte Metabolomik-Analyse wurde mit einem ultra-leistungsstarken Flüssigkeitschromatographiesystem durchgeführt, das mit hochauflösender Massenspektrometrie gekoppelt wurde und von einem kommerziellen Dienstleister betrieben wurde. Die Metaboliten wurden in einer Umkehrphasen-C18-Säule mit einem binären Lösungsmittelsystem getrennt, das aus Wasser mit 0,1 % Ameisensäure und Acetonitril mit 0,1 % Ameisensäure bestand. Das Einspritzvolumen betrug 2 μL, die Säulentemperatur wurde bei 40 °C gehalten und der Durchfluss auf 0,30 mL/min eingestellt. Ein Gradienten-Elutionsprogramm wurde verwendet, um eine breite Metabolitentrennung zu erreichen. Die massenspektrometrische Detektion erfolgte sowohl im positiven als auch im negativen Elektrospray-Ionisationsmodus über einen m/z-Bereich von 70–1.000, um eine breite Metabolitenabdeckung zu erreichen. Die Ionensprühspannung wurde im positiven Modus auf 3,5 kV und im negativen Modus −2,5 kV eingestellt. Die Kapillartemperatur wurde bei 320 °C gehalten, und die Daten wurden im Full-Scan-MS-Modus mit datenabhängiger MS/MS-Erfassung für die Metabolitenannotation erhoben. Rohdaten wurden mit spezieller Metabolomik-Software (MassLynx v4.1) für Merkmalserkennung, Ausrichtung und Normalisierung verarbeitet. Die Identifikation von Metaboliten erfolgte auf Grundlage genauer Masse, Retentionszeit und MS/MS-Fragmentierungsmustern im Vergleich mit öffentlichen Datenbanken, darunter die Human Metabolome Database (HMDB) und die Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) (v2023), wo zutreffend.
Multivariate und Weganalyse
Verarbeitete Metabolomik-Daten wurden multivariaten statistischen Analysen unterzogen, darunter Hauptkomponentenanalyse (PCA) und partielle Kleinste-Quadrat-Diskriminantenanalyse (PLS-DA), um metabolische Unterschiede zwischen experimentellen Gruppen zu visualisieren. Differenzielle Metaboliten wurden anhand einer Kombination aus variabler Bedeutung in der Projektion (VIP) (>1,0) und statistischer Signifikanz (S. < 0,05) identifiziert. Identifizierte Metaboliten wurden mithilfe der KEGG-Anreicherungsanalyse weiter auf metabolische Signalwege abgebildet, um biologische Prozesse zu klären, die mit der Supplementierung von DHA-reichem Mikroalgenöl verbunden sind.
Statistische Analyse
Die Daten wurden als Mittelwert ± SEM präsentiert und mittels Einweg-Varianzanalyse (ANOVA) analysiert, gefolgt vom Tukey-Mehrfachvergleichstest. Die statistische Signifikanz wurde als p < 0,05 definiert. Die Anreicherungsanalyse der Lebermetaboliten wurde mit R (Version 4.4.1) durchgeführt. Paarweise Assoziationen zwischen mikrobiellen Gattungen und Lebermetaboliten wurden anhand von Spearman-Rangkorrelationen analysiert. Nur signifikante Korrelationen (Falschentdeckungsrate, FDR < 0,05) mit |ρ| ≥ 0,6 wurden in die integrativen Netzwerkanalysen einbezogen. Die Datenverarbeitung von Mikrobiom und Metabolomik erfolgte wie oben beschrieben, einschließlich der Nutzung der GenesCloud-Plattform und der Qualitätskontrollverfahren.