VORSICHT: Humane HiPSC-Kulturen sollten im Rahmen institutioneller Biosicherheitsverfahren als potenziell biologisch gefährliches Material behandelt werden. Führen Sie alle menschlichen HiPSC-Kulturverfahren in einem zertifizierten biologischen Sicherheitsschrank der Klasse II unter steriler Technik durch. Alle Abfälle, die menschliche Zellen, Medien mit menschlichen Zellen und CRISPR/Cas9-Plasmidmaterial enthalten, sollten gemäß den lokalen Biosicherheitsrichtlinien vor der Entsorgung desinfiziert werden. Doxycyclin, Puromycin, DMSO und andere chemische Reagenzien sollten mit Handschuhen und angemessenem Augen- und Hautschutz behandelt werden, und Abfälle sollten gemäß institutionellen Verfahren für chemische Abfälle entsorgt werden. Basementmembran-Extrakt (BME) sollte mit steriler Technik behandelt und vor der Anwendung auf Eis gelagert werden, um eine vorzeitige Polymerisation zu verhindern. Die Lagerung von flüssigem Stickstoff und die Kryoviale Behandlung sollten mit geeigneten kryogenen Handschuhen, Gesichtsschutz und Vorsicht erfolgen, um Kälteverbrennungen oder eine Explosion des Fläschchens während des Auftauens zu vermeiden.
HINWEIS: Vor CRISPR/Cas9-vermittelter Editierung und neuronaler Differenzierung sollten hiPSC-Kulturen vordefinierte Qualitätskontrollkriterien erfüllen. Die Zellen müssen negativ auf Mycoplasma bestätigt sein, einen normalen Karyotyp oder ein akzeptables genomisches Integritätsprofil aufweisen und eine robuste Expression von Pluripotenzmarkern wie OCT4, SOX2, NANOG, TRA-1-60 und/oder SSEA4 aufrechterhalten. Kulturen sollten eine typische kompakte HiPSC-Koloniemorphologie aufweisen, mit einem hohen Verhältnis von Kern zu Zytoplasma, definierten Koloniegrenzen und minimaler spontaner Differenzierung. Es sollten nur aktiv proliferierende Kulturen innerhalb des empfohlenen Durchgangsbereichs verwendet werden, und die Zellen sollten die im Labor definierte maximale Durchgangsanzahl, typischerweise unter Passage 40, nicht überschreiten, sofern nicht anders validiert. Kulturen mit abnormaler Morphologie, übermäßiger spontaner Differenzierung, schlechtem Wachstum, bestätigter Kontamination oder Hinweisen auf genomische Instabilität sollten von Editier- und Differenzierungsexperimenten ausgeschlossen werden. Alle für dieses Protokoll benötigten Materialien, einschließlich Medienrezepte, sind in der Materialtabelle aufgeführt.
1. Herstellung von Reagenzien und Kulturplatten
- Bereite das Gefriermedium vor, indem du 40 mL Knock-out-Serumersatz (KOSR) und 10 mL Dimethylsulfoxid (DMSO) in einem 50 mL konischen Rohr kombinierst.
- Homogenisiere das Gefriermedium, indem du zehnmal auf und ab pipetterst. Lagern Sie die Lösung bis zu einem Monat bei 4 °C.
- Verdünnen Sie den Basalmembranextrakt (BME) im Medium Dulbeccos Modified Eagle Medium/F12 (DMEM/F12) bei einer Endkonzentration von 80 μg/mL.
HINWEIS: Vor der Verdünnung sollten Sie die Konzentration der erhaltenen BME-Lösung anhand der Chargennummer auf der Website des Anbieters überprüfen.
- Fügen Sie pro Bohrloch 1 ml des verdünnten BME zu einer 6-Well-Platte hinzu. Setzen Sie das BME sofort auf 4 °C für bis zu 1 Monat zurück.
- Kippen Sie die Platte, um die Lösung gleichmäßig über die gesamte Oberfläche der Brunnen zu verteilen. Stellen Sie sicher, dass keine unbeschichteten Stellen vorhanden sind.
- Inkubieren Sie den Teller mindestens 30 Minuten bei 37 °C vor der Benutzung.
HINWEIS: Es gibt keine maximale Inkubationszeit. Wenn man länger als einen Tag inkubiert, achte darauf, dass das DMEM/F-12 nicht verdampft. Die für einen Brunnen verwendete BME-Lösung kann nur einmal wiederverwendet werden, um einen zweiten Brunnen zu beschichten. Die Manipulation von BME bei Raumtemperatur sollte aufgrund seiner schnellen Polymerisation kurz erfolgen.
2. Wartung und Weitergabe von hiPSCs
HINWEIS: In diesem Protokoll bezieht sich das hiPSC-Wartungsmedium auf mTeSR plus. mTeSR plus ist das empfohlene Medium für routinemäßige Pflege, Passaging, Erholung nach Nukleofektion und Puromycin-Selektion.
- Führen Sie etwa alle 4–6 Tage eine HiPSC-Passaging durch, wenn die Zellen 60 % Konfluenz erreichen.
- Aspirieren Sie das Kulturmedium aus den Brunnen mit einer Aspirationspipelette.
- Gib 1 ml ReLeSR in den Brunnen und inkubiere 30 Sekunden bei Zimmertemperatur.
- Aspirieren Sie das Dissoziationsreagenz und inkubieren Sie die Platte 8 Minuten lang bei 37 °C.
- Gib vorsichtig 1 ml hiPSC-Pflegemedium mit einer 5-ml-Pipette hinzu. Sammeln Sie die Zellsuspension in einem 50-mL-Rohr.
- Mischen Sie 10 μL der Zellsuspension mit 10 μL Trypanblau in einem Mikrozentrifugenrohr. Laden Sie 10 μL der Mischung auf einen Zellzähler-Objektträger, um die lebensfähige Zellkonzentration zu bestimmen.
- Aspiriere die BME-Beschichtung aus einem zuvor vorbereiteten Brunnen. Fügen Sie 2 ml hiPSC-Pflegemedium hinzu, ergänzt durch den Rho-assoziierten Coiled-Coil-Kinase (ROCK)-Inhibitor (Y-27632; 10 μM final).
- Säe 100.000 hiPSCs in den Brunnen mit dem Ziel einer >90%-Viabilität. Bewegen Sie die Platte in einer Acht-Bewegung, um eine homogene Verteilung der Zellen sicherzustellen.
- Inkubieren Sie die Zellen bei 37 °C mit 5 %CO2.
- Nach 24 Stunden ersetze das Medium durch 2 ml frisches mTeSR plus Medium ohne ROCK-Inhibitor.
HINWEIS: Eine vorübergehende Änderung der Zellmorphologie (Zellverlängerung) wird in Anwesenheit des ROCK-Inhibitors erwartet. Überprüfen Sie, dass die Zellen nach der Entfernung ihre charakteristische Morphologie wiedererlangen.
3. Nukleofektion von hiPSCs
- Lassen die Zellen passieren, wenn der Zusammenfluss etwa 60 % erreicht.
HINWEIS: In diesem Protokoll entsprechen etwa 60 % der Konfluenz aktiv wachsenden HiPSC-Kolonien, die etwas mehr als die Hälfte der Bohrlochoberfläche bedecken, mit sichtbarem Abstand zwischen den Kolonien und minimaler spontaner Differenzierung. Kolonien sollten zum Zeitpunkt der Nukleofektion nicht überwuchert, stark verschmelzen oder dichte, mehrschichtige Zentren aufweisen.
- Stellen Sie sicher, dass das Nukleofektionsgerät eingeschaltet und das Nukleofektionssupplement zur Nukleofektionslösung P3 hinzugefügt wird. Bereite einen Eiskübel vor.
- Geben Sie 110 μL der Nukleofektionslösung P3 in ein auf Eis gestelltes Mikrozentrifugenrohr.
- Fügen Sie dem Röhrchen 1 μg des CRISPR/Cas9-Plasmids und 1 μg des Spenderplasmids mit dem doxycyclininduzierbaren ASCL1-P2A-DLX2. Kassette, Fluoreszieren-Reporter und Puromycin-Widerstandskassette hinzu. Sanft mischen, ohne Blasen hinzuzufügen.
- Bereite die Zielplatte vor, indem du das BME aus zwei beschichteten Bohrlöchern aspirierst. Fügen Sie jedem Bohrloch 2 ml hiPSC-Wartungsmedium mit einem ROCK-Inhibitor hinzu und inkubieren Sie die Platte bei 37 °C.
- Dissoziiere hiPSCs bei 60 % Konfluenz aus einem Brunnen einer 6-Well-Platte, wie in den Schritten 2.2 bis 2.5 beschrieben. Die Suspension in ein steriles Rohr übergeben und bei Raumtemperatur 5 Minuten bei 500 x g zentrifugieren.
- Entsorgen Sie das Supernatant und suspendieren Sie das Zellpellet in den 110 μL der Nukleofektionslösung P3, die die Plasmide enthält. Pipette vorsichtig, um Blasenbildung zu vermeiden.
- Übertragen Sie 100 μL der Zellsuspension in eine Nukleofektionscuvette, die auf Eis gelegt wird.
- Führen Sie die Cuvette in das Nukleofector-Gerät ein und führen Sie das CB-150-Programm für hiPSCs aus.
- Die Zellen werden sofort mit einer Plastik-Pasteur-Pipette entnommen. Gleiche Volumen der Zellsuspension werden in die beiden zuvor vorbereiteten Brunnen übertragen.
- Verteilt die Zellen mit einer Acht-Bewegung und inkubiert bei 37 °C.
- Nach 24 Stunden ersetzen Sie das Medium durch mTeSR plus Medium ohne ROCK-Inhibitor. Überprüfen Sie die Nukleofektionseffizienz durch Beobachtung der Fluoreszenz, falls anwendbar.
4. Antibiotika-Auswahl
VORSICHT: Puromycin ist giftig. Behandeln Sie mit geeigneter persönlicher Schutzausrüstung und entsorgen Sie Abfall gemäß den institutionellen Vorgaben.
HINWEIS: Bevor Sie bearbeitete hiPSCs auswählen, bestimmen Sie die optimale Puromycinkonzentration für jede HiPSC-Linie. Säe unbearbeitete hiPSCs bei 100.000 Zellen pro Bohrloch in einer BME-beschichteten 6-Well-Platte in einem hiPSC-Erhaltungsmedium, ergänzt mit ROCK-Inhibitor. Nach 24 Stunden wird das Medium durch ein frisches hiPSC-Erhaltungsmedium mit Puromycin bei 0, 0,2, 0,4, 0,6, 0,8, 1,0 und 1,5 μg/ml ersetzt. Täglich puromycinhaltiges Medium ersetzen und die Zellmorphologie sowie das Überleben mit einer Brightfield-Mikroskopie 5 Tage lang überwachen. Die ausgewählte Konzentration sollte alle unbearbeiteten HiPSCs innerhalb von 3–5 Tagen eliminieren und gleichzeitig eine übermäßige Toxizität minimieren. In diesem Protokoll liegt die optimale Puromycinkonzentration typischerweise bei 0,4–0,6 μg/mL.
- Warten Sie nach der Nukleofektion 3 Durchgänge, typischerweise etwa 1–2 Wochen je nach Erholung und Wachstumsrate, um den Verlust der nicht-integrierten Plasmide einzuplanen, bevor mit der Selektion begonnen wird.
- Führen Sie einen Zelldurchgang durch und säen Sie 100.000 Zellen pro Bohrloch.
- Nach 24 Stunden wird Puromycin in der durch die Killkurve bestimmten Konzentration hinzugefügt, typischerweise 0,4–0,6 μg/mL.
- Halten Sie die Puromycin-Auswahl für die festgelegte Dauer aufrecht, in der Regel etwa 5 Tage.
- Validieren Sie die ausgewählte Population mittels Fluoreszenzmikroskopie oder Durchflusszytometrie, um den Anteil der berichterpositiven Zellen zu schätzen.
HINWEIS: Gehen Sie nur mit gepoolten Populationen fort, die eine überwiegend homogene Reporterexpression zeigen, idealerweise >80–90 % reporter-positive Zellen. Wenn die Reporterexpression weiterhin Mosaik bleibt, erweitern Sie die Selektion, wiederholen Sie die Anreicherung oder ziehen Sie die klonale Isolierung vor der Differenzierung in Betracht.
- Korrektes AAVS1-Targeting durch Junction-PCR bestätigen, bevor die neuronale Differenzierung eingeleitet wird.
- Wenn eine strenge Validierung erforderlich ist, verifizieren Sie PCR-Produkte mittels Sanger-Sequenzierung und bewerten Sie die Transgen-Kopienzahl mittels qPCR, ddPCR oder einem anderen geeigneten Kopienzahl-Test.
- Bewerten Sie zufällige Integration mit PCR-basierten Assays für Plasmid-Backbone-Sequenzen oder einer breiteren genomweiten Integrationsanalyse, je nach beabsichtigter nachgelagerter Anwendung.
- Bestätigen Sie, dass die ausgewählte HiPSC-Population Mycoplasma-negativ bleibt, die typische HiPSC-Koloniemorphologie beibehält und nach der Auswahl von Puromycin robustes Wachstum aufrechterhält.
- Bewerten Sie die genomische Integrität neu durch Karyotypisierung, SNP-Array oder einen anderen validierten Test, insbesondere wenn bearbeitete Zellen für Krankheitsmodellierung, funktionelle Assays oder Langzeitstudien verwendet werden.
- Bewerten Sie potenzielle Off-Target-Effekte von CRISPR/Cas9 durch gezielte Sequenzierung vorhergesagter Off-Target-Standorte oder, wenn erforderlich, breitere genomische Ansätze.
HINWEIS: Verwenden Sie keine Kulturen zur Differenzierung, wenn sie eine abnormale Morphologie, schlechte Erholung nach Selektion, anhaltende Mosaik-Reporter-Expression, bestätigte genomische Anomalien oder gescheiterte AAVS1-Integration zeigen. In diesem Protokoll werden ausgewählte technisch hergestellte HiPSCs als gepoolte Population verwendet und können vor der Doxycyclin-Induktion kryokonserviert werden, sobald die Reporterexpression AAVS1 erfolgt. Zielsetzung, Morphologie und Wachstum wurden validiert. Die Kryokonservierung nach der Doxycyclin-Einleitung oder während der neuronalen Reifung ist nicht Teil des Standardablaufs und sollte empirisch vor der Anwendung validiert werden.
5. Differenzierung in GABAerge Neuronen
- Bereiten Sie die erforderliche Anzahl von BME-beschichteten Brunnen vor. Beachte, dass ein Gut am Tag 0 ausgesaatene Bohrloch einen Brunnen mit GABAergen Neuronen liefert.
- Bereiten Sie 6,9 ml Neuro-Induktionsmedium pro Bohrloch vor, ergänzt durch Doxycyclin (1 μg/mL). Beziehen Sie ein Überschussvolumen von 15 % ein, um Verdunstungs- oder Pipettierungsfehler auszugleichen.
HINWEIS: Doxycyclin wird ab Tag 0 in einer Endkonzentration von 1 μg/mL verwendet und während der Differenzierung und Reifung aufrechterhalten. Bei jedem Mediumwechsel wird ein frisches, doxycyclinhaltiges Medium hergestellt, um eine konstante Transgeninduktion aufrechtzuerhalten. Diese Dosis wurde ausgewählt, weil sie eine robuste Expression des Reporters und eine effiziente neuronale Umwandlung in unseren Händen ermöglichte. In diesem Protokoll wurde keine formelle Doxycyclin-Dosis-Reaktion durchgeführt; daher können Labore, die die Methode anpassen, empirisch 0,1–2 μg/mL Doxycyclin testen, wenn die Transgeninduktion suboptimal erscheint.
- Am Tag 0 werden die hergestellten hiPSCs dissoziiert und 200.000 Zellen in die vorbereiteten, mit BME beschichteten Brunnen ausgesaat. Inkubieren bei 37 °C.
- An den Tagen 1, 2 und 3 aspirieren Sie das Medium und fügen Sie 2 ml frisches Neuro-Induktionsmedium mit Doxycyclin hinzu.
HINWEIS: Ab Tag 3 sollte die Zellexpansion deutlich abnehmen, und dendritische Strukturen können entstehen. Wenn eine experimentelle Bestätigung des Zellzyklusaustritts erforderlich ist, kann eine Ki-67-Immunfärbung oder die Inkorporation von EdU/BrdU am Tag 3–4 durchgeführt werden.
- Am 4. Tag bereiten Sie ein Neuroreifungsmedium vor, das Gehirn-abgeleiteten neurotrophen Faktor (BDNF), glialzelllinien-abgeleiteten neurotrophen Faktor (GDNF) und Neurotrophin-3 (NT-3) enthält, jeweils mit einer Endkonzentration von 10 ng/mL, Doxycyclin bei 1 μg/mL und PluriSln bei 20 μM.
- Aspiriere das Neuro-Induktionsmedium. Fügen Sie vorsichtig 2 ml des Neuro-Reifungsmediums tropfen für tropfen entlang der Wand des Bohrlochs hinzu, um die neu gebildeten Neuronen nicht zu stören.
- Am 7. Tag aspirieren Sie das Medium und fügen Sie vorsichtig 2 ml Neuro-Reifungsmedium mit den Neurotrophinen und Doxycyclin hinzu, wobei der pluripotente Zellüberlebenshemmer weggelassen wird.
- Zur langfristigen Erhaltung sollte das Neuroreifungsmedium alle 3 bis 4 Tage vollständig ersetzt werden, wobei die Häufigkeit an die Zelldichte angepasst wird.
HINWEIS: Tag 21 ist der Standardendpunkt zur Beurteilung der GABAergen neuronalen Identität. Bis zum 21. Tag sollten die Zellen GABAerge neuronale Merkmale zeigen, einschließlich DLX1.Ausdruck und ihre axonalen Netzwerke weiter reifen. Eine Aussaatdichte von 200.000 Zellen pro Brunnen wurde empirisch ausgewählt, um gut verteilte Kolonien zu bilden und gleichzeitig Überbelegung und reifungsbedingten Zelltod zu vermeiden. Dichten von 150.000–300.000 Zellen pro Bohrloch sind kompatibel, wobei niedrigere Dichten für die Morphologie und höhere für die Materialgewinnung bevorzugt werden. Um die Ablösung zu reduzieren, führen Sie häufigere Halbmediumwechsel mit einer 1.000 μL-Pipette bei geringem Durchfluss ohne Kippen der Platte vor. Bei Bedarf können die Zellen einmal nach der dreitägigen Doxycyclin-Induktion neu beschichtet werden, bevor das Reifemedium hinzugefügt wird, wobei verstärkte Beschichtungen wie Poly-L-Lysin/Laminin oder Laminin-521 verwendet werden. Weiteres Sterben nach Beginn der Reifung sollte vermieden werden.
- Kulturen können über Tag 21 hinaus für eine verlängerte Reifung erhalten bleiben, sofern Netzwerke verbunden, lebensfähig und frei von sich proliferierenden hiPSC-ähnlichen Kolonien bleiben. Nach Tag 21 werden alle 3–4 Tage Halbmediumwechsel mit frischem Neuroreifungsmedium durchgeführt, das Doxycyclin und neurotrophe Faktoren enthält.
HINWEIS: Verwenden Sie Kulturen für nachgelagerte Assays, sobald die neuronale Morphologie und Neuritennetzwerke stabil sind, die Abtrennung minimal ist und keine undifferenzierten Kolonien sichtbar sind. In unseren Händen werden Kulturen typischerweise zwischen Tag 21 und Tag 35 verwendet.