GSE100927 wurde als öffentlich zugänglicher, nicht identifizierbarer Sekundärdatensatz analysiert. Es wurden keine Teilnehmer rekrutiert, keine neuen menschlichen Proben gesammelt und keine direkten personenbezogenen Identifikatoren verwendet; daher waren eine zusätzliche Genehmigung durch die zuständige Ethikkommission und eine informierte Einwilligung nicht erforderlich. Die Zellexperimente verwendeten lediglich eine etablierte murine Makrophagenzelllinie und beinhalteten keine lebenden Tiere, primäre Tiergewebe, menschliche Teilnehmer oder primäre menschliche Materialien; daher war eine institutionelle Genehmigung nach den Richtlinien für Human- oder Tierversuche nicht anwendbar.
Identifizierung von HQT-bioaktiven Verbindungen und Zielstrukturen
Auf die Datenbanken Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP), PubMed, China National Knowledge Infrastructure (CNKI) und UniProt wurde mithilfe der am 16. Juli 2026 verfügbaren Versionen zugegriffen. Scutellaria baicalensis Georgi, Paeonia lactiflora Pall., Glycyrrhiza uralensis Fisch. und Ziziphus jujuba Mill. wurden einzeln in der TCMSP-Datenbank unter Verwendung ihrer lateinischen, englischen und chinesischen Arzneinamen durchsucht. Verbindungen mit einer oralen Bioverfügbarkeit (OB) von ≥30 % und einem Drug-Likeness-Wert (DL) von ≥0,18 wurden beibehalten. Doppelte Verbindungen, die in mehr als einem pflanzlichen Material identifiziert wurden, wurden anhand des Verbindungsnamens und der entsprechenden TCMSP-Kennung zusammengeführt.
In PubMed wurde mit den Begriffen („Huangqin Tang“ ODER „Huang-Qin-Tang“ ODER „Huang Qin Tang“) UND (Bestandteil ODER Verbindung ODER Inhaltsstoff ODER Phytochemikalie ODER Zielstruktur) gesucht, und in CNKI wurde mit „Huangqin Tang“ UND („chemische Bestandteile“ ODER „wirksame Inhaltsstoffe“ ODER „pharmakologische Zielstrukturen“) gesucht. Es wurden Artikel berücksichtigt, die bis zum 16. Dezember 2025 veröffentlicht wurden. Verbindungen oder Zielstrukturen wurden nur eingeschlossen, wenn ihr Zusammenhang mit HQT oder einer der vier pflanzlichen Komponenten ausdrücklich beschrieben worden war. Übersichtsartikel ohne nachvollziehbare Primärquellen, unbenannte Verbindungen sowie vorhergesagte Zielstrukturen ohne experimentelle oder datenbankgestützte Belege wurden ausgeschlossen.
Proteintargets wurden mithilfe des Identifier-Mapping-Tools in der UniProt-Datenbank kartiert, wobei der Organismus auf Homo sapiens (Taxon-Identifier 9606) beschränkt wurde. Genehmigte humane Gensymbole wurden beibehalten, während nicht zugeordnete und doppelte Einträge entfernt wurden. Die bereinigte Kantenliste aus Verbindungen und Targetproteinen wurde in die Netzwerk-Visualisierungssoftware Cytoscape (Version 3.7.2) importiert, wo das HQT-Verbindung-Target-Netzwerk erstellt wurde.
Identifizierung und bioinformatische Analyse von mit AS assoziierten Zielstrukturen
Auf die Datenbanken GeneCards, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), Comparative Toxicogenomics Database (CTD) und Gene Expression Omnibus (GEO) wurde mithilfe der am 16. Juli 2026 verfügbaren Versionen zugegriffen. Der Begriff „Atherosklerose“ wurde verwendet, um in GeneCards, OMIM und CTD zu suchen. Gene, die aus GeneCards mit einem Relevanzscore von ≥1,163 abgerufen wurden – entsprechend dem Medianwert aller abgerufenen Einträge –, wurden berücksichtigt. Nur direkt dokumentierte, mit AS assoziierte Gene aus OMIM und CTD wurden einbezogen.
Die GSE100927-Reihenmatrix, die Probenauswertungsdatei und die Plattformauswertungsdatei GPL17077 wurden aus dem GEO-Datenbank abgerufen. Alle 104 menschlichen peripheren Arterienproben wurden gemäß der Phänotyp-Metadaten des Repositoriums als AS oder Kontrolle klassifiziert, und keine Proben wurden basierend auf der arteriellen Lokalisation ausgeschlossen.
Die Bioinformatik-Analysen wurden mit der statistischen Software R (Version 4.3.2) unter Verwendung des limma-Pakets (Version 3.58.1), des ggplot2-Pakets (Version 3.4.4), des ComplexHeatmap-Pakets (Version 2.18.0), des clusterProfiler-Pakets (Version 4.10.1) und des org.Hs.eg.db-Pakets (Version 3.18.0) durchgeführt. Die Proben wurden mithilfe der Plattform-Annotationsdatei GPL17077 annotiert, und Proben ohne zugelassene Gen-Symbole wurden entfernt. Mehrfachproben, die auf dasselbe Gen abgebildet wurden, wurden mit der avereps-Funktion gemittelt. Eine log2(x + 1)-Transformation wurde nur angewendet, wenn das 99. Perzentil 100 überstieg; andernfalls wurden die vorgegebenen logarithmischen Werte beibehalten. Die Arrays wurden mit der Quantil-Methode normalisiert.
Die Proben wurden als „Control“ und „AS“ codiert, und eine Intercept-freie Designmatrix wurde mithilfe von model.matrix(~0 + group) erstellt. Lineare Modelle wurden unter Verwendung der Funktionen lmFit, makeContrasts, contrasts.fit und eBayes angepasst. Alle Gene wurden mit topTable(number = Inf, adjust.method = “BH”) extrahiert. Differenziell exprimierte Gene wurden als solche definiert, die eine absolute log2-Fold-Change größer als 1 und einen nominalen p-Wert <0,05 aufwiesen, wobei die nach Benjamini–Hochberg adjustierten p-Werte in der vollständigen Ausgabe beibehalten wurden.
Vulkandiagramme wurden unter Verwendung von log2-Faltungsänderungswerten und −log₁₀-Nominal-p-Werten erstellt. Heatmaps wurden nach zeilenweiser z-Score-Standardisierung der ausgewählten Gene konstruiert. Identische Vorverarbeitungs- und Visualisierungseinstellungen wurden auf alle Proben angewandt.
Gene, die aus GeneCards, OMIM, CTD und GEO gewonnen wurden, wurden mithilfe der UniProt-Datenbank standardisiert. Gen-Identifikatoren wurden in Großbuchstaben geschriebene, anerkannte Gensymbole umgewandelt, und leere, nicht zugeordnete sowie doppelte Einträge wurden innerhalb jeder Datenquelle entfernt. Konsensmäßig als mit AS assoziierte Zielgene definierte Gene waren solche, die in mindestens zwei der vier Datenquellen identifiziert wurden. Die intersect()-Funktion in R wurde verwendet, um Gene zu ermitteln, die mit dem standardisierten HQT-Zielgen-Satz gemeinsam sind.
Die überlappenden HQT-AS-Ziele wurden in die STRING-Datenbank (Version 12.0), aufgerufen am 16. Dezember 2025, eingestellt. Die Analyse war auf Homo sapiens beschränkt, der minimale Interaktionsscore wurde auf 0,700 festgelegt, alle Nachweiskanäle wurden beibehalten, und es wurden keine Interaktoren erster oder zweiter Ordnung hinzugefügt. Die Interaktionstabelle wurde exportiert und in Cytoscape als ungerichtetes Netzwerk importiert. Selbstschleifen und doppelte Kanten wurden entfernt, und die Werte für Grad-, Zwischen- und Nähezentralität wurden mithilfe des CentiScaPe-Plugins (Version 2.2) berechnet. Hub-Gene wurden als solche definiert, deren alle drei Zentralitätsmaße die entsprechenden Netzwerkmittelwerte übersteigen.
Gene-Symbole wurden mithilfe der bitr-Funktion in Entrez-Identifikatoren umgewandelt. Nicht zugeordnete und doppelte Identifikatoren wurden entfernt, und alle erfolgreich zugeordneten Gene im annotierten Datensatz wurden als Hintergrund verwendet. Die Anreicherungsanalyse der Genontologie für alle Ontologien wurde mit enrichGO (ont = „ALL“) durchgeführt, und die Anreicherungsanalyse der Kyoto-Enzyklopädie für Gene und Genome (KEGG) wurde mit enrichKEGG (organism = „hsa“) durchgeführt. Die Korrektur nach Benjamini–Hochberg wurde angewendet, und angereicherte Terme mit einem adjustierten p-Wert <0,05 wurden beibehalten.
Die vollständigen Skripte für die Vorverarbeitung, differentielle Expression, Visualisierung und Anreicherungsanalyse wurden als TCMSP analysis.R und Transcriptome analysis.R bereitgestellt. Basierend auf den Ergebnissen der Netzwerkanalyse und veröffentlichten Belegen wurden Paeoniflorin (PF), Liquiritin, Baicalin, Wogonosid und Glycyrrhizinsäure als die wichtigsten Inhaltsstoffe von HQT identifiziert20. PF wurde aufgrund seiner beschriebenen Rolle bei der Regulation des Lipidstoffwechsels und des AMP-aktivierten Proteinkinase-Signalwegs als repräsentativer Wirkstoff ausgewählt.
Herstellung des HQT-Extrakts
Authentifizierte S. baicalensis Georgi, P. lactiflora Pall., G. uralensis Fisch. und Z. jujuba Mill. wurden im Trockengewichtsverhältnis 3:2:2:3 miteinander vermischt. Destilliertes Wasser wurde im Verhältnis 1:10 (w/v) zugegeben, und das Gemisch wurde 1 Stunde lang im Rückfluss erhitzt. Der Extrakt wurde heiß filtriert, und der Rückstand wurde anschließend ein zweites Mal mit destilliertem Wasser im Verhältnis 1:8 (w/v) für 1 Stunde extrahiert, wie zuvor beschrieben19. Die Filtrate wurden vereinigt, bei 60 °C unter vermindertem Druck eingedampft und im Vakuum bis zur konstanten Masse getrocknet; die Ausbeute betrug 36,34 %. Der getrocknete Extrakt wurde in steriler Wasserlösung mit einer Konzentration von 1 g/mL gelöst, durch eine 0,22 µm-Membran filtriert, portioniert und bei −20 °C bis zur Verwendung gelagert. Die verwendeten Versuchskonzentrationen wurden als Mikrogramm getrockneter Extrakt pro Milliliter Kulturmedium angegeben.
Zellkultur, Transfektion und Behandlung
RAW264.7-Murinenmakrophagen wurden in einem Dulbecco’schen modifizierten Eagle-Medium mit hohem Glucosespiegel kultiviert, das mit 10% fötalem Rinderserum, 100 U/mL Penicillin und 100 µg/mL Streptomycin ergänzt war, bei 37 °C in einem befeuchteten Inkubator mit 5% CO2. Die Zellen wurden bei etwa 80% Konfluenz umgeimpft, und es wurden ausschließlich Zellen zwischen der 5. und 20. Passage nach dem Auftauen verwendet. Die Identität der Zelllinie wurde anhand des Repository-Zertifikats überprüft, und die Zellmorphologie, Adhärenz sowie das Wachstumsverhalten wurden routinemäßig überwacht. Es wurden nur mykoplasmafreie Kulturen verwendet. Kulturen mit Kontamination, abnormem Wachstum, starker Vakuolisierung, umfangreichen Zelltrümmern, deutlicher Ablösung oder ungleichmäßiger Zellverteilung wurden verworfen.
Zur Stilllegung von AMPKα1 wurden Zellen in 6-Well-Platten mit jeweils 2 mL Kulturmedium pro Well mit einer Dichte von 2 × 105 Zellen pro Well ausgesät und bei 50–60 % Konfluenz transfiziert. Insgesamt 100 pmol si-AMPKα1 oder nicht-zielgerichtete siRNA wurden in 125 µL serumreduziertem Medium verdünnt, während 5 µL lipidbasiertes Transfektionsreagenz separat in 125 µL serumreduziertem Medium verdünnt wurden. Nach einer Inkubation von 15 min bei Raumtemperatur wurden die beiden Lösungen vereinigt und tropfenweise zu den Zellen gegeben, um eine endgültige siRNA-Konzentration von 50 nM zu erreichen. Die si-AMPKα1-Sequenzen lauteten wie folgt: Sinnstrang, 5′-CCCATCTTATAGTTCAACCAT-3′, und Antisinnstrang, 5′-ATGGTTGAACTATAAGATGGG-3′. Das Kulturmedium wurde nach 6 h gewechselt, und die Inkubation wurde insgesamt 48 h fortgesetzt, bevor eine Behandlung mit ox-LDL und PF erfolgte. Der Knockdown von AMPKα1 wurde mittels qRT-PCR und Western-Blotting bestätigt, und nur Experimente, die im Vergleich zur negativkontrollierten siRNA-Gruppe eine signifikante Reduktion zeigten, wurden in die nachfolgenden Analysen einbezogen.
PF, Dorsomorphin und BAY 11-7082 wurden in Dimethylsulfoxid (DMSO) gelöst, während HQT in steriler Wasser hergestellt wurde. Die endgültige DMSO-Konzentration betrug in allen Behandlungsgruppen ≤0,1 %, und das entsprechende Fahrzeug wurde den Kontrollgruppen hinzugefügt.
Für die Konzentrationsuntersuchung wurden die Zellen 24 h mit PF bei 0, 1, 5, 10, 20 oder 40 µM bzw. mit HQT bei 0, 12,5, 25, 50, 100 oder 200 µg/mL behandelt. Anschließend wurden die Zellviabilität und die AMPK-Phosphorylierung bestimmt. Basierend auf diesen Ergebnissen wurden 20 µM PF und 100 µg/mL HQT für alle nachfolgenden Experimente ausgewählt.
Zum Vergleich von PF und HQT umfassten die Behandlungsgruppen eine Kontrollgruppe, eine Gruppe mit 50 µg/mL ox-LDL, eine Gruppe mit ox-LDL plus 20 µM PF und eine Gruppe mit ox-LDL plus 100 µg/mL HQT. Alle Gruppen wurden 24 h inkubiert. Zur pharmakologischen Hemmung von AMPK wurde die Gruppe mit ox-LDL plus PF vor der 24-stündigen Kombinationsbehandlung 1 h lang mit 10 µM Dorsomorphin vorbehandelt21,22.
Zur genetischen Hemmung von AMPK wurden die Zellen 48 h lang mit si-NC oder si-AMPKα1 transfiziert und anschließend den Gruppen Kontrolle, ox-LDL, PF oder si-AMPK plus PF zugeordnet. Die Gruppen PF und si-AMPK plus PF erhielten 24 h lang 50 µg/mL ox-LDL zusammen mit 20 µM PF. Die ox-LDL-Gruppe erhielt ausschließlich ox-LDL, während die Kontrollgruppe das entsprechende Fahrzeugmittel erhielt.
Um die Beteiligung der NF-κB-Signalübertragung zu untersuchen, wurde eine zusätzliche Behandlungsgruppe vor der Exposition gegenüber 50 µg/mL ox-LDL für 24 h mit 10 µM BAY 11-7082 für 1 h vorbehandelt23,24,25. Anschließend wurden die Expression von ABCA1, der Cholesterinausstrom, die Lipidakkumulation sowie die Anteile von CD86⁺- und CD206⁺-Makrophagen bestimmt.
Sofern nicht anders angegeben, wurden die Zellen 12–16 h vor der Behandlung ausgesät, und für jede Behandlungsgruppe wurden drei replizierte Wells verwendet. Jeder Assay wurde mit drei unabhängig kultivierten Zellpräparationen an verschiedenen Tagen durchgeführt (n = 3), mit Ausnahme des Zellviabilitätsscreenings, das aus fünf unabhängigen Experimenten mit jeweils fünf technischen Replikaten pro Konzentration bestand. Technische Replikate, Doppelbestimmungen und mehrere mikroskopische Aufnahmefelder wurden hierarchisch gemittelt, um pro unabhängiges Experiment einen einzelnen Wert zu erhalten.
Es wurden nur Kulturen verwendet, die gleichmäßig angeheftet waren und eine Konfluenz von etwa 60 %–80 % aufwiesen, beziehungsweise eine Konfluenz von 50 %–60 % für Transfektionsversuche. Die wesentlichen Materialien, Software und Geräte sind in der begleitenden Tabelle der Materialien aufgeführt.
Test zur Zellviabilität und quantitative Echtzeit-PCR
RAW264.7-Zellen wurden mit 5 × 103 Zellen pro Vertiefung in 96-Well-Platten ausgesät und über Nacht anheften lassen. Die Zellen wurden 24 h mit den in Abschnitt 4 beschriebenen Konzentrationen von PF und HQT behandelt. Die Zellviabilität wurde bestimmt, indem das Kulturmedium durch 100 µL Arbeitslösung für den Zellviabilitätsassay ersetzt wurde, gefolgt von einer zweistündigen Inkubation bei 37 °C im Dunkeln. Die Absorption wurde bei 450 nm gemessen.
Es wurden Leerwerte mit Reagenz allein erfasst, und deren Extinktionswerte wurden von allen Messungen subtrahiert. Die Extinktionswerte aus fünf technischen Wiederholungen pro Konzentration wurden gemittelt. Die Zellviabilität wurde berechnet als (Extinktion der behandelten Gruppe / Extinktion der Kontrollgruppe) × 100, wobei die unbehandelte Kontrolle als 100 % definiert wurde. Es wurden fünf unabhängige Experimente durchgeführt.
Gesamt-RNA wurde mit einem Phenol–Guanidinium-RNA-Extraktionsreagenz gewonnen, und nur Proben mit A260/A280-Werten zwischen 1,8 und 2,0 wurden verwendet. Ein Mikrogramm Gesamt-RNA wurde revers transkribiert, und jede 20 µL quantitative PCR (qPCR)-Reaktion enthielt 10 µL 2× SYBR Green Mastermix, jeweils 0,4 µL 10 µM vorwärts- und rückwärtsgerichteter Primer, 2 µL cDNA und 7,2 µL nukleasefreies Wasser.
Die quantitative PCR wurde bei 95 °C für 30 s durchgeführt, gefolgt von 40 Zyklen mit 95 °C für 10 s und 60 °C für 30 s. Anschließend erfolgte eine Schmelzkurvenanalyse von 65 °C bis 95 °C. Die Primersequenzen lauteten wie folgt: Prkaa1 vorwärts, 5′-ACCAGAAGCGGTGCCGGAAAGCTGG-3′; Prkaa1 rückwärts, 5′-TGTAGTCGGTTTATGCAGCAACGAG-3′; Gapdh vorwärts, 5′-CGACTTCAACAGCAACTCCCACTCTTCC-3′; und Gapdh rückwärts, 5′-TGGGTGGTCCAGGGTTTCTTACTCCTT-3′.
Jede Probe wurde technisch dreifach analysiert, und No-Template-Kontrollen wurden mitgeführt. Primerpaare wurden nur akzeptiert, wenn ein einzelner Schmelzpeak beobachtet wurde und in den No-Template-Kontrollen keine Amplifikation nachgewiesen wurde. Die relative Expression von Prkaa1 wurde mit der 2−ΔΔCt-Methode unter Verwendung von Gapdh als Referenzgen berechnet, und die Expression in der si-NC-Gruppe wurde auf 1 normiert.
Bestimmung der Lipidakkumulation, ATP-Spiegel und Cholesterinauslagerung
Für die Oil-Red-O-Färbung wurden RAW264.7-Zellen mit 5 × 104 Zellen pro Brunnen in 500 µL Kulturmedium in 24-Well-Platten ausgesät. Nach der Behandlung wurden die Zellen zweimal mit jeweils 500 µL phosphatgepufferter Salzlösung (PBS) gewaschen, mit 500 µL 10 % iger neutralgepufferter Formalinlösung 20 min fixiert, erneut zweimal mit PBS gewaschen, einmal mit 500 µL 60 % iger Isopropanollösung gespült und anschließend 15 min bei Raumtemperatur mit 500 µL frisch zubereiteter Oil-Red-O-Arbeitslösung gefärbt. Die gefärbten Zellen wurden mit destilliertem Wasser gewaschen, bis der Hintergrund klar war. Fünf mikroskopische Felder wurden von jedem Brunnen wie in Abschnitt 8 beschrieben aufgenommen, und der Oil-Red-O-positive Anteil wurde als (positive Fläche dividiert durch die gesamte Feldfläche) × 100 unter Verwendung eines festen Farbschwellenwerts berechnet. Färbungsergebnisse wurden nur akzeptiert, wenn die Kontrollzellen eine minimale Färbung zeigten, die mit ox-LDL behandelten Zellen deutlich erkennbare intrazelluläre Lipidtröpfchen aufwiesen und der extrazelluläre Hintergrund klar blieb. Proben mit diffusen Präzipitaten, ungleichmäßiger Färbung oder starker Zellablösung wurden ausgeschlossen, und die Färbeprozedur wurde wiederholt.
Für die ATP-Messung wurden Zellen in 6-Well-Platten mit jeweils 5 × 105 Zellen pro Vertiefung in 2 mL Kulturmedium ausgesät. Nach der Behandlung wurden die Zellen zweimal mit jeweils 1 mL kalter PBS gewaschen, mit 200 µL ATP-Assay-Lysepuffer lysiert und bei 4 °C 5 min bei 12.000 × g zentrifugiert. Ein 10 µL großer Aliquot des Überstandes wurde mit 100 µL ATP-Detektionsreagenz vermischt und die Chemilumineszenz gemessen. Die ATP-Konzentrationen wurden anhand einer Standardkurve berechnet. Jeder Lysat wurde im Duplikat gemessen, und jeweils drei unabhängige Versuchsansätze wurden in drei voneinander unabhängigen Experimenten analysiert.
Für die Analyse des Cholesterinausstroms wurden Zellen in 24-Loch-Platten mit jeweils 5 × 104 Zellen pro Loch in 500 µL Kulturmedium ausgesät. Nach der Behandlung wurden die Zellen 24 h lang mit 1 µg/mL NBD-Cholesterin beladen, dreimal mit jeweils 500 µL PBS gewaschen und anschließend 4 h in 500 µL serumfreiem Medium inkubiert, das entweder 10 µg/mL Apolipoprotein A-I oder 50 µg/mL hochdichtes Lipoprotein enthielt. Die Kulturüberstände wurden gesammelt und bei 1.000 × g für 5 min zentrifugiert. Die Zellen wurden zweimal mit PBS gewaschen und mit 200 µL Lysepuffer lysiert. Die Fluoreszenz in den Überständen und Lysaten wurde jeweils im Duplikat bei Anregungs- und Emissionswellenlängen von 485 bzw. 535 nm gemessen. Fluoreszenzwerte, die von Löchern ohne NBD-Cholesterin stammten, wurden abgezogen, und der Cholesterinausstrom wurde als Fluoreszenz des Überstands geteilt durch die Summe aus Überstands- und Lysatfluoreszenz × 100 für jeden Cholesterinakzeptor berechnet.
Bestimmung entzündlicher Zytokine, des mitochondrialen Membranpotentials, reaktiver Sauerstoffspezies und der Apoptose
Für den enzymegebundenen Immunosorbens-Assay (ELISA) wurden RAW264.7-Zellen in 6-Well-Platten mit jeweils 5 × 105 Zellen pro Vertiefung in 2 mL Kulturmedium ausgesät. Nach 24-stündiger Behandlung wurden die Kulturüberstände gesammelt, bei 4 °C 10 min lang mit 1.000 × g zentrifugiert und entweder unmittelbar analysiert oder portioniert und bis zur Analyse bei −80 °C gelagert. Wiederholte Einfrier- und Auftauzyklen wurden vermieden. Die Konzentrationen von murinem TNF-α, IL-6 und IL-1β wurden mithilfe von Sandwich-ELISA-Kits bestimmt. Alle Reagenzien wurden vor der Verwendung auf Raumtemperatur gebracht. Standards, Blindproben und Proben wurden jeweils im Doppelauftrag mit 100 µL pro Vertiefung aufgetragen. Nach jeder Antikörperinkubation wurden die Vertiefungen fünfmal mit jeweils 300 µL Waschpuffer gespült. Die Farbentwicklung erfolgte mit Tetramethylbenzidin-Substrat, die Reaktion wurde gemäß den Herstelleranweisungen gestoppt, und die Extinktion wurde bei 450 nm gemessen. Die Zytokinkonzentrationen wurden anhand von Standardkurven mit vierparametrischer logistischer Regression berechnet und in pg/mL angegeben. Messungen mit einem Variationskoeffizienten der Duplikate von mehr als 15 % wurden wiederholt, und Proben, die den Messbereich überschritten, wurden vor der erneuten Analyse verdünnt.
Für die Analyse des mitochondrialen Membranpotentials wurden Zellen in 24-Well-Platten mit jeweils 5 × 104 Zellen pro Well in 500 µL Kulturmedium ausgesät. Nach der Behandlung wurden die Zellen zweimal gewaschen und anschließend 20 Minuten bei 37 °C im Dunkeln mit 500 µL JC-1-Arbeitslösung inkubiert. Danach wurden die Zellen erneut zweimal mit Färbe-Puffer gewaschen, und die rote Aggregat- sowie die grüne Monomer-Fluoreszenz wurden von identischen mikroskopischen Feldern bei Anregungs-/Emissionswellenlängen von 525/590 nm beziehungsweise 490/530 nm erfasst. Das hintergrundsubtrahierte Verhältnis der grünen zur roten Fluoreszenz wurde anschließend berechnet.
Für die Analyse intrazellulärer reaktiver Sauerstoffspezies (ROS) wurden Zellen mit einer Dichte von 5 × 104 Zellen pro Vertiefung in 24-Loch-Platten ausgesät. Nach der Behandlung wurden die Zellen zweimal mit serumfreiem Medium gewaschen und anschließend 2 h bei 37 °C im Dunkeln mit 10 µL 2′,7′-Dichlordihydrofluorescein-Diacetat, verdünnt in 200 µL Kulturmedium, inkubiert. Während der Inkubation wurden die Platten alle 5 min vorsichtig geschüttelt. Danach wurden die Zellen dreimal gewaschen und die Fluoreszenz bei einer Anregungswellenlänge von 488 nm und einer Emissionswellenlänge von 525 nm gemessen.
Zur Apoptose-Analyse wurden Zellen mit einer Dichte von 5 × 104 Zellen pro Vertiefung in 24-Loch-Platten ausgesät. Nach der Behandlung wurden die Zellen zweimal gewaschen, für 20 min mit 4 % Paraformaldehyd fixiert, dreimal erneut gewaschen und für 10 min mit 0,1 % Triton X-100 in PBS permeabilisiert. Anschließend wurden insgesamt 250 µL der Terminal-Deoxynucleotidyl-Transferase-dUTP-Nick-End-Labeling-(TUNEL)-Reaktionsmischung zugegeben, und die Zellen wurden 60 min bei 37 °C in einer feuchten, dunklen Kammer inkubiert. Nach drei Waschschritten wurden die Zellkerne für 5 min mit 4′,6-Diamidino-2-Phenylindol (DAPI) kontragefärbt. Als negative Kontrolle, die terminalen Deoxynucleotidyltransferase enthielt, wurde in jedem Experiment eine Probe ohne dieses Enzym eingeschlossen.
Ein erhaltenes mitochondriales Membranpotential zeigte sich durch vorwiegend punktförmige rote JC-1-Fluoreszenz, während eine Membrandepolarisation durch verstärkte diffuse grüne Fluoreszenz angezeigt wurde. ROS-Bilder wurden nur akzeptiert, wenn die grüne Fluoreszenz intrazellulär war und frei von Präzipitaten oder Signalüberlastung. Die Apoptose-Färbung wurde nur akzeptiert, wenn die rote Fluoreszenz vorwiegend nukleär war und die Kontrolle ohne Enzym ein minimales Hintergrundsignal aufwies.
Bildaufnahme und quantitative Analyse
Helligkeitsfeld- und Fluoreszenzbilder wurden mit einem invertierten Fluoreszenzmikroskop, das mit einer digitalen Kamera und einem 20×-Objektiv ausgestattet war, aufgenommen. Von jedem Well wurden fünf nicht überlappende Felder erfasst, darunter ein zentrales und vier periphere Felder. Bereiche, die Kratzer, Randzonen der Wells, abgelöste Zellschichten oder große Ablagerungen enthielten, wurden ausgeschlossen, bevor die Behandlungsidentitäten aufgedeckt wurden. Automatische Belichtungs- und Verstärkungseinstellungen wurden deaktiviert. Die Beleuchtungsintensität, Belichtungszeit, Verstärkung, das Objektiv und die Bilddimensionen wurden anhand repräsentativer Kontroll- und ox-LDL-Wells festgelegt, um sicherzustellen, dass das stärkste Fluoreszenzsignal nicht gesättigt war. Identische Bildaufnahmeeinstellungen wurden für alle Behandlungsgruppen innerhalb jedes unabhängigen Experiments beibehalten. Gekoppelte rote und grüne Fluoreszenzkanäle wurden erfasst, ohne den Mikroskoptisch neu zu positionieren. Die unveränderten Bilder wurden mit der Bildanalyse-Software ImageJ analysiert, wobei der Untersucher bezüglich der Behandlungszuordnung verblindet blieb. Das Hintergrundsignal eines zellfreien Bereichs wurde subtrahiert, und Bildschwellwerte wurden anhand repräsentativer Kontroll- und ox-LDL-Bilder festgelegt. Dieselben Schwellwerte wurden im gesamten jeweiligen Experiment angewandt. Für die Abbildungsdarstellung wurden ausschließlich einheitliche, flächendeckende Bildanpassungen vorgenommen. JC-1-Ergebnisse wurden als Verhältnis der grünen zur roten Fluoreszenz angegeben. Signale für reaktive Sauerstoffspezies und Apoptose wurden als mittlere, hintergrundsubtrahierte Fluoreszenz angegeben, normiert auf die analysierte Fläche, wobei der Mittelwert der Kontrollgruppe für relative Analysen auf 1 normiert wurde. Fünf mikroskopische Felder wurden gemittelt, um einen Wert pro Well zu erhalten, und die Werte aus drei Wells wurden gemittelt, um einen Wert pro unabhängigem Experiment zu generieren.
Western-Blot-Analyse
RAW264.7-Zellen wurden mit 5 × 105 Zellen pro Vertiefung in 2 mL Kulturmedium in 6-Loch-Platten ausgesät, und aus jeder Vertiefung wurde ein Protein-Lysat hergestellt. Zur Gesamtzellproteingewinnung wurden die Zellen zweimal mit eiskaltem PBS gewaschen, 30 min auf Eis mit Radioimmunpräzipitationspuffer (RIPA-Puffer), der mit Protease- und Phosphataseinhibitoren ergänzt war, lysiert und anschließend 15 min bei 4 °C mit 12.000 × g zentrifugiert. Zur nukleären Proteingewinnung wurden die Zellen in einem Puffer suspendiert, der 10 mM HEPES, 10 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 0,5 mM Dithiothreitol und Protease-/Phosphataseinhibitoren enthielt, und 15 min auf Eis inkubiert. Ein nichtionisches Detergens wurde auf eine Endkonzentration von 0,5 % zugegeben, gefolgt von kurzem Wirbeln und Zentrifugation bei 700 × g für 5 min bei 4 °C. Der nukleäre Pellet wurde 30 min auf Eis unter intermittierendem Mischen in einem Puffer extrahiert, der 20 mM HEPES, 420 mM NaCl, 1,5 mM MgCl2, 0,2 mM EDTA, 25 % Glycerin, 0,5 mM Dithiothreitol und Protease-/Phosphataseinhibitoren enthielt. Der Extrakt wurde anschließend 15 min bei 4 °C mit 14.000 × g zentrifugiert.
Die Protein-Konzentrationen wurden mithilfe des Bicinchoninsäure-Assays bestimmt. Gleichmäßige Proteinmengen (25–30 µg) wurden in jede Spur geladen, 5 min bei 95 °C erhitzt, auf 8 %–12 %igen Natriumlaurylsulfat-Polyacrylamid-Gelen getrennt und unter Kühlbedingungen 90 min bei 100 V auf 0,45 µm große Polyvinylidenfluorid-Membranen übertragen. Membranen mit Gesamtproteinen wurden mit 5 % fettfreier Milch blockiert, während Membranen mit phosphorylierten Proteinen mit 5 % Rinder-Serumalbumin blockiert wurden, das in Tris-gepufferter Salzlösung mit Polysorbat 20 für 1 h vorbereitet wurde. Die Membranen wurden über Nacht bei 4 °C mit primären Antikörpern gegen AMPK, phosphoryliertes AMPK, BAX, BCL-2, Caspase-3, ABCA1, p65, phosphoryliertes p65, LXRα, IκB-α, phosphoryliertes IκB-α und Histon H3 in einer Verdünnung von 1:1.000 inkubiert, mit Ausnahme von Histon H3, das in einer Verdünnung von 1:2.000 verwendet wurde. GAPDH- und β-Aktin-Antikörper wurden in einer Verdünnung von 1:5.000 verwendet. Nach der Inkubation mit den primären Antikörpern wurden die Membranen dreimal je 10 min gewaschen und anschließend 1 h mit mit HRP konjugierten sekundären Antikörpern (Ziegen-anti-Kaninchen oder Ziegen-anti-Maus) in einer Verdünnung von 1:5.000 inkubiert. Nach weiterem Waschen wurden die Proteinbanden mithilfe eines verbesserten Chemilumineszenz-Detektionsreagens nachgewiesen. Die kürzeste Belichtungszeit, die für alle Zielproteine unsättigte Banden ergab, wurde ausgewählt, und identische Belichtungs- und Bildaufnahmeeinstellungen wurden für alle Gruppen auf derselben Membran beibehalten.
Proteingele wurden mithilfe der Bildanalyse-Software ImageJ nach lokaler Hintergrundsubtraktion quantifiziert. Die Gesamtmengen von AMPK, ABCA1, BAX, BCL-2, Caspase-3, IκB-α und phosphoryliertem IκB-α wurden auf GAPDH oder β-Aktin normalisiert. Die Verhältnisse von phosphoryliertem AMPK zu gesamt AMPK sowie von phosphoryliertem p65 zu gesamt p65 wurden berechnet. Die Mengen von nukleärem LXRα, p65 und phosphoryliertem p65 wurden auf Histon H3 normalisiert, und der Mittelwert der Kontroll- oder si-NC-Gruppe innerhalb jedes unabhängigen Experiments wurde auf 1 normiert. Nur Blots, die diskrete Banden bei den erwarteten molekularen Massen, einen geringen Hintergrund, nicht gesättigte Signale und vergleichbare Ladekontrollen zeigten, wurden in die Analyse einbezogen. Membranen mit verzerrten Geleisen, unvollständiger Proteinauftragung, übermäßigem Hintergrund oder Signalüberlastung wurden erneut bearbeitet oder ausgeschlossen. Drei unabhängige Experimente wurden mit separat hergestellten Protein-Lysaten durchgeführt.
Cellularer Thermischer Shift-Assay
RAW264.7-Zellen wurden mit 3 × 106 Zellen in 10 mL Kulturmedium in 100-mm-Kulturschalen ausgesät und über Nacht inkubiert. Die Zellen wurden gesammelt, zweimal mit eiskaltem PBS gewaschen, 30 min auf Eis in PBS mit 0,4 % NP-40 und Protease-/Phosphatase-Inhibitoren lysiert und bei 4 °C 20 min bei 20.000 × g zentrifugiert. Die geklärten Lysate wurden auf eine Proteinkonzentration von 2 mg/mL eingestellt. Gleich große Volumina der geklärten Lysate wurden entweder mit 20 µM PF oder 0,1 % DMSO 1 h bei Raumtemperatur inkubiert. Jede Probe wurde in 50-µL-Aliquote aufgeteilt und 3 min bei 37 °C, 41 °C, 45 °C, 49 °C, 53 °C, 57 °C, 61 °C, 65 °C, 69 °C oder 73 °C erhitzt. Die Proben wurden unmittelbar 3 min bei 4 °C abgekühlt und bei 4 °C 20 min bei 20.000 × g zentrifugiert. Gleich große Volumina der löslichen Überstände wurden mittels Western-Blot-Analyse auf AMPK und phosphoryliertes AMPK untersucht. Das Signal bei jeder Temperatur wurde auf das entsprechende Signal bei 37 °C normiert, das als 100 % definiert wurde. Die Menge des löslichen Proteins wurde als Funktion der Temperatur aufgetragen, und der gesamte Assay wurde dreimal mit unabhängig kultivierten Zellen wiederholt. Nur Experimente, die ein nachweisbares Referenzband bei 37 °C, einen progressiven Verlust an löslichem AMPK mit steigender Temperatur sowie das Fehlen starker Verzerrungen der Banden oder anomaler Zunahmen des löslichen Proteins bei den höchsten Temperaturen zeigten, wurden in die Analyse einbezogen.
Durchflusszytometrie-Analyse
RAW264.7-Zellen wurden mit 5 × 105 Zellen pro Vertiefung in 2 mL Kulturmedium in 6-Loch-Platten ausgesät. Nach der Behandlung wurden die Zellen zweimal mit eiskaltem PBS gewaschen und vorsichtig mit einem Zellabstreifer in PBS, das 2 % fetalen Rinderserum und 2 mM EDTA enthielt, abgelöst. Die Zellsuspensionen wurden bei 400 × g für 5 min bei 4 °C zentrifugiert, zweimal mit PBS gewaschen und auf eine Konzentration von etwa 1 × 106 Zellen pro Probe eingestellt. Die Zellen wurden 20 min bei Raumtemperatur im Dunkeln mit einem fixierbaren, aminreaktiven Vitalitätsfarbstoff gefärbt. Nach dem Waschen wurden Fc-Rezeptoren mit einem Anti-Maus-CD16/32-Antikörper für 15 min bei 4 °C blockiert. Fluorochrom-konjugierte Antikörper gegen CD45, CD11b, F4/80, CD86 und CD206 wurden mit jeweils 5 µL pro Antikörper für je 1 × 106 Zellen zugegeben, und die Zellen wurden 30 min bei 4 °C im Dunkeln inkubiert.
Nach der Antikörpermarkierung wurden die Zellen zweimal gewaschen, in 300 µL Markierungspuffer resuspendiert und per Durchflusszytometrie analysiert. Pro Probe wurden mindestens 50.000 Gesamtereignisse und, wenn möglich, mindestens 20.000 lebensfähige CD45⁺CD11b⁺F4/80⁺-Ereignisse erfasst. Als Kontrollen dienten unbehandelte Proben, einfach angefärbte Kompensationskontrollen sowie Fluoreszenz-minus-eins-Kontrollen für CD86 und CD206. Für alle Behandlungsgruppen eines Experiments wurde dieselbe Kompensationsmatrix angewendet. Zelltrümmer wurden anhand der Vorwärts- und Seitenstreuungseigenschaften ausgeschlossen, Doppelzellen mittels Vorwärtsstreufläche gegenüber Vorwärtsstreuhöhe. Lebensfähige, aufnehmende Zellen wurden identifiziert, CD45⁺-Zellen wurden selektioniert und Makrophagen als CD11b⁺F4/80⁺-Zellen definiert. CD86⁺- und CD206⁺-Zellen wurden innerhalb des Makrophagen-Tors unter Verwendung von Schwellenwerten quantifiziert, die anhand der entsprechenden Fluoreszenz-minus-eins-Kontrollen festgelegt wurden. Derselbe Gating-Hierarchieansatz wurde auf alle Proben angewendet. Pro unabhängiges Experiment wurde eine gefärbte Zellsuspension aus jeweils drei Replikat-Probewellen hergestellt, und die aus den drei Wellen erhaltenen Prozentwerte wurden gemittelt, um einen einzelnen Wert pro unabhängigem Experiment zu erzeugen. Das Experiment wurde dreimal mit unabhängig kultivierten Zellen wiederholt.
Sicherheit und Entsorgung von Abfällen
Alle Zellkulturarbeiten, die Handhabung von ox-LDL sowie die Verarbeitung von zellulären Materialien wurden in einer Sicherheitswerkbank der Klasse II gemäß den Richtlinien der Biosicherheitsstufe 2 durchgeführt. Während aller Arbeiten wurden Laborkittel, Handschuhe und Augenschutz getragen. Arbeitsflächen und Geräte wurden nach Gebrauch dekontaminiert. Formaldehyd und Paraformaldehyd wurden unter angemessenen Vorsichtsmaßnahmen gehandhabt, aufgrund ihrer Toxizität und potenziellen Karzinogenität. Fixierungslösungen, Oil-Red-O-Lösungen, DMSO-haltige Lösungen und fluoreszierende Färbelösungen wurden unter Verwendung geeigneter persönlicher Schutzausrüstung und mit ausreichender Belüftung behandelt. Fixierungslösungen, Färbelösungen, DMSO-haltige Lösungen und ox-LDL-haltige Kulturmedien wurden separat gesammelt und gemäß den institutionellen Vorschriften als gefährlicher chemischer Abfall entsorgt. Kulturmedien mit Zellen, kontaminierte Verbrauchsmaterialien und Durchflusszytometrie-Proben wurden als biologischer Abfall behandelt. Flüssiger biologischer Abfall wurde mindestens 30 Minuten lang mit frisch zubereiteter 10%iger Natriumhypochloritlösung desinfiziert, und fester biologischer Abfall wurde vor der Entsorgung gemäß den institutionellen Biosicherheitsvorschriften autoklaviert.
Statistische Analyse
Alle statistischen Analysen wurden mit der statistischen Software GraphPad Prism (Version 10.1.2) durchgeführt. Die Daten werden als Mittelwert dargestellt ± Standardabweichung. Der Wert von n stellten die Anzahl unabhängiger Experimente dar und nicht die Anzahl technischer Replikat-Proben, Gerätemessungen oder mikroskopischer Felder. Für alle statistischen Analysen wurden hierarchisch gemittelte Werte verwendet, die aus jedem unabhängigen Experiment wie in den vorangegangenen Abschnitten beschrieben gewonnen wurden. Vergleiche zwischen zwei Gruppen wurden mit einem ungepaarten zweiseitigen Student's t-Test. Vergleiche zwischen drei oder mehr Gruppen wurden mittels einfaktorieller Varianzanalyse, gefolgt vom Tukey’schen Test für multiple Vergleiche, durchgeführt. Alle statistischen Tests waren zweiseitig, und ein p Wert <0,05 wurde als statistisch signifikant angesehen.