Isolierung von zirkulierender zellfreier DNA (cfDNA): Ein Membranverfahren auf Siliziumdioxidbasis zur Extraktion von cfDNA aus Blutplasma von Krebspatienten

Zirkulierende zellfreie DNAs oder cfDNAs sind kurze DNA-Fragmente, die hauptsächlich von Krebszellen freigesetzt werden, die sich in der Apoptose befinden. cfDNAs sind vielversprechende Biomarker für Krebs und können aus Körperflüssigkeiten wie Plasma isoliert werden.

Um cfDNA zu isolieren, wird zunächst eine Plasmaprobe von einem Krebspatienten entnommen. Behandeln Sie das Plasma anschließend mit einem Lysepuffer, der Proteinase K, chaotrope Salze und Träger-RNA enthält. Die chaotropen Salze denaturieren Proteine und setzen gebundene cfDNAs aus Proteinen frei. Proteinase K inaktiviert Nukleasen und minimiert dadurch den cfDNA-Abbau.

Geben Sie danach den gewünschten Bindungspuffer in die Probe. Montieren Sie eine Spin-Säule mit einer Festphasen-Siliziumdioxid-Matrix auf dem Vakuumgerät. Laden Sie die Stichprobe in die Spalte. Wenden Sie ein Vakuum an, um die Probe durch die Kieselsäuremembran zu leiten.

Die Träger-RNA bindet unspezifisch an die Röhrchenwände. Diese unspezifische Bindung zusammen mit dem Vorhandensein von Salzen im Puffer erleichtert die Bindung von cfDNA an die Siliziumdioxidmembran und erhöht die Rückgewinnung von cfDNAs. Die Proteine und andere Verunreinigungen h