Zweidimensionale semi-denaturierende Agarose-Gelelektrophorese: Eine Technik zur Trennung polymorpher Amyloidfasern basierend auf Größenheterogenität

Amyloidfasern sind Aggregate aus fehlgefalteten Proteinen, die eine Größenheterogenität aufweisen. Diese Fasern, die gegen anionische Detergenzien wie SDS resistent sind, können mit Hilfe einer zweidimensionalen halbdenaturierenden Agarosegelelektrophorese analysiert werden.

Nehmen Sie zu Beginn ein vormontiertes, großporiges Agarose-Gel, das SDS enthält. Die hohe Porosität ermöglicht die Trennung von intakten Fasern während des Laufs. Überlagern Sie das Gel mit einem Laufpuffer, der SDS enthält.

Laden Sie ein Zelllysat, das Amyloidfasern enthält, in das Gel. Das Vorhandensein von SDS und das Fehlen eines Probenerhitzungsschritts schafft halbdenaturierende Bedingungen, unter denen das Reinigungsmittel an hochresistente Amyloide bindet und den intakten Fasern eine gleichmäßige negative Ladung verleiht.

Lassen Sie das Gel in der ersten Dimension mit der entsprechenden Spannung laufen. Das elektrische Feld bewirkt die Wanderung von negativ geladenen Amyloiden in Richtung der positiv geladenen Anode.

Während des Laufs wandern kleinere Fasern im Vergleich zu größeren schnell und bilden ein schmierartiges Bandenmuster, das auf Größenheterogenität hinweist.

Drehen Sie das Gel nach Fertigstellung senkrecht und führen Sie es in die zweite Dimension. In dieser Dimension bewegen sich die Fasern identisch zum ersten Lauf und trennen sich anhand ihrer Größe. Dadurch entsteht ein diagonaler Abstrich, da kleinere Fasern schneller wandern als die größeren.

Die Bildung des scharfen diagonalen Bandes bestätigt eine intakte, aber heterogene Amyloid-Fibrillärpopulation.

Um das Gel herzustellen, geben Sie 2 Gramm Agarosepulver zu 200 Millilitern TAE-Puffer in ein Becherglas. Dann den Becher in der Mikrowelle erhitzen, um die Agarose zu schmelzen.

Als nächstes fügen Sie 1 Milliliter 20% SDS zu einer Endkonzentration von 0,1% hinzu. Den Becher vorsichtig schwenken.

Gießen Sie anschließend die flüssige Agarose auf eine 15 cm x 14 cm große Gelplatte. Um Luftblasen zu entfernen, verwenden Sie eine 1-Milliliter-Pipette. Legen Sie dann einen 20-Well-Kamm auf das Gel.

Geben Sie als Nächstes etwa 60 Mikrogramm Ganzzelllysat in die äußerste rechte Spur des Gels. Lassen Sie das Gel etwa vier Stunden lang bei 60 Volt laufen, wobei der TAE-Puffer mit 0,1 % SDS als Laufpuffer

Um das Gel in der zweiten Dimension laufen zu lassen, drehen Sie das Gel vorsichtig um 90 Grad gegen den Uhrzeigersinn. Lassen Sie das Gefängnis dann etwa vier Stunden lang mit 60 Volt laufen.