Die Zirkulardichroismus-Spektroskopie-Technik zur Untersuchung von DNA-Protein-Wechselwirkungen

ATP-abhängige Chromatin-Remodeling-Proteine regulieren die Genexpression in dicht gepacktem Chromatin, indem sie die DNA-Konformation auf ATP-abhängige Weise verändern.

Um Chromatin-Remodeler-DNA-Wechselwirkungen mit Hilfe der Zirkulardichroismus- oder CD-Spektroskopie zu untersuchen, nehmen Sie eine Lösung von doppelsträngigen DNA-Oligonukleotiden. Erhitzen, um die Oligonukleotide zu denaturieren, und auf Eis legen.

Durch die schnelle Abkühlung renaturiert die DNA und bildet Sekundärstrukturen. Der Übergangsbereich von Doppel- zu Einzelstrang bietet eine optimale Bindungsstelle für die Chromatin-Remodeler.

Geben Sie die hitzegekühlte DNA in eine Küvette. Fügen Sie einen Puffer hinzu, der ATP-abhängigen Chromatin-Remodeler, ATP und Magnesiumionen enthält.

Der Remodeler bindet an die DNA, gefolgt von der Bindung von ATP mit Magnesiumionenkomplex an das Protein – und aktiviert es. Der aktivierte Remodeler hydrolysiert ATP – und induziert so eine Stammschleifenkonformation in der DNA.

Lassen Sie links und rechts zirkular polarisiertes Licht – mit einer Phasendifferenz von 90° – durch die Probe. Optisch absorbiert chirale DNA das linke und rechte zirkular polarisierte Licht in untersch