Name: Konsens Brain-derived Protein, Extraktionsprotokoll für das Studium der Human-und Maus-Gehirn-Proteome Mit Sowohl 2D-DIGE-und Mini-2DE Immunoblotting (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2014-04-10T15:30:00.000+00:00
Duration: 10 min 51 s
Description: Lernen Sie ein standardisiertes Proteinextraktionsprotokoll aus menschlichem und murinem Gehirngewebe für die Proteomanalyse mittels 2D-DIGE und Mini-2DE-Immunoblotting. Diese Methode ermöglicht die zuverlässige Identifizierung von Proteinen und posttranslationalen Modifikationen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Diese Arbeit wurde von INSERM, Universität Lille 2 unterstützt, MEDIALZ, LABEX (Exzellenz Labor-Programm zu investieren für die Zukunft) und DISTALZ (Entwicklung innovativer Strategien für eine transdisziplinäre Ansatz zur Alzheimer-Krankheit). FJ.FG ist derzeit ein Empfänger Gemeinschaft von ANR (Französisch National Research Agency / NeuroSplice de Projet Tau ANR-2010-BLAN-1114 01), aber diese Arbeit im Rahmen der Unterstützung von einem Stipendium der JCCM (Spanien) war.

1. Homogenisierung und Gesamtproteinextraktion aus Mensch und Maus Gehirngewebe <ol><li> Hirngewebe Homogenisierung. Homogenisieren des Gehirngewebes 10% (w / v) in 8 M Harnstoff, 2 M Thioharnstoff und 1% w / v SDS-Puffer (UTS) mit einem Potter-Glas (für menschliche Proben) oder Teflon-Homogenisator (für Mäuse Proben). Ultraschallbad bei 60 Hz 30 Impulse mit einer Ultraschallgenerator, indem 0,5 sec für die Gesamt Gewebe Zerfall 13, 14. <ol><li> Bestimmen Proteinkonzentration mit Bradford-Test, mit BSA als Standard. Diese Extraktionspuffer UTS ist völlig kompatibel mit einer Dimension SDS-PAGE solange Lysaten nicht überhitzt zu Carbamylierung 15 zu vermeiden. </li><li> 1% (w / v) und Amberlite inkubieren unter leichtem Mischen während 10 min bei Raumtemperatur. Danach auf 0,22 um Spritzenfilter filtern und schließlich auf die Harnstoff / Thioharnstoff-Lösung fügen Sie den SDS. Dieser Schritt die Menge von Harnsäure und Isocyansäure, die in equilibr sind reduziertium mit Harnstoff in Lösung und deren Abbau erleichtern. </li></ol></li><li> Chloroform / Methanol-Proteinfällung. Man fällt zwischen 100-150 ug Protein für 11 cm IPG-Streifen und 1 bis 1,5 mg für 18 cm Einsen (unabhängig vom pH-Bereich gewählt, um die IEF durchzuführen). <ol><li> Alle Schritte auf Eis oder bei 4 ° C. Kühlen Chloroform und Methanol bei 4 ° C für 30 min vor dem Beginn der Fällungsverfahren. </li><li> Hinzufügen von drei Volumina Methanol und einem Volumen Chloroform zu einem Volumen UTS Lysat. Schütteln Sie die Mischung manuell und fügen Sie drei Volumina kaltem Wasser. Wirbel während 1 min pelle die Proteine ​​durch Zentrifugation bei 12.000 × g für 30 min bei 4 ° C. </li><li> Verwerfen des Überstandes mit einer Pasteurpipette und fügen Sie drei Volumina kaltem MeOH. Wirbel immer Zentrifuge bei 12.000 × g während 30 min bei 4 ° C. Schließlich Stand verwerfen und das Pellet trocknen unter N 2. </li></ol></li><li> Herstellung von Proteinen für die 2D-Analyse.Resuspendieren des Protein-getrocknete Pellet in 2D-Puffer (8 M Harnstoff, 2 M Thioharnstoff mit 4% CHAPS ergänzt). Waschen der Lösung mit Amberlite wie oben angegeben, und versuchen, den Anteil von 500 &amp;mgr; g Protein pro 200 ul Puffer für 2D-2D-DIGE halten. Hinweis: 2D-Puffer bei -80 º C gelagert oder bei 4 ° C während einer Woche gehalten (Harnstoffabbau zu verhindern) werden. <ol><li> Ultraschallbad und speichern die Proben bei -80 ° C bis die Durchführung der folgenden Schritt. Bemerkenswert, kann dieses Protokoll verwendet werden, nachdem Ameisensäure Solubilisierung von Protein-Aggregate 10. Kurz gesagt, verdampfen Ameisensäure unter N 2 und das Pellet wie beschrieben. </li></ol></li></ol> 2. 2D-DIGE <ol><li> Proben testen Qualität. Dose Proben erneut mit Ford-Methode. Verdünnen Sie 15 ug von Proteinen in LDS-Probenpuffer, Wärme bei 37 ° C 15 und laden auf 4-12% Polyacrylamid-Gelen. </li><li> Coomassie-Färbung. Fleck-Polyacrylamid-Gel mit 0,1% (w / v) CoomassieBlue G-250, 50% EtOH und 10% (v / v) Essigsäure-Lösung für mindestens 1 Stunde. Hintergrund ließ über Nacht in 7% Essigsäure und 10% (v / v) Ethanollösung entfärben. </li><li> Pre-elektrophoretische Kennzeichnung der Proben. Vor der Durchführung Cyaninfarbstoff Kennzeichnung, ob der pH-Wert der Probe, die Basis-oder auch neutral sein sollte, da die N-Hydroxysuccinimid-Substitution ist effizienter bei basischem pH-Wert und bei optimaler pH 8,6 sein. <ol><li> Beschriften Sie die minimal zwei Proben Studie mit Cy3 oder Cy5 Fluoreszenzfarbstoffe mit einem Verhältnis von 50 ug protein/400 pmol Farbstoff und halten für 1 h bei 4 ° C in der Dunkelheit, die NHS-Ester reaktiven Gruppe der Cyanine mit der unprotonierten Amin erleichtern Gruppen der Lysine. </li><li> Reduzieren Probe Variationen, einen Quer Markierung mit Cy3 und Cy5 Farbstoffen, die Vermeidung einer Vorzugs Kupplung einer Probe zu einem bestimmten Cyanin. Beachten Sie, dass die Cyanin-Farbstoff minimale Markierung kann für kleine Menge an Proteinen, unter Beibehaltung der Menge von 1 ug pro angepasst werdenotein je 8 pmol Cyanin-Farbstoff. Wenn ja, kann das Mini-2DE-System anstelle des großen 2D-Gel-System verwendet werden. Damit wird die 2D-DIGE Analyse einer kleinen Menge von Hirngewebe. </li><li> Kennzeichnen einen Pool von beiden Proben mit der gleichen Menge von Protein (50 ug insgesamt) mit Cy2 Fluoreszenzfarbstoff und als interner Standard verwendet. Verwenden Sie die gleichen Bedingungen wie zuvor angegeben. </li><li> Vollständiges zu einem Gesamtvolumen 350 ul mit 2D-Puffer, enthaltend 1,1% Destreak Reagenz, 1,2% IPG-Puffer und Spuren von Bromphenolblau die Gesamt 150 ug markierte Proteine ​​(50 ug Cy2, Cy3 50 ug und 50 ug Cy2). Führen Sie diesen Schritt in vierfacher Ausfertigung mit vier unabhängigen Streifen. Außerdem bereiten zwei zusätzliche nicht-markierten Streifen (eine für jede Probe) mit 350-450 &amp;mgr; g Protein für den präparativen Gelen. </li><li> Lassen Sie die sechs geladenen Streifen mit Mineralöl über Nacht für passive Rehydrierung bedeckt. </li></ol></li><li> Isoelektrofokussierung. Führen Sie die IEF bei 206; C Bei einem pH-Wert von 3-11NL, 18 cm Streifen des Protokolls ist: maximale Stromeinstellung ist 50 uA / Band während 8 Etappen: 1) 150 V Schritt 1 h, 2) 200 V Schritt 5 Stunden, 3) 500 V Gradient für 2 Stunden, 4), 1000 V Gradienten für 2 Stunden, 5), 2000 V Gradienten für 2 Stunden, 6) 4.000 V Gradienten für 2 Stunden, 7) 8.000 V Gradienten für 2 Stunden und 8) für insgesamt 24.000 V · h Schritt . Nach IEF, Versand den Überschuss der Mineralöl-Chromatographie mit Papier und die Streifen bei -20 ° C bis in die zweite Dimension. </li><li> IPG-Streifen Ausgleich. Äquilibrieren Streifen in 6 M Harnstoff, 2% SDS, 30% Glycerol, 50 mM Tris-HCl pH 8,6-Puffer mit 1% DTT für 15 min und nach mit 4,7% Jodacetamid in dem gleichen Puffer ohne DTT. </li><li> Zweite Dimension oder SDS-PAGE-Elektrophorese. Stellen die sechs 12% SDS-PAGE-Gelen (1,5 M Tris-HCl pH 8,6, 12% Acrylamid / Bisacrylamid, 0,1% (w / v) SDS, 0,072% (w / v) APS und 0,1% (v / v) TEMED ) in der gleichen Zeit mit einem großen 2D-System mit vier Low-Fluoreszenz-Glasplatten für die strips mit Fluoreszenzproben und zwei weitere Glasplatten mit 1,5 mm Dicke für präparative Gele, um die Protein-Spots herauszuschneiden. <ol><li> Laden die sechs IPG-Streifen auf der Oberseite der Gele und überschichtet mit 0,5% (w / v) Agarose. Laufpuffer aus 25 mM Tris, 192 mM Glycin und 0,1% (w / v) SDS besteht. Führen Sie die Migration bei 2,5 W / Gel über Nacht mit einem Kühlsystem auf 4 ° C 16,17 gesetzt. </li></ol></li><li> Fluoreszenzbilder Erfassung und Analyse. Verwenden Sie einen Typhoon 9400-Scanner, um die Fluoreszenz Gele Bilder (12 Bilder zu einem Experiment) zu erhalten. Scan Cy2, Cy3 und Cy5 Bilder für jedes Gel bei 488/520 nm 532/580 nm und 630/670 nm Anregung / Emissionswellenlängen auf. Verwenden Informatik-Software, um die Bilder zu analysieren. Daten sind repräsentativ für die Veränderungen der Spot Volumen der Verteilung des Signals über die vier Gele zwischen den beiden untersuchten Proben verbunden. </li><li> Coomassie-Färbung für große Gele. Befestigen Sie die präparative Gele in 50% (v / v) EtOH und 3% (V / V) Orthophosphorsäure-Lösung für mindestens 24 Stunden. Dann, nach zweimal waschen mit ultrareinem Wasser für 20 min. Führen Färbung in 34% (v / v) MeOH, 17% (w / v) Ammoniumsulfat und 2% Orthophosphorsäure 1 h vor der Zugabe von 0,1% (w / v) Coomassie-Blue G-250. Halten Sie die Gele in der Färbung für mindestens 48 h und in ultrareinem Wasser entfärbt. <ol><li> Spots für MS-Identifikation. Sobald Fluoreszenzbildern analysiert, stellt die Software eine Liste von Punkten, deren Expression statistisch unterschiedlich. Manuelles auszuschneiden diese Flecken aus den präparativen Gelen. Dieses Verfahren erfordert Übung und etwas Fingerfertigkeit, um Keratin Kontamination zu vermeiden. Proben können dann in Wasser bei -20 ° C bis zum Senden MS gehalten werden. Spot-Identifikation ist vollkommen kompatibel mit Tandem-Massenspektrometrie (MS / MS) und Relevanz der Protein-Identitäten nach der Wahrscheinlichkeit basiert Mowse-Score mit einem p-Wert von 0,05 (p &lt;0,05) 18 berechnet beurteilt. </li> &lt;/ Ol&gt; </li></ol> 3. Qualitative Mini-2DE Assay <ol><li> Resuspendieren maximal 100 ug Proteinprobe in 2D-Puffer bis zu einem Endvolumen von 200 &amp;mgr; l einer 11 cm IPG-Streifen. Im Falle der Überexpression System oder gereinigtes Protein, kann die Ausgangsmenge an 20 ug gesenkt werden. </li><li> Hinzufügen von 1,1% (v / v) Destreak Reagenz, 0,55% (v / v) IPG-Puffer und Spuren von Bromphenolblau bis zu einem Endvolumen von 200 ul. Dann Wirbel, stellen einen schnellen Spin und laden zu einem IPG-Streifen für passive Rehydrierung über Nacht mit Mineralöl bedeckt (um den Streifen in seine ursprüngliche Dicke mitbringen). Anmerkung: Der Anteil der IPG-Puffer ist für alle gleich dem Intervall des gewünschten pH (pH 3-11, 4-7, 7-11, usw.), aber seine Zusammensetzung variiert in Abhängigkeit von dem pH-Bereich gewählt. </li><li> Isoelectrofocalisation. Führen IEF bei 20 ° C Die Programmdauer ist abhängig vom pH-Bereich gewählt. Bemerkenswert, Parameter wie Elektroendosmose kann die IEF-Profil stören und in diesen FällenOptimierung in electrofocalisation Zeit erforderlich ist 19. Hinweis: es ist nicht unbedingt eine längere IEF, die bessere Ergebnisse liefert, aber die Verkürzung der Zeit von IEF kann auch die Auflösung zu verbessern. Nach IEF kann IPG-Streifen bei -20 ° C über Monate gelagert werden. </li><li> IPG-Streifen Ausgleich. Äquilibrieren der Streifen in einem Puffer, der 25 mM Tris-HCl pH 6,8, 20 mM DTT, 10% Glycerin, 5% SDS, 0,05% Bromphenolblau. Machen Sie drei Gleichgewichts badet für 15 min mit der Änderung der Pufferlösung zwischen jedem Bad. </li><li> SDS-PAGE. Die IPG-Streifen Schicht auf ein Fertig Gel (IPG ein gut 11 cm IPG-Streifen) mit einem Anteil von Polyacrylamid in Abhängigkeit von der MW des Proteins von Interesse gewählt. Dann tupfen Sie das Gel auf eine Nitrocellulose / PVDF-Membran bei 100 mV bei 33 min. </li><li> Inkubation über Nacht mit der erforderlichen Antikörper und Visualisierung von Peroxidase-Aktivität. Führen Sie die Ausrichtungen der Immunoblots mit nicht verwandten Polypeptiden, die durch den sekundären Antikörper enthüllt. Erreiche eine halb quantittive Analyse durch Densitometrie des Volumens und der Intensität der Spuren / Spots mit ImageJ Software. </li></ol>

<ol><li>Collins, P. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Grand+challenges+in+global+mental+health%5BTitle%5D)+AND+%22Nature%22%5BJournal%5D)">Grand challenges in global mental health.</a> Nature. 475, 27-30 (2011).</li>
<li>De Deyn, P. P., Van Dam, D., Sergeant, N., Buée, L. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aDe+Deyn%2C+PP+%22Animal+Models+of+Dementia+Vol.+48+Neuromethods+449-468%22">Animal Models of Dementia Vol. 48 Neuromethods 449-468</a>. , Humana Press. 449-468 (2011).</li>
<li>O'Farrell, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High+resolution+two-dimensional+electrophoresis+of+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins.</a> J Biol Chem. 250, 4007-4021 (1975).</li>
<li>Riederer, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Non-covalent+and+covalent+protein+labeling+in+two-dimensional+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Non-covalent and covalent protein labeling in two-dimensional gel electrophoresis.</a> J Proteomics. 71, 231-244 (2008).</li>
<li>Marouga, R., David, S., Hawkins, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+development+of+the+DIGE+system%3A+2D+fluorescence+difference+gel+analysis+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">The development of the DIGE system: 2D fluorescence difference gel analysis technology.</a> Anal Bioanal Chem. 382, 669-678 (2005).</li>
<li>Westermeier, R., Scheibe, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Difference+gel+electrophoresis+based+on+lys%2Fcys+tagging%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Difference gel electrophoresis based on lys/cys tagging.</a> Methods Mol Biol. 424, 73-85 (2008).</li>
<li>Gong, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Drosophila+ventral+furrow+morphogenesis%3A+a+proteomic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Development%22%5BJournal%5D)">Drosophila ventral furrow morphogenesis: a proteomic analysis.</a> Development. 131, 643-656 (2004).</li>
<li>Gharbi, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+two-dimensional+differential+gel+electrophoresis+for+proteomic+expression+analysis+of+a+model+breast+cancer+cell+system%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Cell+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Evaluation of two-dimensional differential gel electrophoresis for proteomic expression analysis of a model breast cancer cell system.</a> Mol Cell Proteomics. 1, 91-98 (2002).</li>
<li>Ando, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tau+pathology+modulates+Pin1+post-translational+modifications+and+may+be+relevant+as+biomarker%5BTitle%5D)+AND+%22Neurobiol+Aging%22%5BJournal%5D)">Tau pathology modulates Pin1 post-translational modifications and may be relevant as biomarker.</a> Neurobiol Aging. 34, 757-769 (2013).</li>
<li>Bretteville, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+electrophoresis+of+tau+mutants+reveals+specific+phosphorylation+pattern+likely+linked+to+early+tau+conformational+changes%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional electrophoresis of tau mutants reveals specific phosphorylation pattern likely linked to early tau conformational changes.</a> PLoS One. 4, 4843(2009).</li>
<li>Sergeant, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+characterization+of+paired+helical+filament-tau+from+Alzheimer%27s+disease%3A+demonstration+of+an+additional+74-kDa+component+and+age-related+biochemical+modifications%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurochem%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional characterization of paired helical filament-tau from Alzheimer's disease: demonstration of an additional 74-kDa component and age-related biochemical modifications.</a> J Neurochem. 69, 834-844 (1997).</li>
<li>Sergeant, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Different+distribution+of+phosphorylated+tau+protein+isoforms+in+Alzheimer%27s+and+Pick%27s+diseases%5BTitle%5D)+AND+%22FEBS+Lett%22%5BJournal%5D)">Different distribution of phosphorylated tau protein isoforms in Alzheimer's and Pick's diseases.</a> FEBS Lett. 412, 578-582 (1997).</li>
<li>Rabilloud, T., Luche, S., Santoni, V., Chevallet, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detergents+and+chaotropes+for+protein+solubilization+before+two-dimensional+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Mol+Biol%22%5BJournal%5D)">Detergents and chaotropes for protein solubilization before two-dimensional electrophoresis.</a> Methods Mol Biol. 355, 111-119 (2007).</li>
<li>Wrobel, K., Caruso, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Pretreatment+procedures+for+characterization+of+arsenic+and+selenium+species+in+complex+samples+utilizing+coupled+techniques+with+mass+spectrometric+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Pretreatment procedures for characterization of arsenic and selenium species in complex samples utilizing coupled techniques with mass spectrometric detection.</a> Anal Bioanal Chem. 381, 317-331 (2005).</li>
<li>McCarthy, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Carbamylation+of+proteins+in+2-D+electrophoresis--myth+or+reality%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Carbamylation of proteins in 2-D electrophoresis--myth or reality.</a> J Proteome Res. 2, 239-242 (2003).</li>
<li>Chafey, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proteomic+analysis+of+beta-catenin+activation+in+mouse+liver+by+DIGE+analysis+identifies+glucose+metabolism+as+a+new+target+of+the+Wnt+pathway%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Proteomic analysis of beta-catenin activation in mouse liver by DIGE analysis identifies glucose metabolism as a new target of the Wnt pathway.</a> Proteomics. 9, 3889-3900 (2009).</li>
<li>Kahn, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparative+proteomic+analysis+of+blood+eosinophils+reveals+redox+signaling+modifications+in+patients+with+FIP1L1-PDGFRA-associated+chronic+eosinophilic+leukemia%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Comparative proteomic analysis of blood eosinophils reveals redox signaling modifications in patients with FIP1L1-PDGFRA-associated chronic eosinophilic leukemia.</a> J Proteome Res. 10, 1468-1480 (2011).</li>
<li>Pottiez, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+large-scale+electrophoresis-+and+chromatography-based+determination+of+gene+expression+profiles+in+bovine+brain+capillary+endothelial+cells+after+the+re-induction+of+blood-brain+barrier+properties%5BTitle%5D)+AND+%22Proteome+Sci%22%5BJournal%5D)">A large-scale electrophoresis- and chromatography-based determination of gene expression profiles in bovine brain capillary endothelial cells after the re-induction of blood-brain barrier properties.</a> Proteome Sci. 8, 57(2010).</li>
<li>Stochaj, W. R., Berkelman, T., Laird, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Preparative+2D+Gel+Electrophoresis+with+Immobilized+pH+Gradients%3A+IPG+Strip+Equilibration%5BTitle%5D)+AND+%22CSH+Protoc%22%5BJournal%5D)">Preparative 2D Gel Electrophoresis with Immobilized pH Gradients: IPG Strip Equilibration.</a> CSH Protoc. , (2006).</li>
<li>Azimzadeh, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Formalin-fixed+paraffin-embedded+%28FFPE%29+proteome+analysis+using+gel-free+and+gel-based+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteome+Res%22%5BJournal%5D)">Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) proteome analysis using gel-free and gel-based proteomics.</a> J Proteome Res. 9, 4710-4720 (2010).</li>
<li>Singh, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Identification+of+the+p16-Arc+subunit+of+the+Arp+2%2F3+complex+as+a+substrate+of+MAPK-activated+protein+kinase+2+by+proteomic+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Identification of the p16-Arc subunit of the Arp 2/3 complex as a substrate of MAPK-activated protein kinase 2 by proteomic analysis.</a> J Biol Chem. 278, 36410-36417 (2003).</li>
<li>Rabilloud, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+thiourea+to+increase+the+solubility+of+membrane+proteins+in+two-dimensional+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Use of thiourea to increase the solubility of membrane proteins in two-dimensional electrophoresis.</a> Electrophoresis. 19, 758-760 (1998).</li>
<li>Molloy, M. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+membrane+proteins+by+differential+solubilization+for+separation+using+two-dimensional+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Electrophoresis%22%5BJournal%5D)">Extraction of membrane proteins by differential solubilization for separation using two-dimensional gel electrophoresis.</a> Electrophoresis. 19, 837-844 (1998).</li>
<li>Ericsson, C., Peredo, I., Nister, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+protein+extraction+from+cryopreserved+brain+tissue+samples%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Oncol%22%5BJournal%5D)">Optimized protein extraction from cryopreserved brain tissue samples.</a> Acta Oncol. 46, 10-20 (2007).</li>
<li>Shaw, M. M., Riederer, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Sample+preparation+for+two-dimensional+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Sample preparation for two-dimensional gel electrophoresis.</a> Proteomics. 3, 1408-1417 (2003).</li>
<li>Ye, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimization+of+protein+solubilization+for+the+analysis+of+the+CD14+human+monocyte+membrane+proteome+using+LC-MS%2FMS%5BTitle%5D)+AND+%22J+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Optimization of protein solubilization for the analysis of the CD14 human monocyte membrane proteome using LC-MS/MS.</a> J Proteomics. 73, 112-122 (2009).</li>
<li>Centlow, M., Hansson, S. R., Welinder, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differential+proteome+analysis+of+the+preeclamptic+placenta+using+optimized+protein+extraction%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biomed+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Differential proteome analysis of the preeclamptic placenta using optimized protein extraction.</a> J Biomed Biotechnol. 2010, 458-748 (2010).</li>
<li>Perdew, G. H., Schaup, H. W., Selivonchick, D. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+use+of+a+zwitterionic+detergent+in+two-dimensional+gel+electrophoresis+of+trout+liver+microsomes%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Biochem%22%5BJournal%5D)">The use of a zwitterionic detergent in two-dimensional gel electrophoresis of trout liver microsomes.</a> Anal Biochem. 135, 453-455 (1983).</li>
<li>Schindowski, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Alzheimer%27s+disease-like+tau+neuropathology+leads+to+memory+deficits+and+loss+of+functional+synapses+in+a+novel+mutated+tau+transgenic+mouse+without+any+motor+deficits%5BTitle%5D)+AND+%22Am+J+Pathol%22%5BJournal%5D)">Alzheimer's disease-like tau neuropathology leads to memory deficits and loss of functional synapses in a novel mutated tau transgenic mouse without any motor deficits.</a> Am J Pathol. 169, 599-616 (2006).</li>
<li>Veenstra, T. D., Marcus, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Multidimensional+advancement+of+neuroproteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Rev+Proteomics%22%5BJournal%5D)">Multidimensional advancement of neuroproteomics.</a> Expert Rev Proteomics. 5, 149-151 (2008).</li>
<li>Hernandez-Hernandez, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Myotonic+dystrophy+CTG+expansion+affects+synaptic+vesicle+proteins%2C+neurotransmission+and+mouse%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Myotonic dystrophy CTG expansion affects synaptic vesicle proteins, neurotransmission and mouse.</a> 136, 957-970 (2013).</li>
<li>Deramecourt, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biochemical+staging+of+synucleinopathy+and+amyloid+deposition+in+dementia+with+Lewy+bodies%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neuropathol+Exp+Neurol%22%5BJournal%5D)">Biochemical staging of synucleinopathy and amyloid deposition in dementia with Lewy bodies.</a> J Neuropathol Exp Neurol. 65, 278-288 (2006).</li>
<li>Tofaris, G. K., Razzaq, A., Ghetti, B., Lilley, K. S., Spillantini, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ubiquitination+of+alpha-synuclein+in+Lewy+bodies+is+a+pathological+event+not+associated+with+impairment+of+proteasome+function%5BTitle%5D)+AND+%22J+Biol+Chem%22%5BJournal%5D)">Ubiquitination of alpha-synuclein in Lewy bodies is a pathological event not associated with impairment of proteasome function.</a> J Biol Chem. 278, 44405-44411 (2003).</li>
<li>Sergeant, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Truncated+beta-amyloid+peptide+species+in+pre-clinical+Alzheimer%27s+disease+as+new+targets+for+the+vaccination+approach%5BTitle%5D)+AND+%22J+Neurochem%22%5BJournal%5D)">Truncated beta-amyloid peptide species in pre-clinical Alzheimer's disease as new targets for the vaccination approach.</a> J Neurochem. 85, 1581-1591 (2003).</li>
<li>Le Freche, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tau+phosphorylation+and+sevoflurane+anesthesia%3A+an+association+to+postoperative+cognitive+impairment%5BTitle%5D)+AND+%22Anesthesiology%22%5BJournal%5D)">Tau phosphorylation and sevoflurane anesthesia: an association to postoperative cognitive impairment.</a> Anesthesiology. 116, 779-787 (2012).</li>
<li>Leboucher, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Detrimental+effects+of+diet-induced+obesity+on+tau+pathology+are+independent+of+insulin+resistance+in+tau+transgenic+mice%5BTitle%5D)+AND+%22Diabetes%22%5BJournal%5D)">Detrimental effects of diet-induced obesity on tau pathology are independent of insulin resistance in tau transgenic mice.</a> Diabetes. 62, 1681-1688 (2013).</li>
<li>Deramecourt, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical%2C+neuropathological%2C+and+biochemical+characterization+of+the+novel+tau+mutation+P332S%5BTitle%5D)+AND+%22J+Alzheimers+Dis%22%5BJournal%5D)">Clinical, neuropathological, and biochemical characterization of the novel tau mutation P332S.</a> J Alzheimers Dis. 31, 741-749 (2012).</li>
<li>Birdsill, A. C., Walker, D. G., Lue, L., Sue, L. I., Beach, T. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Postmortem+interval+effect+on+RNA+and+gene+expression+in+human+brain+tissue%5BTitle%5D)+AND+%22Cell+Tissue+Bank%22%5BJournal%5D)">Postmortem interval effect on RNA and gene expression in human brain tissue.</a> Cell Tissue Bank. 12, 311-318 (2011).</li>
<li>Bell, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Management+of+a+twenty-first+century+brain+bank%3A+experience+in+the+BrainNet+Europe+consortium%5BTitle%5D)+AND+%22Acta+Neuropathol%22%5BJournal%5D)">Management of a twenty-first century brain bank: experience in the BrainNet Europe consortium.</a> Acta Neuropathol. 115, 497-507 (2008).</li>
<li>Crecelius, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Assessing+quantitative+post-mortem+changes+in+the+gray+matter+of+the+human+frontal+cortex+proteome+by+2-D+DIGE%5BTitle%5D)+AND+%22Proteomics%22%5BJournal%5D)">Assessing quantitative post-mortem changes in the gray matter of the human frontal cortex proteome by 2-D DIGE.</a> Proteomics. 8, 1276-1291 (2008).</li>
<li>Swatton, J. E., Prabakaran, S., Karp, N. A., Lilley, K. S., Bahn, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Protein+profiling+of+human+postmortem+brain+using+2-dimensional+fluorescence+difference+gel+electrophoresis+%282-D+DIGE%29%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Psychiatry%22%5BJournal%5D)">Protein profiling of human postmortem brain using 2-dimensional fluorescence difference gel electrophoresis (2-D DIGE).</a> Mol Psychiatry. 9, 128-143 (2004).</li>
<li>Viswanathan, S., Unlu, M., Minden, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+difference+gel+electrophoresis%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional difference gel electrophoresis.</a> Nat Protoc. 1, 1351-1358 (2006).</li>
<li>Tannu, N. S., Hemby, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-dimensional+fluorescence+difference+gel+electrophoresis+for+comparative+proteomics+profiling%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Two-dimensional fluorescence difference gel electrophoresis for comparative proteomics profiling.</a> Nat Protoc. 1, 1732-1742 (2006).</li>
</ol>

Autoren haben keinen Interessenkonflikt zu erklären.

Entdecken pathologischen Expression von Proteinen, die Suche nach Biomarkern und die Modulation der möglichen Pfade für pharmakologische Targets gehören zu den Zielen der Neuroproteomics 30 nähert. Unter den Schwellenwerkzeuge, ergänzt das Feld 2DE eine vielversprechende Erwartungs. Dennoch sollte ein Konsens, um die Variabilität zu minimieren und die Reproduzierbarkeit der Experimente erreicht werden. Entsprechend dieser Idee ein standardisiertes Protokoll, um 2D-DIGE (Abbildung 2) und die a...

Psychische und neurologische Störungen repräsentieren 13% der globalen Krankheitslast, müssen neue Herausforderungen wie die pathophysiologischen Mechanismen, Risikofaktoren und Biomarker erforscht prodromal 1 werden. Im Einklang mit diesem Ziel, Proteomik-Studien des menschlichen Gehirns unverzichtbar geworden, um molekulare Signalwege in Prozesse wie Gedächtnis, Verhalten, Emotionen und neuronale Plastizität zum Beispiel, nicht nur für die physiologische, sondern auch für pathologische Zustände beteiligt aufzudecken. Daher ist die Verwendung von Tiermodellen und insbesondere die transgenen Mäuse, bringt eine Vielzahl von Möglichkeiten, um die Entstehung von menschlichen neurodegenerativen Erkrankungen 2 nachzuahmen. Proteomics Ansätze sind, um diese neue Perspektiven im Bereich der Neurowissenschaften zu erreichen heutzutage. Zweidimensionale Gelelektrophorese (2DE) ist ein potenter und wahrscheinlich einfache Methode, um das Proteom von einer Vielzahl von Proben vergleichen können. Darüber hinaus ist es auch eineleistungsfähige Methode, um ein Protein aus einem komplexen Gemisch, um zu identifizieren und zu isolieren, weiter zu analysieren, durch Massenspektrometrie. Diese Technik besteht im wesentlichen in zwei aufeinanderfolgenden Stufen: 1) Proteintrennung nach ihrem isoelektrischen Punkt (pI) von Isoelektrofokussierung (IEF). Genauer gesagt, wird ein elektrisches Potential über die Immobilin Acrylamid Streifen unter einem pH-Gradienten aufgetragen und dann Proteine ​​wandern und sich auf einen bestimmten pI in Abhängigkeit von ihrer globalen Nettoladung. 2) isoelektrisch fokussiert Proteine ​​denaturiert und negativ durch die Zugabe von Natriumdodecylsulfat (SDS geladen), wodurch Proteine ​​in ihrer ersten Struktur werden je nach ihrem scheinbaren Molekulargewicht (MW) von SDS-PAGE 3 getrennt. Diese zwei unterschiedlichen Eigenschaften ermöglichen es uns, einen double-Wert, weiter in der Studie des Proteoms gehen zu bewältigen. Auf der einen Seite dieser Ansatz bietet die Möglichkeit, eine quantitative Analyse mit minimalen Farbstoffe 2D-DIGE-Verfahren durchzuführen, und auf der anderen Seite ein qualitaive Analyse von Mini-2DE zu Western-Blot gekoppelt. Quantitative Analyse von 2D-DIGE verleiht Protein-Expression ändert sich über die Probe Proteom. Kurz gesagt werden Proben mit drei Cyanine (Cy2, Cy3 und Cy5) Emission bei drei verschiedenen Wellenlängen (blau, grün und rot) markiert. Diese Fluor minimal Farbstoffe N-Hydroxy Succinimidylester-Gruppe enthaltenden reagieren mit der ε-Aminogruppe der Lysinreste von Proteinen, was zu kovalenter Amid-Bindungen 4. Lysinreste werden nur zwischen 1-3% und damit verhindert, dass mehrere Etiketten zusätzlich pro Protein und die wichtigsten Änderungen der Nettoladung 5, 6 gekennzeichnet. Cy3 und Cy5 werden oft verwendet, um zwei unabhängige Stichproben zu kennzeichnen, während Cy2 Tags eine Mischung aus gleichen Teilen der Proben zu vergleichen. Die beiden wichtigsten Vorteile sind, dass alle markierten Proben werden gemischt und IEF und SDS-PAGE sind in ein Gel auf einmal für jeden Schritt durchgeführt, die Vermeidung der inter Variabilität unter Experimente durch Vergleich geliert. Darüber hinaus stellt es eine hohe Detektionsschwelle von rund 1 Femtomol von Protein 7. Gele werden gescannt und 2D-Software vergleicht die 2D-Gel-Fluoreszenzbilder, wo Cy2 dient als interner Standard, die eine Identifizierung der statistischen Unterschiede zwischen den Stellen für ihren hinteren Identifizierung durch Massenspektrometrie. Das 2D-Analyse-Software mit dem internen Standard erreicht eine schnelle Erkennung von weniger als 10% der Unterschiede zwischen den Proben mit mehr als 95% der statistischen Vertrauens 8. Qualitative Analyse von Mini-2DE ist ein entscheidender Schritt für die Proteincharakterisierung. Das Prinzip ist das gleiche, wie zuvor für PI-und MW-Trennung beschrieben, aber in diesem Fall Proteine ​​werden von einer kleinen Polyacrylamid-Gel auf eine Membran übertragen und Immunoblot wird danach durchgeführt. Während einer Dimension Gelelektrophorese stellt Veränderungen in der Proteinexpression für ein oder mehrere Protein-Epitope in Funktion des Antikörpers, der INFORMATIOn von Mini-2DE verleiht mit zwei zusätzlichen Parametern. Erstens ändern die Protein isovariants in Abhängigkeit von der pI, die anzeigt, dass post-translationale Modifikationen stattfinden könnten. Zweitens kann die Massenspektrometrie Identifizierung bezeichnend für plausibel Zymogene und Abbauprodukte von Proteinen sein. Daher sind durch 2D-DIGE beobachtet Modifikationen wahrscheinlich ein Indikator für die zugrunde liegenden Mechanismen Veränderungen in der globalen Proteom-Profil. Alignments von Immunoblots unter mehreren Proben für das gleiche Protein-Epitop / s Mini-2DE kann Säure Veränderungen beleuchten in post-translationale Variationen etwas beobachtet oder gar nicht von eindimensionalen Immunoblotting 9, 10 reflektieren. Darüber hinaus informiert diese Analyse über die möglichen Spaltstellen aufgrund der Kenntnis des pI und MW der Stoffwechselrückstände 11,12. Die Kombination dieser beiden Techniken eine komplementäre Proteomik-Analyse. Auf der einen Seite 2D-DIGE bietet einen typ.e von Unterschieden ermöglicht eine präzise Trennung von Polypeptiden, deren Expression ist anders. Diese Unterschiede bestehen im wesentlichen in das Auftreten oder Verschwinden eines Flecks oder Zunahme / Abnahme der Intensität einer durch eine Software-Analyse der Fluoreszenz Gele. Jedoch sind diese Beobachtungen selbst kaum die Natur der beobachteten Änderung erklären. Aus diesen Gründen einmal das Polypeptid isoliert und durch Massenspektrometrie identifiziert, die Verwendung von Mini-2DE ermöglicht, genau zu bestätigen 1) die Identität des Proteins isoliert und 2) die Art der Unterschied: Änderung in der isovariant / Isoform Niveau Expression, posttranslationale Modifikationen und Spaltprozesse zum Beispiel. Jedoch ist es notwendig, einen Ausgangs Lysepuffer sowohl 2D-DIGE und mit Mini-2DE kompatibel sein, um die möglichen Dispersionen durch die Verwendung von Extraktionsprotokollen, die sehr unähnlich zu begrenzen entwickeln. In dem vorliegenden Artikel werden wir debeschrieben eine angepasste Protokoll für die Vorbereitung, Extraktion und die Leistung der 2D-DIGE und Mini-2DE Techniken zur Gehirnproteine ​​aus humanen und Maus-Gewebe.

<table><tbody><tr><td>CyDye DIGE FLUOR MIN KIT 5 nmol 1 * 5 Nmo</td><td>GE Healtcare</td><td>25-8010-65</td><td></td></tr><tr><td>Immobiline DryStrip</td><td>GE Healtcare</td><td></td><td>Referenz in Abhängigkeit vom pH-Intervall/Größe</td></tr><tr><td>IPG Buffer, pH X-X</td><td>GE Healtcare</td><td></td><td>Referenz in Abhängigkeit vom pH-Intervall gewünscht</td></tr><tr><td>AMBERLITE IRN-150L MISCHBETTHARZ 1&nbsp;</td><td>GE Healtcare</td><td>551797N</td><td></td></tr><tr><td>DRYSTRIP COVER FLUID IMMOBILINE 1 * 1 l</td><td>GE Healtcare</td><td>17-1335-01</td><td></td></tr><tr><td>KIT BOX IPG 1 * 1 KIT</td><td>GE Healtcare</td><td>28-9334-92</td><td>Kunststoffbox zur passiven Rehydratisierung&nbsp;</td></tr><tr><td>MILLEX GS Filter</td><td>Millipore</td><td>SLGS033SB</td><td></td></tr><tr><td>Criterion XT Fertiggele 13,3 x 8,7 cm (B x L)</td><td>Bio-Rad</td><td></td><td>Referenz in Abhängigkeit von der MW zur Trennung</td></tr><tr><td>IPGphor III Isoelektrische Fokussiereinheit</td><td>GE Healtcare</td><td>11-0033-64</td><td></td></tr><tr><td>Ettan DALTsix Large Elektrophorese</td><td>System GE Healtcare</td><td>80-6485-08</td><td></td></tr><tr><td>OneTouch 2D Gel SpotPicker 1,5 mm&nbsp;</td><td>Gel-Firma</td><td>P2D1.5</td><td></td></tr></tbody></table>

konsens brain-derived protein, extraktionsprotokoll für das studium der human-und maus-gehirn-proteome mit sowohl 2d-dige-und mini-2de immunoblotting

Consensus Brain-derived Protein, Extraction Protocol for the Study of Human and Murine Brain Proteome Using Both 2D-DIGE and Mini 2DE Immunoblotting

Zweidimensionale Gelelektrophorese (2DE) ist ein leistungsfähiges Werkzeug zur Proteom Änderungen möglicherweise zu verschiedenen physiologischen oder pathologischen Bedingungen im Zusammenhang aufzudecken. Grundsätzlich ist dieses Verfahren auf die Trennung von Proteinen entsprechend ihrem isoelektrischen Punkt in einem ersten Schritt, und zum anderen nach ihrem Molekulargewicht durch SDS-Polyacrylamidgelelektrophorese (SDS-PAGE) auf. In diesem Bericht ein optimiertes Protokoll für die Probenvorbereitung kleine Menge von menschlichen post-mortem Hirngewebe und Maus beschrieben. Dieses Verfahren ermöglicht es, sowohl die Fluoreszenzdifferenz-Gelelektrophorese zweidimensionalen (2D-DIGE) und Mini-2DE-Immunoblotting durchzuführen. Die Kombination dieser Ansätze ermöglicht es, nicht nur neue Proteine ​​und / oder Proteinmodifikationen finden in ihrem Ausdruck durch seine Kompatibilität mit Massenspektrometrie-Erkennung, sondern auch einen neuen Einblick in die Marker-Validierung. So, Mini-2DE zu Western-Blot-Genehmigungen verbunden zu identifizieren und zu validieren Post-Translationale Modifikationen, Proteine ​​Katabolismus und bietet einen qualitativen Vergleich zwischen den verschiedenen Bedingungen und / oder Behandlungen. Hier stellen wir eine Methode, um Komponenten von Proteinaggregaten in AD und Lewy-Körper-Demenz, wie der Amyloid-beta-Peptid und dem Alpha-Synuclein gefunden studieren. Unser Verfahren kann somit für die Analyse des Proteoms angepasst und unlösliche Proteine ​​extrahiert aus menschlichem Hirngewebe und Mäuse-Modellen zu. Parallel dazu kann es nützliche Informationen für die Untersuchung von molekularen und zellulären Signalwege bei neurodegenerativen Erkrankungen sowie potenzielle neue Biomarker und therapeutische Targets beteiligt sind.

Proteomics auf Hirngewebe bleibt eine Herausforderung, da keine ideale Puffer vorhanden, um 100% von Proteinen, insbesondere Membran-assoziierten Proteine ​​oder Zellskelett erholen. Der erste Satz von Experimenten wurde die Suche nach einem geeigneten Lyse-Puffer mit beiden Ansätze und der mit einem großen Panel von Protein erholen können kompatible konzentriert. Somit wurden drei Lysepuffer untersucht, um die am besten geeignete zu bestimmen. Erstens ist die gemeinsame biochemische und molekularbiologische Puffer Tris...

Eine gemeinsame Proteinextraktionsprotokoll unter Verwendung von Harnstoff / Thioharnstoff / SDS Puffer für Mensch und Maus Hirngewebe ermöglicht indentification von Proteinen mittels 2D-DIGE und ihre anschließende Charakterisierung von Mini 2DE Immunoblotting. Diese Methode ermöglicht es, mehr reproduzierbare und zuverlässige Ergebnisse aus menschlichen Biopsien und experimentellen Modellen zu erhalten.

Konsens Brain-derived Protein, Extraktionsprotokoll für das Studium der Human-und Maus-Gehirn-Proteome Mit Sowohl 2D-DIGE-und Mini-2DE Immunoblotting

Two-dimensional gel electrophoresis (2DE) is a powerful tool to uncover proteome modifications potentially related to different physiological or ...

Das übergeordnete Ziel des folgenden Experiments besteht darin, Proteine aus menschlichem und murinem Hirngewebe für die Proteomanalyse zu extrahieren. Dies wird durch die Verwendung eines gängigen Lysepuffers erreicht, um eine für zweidimensionale Elektrophoreseverfahren geeignete Proteinextraktion durchzuführen. Anschließend erfolgt die Trennung der Proteine mittels zweidimensionaler Fluoreszenz-Differenz-Gelelektrophorese zur Identifizierung durch Massenspektrometrie.Anschließend erfolgt eine miniaturisierte zweidimensionale Gelelektrophorese mit Immunschichtblotting zur Identifizierung posttranslationaler Modifikationen. Die Ergebnisse können die globale Proteinausprägung zeigen. Wirtsübersetzungsänderungen aller Ligamentierungen und katalytischen Produkte basieren auf den Unterschieden im isoelektrischen Punkt und im Molekulargewicht.Die Kombination aus 2D-DASH und 2D-Monolo kann uns dabei helfen, zentrale Fragen im Bereich der Neuroproteomik zu beantworten, indem gleichzeitig Informationen über Expressionsänderungen, posttranslationale Modifikationen und Katabolismus in Produkten bereitgestellt werden. Beginnen Sie mit der Gewinnung und Homogenisierung des Gehirngewebes. Bere

consensus-brain-derived-protein-extraction-protocol-for-study-human

Research

Forschung

JoVE Journal

Neuroscience

Neurowissenschaften

Inkubieren Sie mit einem proteolytischen Enzym, um die normalen Prionen zu verdauen, wobei die resistenten Aggregate intakt bleiben.

Nachweis von fehlgefalteten Prionenproteinaggregaten im Hirngewebe von Mäusen mittels Western Blotting

Eine abgekürzte Fraktionierung-Protokoll für die Bereicherung der Waschmittel-unlösliche Aggregate von Post-mortem Gehirn wird beschrieben.

Anreicherung von Waschmittel-unlösliche Aggregate von Post-mortem Gehirn

Hier präsentieren wir Ihnen eine zweidimensionale Gelelektrophorese (2DE) gekoppelt mit Massenspektrometrie (MS) zu trennen und menschlichen Hypophysen Adenom Gewebe Proteom, stellt eine gute und reproduzierbare 2DE Muster identifizieren. Viele Proteine werden in jedem 2DE Fleck beobachtet, bei der Analyse von komplexen Krebs Proteome mit dem Einsatz von hochempfindlichen MS.

Zweidimensionaler Gelelektrophorese gekoppelt mit Massenspektrometrie Methoden für eine Analyse der menschlichen Hypophyse Adenom Gewebe Proteom

Wir präsentieren eine Methode zur Reinigung, Detektion und Identifizierung von diGly Peptiden, die aus ubiquitinierten Proteinen aus komplexen biologischen Proben stammen. Die vorgestellte Methode ist reproduzierbar, robust und übertrifft die veröffentlichten Methoden in Bezug auf den Grad der Tiefe der Ubiquitinom-Analyse.

Nachweis von Protein-Ubiquitinationsstellen durch Peptidanreicherung und Massenspektrometrie

Diese Methode beschreibt, einen stabile und reproduzierbaren Ansatz für den Vergleich der Proteingehalte in verschiedenen Geweben und an verschiedenen Entwicklungsstörungen Zeitpunkten mit einem standardisierten quantitativen westlichen befleckenden Ansatz.

Robuste Vergleich der Proteingehalte in Gewebe und in der gesamten Entwicklung mit standardisierten quantitativen Western Blotting

Hier stellen wir ein Protokoll vor, das nahezu infrarote Farbstoffe in Verbindung mit Immunhistochemie und hochauflösendem Scannen verwendet, um Proteine in Hirnregionen zu untersuchen.

Einsatz von Infrarot-Fluoreszenz und hochauflösendem Scannen zur Messung des Protein-Expression im Rodentrains

Das Protokoll zielt darauf ab, die Verwendung eines Dreifach-Quadrupol-Massenspektrometers für die Mehrfachreaktionsüberwachung (MRM) von Proteinen aus klinischen Proben einzuführen. Wir haben einen systematischen Workflow von der Probenvorbereitung bis zur Datenanalyse für klinische Proben mit allen notwendigen Vorsichtsmaßnahmen bereitgestellt.

Quantitativer Proteomik-Workflow mit multipler Reaktionsüberwachung basierender Detektion von Proteinen aus menschlichem Hirngewebe

Diese biochemische Reinigungsmethode mit massenspektrometriebasierter Proteomanalyse erleichtert die robuste Charakterisierung von Amyloidfibrillenkernen, was die Identifizierung von Zielen zur Vorbeugung der Alzheimer-Krankheit beschleunigen kann.

Biochemische Reinigung und proteomische Charakterisierung von Amyloid-Fibrillenkernen aus dem Gehirn

In diesem Artikel untersuchen wir die Auswirkungen der Theta-Burst TMS Stimulation auf die kortikale Plastizität bei Menschen leiden Fragile X-Syndrom und Einzelpersonen auf dem autistischen Spektrum.

TMS: Mit dem Theta-Burst-Protokoll zu Mechasnism der Plastizität in Individuen sich mit Fragile X-Syndrom und Autismus

Um eine rasche Beurteilung der Funktion von Genen in der Entwicklung der Hirnrinde führen, beschreiben wir Verfahren, die...

Methoden zur Untersuchung der neuronalen Morphogenese:<em&gt; Ex-vivo-</em&gt; RNAi Elektroporation in embryonale Murine Cerebral Cortex

Lernen Sie ein standardisiertes Proteinextraktionsprotokoll aus menschlichem und murinem Gehirngewebe für die Proteomanalyse mittels 2D-DIGE und Mini-2DE-Immunoblotting. Diese Methode ermöglicht die zuverlässige Identifizierung von Proteinen und posttranslationalen Modifikationen.

Konsens Brain-derived Protein, Extraktionsprotokoll für das Studium der Human-und Maus-Gehirn-Proteome Mit Sowohl 2D-DIGE-und Mini-2DE Immunoblotting (Video) | JoVE Journal

Konsens Brain-derived Protein, Extraktionsprotokoll für das Studium der Human-und Maus-Gehirn-Proteome Mit Sowohl 2D-DIGE-und Mini-2DE Immunoblotting

Weitere Videos entdecken