Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in <em>Saccharomyces cerevisiae</em>

David Dilworth; Christopher J. Nelson

doi:10.3791/52345

Schnelle Identifikation von chemischen Genetische Interaktionen in Saccharomyces cerevisiae

JoVE Journal
Biology

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Rapid Identification of Chemical Genetic Interactions in Saccharomyces cerevisiae

Schnelle Identifikation von chemischen Genetische Interaktionen in Saccharomyces cerevisiae

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12:13 min

April 5, 2015

DOI: 10.3791/52345-v

David Dilworth¹, Christopher J. Nelson¹

¹Department of Biochemistry and Microbiology,University of Victoria

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Hier stellen wir eine kostengünstige Methode zur Definition chemisch-genetischer Interaktionen in knospenden Hefen vor. Der Ansatz baut auf grundlegenden Techniken der Hefemolekularbiologie auf und eignet sich gut für die mechanistische Abfrage kleiner bis mittlerer Ansammlungen von Chemikalien und anderen Medienumgebungen.

Das übergeordnete Ziel dieses Verfahrens ist es, Hefezellen zu verwenden, um die biologischen Prozesse zu finden, auf die eine Chemikalie von Interesse abzielt. Dies wird erreicht, indem zunächst das Dosis-Wirkungs-Profil einer Chemikalie für Hefe bestimmt wird. Der zweite Schritt besteht darin, eine vollständige Sammlung von Hefe-Gen-Knockout-Stämmen auf einer subletalen Dosis einer Chemikalie und auf einer Kontrollplatte zu züchten.

Als nächstes werden Hefemutanten identifiziert, die überempfindlich auf die Chemikalie reagieren. Diese Liste wird bioinformatisch analysiert, um alle Gene aufzudecken, die zur Verträglichkeit der Chemikalie erforderlich sind. Der letzte Schritt besteht darin, ein biologisches Replikat des Experiments mit geringem Durchsatz durchzuführen.

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