Name: A Small Volume Bioassay um bakterielle / Phytoplankton Co-Kultur Bewerten Sie mit Wasser-Pulse-amplitudenmodulierten (WATER-PAM) Fluorometrie (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2015-03-11T13:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 54 s
Description: Erfahren Sie die miniaturisierte Algen-Bioassay-Methode zur schnellen Untersuchung mikrobieller Einflüsse auf die Photosynthesegesundheit mittels WATER-PAM-Fluorometrie in 48-Well-Platten.

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Die Autoren haben nichts offenzulegen.

Algenwachstum in Miniaturformat. Die Miniaturisierung der Algenkulturen zu einer 1 ml Kulturvolumen in einer Mikrotiterplatte ermöglicht die Replikation innerhalb eines Experiments erhöht werden. Es ist wichtig, sicherzustellen, dass die Alge ist im gesamten Experiment gesund; führen eine Wachstumskurve (Figur 2), unter Verwendung des Mikrotiterplatten-Format, um verschiedene Algenmittel daraufhin überprüfen, den Nahrungsbedarf der Alge erfüllt sind. Darüber hinaus kann es wich...

Phytoplankton Physiologie ist traditionell in mesoskaligen Experimente im Bereich von 20 ml in Erlenmeyerkolben bis 5 l in Glasballons 1-7 untersucht. Diese experimentellen Maßstab erfordert Abtastung für experimentelle Beobachtung, da opfern Parallelproben für jeden Zeitpunkt erzeugt eine unüberschaubare Versuchsaufbau. Die Fähigkeit, die Anzahl der unabhängigen Versuche erhöhen, während die gleiche Tages Inkubator Raum durch Miniaturisieren des Versuchsvolumens für Algen Physiologie Experimente verringern oder beseitigen die Grenzen der Unterabtastung und Pseudo-Replikation aus großen Volumina. Ein Mikrotiterplattenformat für Algen Bioassays unter Verwendung einer 1 ml Kulturvolumen zum experimentellen Manipulation Algen in verschiedenen Bedingungen entwickelt. Diese kleinen Versuchsvolumen ermöglicht die Anzahl der Wiederholungen erhöht wird, erhöht experimentelle Reproduzierbarkeit aufgrund einer verringerten Variabilität zwischen Wiederholungsproben undExperimente und ermöglicht echte Replikation während experimentelle Kontrollen (dh axenischen Algenkulturen) 140 Tage (Figur 2) 12. Diese Mikrotiterplattenformat wird leicht für eine Vielzahl von experimentellen Fragen angepasst, wie: Bietet ein Bakterium haben eine symbiotische, neutral oder pathogenen Wechselwirkung mit seinem Algen Host? Ist die Zugabe einer Verbindung zu stimulieren oder toxisch einer Alge? Diese und andere Fragen können in einer schnellen Hochdurchsatz-Art und Weise mit diesem neuen Format 9-11 angesprochen werden. Ein 48-Loch-Mikrotiterplatten Kulturplatte ermöglicht je 1 ml und eine unabhängige Versuchsanordnung, die zu einem einzigen Zeitpunkt Punkt abgetastet werden. Verschiedene Parameter können von diesem 1 ml Volumen einschließlich abgetastet werden, aber nicht beschränkt auf: Chlorophyllfluoreszenz und photochemische Parameter mit Wasser-Pulse-amplitudenmodulierten (WATER-PAM) Fluorometrie (siehe Materialien und Geräte-Tabelle) 13. WATER-PAM-Fluorometrie ist eine schnelle und nicht-invasive Technik, die verwendet werden können, um Versuche mit Algen 13 ausgeführt überwachen. Es erlaubt die Messung der photosynthetischen Effizienz und PSII Gesundheit von einem kleinen Kulturvolumen (150 bis 300 &amp; mgr; l der Kultur in Medium zu einer 2 verdünnt - 4 ml Volumen für WATER-PAM) 14,15. Neben Wasser-PAM Fluorometrie kann dieser Aufbau verwendet werden, um eine Vielzahl von weiteren Parametern zu messen, einschließlich, aber nicht beschränkt auf: Mikroskopie, um die Bakterien zu Algenzellen und Veränderungen in der Algenzellmorphologie befestigt visualisieren; bakterielle koloniebildende Einheit (CFU) zählt; und Durchflusszytometrie für Algenzellzahlen und die Ermittlung Subpopulationen.

<table><tbody><tr><td>Inkubator für 10 Kubikfuß Tag (6012-1)</td><td>Caron Corporate</td><td>112310-6012-1-11</td><td><a href="http://www.caronproducts.com">www.caronproducts.com</a></td></tr><tr><td>Nunc EasYFlask 25 cm2, Entlüftungs-/Verschlusskappe, 7 ml Arbeitsvolumen, 200/cs</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>N156340</td><td><a href="http://www.fishersci.ca">www.fishersci.ca</a></td></tr><tr><td>Multiwell TC Platten &ndash; 48-Well-BD</td><td>Biosciences Discovery Labware</td><td>353078</td><td><a href="http://www.bdbiosciences.com/">www.bdbiosciences.com</a></td></tr><tr><td>P1000 Gilson Der Pipettierstandard&ndash; Gilson's Pipetman</td><td>Mandel Scientific Company Inc.</td><td>GF-F123602</td><td><a href="http://www.mandel.ca">www.mandel.ca</a></td></tr><tr><td>P10mL Gilson Der Pipettierstandard&ndash; Gilson's Pipetman</td><td>Mandel Scientific Company Inc.</td><td>GF-F161201</td><td><a href="http://www.mandel.ca">www.mandel.ca</a></td></tr><tr><td>Weite Blendenspitzen unsteril [100&ndash; 1.250 & Mikro; l]</td><td>VWR International</td><td>89079-468<</td><td>a href="http://www.ca.vwr.com">www.ca.vwr.com</a></td></tr><tr><td>Ultrafeine Spitzen unsteril [100&ndash; 1.250 & Mikro; l]</td><td>VWR International</td><td>89079-470<</td><td>a href="http://www.ca.vwr.com">www.ca.vwr.com</a></td></tr><tr><td>Finntip 10 ml [Vol: 1 - 10 ml]</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>9402151</td><td><a href="http://www.fishersci.ca">www.fishersci.ca</a></td></tr><tr><td>WATER-Pulsamplitudenmodulation (Wasser-ED)</td><td>Heinz Walz GmbH, Effeltrich, Deutschland</td><td>EDEE0232</td><td><a href="http://www.walz.com">www.walz.com</a></td></tr><tr><td>15 mm Durchmesser Quarzglasküvette (WATER-K)</td><td>Caron Corporate</td><td></td><td><a href="http://www.caronproducts.com">www.caronproducts.com</a></td></tr><tr><td>Natriumchlorid (kristallin/zertifiziertes ACS), Fisher Chemical</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td><a href="http://www.fishersci.ca"> www.fishersci.ca</a></td></tr><tr><td>BD Difco Marine Broce 2216</td><td>BD Biosciences Discovery Laborbedarf</td><td>BD Biosciences Discovery Laborware</td><td><a href="http://www.bdbiosciences.com">www.bdbiosciences.com</a></td></tr><tr><td>BD Bacto Agar</td><td>BD Biosciences Discovery Laborware</td><td>BD Biosciences Discovery Labware</td><td><a href="http://www.bdbiosciences.com">www.bdbiosciences.com</a></td></tr><tr><td>L1 Medium Kit, 50 L</td><td>NCMA [Nationales Zentrum für Meeresalgen und Mikrobiota</td><td>NCMA [Nationales Zentrum für Meeresalgen und Mikrobiota</td><td><a href="http://www.ncma.bigelow.org">www.ncma.bigelow.org</a></td></tr></tbody></table>

a small volume bioassay um bakterielle / phytoplankton co-kultur bewerten sie mit wasser-pulse-amplitudenmodulierten (water-pam) fluorometrie

A Small Volume Bioassay to Assess Bacterial/Phytoplankton Co-culture Using WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) Fluorometry

Herkömmliche Verfahren für die experimentelle Manipulation von Mikroalgen haben große Volumen der Kultur (20 ml bis 5 l) verwendet, so daß die Kultur kann während des ganzen Versuchs 1-7 unterabgetastet werden. Subsampling großer Mengen kann aus verschiedenen Gründen problematisch: 1) es Veränderung der Gesamtmenge und dem Oberflächenbereich bewirkt: Volumenverhältnis der Kultur während des Experiments; 2) pseudo-Replikation (dh Parallelproben aus der gleichen Behandlung Kolben 8) wird häufig nicht wahr Wiederholungen (dh Probenahme von Wiederholungsbehandlungen) eingesetzt wird; 3) die Dauer des Experiments durch das Gesamtvolumen begrenzt ist; und 4) axenische Kulturen oder die übliche bakterielle Mikroflora sind schwierig während der Langzeitversuche beizubehalten als Verunreinigung häufig während Unterabtasten auftritt. Die Verwendung von Mikrotiterplatten können 1 ml Kulturvolumen für jede verwendet werden repliziert, mit bis zu 48 separaten Behandlungen innerhalbein 12,65 x 8,5 x 2,2 cm Platte, wodurch der experimentellen Volumen verringert und ermöglicht so ein umfassendes Replikation ohne Unterabtastung eine Behandlung. Zusätzlich kann diese Technik modifiziert, um eine Vielzahl von Versuchsformate einschließlich passen: bakterielle Algen Kokulturen, Algen Physiologie Tests und Toxinscreening 9-11. Einzelne Vertiefungen mit einer Alge, Bakterie und / oder Co-Kulturen können für zahlreiche Laborverfahren einschließlich abgetastet werden, aber nicht beschränkt auf: Wasser-Puls-Amplitudenmoduliertes (WATER-PAM) Fluorometrie, Mikroskopie, bakterielle Kolonie bildenden Einheit (cfu) zählt und Durchflusszytometrie. Die Kombination aus dem Mikrotiterplattenformat und WASSER-PAM Fluorometrie ermöglicht mehrere schnelle Messungen der photochemischen Ausbeuten und andere photochemische Parameter mit geringer Variabilität zwischen den Proben, hohe Reproduzierbarkeit und vermeidet die vielen Fallstricke der Unterabtastung eine Glasballon oder Erlenmeyerkolben im Verlauf eines Experiments .

WASSER-PAM Fluorometrie Lesungen. WASSER-Puls-Weiten-Modulierte (PAM) Fluorometrie ist eine schnelle und effiziente Methode, um die Fluoreszenz (stellvertretend für Chlorophyllgehalt) und photosynthetische Ausbeute (PSII Gesundheit) von Algenkulturen zu bestimmen. Die PAM WinControl Software generiert eine Tabelle der Rohdatenwerte für (die folgenden sind die grundlegenden Parameter für dunkle angepasst Algenproben): F 0 = Fluoreszenz dunkeladaptierten Ze...

Das Ziel dieses Verfahrens ist es, die Reproduzierbarkeit und Anpassungsfähigkeit der Verwendung eines Mikrotiterplattenformats für das Mikroalgen-Screening zu demonstrieren. Dieses schnelle Screening kombiniert die WATER-Pulse-Amplitude-Modulated (WATER-PAM) Fluorometrie zur Messung der Photosyntheseausbeute als Indikator für die Gesundheit des Photosystems II (PSII) mit kleinvolumigen Bakterien-Algen-Cokulturen.

A Small Volume Bioassay um bakterielle / Phytoplankton Co-Kultur Bewerten Sie mit Wasser-Pulse-amplitudenmodulierten (WATER-PAM) Fluorometrie

Conventional methods for experimental manipulation of microalgae have employed large volumes of culture (20 ml to 5 L), so that the culture can be ...

Das übergeordnete Ziel des folgenden Experiments besteht darin, einen miniaturisierten Algen-Bioassay einzuführen, der darauf abzielt, Algenkulturen schnell auf mikrobielle Symbiosen oder Pathogene zu untersuchen, die die Gesundheit oder Physiologie der Algenkultur beeinflussen könnten. Dies wird erreicht, indem zunächst Kontrollgemische aus Algen, Bakterien und Medium hergestellt und experimentelle Algen-Bakterien-Ko-Kulturen in verschiedenen Konzentrationen angelegt werden. Im nächsten Schritt werden 48-Well-Platten mit Aliquots dieser Gemische vorbereitet, um eine robuste, reproduzierbare und schnelle Analyse durchzuführen.Anschließend werden die Platten inkubiert und mittels gepulster amplitude-modulierter Fluorometrie überwacht, bei der Messungen durchgeführt werden, die Aufschluss über die photosynthetische Gesundheit des Systems geben. Die Ergebnisse dieses Zeitverlaufsversuchs zeigen eine pathogene, symbiotische oder neutrale Wirkung der Bakterien auf die Algen. Zusätzliche Screening-Verfahren mit geringem Probenvolumen können ebenfalls während des Zeitverlaufsversuchs angewendet werden.Der Hauptvorteil dieser Technik gegenüber herkömmlichen Methoden, bei denen große Volumi

a-small-volume-bioassay-to-assess-bacterialphytoplankton-co-culture

Research

Forschung

JoVE Journal

Environment

Umwelt

Dieses Papier beschreibt verschiedene Methoden der...

Co-Kultur Modelle Pseudomonas aeruginosa Biofilme auf lebenden menschlichen Zellen gezüchtet Airway

Der Test beschreibt ein schnelles Mittel zur frühen Bildung von Biofilmen in Bakterien und Pilzen zu messen. Diese Methode verwendet eine Mikrotiterplatte als Substrat für die mikrobielle Bildung von Biofilmen und der Biofilm wird visualisiert Kristallviolett Belastung. Der Test liefert entweder eine qualitative oder quantitative Assay für die frühe Bildung von Biofilmen.

Mikrotiterschale Biofilmbildung Assay

Quelle: Weber, N. et. al., Natürliche Transformation, Proteinexpression und Kryokonservierung des filamentösen Cyanobakteriums Phormidium lacuna. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt einen fokussierten LED-basierten Assay zur Untersuchung von Phototaxis in filamentösen Cyanobakterien. Die Bakterien wandern in Richtung der Lichtquelle und bilden eine dichte Anhäufung im beleuchteten Zentrum, die durch eine Pixelintensitätsanalyse des aufgenommenen Bildes visualisiert und quantifiziert wird.

Phototaxis-Assay von filamentösen Cyanobakterien mittels fokussierter Lichtbeleuchtung

Dieses Video zeigt einen Assay zum Screening antimikrobieller Verbindungen, die Biofilme effizient mit einer Stiftplatte eliminieren. Die Methodik überwacht den Stoffwechselzustand des Biofilms nach der Behandlung mit antimikrobiellen Verbindungen und erleichtert die Bestimmung der minimalen Konzentration der Biofilmeradikation.

Ein Peg-Platten-Biofilm-Assay für das Screening antibakterieller Wirkstoffe

Hier präsentieren wir ein umfassendes Protokoll zur Bewertung der Verfügbarkeit organischer und anorganischer Nährstoffe sowie der Häufigkeit und Struktur von mikrobiellen und viralen Gemeinschaften in abgelegenen Meeresumgebungen.

Entwirren der unsichtbaren Spieler im Ozean - ein Feld Führer zu Wasserchemie und Marine Mikrobiologie

Whole-Cell-Assay mit Bioreporter Burkholderia sartisoli RP037-MCHe wurde entwickelt, um Bruchteile einer organischen Verunreinigung (dh fluoren) nach den aktiven Transport von Myzelien Überbrückungsluftgefüllten Poren in einer wasser ungesättigten Modellsystem für bakteriellen Abbau verfügbar zu detektieren.

Eine ganze Zelle Bioreporter Ansatz für Transport und Bioverfügbarkeit von organischen Schadstoffen in Wasser Ungesättigte Systeme Bewerten

Dieses Papier beschreibt den Montageprozess und den Betrieb eines fotosynthetischen Bioreaktors auf der Bank, der in Verbindung mit anderen Methoden verwendet werden kann, um relevante kinetische Wachstumsparameter zu schätzen. Dieses System überwacht kontinuierlich den pH-Wert, das Licht und die Temperatur mit Sensoren, einer Datenerfassungs- und Steuereinheit und einer Open-Source-Datenerfassungssoftware.

Aufbau und Aufbau eines handelsüblichen Algen-Photosynthese-Bioreaktors mit Temperatur-, Licht- und pH-Monitoring für kinetische Wachstumstests

Durchflusszytometrie in Kombination mit visuellen clustering bietet eine einfach zu bedienende und schnelle Methode zur Untersuchung von aquatischer Biofilms. Biofilm-Charakterisierung, Erkennung von Veränderungen in der Struktur der Biofilm-Gemeinschaft und die Detektion von abiotischen Partikeln eingebettet im Biofilm einsetzbar.

Charakterisierung der aquatischen Biofilme mit Durchflusszytometrie

Diese Veröffentlichung beschreibt das Design von Labor-Photobioreaktoren (PBRs) mit anpassbaren Lichtregimen. Das Wachstum von Cyanobakterien oder Mikroalgen, die Bicarbonat als Kohlenstoffquelle verwenden, wird kontinuierlich überwacht, indem die volumetrische Sauerstoffproduktion gemessen wird. Diese PBRs ermöglichen schnelle, replizierte Laborwachstumsvergleiche mit wenig Benutzereingriffen während der Experimente.

Betrieb von Labor-Photobioreaktoren mit Online-Wachstumsmessungen und anpassbaren Lichtregimen

Das Fast Repetition Rate Fluorometer (FRRf) ist eine nützliche Methode zur Messung der Photophysiologie des Photosystems II und der Primärproduktivität. Hier beschreiben wir ein Protokoll zur Messung der PSII-Photophysiologie der Epizoenalge Colacium sp. auf Substratzooplankton mit Küvettentyp FRRf.

Messung der Photophysiologie des angeschlossenen Stadiums von Colacium sp. mit einem Küvetten-Fluorometer mit schneller Wiederholungsrate

Das Protokoll führt eine Hochdurchsatzmethode zur Messung der Relaxation der nicht-photochemischen Abschreckung durch pulsamplitudenmodulierte Chlorophyllfluorometrie ein. Die Methode wird auf feldgezüchtetes Glycine max angewendet und kann an andere Arten angepasst werden, um nach genetischer Vielfalt oder Brutpopulationen zu suchen.

Hochdurchsatzanalyse der nicht-photochemischen Abschreckung in Kulturpflanzen mittels pulsamplitudenmodulierter Chlorophyllfluorometrie

Erfahren Sie die miniaturisierte Algen-Bioassay-Methode zur schnellen Untersuchung mikrobieller Einflüsse auf die Photosynthesegesundheit mittels WATER-PAM-Fluorometrie in 48-Well-Platten.

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A Small Volume Bioassay um bakterielle / Phytoplankton Co-Kultur Bewerten Sie mit Wasser-Pulse-amplitudenmodulierten (WATER-PAM) Fluorometrie

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