Ein Aquatic Microbial Metaproteomik Workflow: Von der Zelle zum tryptischen Peptide Geeignet für Tandem-Massenspektrometrie-basierte Analyse

Ziel dieses Verfahrens ist die Extraktion von Proteinen und DNA aus mikrobieller Biomasse aus Meerwasser, gefolgt von der Erzeugung triptischer Peptide für die tandemmassenspektrometrische proteomische Analyse. Dies wird erreicht, indem Zellen, die sich zuvor auf einem Patronenfilter angesammelt haben, zunächst lysiert werden. Der zweite Schritt besteht darin, das Zelllysat mit Hilfe von Ultrazentrifugalfiltereinheiten zu konzentrieren.

Als nächstes wird das Lysat in zwei Fraktionen getrennt, eine für die Proteinfällung und eine für die DNA-Fällung. Der letzte Schritt besteht darin, den Ingel-Trypsin-Verdau von Proteinen durchzuführen und das Peptid zu extrahieren, das für die Flüssigkeitschromatographie und die Tandem-Massenspektrometrie-Analyse geeignet ist. Letztendlich kann die anschließende bioinformatische Analyse verwendet werden, um exprimierte Proteine in der Probe zu identifizieren, während die isolierte DNA für die metagenomische und/oder 16 S-R-R-N-A-Genanalyse verwendet werden kann.