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DOI: 10.3791/52925-v
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Wir beschreiben einen digitalen Endpunkt-Assay zur Quantifizierung von Nukleinsäuren mit einer vereinfachten (analogen) Auslesung. Wir messen die Massenfluoreszenz von tröpfchenbasierten digitalen Assays mit einem Standard-qPCR-Gerät anstelle von speziellen Instrumenten und bestätigen unsere Ergebnisse durch Mikroskopie.
Das übergeordnete Ziel dieses Verfahrens ist es, das Auslesen von digitalen Tröpfchen-Assays mit einem herkömmlichen Real-Time-PCR-Instrument zur Messung der Bulk-Fluoreszenz des Assays zu vereinfachen. Dies wird erreicht, indem zunächst Amplifikationsreaktionen der interessierenden Proben, zwei Standards und die Bildung von Tröpfchen vorbereitet werden, um sie jeweils in Tausende von nanolitergroßen Reaktoren aufzuteilen. Der zweite Schritt besteht darin, die Tröpfchen zu inkubieren, um die Nukleinsäuren in jedem Tröpfchen zu amplifizieren.
Als nächstes wird die Massenfluoreszenz jeder Probe oder jedes Standards mit einem Standard-QPC oder Thermocycler gemessen. Der letzte Schritt besteht darin, den Anteil der fluoreszierenden Tröpfchen in den interessierenden Proben anhand einer Standardkurve vorherzusagen, die aus den Standardproben generiert wird. Um die Leistungsfähigkeit dieser Methode zu verifizieren, kann die Fluoreszenzmikroskopie verwendet werden, um die Quantifizierungsleistung des Bulk-Fluoreszenzassays unabhängig zu bewerten.
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