Name: Das Terroir-Konzept Interpretiert durch Grape Berry Metabolomics und Transcriptomics (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2016-10-05T13:00:00.000+00:00
Duration: 13 min 2 s
Description: Erfahren Sie, wie Terroir-Signaturen in der Rebsorte Corvina durch Metabolomics und Transcriptomics identifiziert werden. Diese Methode nutzt PCA und statistische Analysen, um Umwelteinflüsse auf die Beerenqualität zu untersuchen.

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Diese Arbeit profitierte von den Netzwerkaktivitäten, die im Rahmen der EU-finanzierten COST-AKTION FA1106 "Ein integrierter Systemansatz zur Bestimmung der Entwicklungsmechanismen, die die Qualität fleischiger Früchte bei Tomaten und Weinreben steuern" koordiniert wurden. Diese Arbeit wurde unterstützt durch das Projekt "Completamento del Centro di Genomica Funzionale Vegetale", das von der Stiftung CARIVERONA Bank finanziert wurde, und durch das Projekt "Valorizzazione dei Principali Vitigni Autoctoni Italiani e dei loro Terroir (Vigneto)", das vom italienischen Ministerium für Land- und Forstwirtschaft finanziert wurde. SDS wurde vom italienischen Ministerium für Universität und Forschung FIRB RBFR13GHC5 Projekt "The Epigenomic Plasticity of Grapevine in Genotype per Environment Interactions" finanziert.

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<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Solar+ultraviolet+radiation+is+necessary+to+enhance+grapevine+fruit+ripening+transcriptional+and+phenolic+responses%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Solar ultraviolet radiation is necessary to enhance grapevine fruit ripening transcriptional and phenolic responses.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-16 (2014).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reducing+sampling+bias+in+molecular+studies+of+grapevine+fruit+ripening%3A+transcriptomic+assessment+of+the+density+sorting+method%5BTitle%5D)+AND+%22Theor+Exp+Plant+Phys%22%5BJournal%5D)">Reducing sampling bias in molecular studies of grapevine fruit ripening: transcriptomic assessment of the density sorting method.</a> Theor Exp Plant Phys. 28 (1), 109-129 (2016).</li>
<li>Carbonell-Bejerano, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Circadian+oscillatory+transcriptional+programs+in+grapevine+ripening+fruits%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Circadian oscillatory transcriptional programs in grapevine ripening fruits.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-15 (2014).</li>
<li>Cavallini, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+diversification+of+grapevine+MYB5a+and+MYB5b+in+the+control+of+flavonoid+biosynthesis+in+a+petunia+anthocyanin+regulatory+mutant%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+%26+Cell+Physiol%22%5BJournal%5D)">Functional diversification of grapevine MYB5a and MYB5b in the control of flavonoid biosynthesis in a petunia anthocyanin regulatory mutant.</a> Plant & Cell Physiol. 55 (3), 517-534 (2014).</li>
<li>Cramer, G. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Transcriptomic+analysis+of+the+late+stages+of+grapevine+%28Vitis+vinifera+cv.+Cabernet+Sauvignon%29+berry+ripening+reveals+significant+induction+of+ethylene+signaling+and+flavor+pathways+in+the+skin%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Transcriptomic analysis of the late stages of grapevine (Vitis vinifera cv. Cabernet Sauvignon) berry ripening reveals significant induction of ethylene signaling and flavor pathways in the skin.</a> BMC Plant Biol. 14, 1-21 (2014).</li>
<li>Dal Santo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+plasticity+of+the+grapevine+berry+transcriptome%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Biol%22%5BJournal%5D)">The plasticity of the grapevine berry transcriptome.</a> Genome Biol. 14 (6), 1-17 (2013).</li>
<li>Fasoli, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Grapevine+Expression+Atlas+Reveals+a+Deep+Transcriptome+Shift+Driving+the+Entire+Plant+into+a+Maturation+Program%5BTitle%5D)+AND+%22Plant+Cell%22%5BJournal%5D)">The Grapevine Expression Atlas Reveals a Deep Transcriptome Shift Driving the Entire Plant into a Maturation Program.</a> Plant Cell. 24 (9), 3489-3505 (2012).</li>
<li>Gambino, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Co-evolution+between+Grapevine+rupestris+stem+pitting-associated+virus+and+Vitis+vinifera+L.+leads+to+decreased+defence+responses+and+increased+transcription+of+genes+related+to+photosynthesis%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Co-evolution between Grapevine rupestris stem pitting-associated virus and Vitis vinifera L. leads to decreased defence responses and increased transcription of genes related to photosynthesis.</a> J Exp Bot. 63 (16), 5919-5933 (2012).</li>
<li>Ghan, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Five+omic+technologies+are+concordant+in+differentiating+the+biochemical+characteristics+of+the+berries+of+five+grapevine+%28Vitis+vinifera+L.%29+cultivars%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Genomics%22%5BJournal%5D)">Five omic technologies are concordant in differentiating the biochemical characteristics of the berries of five grapevine (Vitis vinifera L.) cultivars.</a> BMC Genomics. 16 (1), 1-26 (2015).</li>
<li>Pastore, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Selective+defoliation+affects+plant+growth%2C+fruit+transcriptional+ripening+program+and+flavonoid+metabolism+in+grapevine%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Plant+Biol%22%5BJournal%5D)">Selective defoliation affects plant growth, fruit transcriptional ripening program and flavonoid metabolism in grapevine.</a> BMC Plant Biol. 13, 1-13 (2013).</li>
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<li>Royo, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental%2C+transcriptome%2C+and+genetic+alterations+associated+with+parthenocarpy+in+the+grapevine+seedless+somatic+variant+Corinto+bianco%5BTitle%5D)+AND+%22J+Exp+Bot%22%5BJournal%5D)">Developmental, transcriptome, and genetic alterations associated with parthenocarpy in the grapevine seedless somatic variant Corinto bianco.</a> J Exp Bot. , 259-273 (2015).</li>
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<li>Commisso, M., Strazzer, P., Toffali, K., Stocchero, M., Guzzo, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Untargeted+metabolomics%3A+an+emerging+approach+to+determine+the+composition+of+herbal+products%5BTitle%5D)+AND+%22Comput+Struct+Biotechnol+J%22%5BJournal%5D)">Untargeted metabolomics: an emerging approach to determine the composition of herbal products.</a> Comput Struct Biotechnol J. 4, 1-7 (2013).</li>
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</ol>

Die Autoren haben nichts offenzulegen.

Dieser Artikel beschreibt die Metabolomik, verwendet Transcriptomics und statistische Analyseprotokolle die Traubenbeere Terroir-Konzept zu interpretieren. Metabolomics Analyse durch HPLC-ESI-MS ist empfindlich genug, um eine große Anzahl von Metaboliten gleichzeitig zu erfassen, aber relativ Quantifizierung wird durch den Matrixeffekt und Ionenunterdrückungs / Erweiterung betroffen. Allerdings hat sich ein ähnlicher Ansatz bereits verwendet worden , um die Reifung und nach der Ernte Welken von Corvina Beeren, und die K...

Groß angelegte Datenanalyse auf der Basis der Genome, Transkriptom, Proteom und Metabolomen von Pflanzen bietet noch nie da gewesenen Einblick in das Verhalten von komplexen Systemen, wie zum Beispiel die Terroir Eigenschaften von Wein, die die Wechselwirkungen zwischen Weinrebe Pflanzen und ihrer Umwelt zu reflektieren. Da das Terroir eines Weines verschieden sein kann, selbst wenn identische Weinrebe Klone in verschiedenen Weinbergen angebaut werden, ist Genomik Analyse von geringem Nutzen, da die klonalen Genome identisch sind. Stattdessen ist es notwendig, auf Korrelationen zwischen Genexpression und den metabolischen Eigenschaften der Beeren zu suchen, die die Qualitätsmerkmale des Weines bestimmen. Die Analyse der Genexpression auf der Ebene der Transkriptom profitiert von den ähnlichen chemischen Eigenschaften aller Transkripte, die durch Ausnutzung universellen Eigenschaften wie die Hybridisierung an immobilisierte Sonden auf Mikroarrays quantitative Analyse ermöglicht. Im Gegensatz dazu universellen analytischen Methoden in der Proteomik einnd Metabolomik sind schwieriger wegen der großen physikalischen und chemischen Vielfalt einzelner Proteine ​​und Metaboliten. Im Falle von Metabolomics diese Vielfalt ist noch extremer, weil einzelne Metaboliten stark in Größe, Polarität, die Fülle und die Volatilität unterscheiden, so dass keine einzige Extraktionsverfahren oder Analysemethode bietet einen ganzheitlichen Ansatz. Zu den analytischen Plattformen geeignet für nichtflüchtige Stoffwechselprodukte sind solche auf Basis von Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie gekoppelt mit Massenspektrometrie (HPLC-MS) viel empfindlicher als Alternativen wie HPLC mit ultravioletter oder Diodenarray-Detektoren (HPLC-UV, HPLC-DAD ) oder Kernspinresonanz (NMR) Spektroskopie, aber quantitative Analyse durch HPLC-MS kann durch Phänomene wie die Matrixeffekt und Ionenunterdrückungs / Erweiterung 1-3 beeinflußt werden. Die Untersuchung solcher Effekte bei der Analyse von Corvina Traubenbeeren durch HPLC-MS unter Verwendung einer Elektrospray-Ionisations-Quelle (HPLC-ESI-MS) zeigte, dass Zucker und andere Moleküle mit den niedrigsten Retentionszeiten waren stark underreported, wahrscheinlich auch die große Anzahl von Molekülen in dieser Zone reflektiert, und dass die Fülle anderer Moleküle unterschätzt werden könnte, überschätzt bzw. unbeeinflußt von der Matrixeffekt , aber die Datennormalisierung für die Matrix - Effekt schien begrenzte Auswirkungen auf die Gesamtergebnisse 4,5 zu haben. Das hier beschriebene Verfahren ist für die Analyse von mittlerer Polarität Metaboliten optimiert, die während der Reifung, auf einem hohen Niveau in Traubenbeeren anreichern und werden wesentlich durch die terroir beeinflusst. Dazu gehören Anthocyane, Flavonole, Flavans-3-ole, Procyanidine, andere Flavonoide, Resveratrol, Stilbenen, Hydroxyzimtsäuren und Hydroxybenzoesäuren, die zusammen bestimmen die Farbe, Geschmack und gesundheitsbezogenen Eigenschaften von Weinen. Andere Stoffwechselprodukte, wie Zuckern und aliphatischen organischen Säuren, werden ignoriert, da die Quantifizierung durch HPLC-MS unverlässlich ist aufgrund der Matrix effect und Ionensuppression Phänomene 5. Innerhalb der Polaritätsbereich durch diese Methode gewählt, ist der Ansatz ungezielte, dass es zielt darauf ab , so viele verschiedene Stoffwechselprodukte wie möglich 6 zu erkennen. Transcriptomics Methoden , die Tausende von Weinrebe Transkripten erlauben gleichzeitig überwacht werden sollen , durch die Verfügbarkeit des gesamten Weinrebe Genomsequenz 7,8 erleichtert. Frühe Transkriptomik Methoden basieren auf Hochdurchsatz-cDNA-Sequenzierung haben mit dem Aufkommen der nächsten Generation Sequenzierung in eine Sammlung von Prozeduren gemeinsam beschrieben als RNA-Seq-Technologie entwickelt. Dieser Ansatz wird schnell die Methode der Wahl für Transkriptomik Studien. eine große Menge an Literatur jedoch auf Mikroarrays, die durch Hybridisierung in parallel quantifiziert Tausende von Transkripten ermöglicht werden, hat für Weinrebe akkumuliert. Tatsächlich bevor RNA-Seq eine Mainstream-Technologie wurde, hatte viele engagierte kommerziellen Microarray-Plattformen gewesenentwickelt, mit dem Weinrebe Transkriptom zu sehr detailliert untersucht werden. Unter der Vielfalt von Plattformen, nur zwei erlaubt genomweite Transkriptomanalyse 9. Die entwickelte Anordnung erlaubt die Hybridisierung von bis zu 12 unabhängige Stichproben auf einer einzigen Vorrichtung, wodurch die Kosten für jedes Experiment zu verringern. Die 12 Unterfelder umfasst jeweils 135.000 60-mer-Sonden repräsentieren 29.549 Weinrebe Transkripte. Dieses Gerät wurde von 10-24 in einer großen Anzahl von Studien verwendet. Diese beiden Plattformen sind nun eingestellt , sondern eine neue benutzerdefinierte Microarray wurde vor kurzem entwickelt worden und stellt eine neuere Entwicklung , da sie eine noch größere Anzahl von Sonden enthält , die zusätzliche neu entdeckten Gene Weinrebe 25. Die groß Verkauf Datensätze von Transcriptomics und Metabolomics-Analyse erfordern geeignete statistische Verfahren zur Datenanalyse produziert, darunter multivariate Techniken Korrelationen zwischen verschiedenen Form zu bestimmen,s von Daten. Die am häufigsten verwendeten Techniken multivariate sind solche auf Projektion basiert, und diese können zu latent Strukturen Diskriminanzanalyse (O2PLS-DA) unüberwachten wie Hauptkomponentenanalyse (PCA), oder überwacht, wie beispielsweise bidirektionale orthogonale Projektion 26. Das Protokoll in diesem Artikel vorgestellt nutzt PCA für die explorative Datenanalyse und O2PLS-DA Unterschiede zwischen den Gruppen von Proben zu identifizieren.

<table><tbody><tr><td>Mühlenschleifer</td><td>IKA</td><td>IKA A11 basic</td><td></td></tr><tr><td>HPLC Autosampler</td><td>Beckman Coulter</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 508 Autosampler</td></tr><tr><td>HPLC System</td><td>Beckman Coschar</td><td>&nbsp;-</td><td>System Gold 127 Solvent Module HPLC</td></tr><tr><td>C18 Vorsäule</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (7,5 mm x 2,1 mm; 5 &m; m) Vorsäule</td></tr><tr><td>C18 Säule</td><td>Grace</td><td>&nbsp;-</td><td>Alltima HP C18 (150 mm x 2,1 mm; 3 &m; m)</td></tr><tr><td>Säulenmassenspektrometer</td><td>Bruker Daltonics</td><td>&nbsp;-</td><td>Bruker Esquire 6000; Das Massenspektrometer war mit einer ESI-Quelle ausgestattet und der Analysator war eine Ionenfalle.</td></tr><tr><td>Extraktionslösungsmittel und HPLC-Puffer</td><td>Sigma</td><td>34966</td><td>Methanol LC-MS</td></tr><tr><td>Typ Sigma</td><td>94318</td><td>Ameisensäure LC-MS Typ</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>34967</td><td>Acetonitril LC-MS Typ</td><td></td></tr><tr><td>Sigma</td><td>39253</td><td>Wasser&nbsp; Minisart RC 4 Spritzenvorsatzfilter in LC-MS-Qualität</td><td></td></tr><tr><td>(0,2 &mu; m)</td><td>Sartorius</td><td>17764</td><td></td></tr><tr><td>Software für die Datenerfassung (a) und -verarbeitung (b)</td><td>Bruker Daltonics-Bruker</td><td></td> <td>Daltonics Esquire 5.2 Kontrolle (a); Esquire 3.2 Datenanalyse und MzMine 2.2 Softwares (b)</td></tr><tr><td>Spectrum Plant Total RNA Kit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>STRN250-1KT</td><td>Für Gesamt-RNA-Extraktion aus Traubenperikarp</td></tr><tr><td>Nanodrop 1000</td><td>Thermo Scientific</td><td>1000</td><td></td></tr><tr><td>BioAnalyzer 2100</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939A</td><td></td></tr><tr><td>RNA 6000 Nano-Reagenzien</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>RNA-Chips</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1511</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Genexpressions-Waschpuffer 1</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5325</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Genexpressions-Waschpuffer 2</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5326</td><td></td></tr><tr><td>LowInput QuickAmp Beschriftungskit Einfarbig</td><td>Agilent Technologies</td><td>5190-2305</td><td></td></tr><tr><td>Kit RNA Spike In - Einfarbig</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5282</td><td></td></tr><tr><td>Genexpressions-Hybridisierungskit</td><td>Agilent Technologies</td><td>5188-5242</td><td></td></tr><tr><td>RNeasy Mini Kit (50)</td><td>Qiagen</td><td>74104</td><td>Für die cRNA-Aufreinigung</td></tr><tr><td>Agilent SurePrint HD 4X44K 60-mer Microarray</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2514F-048771&nbsp;</td><td></td></tr><tr><td>eArray</td><td>Agilent Technologies</td><td>-</td><td><a href="https://earray.chem.agilent.com/earray/">https://earray.chem.agilent.com/earray/</a></td></tr><tr><td>Dichtungsschieber</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60012</td><td>Enable Agilent SurePrint Microarray 4-Array Hybridisierung</td></tr><tr><td>Thermostatisches Bad</td><td>Julabo-Hybridisierung</td><td></td><td></td></tr> <tr><td>Kammer</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2534-60001</td><td></td></tr><tr><td>Microarray Hybridisierungsofen</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2545A</td><td></td></tr><tr><td>Hybridisierungsofen Rotator</td><td>Rack Agilent Technologies</td><td>G2530-60029</td><td></td></tr><tr><td>Rotator Rack Conversion Rod</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2530-60030</td><td></td></tr><tr><td>Färbekit</td><td>Bio-Optica</td><td>10-2000</td><td>Objektträger-Färbeschale und Objektträgerrost</td></tr><tr><td>Magnetrührgerät</td><td>AREX Heizung Magnetrührer</td><td>F20540163&nbsp;</td><td></td></tr> Thermo <tr><td></td><td>Scientific</td><td>Heraeus - 6030</td><td></td></tr><tr><td>Agilent Microarray Scanner</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2565CA</td><td></td></tr><tr><td>Scanner Karussell, 48 Positionen</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60502</td><td></td></tr><tr><td>Objektträgerhalter</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2505-60525</td><td></td></tr><tr><td>Feature Extraktionssoftware v11.5</td><td>Agilent Technologien</td><td></td> <td>im Agilent Microarray Scanner G2565CA</td></tr><tr><td>SIMCA + V13 Software</td><td>Umetrics</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

das terroir-konzept interpretiert durch grape berry metabolomics und transcriptomics

The Terroir Concept Interpreted through Grape Berry Metabolomics and Transcriptomics

Terroir bezieht sich auf die Kombination von Umweltfaktoren , die die Eigenschaften von Kulturen wie Weinreben (Vitis vinifera) nach bestimmten Habitaten und Managementpraktiken beeinflussen. Dieser Artikel zeigt, wie bestimmte Terroir Signaturen können in der Beere Metabolom und Transkriptom der Weinrebe Sorte Corvina mit multivariaten statistischen Analyse nachgewiesen werden. Das Verfahren erfordert zunächst eine geeignete Stichprobenplan. In dieser Fallstudie wurde ein spezifischer Klon der Corvina Sorte ausgewählten genetischen Unterschiede zu minimieren und Proben von sieben Weinbergen gesammelt wurden, die drei verschiedene Makro Zonen während der drei verschiedenen Wachstumsphasen. Eine ungezielte LC-MS Metabolomics Ansatz wird durch eine effiziente Datenverarbeitung mit MZmine Software und eine Identifizierung von Metaboliten Strategie auf Fragmentierung Baumanalyse basiert aufgrund seiner hohen Empfindlichkeit, begleitet empfohlen. Umfassende Transkriptom-Analyse kann unter Verwendung von Microarrays erreicht werdenenthaltenden Sonden abdeckt ~ 99% aller Weinrebe Gene vorhergesagt wird, die gleichzeitige Analyse aller differentiell exprimierte Gene im Zusammenhang mit verschiedenen terroirs ermöglicht. Schließlich kann der multivariaten Datenanalyse auf Projektionsverfahren auf Basis verwendet werden, um den starken Jahrgang spezifischen Effekt zu überwinden, so dass die Metabolomik und Transkriptom-Daten zu integrieren und im Detail analysiert werden, um informative Korrelationen zu identifizieren.

Die Fallstudie in diesem Artikel beschrieben ergab eine endgültige Datenmatrix, die 552 Signale (m / z Merkmale) einschließlich Molekülionen sowie deren Isotope, Addukte und einige Fragmente, relativ unter 189 Proben quantifiziert (7 Weinberge x 3 Reifestufen x 3 Vegetationsperioden x 3 biologischen Replikaten). Die Gesamtzahl für Datenpunkte war daher 104.328. Fragmentation Baumanalyse führte zur Annotation von 282 m / z Merkmale, entsprechend Metaboliten sowie Addukte...

Dieser Artikel beschreibt die Anwendung von ungezielte Metabolomik, Transcriptomics und multivariate statistische Analysen Traubenbeere Transkripte und Metaboliten , um einen Einblick in das Terroir - Konzept zu gewinnen, das heißt, die Auswirkungen der Umwelt auf die Beere Qualitätsmerkmale.

Das Terroir-Konzept Interpretiert durch Grape Berry Metabolomics und Transcriptomics

Terroir refers to the combination of environmental factors that affect the characteristics of crops such as grapevine (Vitis vinifera) according to ...

Das übergeordnete Ziel dieser experimentellen Verfahren besteht darin, die unterschiedlichen Terroir-Signaturen im Metabolom und Transkriptom der Traubenrebsorte Corvina zu beobachten. Die hier beschriebene Fallstudie umfasste die Sammlung und Analyse von Proben in drei Reifestadien aus sieben Weinbergen in drei Großzonen über drei Anbausaisons hinweg. Die beschriebenen Techniken zeigen den vorherrschenden Einfluss des Jahrgangs auf das Traubenmetabolom während der Reifung auf.Klare, spezifische chemische Signaturmuster, die die drei Makrozonen repräsentieren, wurden ebenfalls in den reifen Beeren identifiziert. Die Terroir-Signatur auf Ebene der Makrozonen wurde mithilfe geeigneter statistischer Verfahren wie der PCA, der Hauptkomponentenanalyse, und der auto BLSDA, der bidirektionalen orthogonalen Projektion auf bleihaltige Strukturen, diskrete Analyse, aufgedeckt, um sowohl die Transkriptomik- als auch die Metabolomik-Datenmatrizen zu analysieren. Die Unterschiede zwischen einzelnen Weinbergen hingegen sind subtiler und erfordern zudem anspruchsvollere und empfindlichere statistische Ansätze.Beginnen Sie das Experiment mit der Erstellung eines geeigneten Probenahmeplans. Stellen

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Research

Forschung

JoVE Journal

Genetics

Genetik

Proton Transfer Reaction Time of Flight Mass Spectrometry ermöglicht eine hochempfindliche, schnelle und nicht-invasive Analyse flüchtiger organischer Verbindungen. Um das Potenzial zu demonstrieren, geben wir drei Beispiele: Milchsäurefermentation von Joghurt (Online-Bioprozessüberwachung), verschiedene Apfelgenotypen (groß angelegtes Screening) und retronasaler Raum nach dem Kaffeetrinken (Nasenraumanalyse).

PTR-ToF-MS gekoppelt mit einem automatisierten Probenahmesystem und einer maßgeschneiderten Datenanalyse für Lebensmittelstudien: Bioprozessüberwachung, Screening und Nasenraumanalyse

Dieses Protokoll beschreibt ein experimentelles Verfahren, um den Stoffwechsel von mehreren Nährstoffquellen quantitativ und umfassend zu untersuchen. Dieser Workflow, basierend auf einer Kombination von isotopischen Tracer Experimente und ein Analyseverfahren ermöglicht das Schicksal der konsumierten Nährstoffe und die metabolische Herkunft der Moleküle können durch Mikroorganismen bestimmt werden.

Workflow basiert auf der Kombination der isotopischen Tracer Experimente zu untersuchen, mikrobiellen Stoffwechsel von mehreren Nährstoffquellen

Dieser Artikel beschreibt das Verfahren für die Identifizierung und Charakterisierung einer Genfamilie in Grapevine, die zur Familie der Arabidopsis Tóxicos in Levadura (ATL) E3 Ubiquitin Ligases angewendet.

Umfassenden Workflow zur genomweiten Identifizierung und Ausdruck Meta-Analyse von der ATL E3 Ubiquitin Ligase Genfamilie in Grapevine

Hier stellen wir ein Protokoll zur Beschreibung der Amplikon-Metagenomik zur Bestimmung der Bakteriengemeinschaft von Traminette-Trauben, gärenden Trauben und Endwein vor.

Profilierung der Bakteriengemeinschaft von gärenden Traminette-Trauben während der Weinproduktion mittels metagenomischer Amplikon-Sequenzierung

In diesem Manuskript beschreiben wir ein Protokoll zur funktionellen Untersuchung der Transkription und der inhibitorischen Aktivität von antibakteriellen Wirkstoffen, die auf die bakterielle Transkription abzielen.

In - vitro - Transkriptionsassays und ihre Anwendung in der Drug Discovery

Die Mittelmeerfruchtfliege Ceratitis capitata (Diptera: Tephritidae) ist ein weltweiter Schädling der Landwirtschaft. Ein tieferes Verständnis ihrer Biologie ist der Schlüssel, um die Populationen der Medfly zu kontrollieren und so die wirtschaftlichen Auswirkungen zu reduzieren. Die Mikroinjektion von Embryonen ist ein grundlegendes Instrument, das sowohl die Transformation der Keimbahn als auch umgekehrte genetische Studien bei dieser Spezies ermöglicht.

Lieferung von Nukleinsäuren durch Embryomikroinjektion in der weltweiten Agrar Pest Insekt,<em&gt; Mittelmeerfruchtfliege</em

Dieses Protokoll beschreibt einen vergleichenden Arbeitsablauf für die Assemblierung und Annotation von De-novo-Transkriptomen für unerfahrene Bioinformatiker. Der Workflow ist vollständig über CyVerse kostenlos verfügbar und über den Data Store verbunden. Es werden Befehlszeilen und grafische Benutzeroberflächen verwendet, aber der gesamte benötigte Code steht zum Kopieren und Einfügen zur Verfügung.

Nutzung von CyVerse Resources für<em&gt; De Novo</em&gt; Vergleichende Transkriptomik von unversicherten (Nicht-Modell-) Organismen

Studieren Ionenkanäle durch ein heterolog exprimierenden System hat eine Kerntechnik in der biomedizinischen Forschung. In diesem Manuskript stellen wir eine zeiteffiziente Methode streng kontrollierten Ionenkanal-Expression durch Durchführung transienter Transfektion unter der Kontrolle eines induzierbaren Promotors zu erzielen.

Steuerbare Ionenkanal-Expression durch induzierbare Transiente Transfektion

Galaxy und DAVID haben als beliebte Werkzeuge entstanden, die Ermittler ohne Bioinformatik Ausbildung ermöglichen RNA-Seq Daten zu analysieren und zu interpretieren. Wir beschreiben ein Protokoll für C. elegans Forscher RNA-Seq Versuche, den Zugang und verarbeiten die Daten - Set mit Galaxy und erhalten aussagekräftige biologische Informationen aus den Gen - Listen mit DAVID auszuführen.

Transkriptom-Analyse von<em&gt; C</em&gt;.<em&gt; elegans</em&gt; RNA Sequenzierung Daten durch die Tuxedo Suite auf dem Galaxy-Projekt

Dieser Artikel beschreibt ein detailliertes Protokoll für DNA-Isolierung und Hochdurchsatz-Sequenzierung Bibliotheksbau aus Herbarium Material einschließlich Rettung von sehr schlechter Qualität DNA.

Robuste DNA-Isolierung und Hochdurchsatz-Sequenzierung Bibliotheksbau für Herbar

Erfahren Sie, wie Terroir-Signaturen in der Rebsorte Corvina durch Metabolomics und Transcriptomics identifiziert werden. Diese Methode nutzt PCA und statistische Analysen, um Umwelteinflüsse auf die Beerenqualität zu untersuchen.

Das Terroir-Konzept Interpretiert durch Grape Berry Metabolomics und Transcriptomics

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