Drug Repurposing Hypothesengenerierung Mit der "RE: Fein Drugs" System

Das übergeordnete Ziel dieses Softwaretools ist es, Hypothesen zur Wiederverwendung von Arzneimitteln zu generieren und zu priorisieren, die sowohl auf genomweiten Assoziationsstudiendaten als auch auf phänomenweiten Assoziationsstudiendaten basieren. Diese Methode kann helfen, Fragen im Bereich der Wirkstoffforschung zu beantworten, einschließlich der Frage, welche verfügbaren Medikamente bei der Verwendung von Krankheitsindikationen wiederverwendet werden können und welche Kandidaten in der Literatur mehr Unterstützung finden. Der Hauptvorteil dieser Technik besteht darin, dass mehrere Einstiegspunkte zur Verfügung stehen, um das Wiederverwendungspotenzial zu erforschen, sei es aus der Perspektive einer bestimmten Krankheit, eines bestimmten Gens oder eines Medikaments.

Gehe auf die Homepage von RE:fine Drugs. Geben Sie zunächst einen Suchbegriff in die Suchleiste ein. Bei diesem Begriff kann es sich um einen generischen Medikamentennamen, eine neue Krankheitsindikation oder ein Gen handeln.

Filtern Sie die Suchleiste so, dass nur der Name des Arzneimittels, die neue Krankheitsindikation, das Gensymbol oder alle Kategorien enthalten sind. Die Suchleiste enthält eine Autofill-Funktion für Abfrageeingaben. Geben Sie ein Schlüsselwort ein und klicken Sie auf die Schaltfläche Suchen.

Die Ergebnistabelle kann mit mehreren Optionen gespeichert werden, die in der obersten Zeile aufgeführt sind. Navigieren Sie zur erweiterten Suchoption, um die Funktion für Arzneimittelinformationen zu aktivieren. Klicken Sie auf das Symbol in der Info-Spalte für ein bestimmtes Medikament.

Beobachten Sie eine Seite, auf der der P-Wert für die Assoziation, der Krankheitsname, der Wirkstoffname, die Gendetails und die Arzneimitteldetails aufgeführt sind. Klicken Sie in mehreren Optionen auf die Schaltfläche Erweitert, die sich auf der rechten Seite der Seite befindet, um die bereitgestellten Ergebnisse weiter zu verfeinern. Zu den erweiterten Suchoptionen gehören Modifikationen an Medikament, Assoziation, Krankheit, Potenzial, Gen und Wirkung.

Exportieren Sie die Ergebnistabellen, indem Sie auf die Schaltfläche Exportieren auf der rechten Seite der Seite klicken. Klicken Sie auf die Schaltfläche Einfach, um das Fenster für die erweiterte Suche zu öffnen. Geben Sie auf der Registerkarte "Erweiterter Wirkstoff" eine bestimmte Arzneimittelindikation oder einen zusätzlichen Arzneimittelnamen an, um die Ergebnisse zu filtern.

Klicken Sie auf die Registerkarte Assoziation, um die Ergebnisse nach dem P-Wert des Signifikanzniveaus, dem angepassten P-Wert mit Falschentdeckungsrate, der Effektgröße und/oder dem Studientyp zu filtern. Geben Sie auf der Registerkarte Krankheit eine bestimmte Krankheitsbeschreibung für die prognostizierte neue Verwendung an. Filtern Sie die Ergebnisse auf der Registerkarte "Potenzial" danach, ob die Arzneimittelindikation in der DrugBank-Datenbank enthalten ist, nach der Anzahl der Medline-Abstracts mit gleichzeitigem Auftreten des Medikaments und der Krankheit und nach der Anzahl der klinischen Studien.

Gov-Datenbankeinträge mit dieser gemeinsamen Okkurrenz, sowie das Wiederverwendungspotenzial. Geben Sie auf der Registerkarte "Gen" einen Einzelnukleotid-Polymorphismus-Identifikator oder ein Gensymbol ein, um die Ergebnisse nach bestimmten Zielgenen des Arzneimittels zu filtern. Klicken Sie auf die Registerkarte "Aktion" und geben Sie den Wirkstoff-Aktionstyp gegen das Wirkstoffziel als Agonist, Antagonist, Andere, Unbekannt oder Alle an.

In diesem Beispiel wurde das Gen IL2RB als genbasierte Abfrage eingegeben und es werden 12 Drug-Repurposing-Hypothesen für das IL2RB-Gen zurückgegeben. Die detaillierte Informationsseite für eine bestimmte Hypothese zur Wiederverwendung von Arzneimitteln wird in der Infospalte bereitgestellt. Hier sind nur solche Medikamente dargestellt, die eine bekannte Indikation für den Begriff der Transplantationskrankheit haben.

Die Registerkarte "Assoziation" ermöglicht es dem Benutzer, SNP-Phänotyp-Beziehungen nach statistischer Signifikanz und genetischer Effektgröße zu filtern. Die genetische Effektgröße ist definiert als die Wahrscheinlichkeit, dass bei Personen mit dem spezifischen Genotyp eine Krankheit vorliegt, gegenüber der Wahrscheinlichkeit bei Personen ohne SNP-Allel. Die Ergebnisse auf der Registerkarte "Potenzial" können nach einer Mindestanzahl von fünf Medline-Abstracts gefiltert werden, die ein gleichzeitiges Auftreten von Arzneimittel- und Krankheitsbegriffen enthalten.

In diesem Beispiel werden alle Arzneimittelergebnisse auf der Registerkarte "Gen" auf das IL2RB-Gen ausgerichtet, das dem ursprünglichen Abfragebegriff entspricht. Schließlich geben Ergebnisse, die als Agonisten auf der Registerkarte "Aktion" gefiltert wurden, alle Arzneimittel zurück, die als Agonisten auf das IL2RB-Gen wirken. Nachdem Sie sich dieses Video angesehen haben, sollten Sie ein gutes Verständnis dafür haben, wie Sie das RE:fine Drugs-Tool verwenden können, um die Hypothese der Wiederverwendung von Arzneimitteln zu generieren und zu priorisieren.