Name: Quantifizierung der Bakterien Histidinkinase Autophosphorylierung eine Nitrocellulose-Bindungsassay unter Verwendung (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-01-11T14:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 17 s
Description: Erfahren Sie die Quantifizierung der Autophosphorylierung bakterieller Histidinkinasen mit einem optimierten Nitrocellulose-Bindungsassay. Diese hochdurchsatzfähige Methode ermöglicht die sensitive Detektion von Picomolen Phosphohistidin.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

Diese Arbeit wurde durch das Department of Education durch die Graduate Unterstützung in Bereichen der nationalen Not-Programm (P200A100044) unterstützt.

Vorsicht: Dieses Protokoll erfordert eine entsprechende Ausbildung in der Verwendung und Umgang mit radioaktiven Stoffen. Bitte verwenden Sie die erforderliche persönliche Schutzausrüstung bei der Durchführung dieses Tests, einschließlich der Beta-Strahlung Abschirmung. Radioaktive Abfälle müssen sorgfältig behandelt werden, da große Mengen an Abfall während der Waschphase des Experiments erzeugt werden. Stellen Sie sicher, dass die Abfälle in einem aufrechten Behälter wie einem großen Eimer oder Flasche aufbewahrt wird, die nicht leicht umkippen wird oder verschüttet. Sobald das Experiment abgeschlossen ist, übertragen sorgfältig alle flüssigen Abfall radioaktive Abfallbehälter in geeigneter Weise zu kennzeichnen. Behandeln Sie alle Materialien mit Sorgfalt und halten in der Nähe einen Geigerzähler auf den Arbeitsbereich für die Verschmutzung zu überwachen. Hinweis: Dieses Protokoll ist eine überarbeitete Version eines zuvor berichteten Assay aus unserer Gruppe. 15 Phosphohistidin Stabilität in H 3 PO 4 sollte vor der Verwendung dieses Verfahrens für jede uncharacterized Histidinkinase getestet werden. Die Phosphohistidindomäne stFähigkeitstest wurde zuvor beschrieben. 15 Eine negative Kontrolle , die nicht - Kinase enthält muss enthalten sein. Dies ist notwendig, um das Hintergrundsignal von jeder Probe zu subtrahieren, und sicherzustellen , dass [γ- 32 P] -ATP ausreichend von der Membran gewaschen wird. 1. Vorbereitung der Reagenzien und Materialien <ol><li> Reinige Histidinkinasen aus Bakterienkultur vor diesen Test zu verwenden. <ol><li> Reinige eine Histidinkinase (Gen ID 1.189.383) von Vibrio parahaemolyticus (EB101, ATCC 17802) für die Entwicklung dieses Assays. Klonen Sie die Kinase in den Expressionsvektor pET-23aHis-TEV mit NdeI und XhoI-Restriktionsstellen und führen zielgerichtete Mutagenese das mutierte Konstrukt Vp1876 D499A zu ergeben. </li><li> Transformation des Plasmids in E. coli BL21 (DE3) pLysS, und wachsen in Zellen TB Medium bei 37 ° C. Supplement Kulturen mit Ampicillin (100 ug / ml) und Chloramphenicol (34 ug / ml), und wachsen unter Rühren(250 rpm) auf eine OD 600 von 0,6. </li><li> Induzieren Proteinexpression mit IPTG bis zu einer Endkonzentration von 25 uM und wachsen Kulturen über Nacht bei 16 ° C. Ernten Sie die Zellen durch Zentrifugation (5000 × g), lyse durch Beschallung und Zentrifuge zu entfernen, Zelltrümmer (18.000 xg). </li><li> Reinige den His-Tag-Kinase-Ni-NTA-Agarose verwendet wird. Bestätigen die Reinheit durch SDS-PAGE. Optimieren Reinigung für jedes Protein und bestätigen Reinheit vor diesen Test zu verwenden. </li></ol></li><li> Bereiten Sie die 25 mM H 3 PO 4 Waschlösung. Auf 1 l entionisiertes Wasser destilliert, addieren H 3 PO 4 zu einer Endkonzentration von 25 mM. Der pH-Wert dieser Lösung beträgt etwa 2,0. Legen Sie 25 mM H 3 PO 4 auf dem Eis. </li><li> Bereiten Sie eine 13x Stammlösung von 325 mM H 3 PO 4, verwendet werden Kinase - Reaktion abzuschrecken. Der pH-Wert dieser Lösung beträgt etwa 1,5. Platzieren 325 mM H 3 PO 4 auf dem Eis. HINWEIS: H 3 PO 4 </sub&gt; In einer Endkonzentration von 25 mM quencht die Reaktion ausreichend, und hilft auch radioaktiv markiertes Phosphat zu blockieren, die nicht an der Bindung an die Nitrozellulosemembran zu Histidin gebunden ist. </li><li> Bereiten Sie eine 4 - fach Reaktionspuffer Stammlösung , die 160 mM Tris-HCl pH 8,0, 600 mM KCl, 16 mM MgCl 2 und 40% Glycerin. </li><li> Quantifizierung Histidinkinase Konzentration von etablierten Proteinkonzentration Verfahren (Bradford, UV-Vis, etc.). 16,17 Vorbereiten einer Histidinkinase Lösung mit einer Konzentration , die 4 - fache der gewünschten Endkonzentration. Um eine angemessene Signal zu erhalten sollte die endgültige Proteinkonzentration in der Reaktionsidealerweise mindestens 5 &amp; mgr; M sein. </li><li> Bereiten Sie eine 4x radiomarkierte [γ- 32 P] -ATP Lösung mit dem entsprechenden 4 - fach - Konzentration von unmarkiertem ATP und beschriftet: unmarkierten Verhältnis für das Experiment. HINWEIS: Die Menge von [γ- 32 P] -ATP , die in dieser Mischung enthalten sein sollte , ist davon abhängig , wie viel [^7; - 32 P] -ATP wird letztlich für jede Reaktion beobachtet werden. Wir haben angemessene Signal erhalten mit Endkonzentrationen im Bereich zwischen 0,1 bis 5 &amp; mgr; Ci pro Reaktion. Es ist wichtig, daß das markierte: unmarkiertem ATP-Verhältnis für alle Reaktionen in einem gegebenen Experiment konstant gehalten werden. Reihenverdünnungen sollte gemacht werden, wenn mehrere Konzentrationen ATP gewünscht werden, wie dies auch das markierte halten: unbenannt ATP-Verhältnis konstant in allen Konzentrationen. Endgültige ATP-Konzentrationen liegen typischerweise im Bereich von 10 um bis mindestens 1 mM, und jede Konzentration sollte in dreifacher Ausführung untersucht werden, um zuverlässige kinetische Daten zu erhalten. </li><li> 96- und Dot-Blot-Vorrichtung <ol><li> Cut eine 8 cm x 12 cm Stück Nitrocellulosemembran (0,2 &amp; mgr; m Porengröße). </li><li> Position Nitrocellulose in einem Dot-Blot-Vorrichtung, so dass die Membran passt, so dass die Vorrichtung abgedichtet ist, und alle Vertiefungen werden vollständig von der Membran bedeckt. Wenn es richtig zusammengebaut haben, sollte kein Luftverlust, wenn das Vakuum Appl istied. </li><li> So sammeln Filtrat, schließen Sie das Gerät an einen sekundären Seitearm Kolben. Von dem Ventilschaft, schließen ausreichende Schlauch, so daß die Vorrichtung bequem ohne Kippen der Sekundärkolben verwendet werden kann. </li><li> Schließen Sie den sekundären Seitearm Kolben Absauger / Vakuumquelle. </li><li> Prüfen Sie, daß das Gerät vollständig durch Anlegen eines Vakuums an die Vorrichtung abgedichtet ist. Wenn die Vorrichtung korrekt montiert wird, wird ein starkes Vakuum in allen Vertiefungen vorhanden sein. Alle Schlauchverbindungen können in Parafilm umwickelt werden oder Saran Wrap eine gute Abdichtung zu gewährleisten. </li><li> das Vakuum, zu testen Pipette 100 ul Reaktionspuffer in einem gut Optional. Das Vakuum sollte stark genug sein, um die gesamte Flüssigkeit durch die gut und auf die Membran zu ziehen. </li><li> Schalten Sie Vakuum, bis alle Proben bereit sind, auf der Membran entdeckt werden. </li></ol></li></ol> 2. Reaktion Initiation und Abschreckungs <ol><li> Das Mischen von Reaktionskomponenten <ol><li> Vor initiation, bereiten alle vier Reaktionskomponenten als 4x - Stammlösungen: Reaktionspuffer, Histidin - Kinase (1,5), [γ- 32 P] -ATP (1,6) und ddH 2 O (siehe Abschnitt 1.4) </li><li> Mischungs gleichen Volumina von Reaktionspuffer, Histidinkinase und ddH 2 O. erlauben diese Reaktionskomponenten bei Raumtemperatur für eine kurze Zeit (10 min) zu äquilibrieren. HINWEIS: Das endgültige Reaktionsvolumen in Abhängigkeit davon ist, ob das Experiment ist zeitabhängig, enzymabhängige oder substratabhängig. Zeitabhängige Reaktionen muss größer sein, als mehrere Aliquots aus der gleichen Reaktion entnommen und an der gewünschten Zeitpunkt abgeschreckt. Das Reaktionsvolumen wird von der Anzahl von Zeitpunkten abhängen, erwünscht. Der Test wird für jeden Punkt auf der Nitrocellulosemembran optimierte 30 &amp; mgr; l der Reaktion enthält. Somit werden, wenn 10 Zeitpunkten gewünscht, kann das Reaktionsvolumen mindestens 300 &amp; mgr; l sein muß (ein höheres Volumen, wie beispielsweise 330 &amp; mgr; l würde im Falle von Pipettierfehler bevorzugt sein).Enzym und Substrat abhängige Experimente erfordern kleinere Reaktionsvolumina. Das Reaktionsvolumen für diese Experimente als 30 &amp; mgr; L klein sein, da dies das Endvolumen, das auf der Nitrocellulosemembran getüpfelt wird. </li><li> Um die Reaktion zu initiieren, fügen Sie ein Volumen von [γ- 32 P] -ATP Lösung für die Reaktion und mischen durch Pipettieren von oben und unten. Spur verstrichene Reaktionszeit mit einem Zeitgeber und damit die Reaktion für die gewünschte Zeit fortschreiten. </li><li> Um abzuschrecken , die Reaktion, fügen 1/13 des gesamten Reaktionsvolumen von eiskaltem 325 mM H 3 PO 4 zur Reaktion und mischen durch Pipettieren von oben und unten. Alternativ kann ein Aliquot der Reaktion auf 325 mM H 3 PO 4 hinzuzufügen. HINWEIS: Die Endkonzentration an H 3 PO 4 sollte 25 mm betragen, ausreichend um die Reaktion abzuschrecken. Fügen Sie zum Beispiel 2,5 &amp; mgr; l 325 mM H 3 PO 4 bis 30 &amp; mgr; l - Reaktion, oder fügen Sie 30 ul Reaktion auf 2,5 &amp; mgr; l 325 mM H 3 PO &lt;sub&gt; 4. Der endgültige pH-Wert der Reaktion beträgt etwa 4,0. Diese Konzentration von H 3 PO 4 wurde getestet und bestätigt die Kinasereaktion in diesem Puffer zu löschen , ohne Phosphohistidin verschlechtern. <ol><li> Zum Beispiel, 7,5 ul 4x Reaktionspuffer, 7,5 ul 4x Histidinkinaseregion und 7,5 &amp; mgr; l ddH 2 O Initiate Reaktion mit 7,5 &amp; mgr; l [γ- 32 P] -ATP mischen. Quenche die Umsetzung mit 2,5 &amp; mgr; l 325 mM H 3 PO 4. </li></ol></li><li> Ab sofort abgeschreckt Reaktionen auf Eis legen, bis alle Reaktionen wurden beendet. HINWEIS: die Effizienz zu maximieren, ist es ratsam, alle 15 oder 20 s, bis alle Reaktionen initiiert eine Reaktion zu initiieren, und sobald die gewünschte Reaktionszeit alle 15 oder 20 s eine Reaktions passiert hat, zu löschen, bis alle abgeschreckt werden. Für diejenigen, die den Test zum ersten Mal verwenden, ein längeres Intervall kann besser handhabbar sein. </li></ol></li></ol> 3. Spek of Abgeschreckte Reaktionen auf Nitrocellulose <ol><li> Starten Sie Vakuum auf 96-Well-Dot-Blot-Vorrichtung <ol><li> Legen Sie die vormontierten 96-Well-Dot-Blot-Vorrichtung (Abschnitt 1.7) in einen zweiten Behälter. Dieser Behälter sollte groß genug sein, um die Vorrichtung leicht demontiert in werden, da die Vorrichtung und die Membran nach der Verwendung radioaktiv sein. </li><li> Bewerben Vakuum auf den 96-Loch-Dot-Blot-Apparatur. </li><li> Sobald das Gerät unter Vakuum ist, sorgfältig pipettieren die gestoppten Reaktion direkt auf die Nitrocellulosemembran in jeder Vertiefung. Wiederholen, bis alle Reaktionen auf die Membran geladen werden. Da die Bindungskapazität der Nitrocellulose (75-110 &amp; mgr; g / cm 2) größer als die Menge an Histidin - Kinase , die getupft wird, kann angenommen werden , dass fast alle der Kinase an die Membran bindet , wenn es richtig geladen. HINWEIS: Je nach Gerät verwendet, muss darauf geachtet werden, nicht die Nitrocellulose zu durchstechen. Man beachte, daß das gesamte Reaktions Kontakt mit th gemachte Nitrocellulose. Es ist einfach für einige oder alle der Reaktion auf die Wände des Bohrlochs zu bleiben, und nicht die Nitrocellulose erreichen. </li><li> Waschen Sie die Vertiefungen mit 100 &amp; mgr; l eiskaltem 25 mM H 3 PO 4. Dadurch werden alle Reaktionsvolumen ermöglichen, die in der gut gefangen worden sein, die Membran und stellt die komplette Beladung aller Reaktionen zu erreichen. Lassen Sie das gesamte Volumen durch die Membran zu fließen. </li></ol></li><li> Vorrichtung Demontage und Nitrocellulosemembran übertragen <ol><li> Vorsichtig zerlegen das Gerät , bevor Sie das Vakuum abgeschaltet wird. Darauf hingewiesen, dass sowohl die Vorrichtung und Nitrocellulosemembran in dieser Zeit radioaktiv sind. Sie zu diesem Zeitpunkt nicht alle Gerätekomponenten aus dem Sekundärbehälter zu entfernen. </li><li> Mit einer Pinzette, übertragen sorgfältig die Nitrocellulosemembran aus der Vorrichtung in einen Behälter mit ungefähr 200 ml 25 mM eiskaltem H 3 PO 4. Legen Sie einen Deckel auf diesem Behälter, wie die Wasch radi seinoactive. Zu diesem Zeitpunkt kann der Unterdruck abgeschaltet. </li></ol></li></ol> 4. Die Verarbeitung Nitrocellulose <ol><li> Nitrowasch <ol><li> Stellen Sie den Behälter mit der Wasch Membran auf einer Wippe. Lassen Sie die Membran sanft für 20 Minuten zu rocken. </li><li> Nach 20 Minuten dekantieren sorgfältig die verwendete Waschlösung in einen großen Eimer für die vorübergehende Lagerung von Abfällen genutzt werden. In 200 ml eiskaltem 25 mM H 3 PO 4 an die Membran und wiederholen. HINWEIS: Mindestens drei 20 min Waschungen sind notwendig Hintergrund zu entfernen [γ- 32 P] -ATP Signal von der Membran. Nach dem dritten Waschen, testen Sie die verwendeten Waschlösung für Strahlung mit einem Geigerzähler. Weiterhin das Waschen der Membran wie oben beschrieben, bis kein Signal in der Waschlösung vorhanden ist. </li></ol></li><li> Nitrocellulose Trocknen <ol><li> Nachdem die Membran ausreichend gewaschen wird, damit die Membran zu kurz an der Luft trocknen lassen. Dies dauert typischerweise 5 min oder weniger.</li></ol></li></ol> 5. Die Exposition gegenüber Storage Phosphor Screen Hinweis: Dieser Abschnitt ist optional. Aussetzen der Membran einem Leuchtstoffschirm ist in vorteilhaft, dass es ermöglicht die Sichtbarmachung der Intensität von radiomarkiertem kinase in jedem Punkt auf der Membran. Die relative Intensität dieser Punkte ist der Menge an phosphoryliertem Histidinkinase in jedem Punkt direkt proportional. Die Intensität kann mit Bildverarbeitungs-Software quantifiziert werden, und diese Ergebnisse können mit denen aus dem Abschnitt 7. Weiterhin erzeugt verglichen werden, wird dieser Schritt ermöglicht eine Qualitätskontrolle. Abnormalitäten in diesem Scan gesehen könnte unregelmäßige Ergebnisse aus Szintillationszählung erhalten erklären. <ol><li> Phosphor-Bildschirm Vorbereitung <ol><li> Vor der Membran an der Speicherleuchtstofffolie zu Belichten belichten den Leuchtstoffschirm mit weißem Licht für mindestens 5 min. Dadurch wird sichergestellt, dass jede Restbild, das von dem Bildschirm gehalten werden kann, wird gelöscht. </li><li> Stellen Sie sicher, dass der Bildschirm ist sauberund trocken. Falls notwendig, reinigen sanft den Bildschirm mit einer Lösung Phosphorschirm Reinigung durch den Bildschirm-Hersteller zugelassen und trocken wischen. </li></ol></li><li> Nitrocellulosemembran-Zubereitung <ol><li> wickeln Sie vorsichtig die trockene Nitrocellulosemembran in einer dünnen Plastikfolie Restfeuchtigkeit zu verhindern, dass der Phosphorschirm zu beschädigen. Stellen Sie sicher, dass es keine Falten oder Blasen sind. </li></ol></li><li> Die Exposition gegenüber Phosphorschirm <ol><li> Legen Sie die eingewickelt Nitrocellulosemembran in dem Speicherleuchtschirm-Kassette, legen Sie die Bildschirmseite nach unten auf die Membran, und schließen Sie die Kassette. Die Kassette nicht öffnen oder die Membran zu bewegen, bis es Zeit ist, den Phosphorschirm zu scannen, als Membranverschiebung während der Belichtung ein Doppel- oder verschmiert verursacht Bild erfasst werden. </li><li> Expose für mindestens 4 h oder so lange, wie der Phosphorschirm Hersteller empfiehlt. </li><li> Sobald Belichtung abgeschlossen ist, scannen Sie den Phosphorschirm und nehmen Sie das Bild mit einem Phosphor Scanner. </li></ol></li></ol> 6. Vorbereitung Nitrocellulose-Membran für Szintillationszählung <ol><li> Ponceau S-Färbung und Entfärbung <ol><li> Die Nitrocellulosemembran in Ponceau S-Färbelösung (0,1% Ponceau S (w / v) in 5% Essigsäure) für 1 kurz eintauchen - 2 min. Befeuchten Sie die gesamte Membran mit den Fleck vor der Entfärbung. </li><li> Dekantieren überschüssige Ponceau S von der Membran. </li><li> Spülen Sie die Membran mit ddH 2 O , bis nur noch die Punkte aus der Histidinkinaseregion gefärbt sind. Man beachte, dass dieses Verfahren funktioniert nur, wenn alle Spots nachweisbaren Mengen an Protein enthalten. HINWEIS: Dieser Schritt ist notwendig, um zu bestätigen, dass die Kinase an die Nitrocellulose gebunden ist, und das Proteinbeladung ist auch in allen Flecken. Es ermöglicht auch die gepunktete Kinase leicht aus der Membran herausgeschnitten werden. </li></ol></li><li> Ausschneiden Flecken <ol><li> Mit einer Schere ausschneiden jeden Fleck auf der Nitrocellulosemembran. Es ist nicht notwendig zu schneiden perfekt Along die Kante des gefärbten Fleck; wenn die Membran ausreichend gewaschen, Hintergrund aufgrund unterschiedlicher Größe von Flecken ausgeschnitten unerheblich. Es ist nur wichtig, dass der gesamte Punkt für jede Reaktion auszuschneiden. </li><li> Mit einer Pinzette, übertragen sorgfältig jeden Fleck in Szintillationsgefäße. Kein Szintillationscocktail ist notwendig , da die 32 P leicht nachweisbar durch Cherenkov - Strahlung ist. HINWEIS: Alternativ kann die Stelle mit einem geschärften Korkbohrer ausgeschnitten werden. Entfernen Sie jede Stelle aus der Nitrocellulose mit dem Korken Borer, und schieben Sie es in ein Szintillationsphiole mit einem Stift. Bei diesem Verfahren wird die Membran muss nicht berührt werden, weitere Strahlenbelastung zu minimieren. </li></ol></li><li> Die Bestimmung CPM / pmol [γ- 32 P] -ATP Lösung <ol><li> Punkt mehrere Verdünnungen von [γ- 32 P] -ATP - Lösung (Abschnitt 1.5) auf 1 cm x 1 cm große Quadrate aus Nitrocellulose. Kurz Luft trocknen lassen. </li><li> Mit einer Pinzette, übertragen sorgfältig jedes Quadrat in ScintillationsFläschchen. Kein Szintillationscocktail notwendig. Diese Proben werden verwendet, um eine Standardkurve zu erzeugen, um die CPM / pmol der ATP-Lösung zu bestimmen. </li></ol></li></ol> 7. Szintillationszählung <ol><li> Laden Sie alle Szintillationsgefäße in Szintillationszähler Kassetten. Legen Sie Kassetten in Szintillationszähler. </li><li> Führen Sie Szintillationszählung Programm CPM für jedes Fläschchen messen. Diese Daten, zusammen mit dem CPM / pmol des radioaktiv markierten ATP-Mix (aus dem Abschnitt 6.3) kann verwendet werden, um die Menge an phosphoryliertem Histidinkinase, die in jedem Punkt zu berechnen, und somit die Rate der Autophosphorylierung. 18,19 </li></ol>

<ol><li>Stock, A. M., Robinson, V. L., Goudreau, P. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Two-component+signal+transduction%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Biochem%22%5BJournal%5D)">Two-component signal transduction.</a> Annu. Rev. Biochem. 69, 183-215 (2000).</li>
<li>Jung, K., Fried, L., Behr, S., Heermann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Histidine+kinases+and+response+regulators+in+networks%5BTitle%5D)+AND+%22Curr.+Opin.+Microbiol%22%5BJournal%5D)">Histidine kinases and response regulators in networks.</a> Curr. Opin. Microbiol. 15 (2), 118-124 (2012).</li>
<li>Parkinson, J. S., Kofoid, E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Communication+modules+in+bacterial+signaling+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Annu.+Rev.+Genet%22%5BJournal%5D)">Communication modules in bacterial signaling proteins.</a> Annu. Rev. Genet. 26, 71-112 (1992).</li>
<li>Laub, M. T., Biondi, E. G., Skerker, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Phosphotransfer+profiling%3A+systematic+mapping+of+two-component+signal+transduction+pathways+and+phosphorelays%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Phosphotransfer profiling: systematic mapping of two-component signal transduction pathways and phosphorelays.</a> Methods Enzymol. 423, 531-548 (2007).</li>
<li>Ronson, C. W., Nixon, B. T., Ausubel, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Conserved+domains+in+bacterial+regulatory+proteins+that+respond+to+environmental+stimuli%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Conserved domains in bacterial regulatory proteins that respond to environmental stimuli.</a> Cell. 49 (5), 579-581 (1987).</li>
<li>Szurmant, H., Bu, L., Brooks, C. L., Hoch, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+essential+sensor+histidine+kinase+controlled+by+transmembrane+helix+interactions+with+its+auxiliary+proteins%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+USA%22%5BJournal%5D)">An essential sensor histidine kinase controlled by transmembrane helix interactions with its auxiliary proteins.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (15), 5891-5896 (2008).</li>
<li>Price, M. S., Chao, L. Y., Marletta, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Shewanella+oneidensis+MR-1+H-NOX+regulation+of+a+histidine+kinase+by+nitric+oxide%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Shewanella oneidensis MR-1 H-NOX regulation of a histidine kinase by nitric oxide.</a> Biochemistry. 46 (48), 13677-13683 (2007).</li>
<li>Zhulin, I. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+superfamily+of+chemotaxis+transducers%3A+from+physiology+to+genomics+and+back%5BTitle%5D)+AND+%22Adv.+Microb.+Physiol%22%5BJournal%5D)">The superfamily of chemotaxis transducers: from physiology to genomics and back.</a> Adv. Microb. Physiol. 45, 157-198 (2001).</li>
<li>Robinson, V. L., Buckler, D. R., Stock, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+tale+of+two+components%3A+a+novel+kinase+and+a+regulatory+switch%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Struct.+Biol%22%5BJournal%5D)">A tale of two components: a novel kinase and a regulatory switch.</a> Nature Struct. Biol. 7 (8), 626-633 (2000).</li>
<li>Attwood, P. V., Piggott, M. J., Zu, X. L., Besant, P. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Focus+on+phosphohistidine%5BTitle%5D)+AND+%22Amino+acids%22%5BJournal%5D)">Focus on phosphohistidine.</a> Amino acids. 32 (1), 145-156 (2007).</li>
<li>Kee, J. -M., Muir, T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Chasing+phosphohistidine%2C+an+elusive+sibling+in+the+phosphoamino+acid+family%5BTitle%5D)+AND+%22ACS+Chem.+Biol%22%5BJournal%5D)">Chasing phosphohistidine, an elusive sibling in the phosphoamino acid family.</a> ACS Chem. Biol. 7 (1), 44-51 (2012).</li>
<li>Tawa, P., Stewart, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Kinetics+of+CheA+Autophosphorylation+and+Dephosphorylation+Reactions%5BTitle%5D)+AND+%22Biochemistry%22%5BJournal%5D)">Kinetics of CheA Autophosphorylation and Dephosphorylation Reactions.</a> Biochemistry. 33 (25), 7917-7924 (1994).</li>
<li>Marina, A., Mott, C., Auyzenberg, A., Hendrickson, W. A., Waldburger, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Structural+and+mutational+analysis+of+the+PhoQ+histidine+kinase+catalytic+domain.+Insight+into+the+reaction+mechanism%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Biol.+Chem%22%5BJournal%5D)">Structural and mutational analysis of the PhoQ histidine kinase catalytic domain. Insight into the reaction mechanism.</a> J. Biol. Chem. 276 (44), 41182-41190 (2001).</li>
<li>Fuhs, S. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Monoclonal+1-+and+3-Phosphohistidine+Antibodies%3A+New+Tools+to+Study+Histidine+Phosphorylation%5BTitle%5D)+AND+%22Cell%22%5BJournal%5D)">Monoclonal 1- and 3-Phosphohistidine Antibodies: New Tools to Study Histidine Phosphorylation.</a> Cell. 162 (1), 198-210 (2015).</li>
<li>Ueno, T. B., Johnson, R. A., Boon, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Optimized+assay+for+the+quantification+of+histidine+kinase+autophosphorylation%5BTitle%5D)+AND+%22Biochem.+Biophys.+Res.+Commun%22%5BJournal%5D)">Optimized assay for the quantification of histidine kinase autophosphorylation.</a> Biochem. Biophys. Res. Commun. 465 (3), 331-337 (2015).</li>
<li>Bradford, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+rapid+and+sensitive+method+for+the+quantitation+of+microgram+quantities+of+protein+utilizing+the+principle+of+protein-dye+binding%5BTitle%5D)+AND+%22Anal.+Biochem%22%5BJournal%5D)">A rapid and sensitive method for the quantitation of microgram quantities of protein utilizing the principle of protein-dye binding.</a> Anal. Biochem. 7 (72), 248-254 (1976).</li>
<li>Stoscheck, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Quantitation+of+protein%5BTitle%5D)+AND+%22Methods+Enzymol%22%5BJournal%5D)">Quantitation of protein.</a> Methods Enzymol. 182, 50-68 (1990).</li>
<li>Funt, B. L., Hetherington, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Scintillation+counting+of+beta+activity+on+filter+paper%5BTitle%5D)+AND+%22Science%22%5BJournal%5D)">Scintillation counting of beta activity on filter paper.</a> Science. 131 (3413), 1608-1609 (1960).</li>
<li>Bem, E. M., Bem, H., Reimchüssel, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+phosphorus-32+and+calcium-45+in+biological+samples+by+%C4%8Cerenkov+and+liquid+scintillation+counting%5BTitle%5D)+AND+%22Int.+J.+Appl.+Radiat.+Isot%22%5BJournal%5D)">Determination of phosphorus-32 and calcium-45 in biological samples by Čerenkov and liquid scintillation counting.</a> Int. J. Appl. Radiat. Isot. 31 (6), 371-374 (1980).</li>
</ol>

Die Autoren haben nichts zu offenbaren.

Die Nitrocellulose-Bindungstest wir beschrieben haben, hat viele Vorteile gegenüber bisher verwendeten Verfahren Histidin-Kinasen zu charakterisieren. Im Vergleich zu herkömmlichen SDS / PAGE-basierten Autoradiographie, ist unser Verfahren einen höheren Durchsatz und weniger zeitraubend. Die Nitrocellulosemembran ist leichter zu handhaben als SDS-Gelen, und braucht nicht befestigt zu werden. Ponceau-Färbung der Nitrocellulose ermöglicht die Proteinspots visualisiert werden. Dies bietet eine einfache Möglichkeit, jede St...

Adaptive Reaktion ist von entscheidender Bedeutung für die bakterielle Überlebenszeit. Um Umweltveränderungen zu erfassen und zu reagieren, können Bakterien, die eine Stimulus-Antwort-System als Zweikomponenten-Signalisierung bekannt. 1,2 In einem typischen Zweikomponentensystem wird die Histidinkinase detektiert einen kognaten Stimulus, autophosphoryliert seinen konservierten Histidinrest, überträgt dann Phosphat zu einem konservierten Aspartatrest auf dem Empfänger - Domäne eines Response - Regulator - Protein. 3 Dieses Ereignis löst eine Veränderung in der Aktivität des Antwortregulator, der ein stromabwärtiges Effekt anregt. 4,5 Daher Bakterien können zu Veränderungen in der lokalen Umgebung zu erfassen und anzupassen. Einige Zwei-Komponenten-Signalanlagen weichen von diesem Urbild. In einigen Fällen ist die sensorische Domäne der Histidinkinase eine Stand-alone-Protein, das direkt die Sinnes erkennt und modifiziert Kinase-Aktivität durch eine Protein-Protein-Interaktion. 6 - 8 jedoch der Fondsamental Verfahren und allgemeine Rolle des Systems bleibt gleich. Zweikomponenten-Signalisierung ist ein allgegenwärtiges Stimulus-Antwort-System, das essentiell für das Überleben bakterieller ist und Histidin-Kinasen spielen eine wichtige Rolle bei der Transduktion des Signals. 9 Trotz der Bedeutung von Histidin-Kinasen bakterielle biology, bleiben sie schlecht charakterisiert. Dies ist aufgrund der inhärenten Instabilität von Phosphohistidin, und das Fehlen eines praktischen Verfahrens zur Messung Autophosphorylierung. Phosphohistidin ist labiler als Phosphoserin, Phosphothreonin und Phosphotyrosin. 10 So Techniken , die häufig verwendet werden , Ser / Thr / Tyr - Kinasen sind nicht anwendbar für Histidinkinasen zu analysieren. 11 In - vitro - Assays Histidin - Kinasen zu untersuchen wurden weitgehend auf SDS-PAGE - Autoradiographie beschränkt. 12,13 In diesem Verfahren [γ- 32 P] -ATP ist mit der Kinase inkubiert, und die Phosphorylierung der Kinase wird durch pol analysiertyacrylamide Gelelektrophorese (PAGE), gefolgt von Autoradiographie des Gels. Dieses Verfahren kann verwendet werden kinase Autophosphorylierung zu überwachen sowie Phosphotransfer aus der Kinase zu einem Antwortregulator. Jedoch hat dieses Verfahren bemerkenswerte Mängel. PAGE-basierten Assays sind niedrigen Durchsatz und zeitraubend. Solche Einschränkungen sind nicht förderlich für ein Protein zu charakterisieren, und seine kinetischen Parameter ermitteln. Eine alternative Methode Histidinkinasen für die Untersuchung, die vor kurzem nutzt Phosphohistidindomäne Antikörper veröffentlicht wurde Autophosphorylierung zu erkennen. 14 Während dieses Verfahren den Vorteil des Unterscheidens zwischen 1-und 3-Phosphohistidin Phosphohistidin hat, abhängig von der Instrumentierung zur Detektion verwendet, ist diese Methode nicht einen großen Dynamikbereich und hohe obere Nachweisgrenze anbieten. Somit besteht ein Bedarf für eine schnellere, weniger arbeitsaufwendig und empfindlicher Assay, der verwendet werden kann, diese wichtigen Proteine ​​zu untersuchen. Hier beschreiben wir und demonstrate eine sorgfältig entwickelte Nitrocellulose - Bindungsassay, der verwendet werden kann , die Autophosphorylierung des gereinigten bakteriellen Histidin - Kinasen in vitro zu quantifizieren. Dieser Assay ist ein höherer Durchsatz und weniger zeitraubend als PAGE-basierten Assays. Das Verfahren verwendet auch Cherenkov-Strahlung für Phosphohistidin Quantifizierung, die eine hohe obere Grenze der Detektion und einen großen Dynamikbereich bietet. Der Assay kann verwendet werden, um die kinetischen Parameter für Histidin-Kinasen bestimmen.

<table><tbody><tr><td>Phosphorsäure</td><td>VWR</td><td>AAAA18067-AP</td><td>Zum Abschrecken von Reaktionen und Waschen von Nitrocellulose</td></tr><tr><td>Trisbase</td><td>RPI</td><td>T60040-5000.0</td><td>Tris-HCl pH 8,0, für Kinase-Reaktionspuffer</td></tr><tr><td>Kaliumchlorid</td><td>RPI</td><td>P41000-2500.0</td><td>Für Kinase-Reaktionspuffer</td></tr><tr><td>Magnesiumchlorid</td><td></td><td>RPI M24000-500.0</td><td>Für Kinase-Reaktionspuffer</td></tr><tr><td>Glycerin</td><td>RPI</td><td>G22020-4000.0</td><td>Für Kinase-Reaktionspuffer</td></tr><tr><td>5'-ATP</td><td>Promega</td><td>E6011</td><td>Kinasesubstrat</td></tr><tr><td>[&gamma;-32P]-5'-ATP</td><td>Perkin Elmer</td><td>NEG002Z250UC&nbsp;</td><td>6.000 Ci/mmol</td></tr><tr><td>96-Well-Dot-Blot-Gerät</td><td>Bio-rad</td><td>1706545</td><td>Für Schmierblutungsreaktionen</td></tr><tr><td>Nitrocellulose</td><td>Whatman</td><td>32-10401396-PK</td><td>Für Schmierblutungsreaktionen</td></tr><tr><td>Ponceau S</td><td>Sigma aldrich</td><td>P3504-50G</td><td>Zum Färben von Nitrozellulose</td></tr></tbody></table>

quantifizierung der bakterien histidinkinase autophosphorylierung eine nitrocellulose-bindungsassay unter verwendung

Quantification of Bacterial Histidine Kinase Autophosphorylation Using a Nitrocellulose Binding Assay

Wir demonstrieren eine nützliche Methode zur Quantifizierung der Autophosphorylierung von gereinigten bakteriellen Histidinkinasen. Histidinkinasen sind bekannt für ihre Beteiligung an der Zweikomponenten-Signaltransduktion, einem allgegenwärtigen System, durch das Bakterien Umweltreize wahrnehmen und darauf reagieren. Die Zweikomponenten-Signalübertragung zeichnet sich durch die Autophosphorylierung einer Histidinkinase aus, gefolgt von einem Phosphotransfer zur Empfängerdomäne eines Antwortregulatorproteins, der schließlich zu einer Ausgangsantwort führt. Die Autophosphorylierung der Histidinkinase reagiert auf das Vorhandensein eines verwandten Umweltreizes, wodurch Bakterien ein Mittel erhalten, Veränderungen in der Umgebung zu erkennen und darauf zu reagieren. Trotz ihrer Bedeutung für die bakterielle Biologie sind Histidinkinasen aufgrund der inhärenten Labilität von Phosphohistidin nach wie vor wenig verstanden. Herkömmliche Methoden zur Untersuchung dieser Proteine, wie z. B. die SDS-PAGE-Autoradiographie, weisen erhebliche Mängel auf. Wir haben einen Nitrocellulose-Bindungsassay entwickelt, der zur Charakterisierung von Histidinkinasen verwendet werden kann. Das Protokoll für diesen Assay ist einfach und leicht durchzuführen. Unsere Methode hat einen höheren Durchsatz, ist weniger zeitaufwändig und bietet einen größeren Dynamikbereich als die SDS-PAGE-Autoradiographie.

<html> Eine repräsentative Datensatz wurde ein Bild mit eingefangen mit einer Phosphor - Imager (Abbildung 1), Ponceau S - Färbung der Nitrocellulosemembran (Abbildung 2), und Szintillationszählung Daten (Abbildung 3) erzeugt. 3A zeigt die enzymkinetischen Konstanten in einem Lineweaver-Burk-Diagramm. Diese Ergebnisse wurden unter Verwendung eines gereinigten Histidinkinaseregion aus dem gramnegativen Spezies Vibrio p...

Wir berichten und demonstrieren einen optimierten Nitrocellulose-Bindungsassay, der zur Quantifizierung der Autophosphorylierung von gereinigten bakteriellen Histidinkinasen verwendet werden kann. Unsere Methode hat mehrere Vorteile gegenüber herkömmlichen SDS-PAGE-basierten Techniken und stellt eine wertvolle Alternative zur Charakterisierung dieser wichtigen Proteine dar.

Quantifizierung der Bakterien Histidinkinase Autophosphorylierung eine Nitrocellulose-Bindungsassay unter Verwendung

We demonstrate a useful method for quantifying autophosphorylation of purified bacterial histidine kinases. Histidine kinases are known for their ...

Das übergeordnete Ziel dieses Protokolls besteht darin, die Autophosphorylierung gereinigter bakterieller Histidinkinasen zu quantifizieren. Diese Methode kann helfen, zentrale Fragen im Bereich der Zweikomponentensignalübertragung zu beantworten, beispielsweise den Einfluss kognater Stimuli auf Protein-Protein-Interaktionen bei der Autophosphorylierung von Histidinkinasen.Die Hauptvorteile dieser Technik bestehen darin, dass es sich um eine Hochdurchsatzmethode handelt, mit der pikomolare Mengen gebildeter Phosphohistidine genau detektiert und kinetische Parameter für Histidinkinasen ermittelt werden können. Als Postdoktorand verwende ich die Filtration an Nitrocellulosemembranen zur Quantifizierung proteingebundener radioaktiver Liganden. Daher erschien es sinnvoll, eine ähnliche Methode zur Quantifizierung der Histidinphosphorylierung bei bakteriellen Histidinkinasen zu entwickeln.Beginnen Sie dieses Verfahren mit der Vorbereitung der Reagenzien und Materialien, wie im Textprotokoll beschrieben. Um die 96-Loch-Dot-Blot-Apparatur einzurichten, schneiden Sie ein Stück Nitrocellulosemembran von acht Zentimetern mal zwölf Zentimetern zurecht. Platzieren Sie die Nitrocellulose in der

quantification-bacterial-histidine-kinase-autophosphorylation-using

Research

Forschung

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemie

Dieses Video demonstriert eine empfindliche Quantifizierungstechnik der Proteinphosphorylierung mit einem Einzelmolekül-Pull-Down-Assay. Die Funktionalisierung von Polyethylenglykol-Biotin und die Verwendung von markierten Antikörpern erhöht den Nachweis von phosphoryliertem Tyrosin mit Spezifität.

Einzelmolekül-Pull-Down-Assay für die Proteinphosphorylierungsanalyse: Eine Hochdurchsatztechnik zur Quantifizierung der Proteinphosphorylierung in Zelllysat

Dieses Video zeigt die differentielle radiale Kapillarwirkung des Ligandenassays — eine Technik zum systematischen Hochdurchsatz-Screening von intrazellulären Nukleotid-Second-Messenger-bindenden Proteinen. Diese Technik ermöglicht eine direkte Bindung der Botenstoffe an das überexprimierte Zielprotein im Zelllysat – unter Umgehung der Notwendigkeit einer Proteinreinigung.

Differentielle radiale Kapillarwirkung des Liganden-Assays: Eine Hochdurchsatztechnik zur Identifizierung von bakteriellen Nukleotid-Second-Messenger-bindenden intrazellulären Proteinen

Proteinkinasen sind hochentwickelte Signalisierungsenzyme und Gerüste, die für die inter- und intrazelluläre Signaltransduktion kritisch sind. Wir stellen ein Protokoll zur Messung der Kinaseaktivität durch die Verwendung von radioaktiv markiertem Adenosintriphosphat ([γ- 32 P] ATP) vor, ein zuverlässiges Verfahren zur Erleichterung der zellulären Signalregulation.

Test der Proteinkinase-Aktivität mit radioaktiv markiertem ATP

Hier das Protokoll beschreibt die Wechselwirkungen von gereinigten hEAG1 Ionen-Kanal-Protein mit niedermolekularer Lipid Liganden Phosphatidylinositol 4, 5-Bisphosphate (PIP-2). Die Messung zeigt, dass BLI eine mögliche Methode für neue kleine Molekül-Ion Channel Liganden Screening werden könnte.

Erfassung der Interaktion Kinetics eines Ionenkanals Proteins mit kleinen Molekülen durch die Bio-Schicht Interferometrie Assay

Cyclin-abhängige Kinase 1 (Cdk1) wird in der G2-Phase des Zellzyklus aktiviert und reguliert viele zelluläre Signalwege. Hier präsentieren wir ein Protokoll für eine in-vitro- Kinase Assay mit Cdk1, wodurch die Identifizierung von Cdk1-spezifische Phosphorylierung Websites für zellulare Ziele von diesem wichtigen Kinase.

Identifizierung von Cyclin-abhängige Kinase 1 spezifische Phosphorylierung Websites durch eine In-vitro- Kinase Assay

Hier beschreiben wir eine Methode zur Reinigung von Histidin-markierten Pyrophosphokinase Enzyme und Dünnschichtchromatographie radioaktiv Substrate und Produkte, für die enzymatische Aktivität in Vitroassay nutzen. Die Enzym-Aktivität-Assay ist breit anwendbar auf Kinase, Nukleotid-Cyclase oder Phosphor-Transfer-Reaktion, deren Mechanismus Nukleotid Triphosphat Hydrolyse umfasst.

Eine Reinigung und In vitro- Aktivität Assay für ein (p) PpGpp Synthestase von Clostridium difficile

Die Histondeaketylasen der Klasse 1 (HDACs) wie RpdA haben als potenzielle Zielscheibe zur Behandlung von Pilzinfektionen an Bedeutung gewonnen. Hier stellen wir ein Protokoll zur spezifischen Anreicherung von TAP-getagenem RpdA in Kombination mit einem HDAC-Aktivitätstest vor, der in vitro Wirksamkeitsprüfung von Histon-Deacetylase-Inhibitoren ermöglicht.

Einschaltstige Bereicherung einer TAP-Tagged-Histon-Deacetylase des Filamentous Fungus Aspergillus nidulans für Enzymatische Aktivität Assay

Wir charakterisierten ein neues Kinase-Protein mit robusten biochemischen Ansätzen: Western Blot-Analyse mit einem speziellen Antikörper an verschiedenen Zelllinien und Geweben, Wechselwirkungen durch Coimmunozipitungsexperimente, Kinase-Aktivität, die von Western Blot mit einem phosphospezifischen Antikörper und durch die ATP-Kennzeichnung von32P.

Charakterisierung auf molekularer Ebene mit robusten biochemischen Ansätzen eines neuen Kinase-Proteins

Dieses Protokoll beschreibt einen nicht radioaktiven Test zur Messung der Kinaseaktivität von Polynukleotid-Kinasen (PNKs) auf kleinen DNA- und RNA-Substraten.

Nichtradioaktiver Test zur Messung der Polynukleotid-Phosphorylierung kleiner Nukleotidsubstrate

Das vorliegende Protokoll beschreibt die Probenvorbereitung und Datenanalyse zur Quantifizierung der Proteinphosphorylierung unter Verwendung eines verbesserten Einzelmolekül-Pulldown-Assays (SiMPull).

Ein optimierter Einzelmolekül-Pulldown-Assay zur Quantifizierung der Proteinphosphorylierung

Schnelle und genaue chemische Assays zum Screening auf bestimmte Inhibitoren sind ein wichtiges Instrument in der Arzneimittelentwicklung. Hier präsentieren wir einen skalierbaren Acetyl-Click-Chemie-Assay zur Messung der Hemmung der HAT1-Acetylierungsaktivität.

Ein Acetyl-Click-Chemie-Assay zur Messung der Histon-Acetyltransferase-1-Acetylierung

Erfahren Sie die Quantifizierung der Autophosphorylierung bakterieller Histidinkinasen mit einem optimierten Nitrocellulose-Bindungsassay. Diese hochdurchsatzfähige Methode ermöglicht die sensitive Detektion von Picomolen Phosphohistidin.

Quantifizierung der Bakterien Histidinkinase Autophosphorylierung eine Nitrocellulose-Bindungsassay unter Verwendung

Weitere Videos entdecken