Name: Eine Methode zur Beurteilung von Bakteriocin-Wirkungen auf die Gut-Mikrobiota von Mäusen (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2017-07-25T15:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 54 s
Description: Erfahren Sie, wie Bacteriocine die Darmmikrobiota von Mäusen beeinflussen. Diese Methode nutzt CFU-Analysen und DNA-Extraktion, um bakterielle Populationen zu quantifizieren und physiologische Effekte auf den Wirt zu untersuchen.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Die Autoren danken der EEA Grant NILS Wissenschaft und Nachhaltigkeit Coordinated Mobility of Researchers (Referenz 017-ABEL-CM-2013). CB und GP-M. Wurden von der AGL2015-70487-P Stipendium des spanischen Ministeriums für Wirtschaft und Wettbewerbsfähigkeit unterstützt. OCOU und DBD wurden von einem strategischen Stipendienprogramm für die Lebensmittelwissenschaftliche Forschung von der Norwegischen Universität für Biowissenschaften (NMBU) (Projekt 1205051025) unterstützt. Wir danken auch Inmaculada Noguera für ihre Unterstützung bei Tierpflege und Probenahme und Jesus Dehesa für seine Hilfe bei der Gewährleistung der Verfügbarkeit von Labormaterialien in der Tierfazilität. Wir schätzen auch Professor Lars-Gustav Snipen für seinen Rat über die Statistik.

Die Pflege und Handhabung muss bei einer Tierpflege durchgeführt werden. Die hier beschriebenen Verfahren wurden von dem zuständigen Ethikausschuss der Universität Valencia und den örtlichen Behörden nach den Grundsätzen der betrieblichen Tierpflege, die nach dem Unionsrecht und 2010/63 / EU und der spanischen Regierung RD 53/2013 zum Schutz der Tiere vorgeschrieben sind, genehmigt Für wissenschaftliche Zwecke verwendet, um das 3R-Prinzip in Tierversuchen (Ersatz, Reduktion, Verfeinerung) zu respektieren. 1. Gefrorene Bakterienkulturen, die zum Inokulieren von Mäusen verwendet werden <ol><li> Inokulieren Sie einzelne LAB-Stammstämme in 5 ml Hirn-Herz-Infusion (BHI) -Medium und wachsen sie für 20 - 24 h (über Nacht) bei 30 ° C. </li><li> Verdünnen Sie jede über Nacht bakterielle Kultur 100-fach in BHI durch Übertragung von 2 ml Über Nacht Kultur auf 200 ml BHI. Wachsen sie bei 30 ° C für 20 - 24 h. HINWEIS: Die in dieser Studie verwendeten Stämme sind in Tabelle 1 aufgelistet. </li><li> Ernte ceLl durch Zentrifugation bei 5.000 xg für 20 min bei 4 ° C. </li><li> Entfernen Sie den Überstand und waschen Sie die Zellen zweimal, indem Sie jedes Zellpellet in 100 ml eiskalter Phosphat-gepufferter Kochsalzlösung (PBS) suspendieren und die Zellen wie in Schritt 1.3 sammeln. </li><li> Nach dem zweiten Waschen wird jedes Zellpellet in 20 ml eiskaltem 15% Glycerin in PBS suspendiert. </li><li> Aliquotieren Sie die Zellsuspension in 1-ml-Volumina in Röhrchen und lagern Sie sie bei -80 ° C bis zur Verwendung. HINWEIS: Zellen sollten innerhalb von 1-2 Monaten nach diesem Punkt verwendet werden. </li><li> Bestimmen Sie die Zellzahl vor der Lagerung und vor der Verabreichung, so dass die Anzahl der lebenden Zellen, die an Mäuse gegeben werden, bekannt ist. <ol><li> Für die Zellzählung machen zehnfache serielle Verdünnungen von Zellen in eiskalter 0,9% iger Natriumchloridlösung (NaCl). 100 μl jeder Verdünnung auf eine BHI-Agarplatte auftragen. Inkubieren über Nacht (20 - 24 h) bei 30 ° C für Zellwachstum und Koloniebildung, wobei letztere koloniebildende Einheiten (cfu) / mL bestimmen. </li></ol></li><li> Um bakterienhaltiges Trinkwasser zu verdünnen, verdünnen die Zellen jeder Bakterien-Stammkultur in 100 ml sterilem, gefiltertem Trinkwasser mit einem endgültigen durchschnittlichen Cfu von 10 9 / ml Wasser. Für die bakterielle Überlebensbewertung zählen die Zellen nach der Verdünnung und nach 24 Stunden einmal wöchentlich während der ersten zwei Wochen der Bakterienbehandlung. </li></ol> 2. Mäuse Assay und Experimentelles Design Anmerkung: Für dieses Experiment sind spezifische pathogenfreie (SPF) BALB / c junge weibliche Mäuse (6 - 8 Wochen) erforderlich. Hier wurden insgesamt 100 Tiere gekauft. <ol><li> Geben Sie den Mäusen freien Zugang zu pelletiertem Essen und Wasser während des gesamten Experiments. </li><li> Entwerfen Sie das Experiment und berechnen Sie die Macht. <ol><li> Wenn jede Behandlung ihre eigene Kontrolle hat, wenden Sie eine gepaarte Fall-Kontroll-Design (T-Test). Verwenden Sie einen Vorversuch, um den Mittelwert und den Standardfehler der wichtigsten zu bestimmenden Wirkungen zu berechnen. </Li&gt; <li> Optimieren Sie die Leistung des Assays und die Anzahl der benötigten Tiere pro Gruppe mit verschiedenen Methoden und frei verfügbaren Programmen 11 . </li><li> Um die Auswirkungen von Bakteriocin-Produzenten gegen Nicht-Produzenten-Stämme zu testen, verwenden Sie 9 Tiere pro experimentellen Zustand. HINWEIS: Diese Zahl wurde auf der Grundlage des experimentellen Standardfehlers bestimmt und lieferte eine zufriedenstellende Leistung (0,7 - 1,0) und ein Signifikanzniveau unter 0,05. HINWEIS: Im angegebenen Beispiel wurden 11 Gruppen von Mäusen gemacht, eine pro Käfig. Zehn Käfige entsprachen den Behandlungen mit 5 Bateriocin-produzierenden Stämmen und den entsprechenden 5 isogenen nicht-produzierenden Stämmen; der 11. Käfig hatte 10 Mäuse und bildete die unbehandelte Kontrolle. </li></ol></li><li> Nach der Ankunft der Mäuse in die Haltungsanlagen, verteilen sie in Käfigen und Ohr-Label die Tiere, um individuelle Verfolgung zu ermöglichen. Akklimatisiere die Mäuse zu den Haltungsanlagen und Bedingungen für eine Woche vor pRunden </li><li> Bereiten Sie bakterienhaltiges Trinkwasser vor, wie in Schritt 1.8 beschrieben, und stellen Sie Trinkwasserflaschen in die entsprechenden unabhängigen Käfige, die eindeutig identifiziert sind, so dass die Mäuse in jedem Käfig die gleiche Wasserflasche teilen. HINWEIS: Die Kontrollgruppe muss in einem separaten Käfig aufbewahrt werden, ohne Kontakt mit den getesteten Bakterien. </li><li> Bereiten Sie täglich eine neue Flasche mit frischem Trinkwasser (100 ml) vor und fügen Sie frisch aufgetaute Bakteriensuspensionen hinzu. Tun Sie dies für 15 aufeinanderfolgende Tage. </li><li> Folgen Sie der Bakterienbehandlung mit einer Zeitspanne von zwei Wochen, wobei während dieser Zeit Mäuse bakterienfreies Wasser trinken ( Abbildung 1 ). </li></ol> 3. Proben sammeln <ol><li> Sammeln Sie Fäkalproben. <ol><li> Bereiten Sie autoklavierte Käfige (leer) und sterile Pinzette vor und etikettieren Sie sterile 1,5-ml-Röhrchen für jede Maus. </li><li> Sammeln Sie Proben zur gleichen Tageszeit, um Variationen in der Mikrobiota-Zusammensetzung während der Th. Zu vermeidenE Kurs eines Tages. Für optimale Ergebnisse sammeln Sie frische Proben separat. ANMERKUNG: Bevorzugt sammeln Sie Kot früh am Morgen, wenn Mäuse dazu neigen, spontan zu stoßen. </li><li> Reinigen Sie einen leeren Käfig mit 70% Alkohol und legen Sie eine Maus nach innen. Erlauben Sie es zu stören, und sammeln Sie 2 - 4 Fäkalpellets mit steriler Pinzette und legen Sie sie in 1,5 ml Röhrchen. HINWEIS: Manchmal genügt es, den Mausschwanz nach oben zu halten. Der Stuhl kann dann direkt vom Anus in eine Tube gesammelt werden. </li><li> Sammle fälschliche Proben von jeder Maus einmal pro Woche während des vierwöchigen Experiments ( Abbildung 1 ). Sammle die ersten Proben am ersten Tag (T0, Zeit Null), kurz vor der Exposition der Mäuse an Bakterien. Sammeln Sie die folgenden Fäkalproben an den Tagen 7, 14, 21 und 28. </li><li> Die Proben bei 4 ° C bis zum Transport zum Labor kühlen, wo sie bei -80 ° C eingefroren werden. Planen Sie im Voraus und bieten Sie ausreichend Aufbewahrungsboxen, wie eine große Anzahl von FeCal-Proben werden während des Experiments gesammelt. </li></ol></li><li> Wiegen alle Mäuse jede Woche am Fäkalsammeltag. </li><li> Sammeln von Blutproben aus der Vena facialis von allen Mäusen am 15. Tag, dem letzten Tag der Bakterien Verwaltung und bestimmen die Höhe der Triglyceride, Gesamtcholesterin, High-Density - Lipoprotein (HDL) und Low-Density - Lipoprotein (LDL) in der Blutserum HINWEIS: Erfahrenes Personal sollte das Blut sammeln, um Stress bei den Tieren zu reduzieren. </li></ol> 4. LAB-Zähl- und Bakteriocin-Aktivität <ol><li> Wiegen Sie ein Fäkalpellet jeder Probe in einem 1,5 ml-Röhrchen und fügen Sie ein ausreichendes Volumen an eiskaltem 0,9% NaCl hinzu, um eine 10% ige (w / v) Lösung zu erhalten. Verwenden Sie sterile Mikropfeiler für 1,5 mL Röhrchen, um die Fäkaliensuspension zu homogenisieren und zehnfache serielle Verdünnungen in eiskaltem 0,9% NaCl vorzubereiten. </li><li> Zähle die Gesamtzahl der LAB-Zellen. <ol><li> Übertragen Sie verdünnte Zellen (100 μl) auf 4 ml vorgewärmtes MaN Rogosa Sharpe (MRS) weicher Agar (50 ° C, 0,8% Agar). Mischen durch Vortexen vor dem Gießen der Zellen auf eine feste MRS-Agarplatte (1,5% Agar). </li><li> Trocknen Sie die Platte, indem Sie den Deckel für 5 - 10 min in der sterilen Kapuze vor der Inkubation der Zellen für 20 - 24 h bei 30 ° C für Zellwachstum und Koloniebildung. </li></ol></li><li> Zählen Sie Bakteriocin-produzierende Zellen. <ol><li> Übertragen Sie verdünnte Zellen (100 μl) des Bakteriocin-Herstellers auf 4 ml vorgewärmten MRS-Soft-Agar (50 ° C, 0,8% Agar), mischen durch Vortexen und gießen die Zellen auf eine MRS-Agarplatte (1,5% Agar); Diese Schicht wird als erste Schicht bezeichnet. </li><li> Übertragen Sie weitere 4 ml zellfreien MRS-Soft-Agar (0,8% Agar) auf die erste Schicht, um alle Zellen in den weichen Agar einzubetten. HINWEIS: Diese Schicht soll verhindern, dass Zellen als Kolonien auf der Oberfläche der Agarplatten wachsen. Zellen, die auf der Oberfläche wachsen, werden beim Verschieben von Indikatorzellen auf der Oberseite leicht verschoben (Schritt 4.3.4) undWird daher die Interpretation der Ergebnisse komplizieren. Diese Schicht wird als die zweite Schicht bezeichnet. </li><li> Trocknen Sie die Platte, indem Sie den Deckel für 5 - 10 min in der sterilen Kapuze vor der Inkubation für 20 - 24 h bei 30 ° C für Zellwachstum und Koloniebildung. </li><li> Um Bakteriocin-produzierende Kolonien zu identifizieren, mischen Sie 40 μl einer Übernachtkultur eines geeigneten Indikatorstamms, wie in Tabelle 1 gezeigt , mit 4 ml vorgewärmtem Weichagar. Gießen Sie die Mischung auf die Platte; Diese Schicht wird als dritte Schicht bezeichnet. </li><li> Trocknen Sie die Platte, indem Sie den Deckel für 5 - 10 min in der sterilen Kapuze vor der Inkubation für 20 - 24 h bei 30 ° C für Zellwachstum und Koloniebildung. ANMERKUNG: Bakteriocin-produzierende Kolonien haben klare (Hemmungs-) Zonen um die Kolonien ( Abbildung 2 ). </li></ol></li></ol> 5. DNA-Extraktion, 16S-rDNA-Amplifikation und Sequenzierung HINWEIS: Schritte fOder DNA-Extraktion sind für die Verwendung eines kommerziellen Kits ( zB Realpure &quot;SSS&quot; Kit) beschrieben. <ol><li> 1 - 2 fäkale Mäusepellets (~ 200 mg) in 300 μl Lyse-Lösung suspendieren. </li><li> Übertragen Sie die Probe auf ein 2 mL Mikroröhrchen, in dem bisher etwa 0,5 g Glasperlen (Durchmesser: 0,1 mm) platziert wurden. </li><li> Füge 1 μl Mutanolysin bei 10 U / μl und 2 μl Lysozym bei 20 mg / ml zu jeder Probe hinzu und inkubiere bei 37 ° C für 40 - 60 min. Gehen Sie mit einem der Standardprotokolle für die DNA-Extraktion aus Stuhlproben vor 12 . </li><li> Tragen Sie zwei Zyklen der Perlenschläger Schritte, jeweils 1 min. </li><li> 2 μl Proteinase K zugeben und gut durchmischen. </li><li> 20 min inkubieren und alle 5 min vortexen. </li><li> Die Proben auf 37 ° C abkühlen und 1 μl 5 μg / mL RNase A zur Probe geben. Gründlich mischen. </li><li> Inkubieren bei 37 ° C für 30 - 60 min. </li><li> Die Proben auf Raumtemperatur abkühlen und 180 μl zugebenDer Protein-Präzipitationslösung. Vortex kräftig mit maximaler Geschwindigkeit für 20 - 30 s. </li><li> Zentrifuge bei 16.000 xg für 5 min. Wenn es irgendwelche Partikel gibt, die im Überstand schwimmen, inkubieren die Proben in Eis für 5 min und dann erneut zentrifugieren. </li><li> Übertragen Sie den Überstand, der die DNA enthält, in ein neues 1,5-ml-Mikroröhrchen, das 300 μl Isopropanol enthält. </li><li> Mischen, indem man die Röhrchen 20-30 mal umkehrt und für 1 h bei -20 ° C inkubiert. Alternativ die Röhrchen für längere Zeit ( zB über Nacht) inkubieren. </li><li> Zentrifuge bei 16.000 xg für 2 min. </li><li> Den Überstand entfernen und das Röhrchen auf saugfähigem Papier trocknen. Füge 300 μl 70% iges Ethanol hinzu, um das DNA-Pellet zu waschen. </li><li> Bei 16000 xg für 1 min zentrifugieren, den Überstand entfernen und das Pellet ca. 15 min trocknen lassen. </li><li> Sobald das Pellet trocken ist, werden 100 μl steriles Wasser oder Tris (10 mM) / EDTA (1 mM) Puffer zugegeben und das Pellet resuspendiert. </li><li> Um mögliche Hemmungen zu beseitigenVerbindungen während der nachfolgenden Schritte, die DNA zu reinigen. Mischen Sie extrahierte DNA mit 2 Volumina (200 μl) Puffer NTI, um die Bindungsbedingungen für Schritt 5.15 einzustellen. </li><li> Legen Sie eine Siliciumdioxid-Membran mit PCR-Säuberungssäule in ein Sammelröhrchen (2 ml) und laden Sie die Probe. </li><li> Zentrifuge für 30 s bei 11.000 x g. Verwerfe den Durchfluss. </li><li> Die Siliciumdioxidmembran mit 700 μl Puffer NT3 waschen und Schritt 5.16 wiederholen. </li><li> Die Siliciumdioxidmembran wird durch Zentrifugation für 1 min bei 11.000 xg getrocknet, um jeglichen restlichen Ethanol enthaltenden Waschpuffer NT3 zu entfernen. </li><li> Übertragen Sie die Säule auf ein neues 1,5-ml-Mikroröhrchen und inkubieren Sie für 2 - 5 min bei 70 ° C für die vollständige Entfernung des Ethanols. </li><li> Füge 30 μl PCR-Wasser hinzu und inkubiere für 5 min bei 70 ° C. Eluieren durch Zentrifugation für 1 min bei 11.000 x g. </li><li> Quantifizierung der DNA unter Verwendung eines UV / Vis-Spektrophotometers oder einer fluorometrischen Methode. </li><li> Normalisieren und bleichen die DNA-Proben von Mäusen, die denselben Käfig teilen, bei ea<html> Ch Zeitpunkt. </li><li> Um einzelne Variationen während der Zeit zu beobachten, sequenzieren DNA-Proben von drei zufällig ausgewählten Mäusen aus der Kontrolle und zwei anderen zufälligen Käfigen an den Tagen 0, 14 und 28. </li></ol> 6. 16S rRNA Genamplifikation und Sequenzierung <ol><li> Bereiten Sie eine Bibliothek von amplifizierten 16S-rRNA-Genen vor. Amplifizieren der V3-V4-Region des bakteriellen 16S-rRNA-Gens 5 mit Vorwärts- und Rückwärtsprimern mit entsprechenden Überhangadaptern: 5&#39;-TCG TCG GCA GCG TCA GAT GTG TAT AAG AGA CAG CCT ACG GGN GGC WGC AG-3 &#39; 5&#39;-GTC TCG TGG GCT CGG AGA TGT GTA TAA GAG ACA GGA CTA CHV GGG TAT CTA ATC C-3 &#39; </li><li> Überprüfen Sie die amplifizierten Banden mit Elektrophorese mit 1% Agarosegel. </li><li> Säubern Sie die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) Produkte mit magnetischen Perlen für die Ampullenreinigung. </li><li> Gehen Sie mit den folgenden Schritten vor, wie vom Hersteller nach der verwendeten massiven Sequenzplattform angegeben&gt; 6 </li></ol> 7. Datenanalyse und Statistik <ol><li> Qualitätsfilterung (in der Regel bei Sequenzieranlagen durchgeführt). <ol><li> Filtern Sie die Rohdaten und de-multiplex mit der mitgelieferten Software. </li><li> Verarbeiten Sie die gepaarten Endlesungen mit der UPARSE-Pipeline 13, die in USEARCH 14 implementiert ist (Version 7.0.1090). Fügen Sie die gepaarten Enden zusammen und wenden Sie die Qualitätsfilterung mit einem maximalen erwarteten Fehler (maxee) Wert von 1,0 an. Verweigern Sie Sequenzen weniger als 150 nt. Dereplicate Sequenzen, um Singletons zu verwerfen. </li><li> Cluster der Sequenzen in operative taxonomische Einheiten (OTUs) auf einer 97% Sequenzidentität und verwenden UCHIME 15 , um chimäre Sequenzen zu filtern. </li></ol></li><li> OTU-Kommissionierung, taxonomische Zuordnung und phylogenetischer Rekonstruktion sowie Diversity-Analysen und Visualisierungen. <ol><li> Verarbeiten Sie die OTUs mit Quantitative Insights IntO Mikrobielle Ökologie (QIIME) 16 . </li><li> Auswahl und Ausrichtung der repräsentativen OTUs gegen die Greengenes Core Set Datenbank 17 mit PyNAST 18 mit einer minimalen Identität von 75% (Standard). </li><li> Zuordnen der Taxonomie zu den ausgerichteten Sequenzen mit dem Ribosomal Database Project (RDP) Klassifikator Programm 19 mit einem Vertrauen von 0,8. </li><li> Normalisieren Sie die OTU-Tabelle auf die Sequenzzählung des Samples mit der niedrigsten Sequenztiefe. </li><li> Bauen Sie einen phylogenen Baum aus ausgerichteten Sequenzen mit Fast Tree 20 nach dem Filtrationsschritt, um hochvariable Regionen und Positionen, die alle Lücken sind, zu entfernen. Verwenden Sie diesen Baum, um Alpha- und Beta-Diversitäten zu berechnen und um Verdünnungskurven und Shannon-Indizes zu berechnen. </li><li> Um ungewichtete UniFrac-Distanzmetriken 21 zu generieren und zu visualisieren, verwenden Sie die Prinzipkoordinatenanalyse (PCoA). HINWEIS: Für sTatistische Analysen können verschiedene Softwarepakete verwendet werden, wie zB R 22 oder die in QIIME 16 implementierten statistischen Werkzeuge. </li><li> Für den Vergleich von Shannon Indizes der Vielfalt zwischen den verschiedenen Behandlungen, verwenden Sie eine ANCOVA, unter Berücksichtigung der Zeit als eine kontinuierliche abhängige Variable in R. </li><li> Vergleichen Sie die Abstände zwischen Behandlungen in PCoA in QIIME mit einem zweiseitigen Student&#39;s t-Test und berechnen Sie die nichtparametrischen p-Werte mit 1.000 Monte Carlo Permutationen mit der Bonferroni Korrektur. </li><li> Analysieren Sie für Korrelationen zwischen der relativen Häufigkeit von spezifischen OTUs und anderen gemessenen Parametern, wie Serumspiegel von Cholesterin, HDL, LDL, etc. , mit Pearson-Korrelationsanalyse. Verwenden Sie dazu CoNet 23 mit der anschließenden Visualisierung von Korrelationsnetzen mit Cytoscape 3.1.1 24 . </li></ol></li></ol>

<ol><li>Papagianni, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomally+synthesized+peptides+with+antimicrobial+properties%3A+biosynthesis%2C+structure%2C+function%2C+and+applications%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnol+Adv%22%5BJournal%5D)">Ribosomally synthesized peptides with antimicrobial properties: biosynthesis, structure, function, and applications.</a> Biotechnol Adv. 21 (6), 465-499 (2003).</li>
<li>Gillor, O., Kirkup, B. C., Riley, M. A. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aGillor%2C+O+%22Advances+in+Applied+Microbiology%22">Advances in Applied Microbiology</a>. 54, Academic Press. 129-146 (2004).</li>
<li>Dzung, B. D., Ingolf, F. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ribosomally+Synthesized+Antibacterial+Peptides+in+Gram+Positive+Bacteria%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Drug+Targets%22%5BJournal%5D)">Ribosomally Synthesized Antibacterial Peptides in Gram Positive Bacteria.</a> Curr Drug Targets. 3 (2), 107-122 (2002).</li>
<li>Dobson, A., Cotter, P. D., Ross, R. P., Hill, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacteriocin+Production%3A+a+Probiotic+Trait%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microb%22%5BJournal%5D)">Bacteriocin Production: a Probiotic Trait?</a> Appl Environ Microb. 78 (1), 1-6 (2012).</li>
<li>Li, D., Wang, P., Wang, P., Hu, X., Chen, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+gut+microbiota%3A+A+treasure+for+human+health%5BTitle%5D)+AND+%22Biotechnol+Adv%22%5BJournal%5D)">The gut microbiota: A treasure for human health.</a> Biotechnol Adv. 34 (7), 1210-1224 (2016).</li>
<li>Millette, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Capacity+of+Human+Nisin-+and+Pediocin-Producing+Lactic+Acid+Bacteria+To+Reduce+Intestinal+Colonization+by+Vancomycin-Resistant+Enterococci%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microb%22%5BJournal%5D)">Capacity of Human Nisin- and Pediocin-Producing Lactic Acid Bacteria To Reduce Intestinal Colonization by Vancomycin-Resistant Enterococci.</a> Appl Environ Microb. 74 (7), 1997-2003 (2008).</li>
<li>Cotter, P. D., Ross, R. P., Hill, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bacteriocins+%5Bmdash%5D+a+viable+alternative+to+antibiotics%3F%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Rev+Microb%22%5BJournal%5D)">Bacteriocins [mdash] a viable alternative to antibiotics?</a> Nat Rev Microb. 11 (2), 95-105 (2013).</li>
<li>Leroy, F., Foulquié Moreno, M. R., De Vuyst, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enterococcus+faecium+RZS+C5%2C+an+interesting+bacteriocin+producer+to+be+used+as+a+co-culture+in+food+fermentation%5BTitle%5D)+AND+%22Int+J+Food+Microb%22%5BJournal%5D)">Enterococcus faecium RZS C5, an interesting bacteriocin producer to be used as a co-culture in food fermentation.</a> Int J Food Microb. 88 (2-3), 235-240 (2003).</li>
<li>Ananou, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Combined+effect+of+enterocin+AS-48+and+high+hydrostatic+pressure+to+control+food-borne+pathogens+inoculated+in+low+acid+fermented+sausages%5BTitle%5D)+AND+%22Meat+Sci%22%5BJournal%5D)">Combined effect of enterocin AS-48 and high hydrostatic pressure to control food-borne pathogens inoculated in low acid fermented sausages.</a> Meat Sci. 84 (4), 594-600 (2010).</li>
<li>Riboulet-Bisson, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+Lactobacillus+salivarius+Bacteriocin+Abp118+on+the+Mouse+and+Pig+Intestinal+Microbiota%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">Effect of Lactobacillus salivarius Bacteriocin Abp118 on the Mouse and Pig Intestinal Microbiota.</a> PLoS One. 7 (2), e31113(2012).</li>
<li>Charan, J., Kantharia, N. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((How+to+calculate+sample+size+in+animal+studies%3F%5BTitle%5D)+AND+%22J+Pharmacol+Pharmacother%22%5BJournal%5D)">How to calculate sample size in animal studies?</a> J Pharmacol Pharmacother. 4 (4), 303-306 (2013).</li>
<li>Umu, ÖC. O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Potential+of+Class+II+Bacteriocins+to+Modify+Gut+Microbiota+to+Improve+Host+Health%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">The Potential of Class II Bacteriocins to Modify Gut Microbiota to Improve Host Health.</a> PLoS One. 11 (10), e0164036(2016).</li>
<li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UPARSE%3A+highly+accurate+OTU+sequences+from+microbial+amplicon+reads%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">UPARSE: highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads.</a> Nat Meth. 10 (10), 996-998 (2013).</li>
<li>Edgar, R. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Search+and+clustering+orders+of+magnitude+faster+than+BLAST%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST.</a> Bioinformatics. 26 (19), 2460-2461 (2010).</li>
<li>Edgar, R. C., Haas, B. J., Clemente, J. C., Quince, C., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UCHIME+improves+sensitivity+and+speed+of+chimera+detection%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection.</a> Bioinformatics. 27 (16), 2194-2200 (2011).</li>
<li>Caporaso, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((QIIME+allows+analysis+of+high-throughput+community+sequencing+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Meth%22%5BJournal%5D)">QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data.</a> Nat Meth. 7 (5), 335-336 (2010).</li>
<li>DeSantis, T. Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Greengenes%2C+a+Chimera-Checked+16S+rRNA+Gene+Database+and+Workbench+Compatible+with+ARB%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microb%22%5BJournal%5D)">Greengenes, a Chimera-Checked 16S rRNA Gene Database and Workbench Compatible with ARB.</a> Appl Environ Microb. 72 (7), 5069-5072 (2006).</li>
<li>Caporaso, J. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((PyNAST%3A+a+flexible+tool+for+aligning+sequences+to+a+template+alignment%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformatics%22%5BJournal%5D)">PyNAST: a flexible tool for aligning sequences to a template alignment.</a> Bioinformatics. 26 (2), 266-267 (2010).</li>
<li>Wang, Q., Garrity, G. M., Tiedje, J. M., Cole, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Naive+Bayesian+Classifier+for+Rapid+Assignment+of+rRNA+Sequences+into+the+New+Bacterial+Taxonomy%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microb%22%5BJournal%5D)">Naive Bayesian Classifier for Rapid Assignment of rRNA Sequences into the New Bacterial Taxonomy.</a> Appl Environ Microb. 73 (16), 5261-5267 (2007).</li>
<li>Price, M. N., Dehal, P. S., Arkin, A. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((FastTree+2+-+Approximately+Maximum-Likelihood+Trees+for+Large+Alignments%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+One%22%5BJournal%5D)">FastTree 2 - Approximately Maximum-Likelihood Trees for Large Alignments.</a> PLoS One. 5 (3), e9490(2010).</li>
<li>Lozupone, C., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((UniFrac%3A+a+New+Phylogenetic+Method+for+Comparing+Microbial+Communities%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microb%22%5BJournal%5D)">UniFrac: a New Phylogenetic Method for Comparing Microbial Communities.</a> Appl Environ Microb. 71 (12), 8228-8235 (2005).</li>
<li>R Core Team. R Foundation for Statistical Computing. , Vienna, Austria. Available from:
 <a target="_blank" href="http://www.R-project.org">http://www.R-project.org</a> (2014).</li>
<li>Faust, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Microbial+co-occurrence+relationships+in+the+human+microbiome%5BTitle%5D)+AND+%22PLoS+Comput+Biol%22%5BJournal%5D)">Microbial co-occurrence relationships in the human microbiome.</a> PLoS Comput Biol. 8 (7), e1002606(2012).</li>
<li>Shannon, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cytoscape%3A+A+Software+Environment+for+Integrated+Models+of+Biomolecular+Interaction+Networks%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Res%22%5BJournal%5D)">Cytoscape: A Software Environment for Integrated Models of Biomolecular Interaction Networks.</a> Genome Res. 13 (11), 2498-2504 (2003).</li>
<li>Klindworth, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+general+16S+ribosomal+RNA+gene+PCR+primers+for+classical+and+next-generation+sequencing-based+diversity+studies%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Evaluation of general 16S ribosomal RNA gene PCR primers for classical and next-generation sequencing-based diversity studies.</a> Nucleic Acids Res. 41 (1), e1(2013).</li>
<li>Edwards, A. N., Suárez, J. M., McBride, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Culturing+and+Maintaining+Clostridium+difficile+in+an+Anaerobic+Environment%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Culturing and Maintaining Clostridium difficile in an Anaerobic Environment.</a> J Vis Exp. (79), e50787(2013).</li>
<li>Delves-Broughton, J., Blackburn, P., Evans, R. J., Hugenholtz, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Applications+of+the+bacteriocin%2C+nisin%5BTitle%5D)+AND+%22Antonie+Van+Leeuwenhoek%22%5BJournal%5D)">Applications of the bacteriocin, nisin.</a> Antonie Van Leeuwenhoek. 69 (2), 193-202 (1996).</li>
<li>Allende, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Growth+and+bacteriocin+production+by+lactic+acid+bacteria+in+vegetable+broth+and+their+effectiveness+at+reducing+Listeria+monocytogenes+in+vitro+and+in+fresh-cut+lettuce%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Microb%22%5BJournal%5D)">Growth and bacteriocin production by lactic acid bacteria in vegetable broth and their effectiveness at reducing Listeria monocytogenes in vitro and in fresh-cut lettuce.</a> Food Microb. 24 (7-8), 759-766 (2007).</li>
<li>Strompfová, V., Lauková, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((In+vitro+study+on+bacteriocin+production+of+Enterococci+associated+with+chickens%5BTitle%5D)+AND+%22Anaerobe%22%5BJournal%5D)">In vitro study on bacteriocin production of Enterococci associated with chickens.</a> Anaerobe. 13 (5-6), 228-237 (2007).</li>
<li>Caballero-Guerrero, B., Jiménez Díaz, R., Maldonado-Barragán, A., Ruiz-Barba, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Coculture+with+specific+bacteria+enhances+survival+of+Lactobacillus+plantarum+NC8%2C+an+autoinducer-regulated+bacteriocin+producer%2C+in+olive+fermentations%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Microb%22%5BJournal%5D)">Coculture with specific bacteria enhances survival of Lactobacillus plantarum NC8, an autoinducer-regulated bacteriocin producer, in olive fermentations.</a> Food Microb. 27 (3), 413-417 (2010).</li>
<li>Drider, D., Fimland, G., Héchard, Y., McMullen, L. M., Prévost, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Continuing+Story+of+Class+IIa+Bacteriocins%5BTitle%5D)+AND+%22Microb.+Mol+Biol+Rev%22%5BJournal%5D)">The Continuing Story of Class IIa Bacteriocins.</a> Microb. Mol Biol Rev. 70 (2), 564-582 (2006).</li>
<li>Gao, Y., Jia, S., Gao, Q., Tan, Z. <a target="_blank" href="http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0956713509001224">A novel bacteriocin with a broad inhibitory spectrum produced by Lactobacillus sake C2, isolated from traditional Chinese fermented cabbage.</a> Food Control. 21 (1), 76-81 (2010).</li>
</ol>

Die Autoren haben nichts zu offenbaren.

Das hier beschriebene Verfahren wurde verwendet, um festzustellen, ob Veränderungen in der Mikrobiota an Gesundheit oder Alter gebunden sind. Verschiedene Teile des Protokolls sind wichtig, aber unter ihnen werden die Fäkalien entnommen, das DNA-Fragment sequenziert und analysiert, und die Durchführung der DNA-Extraktion und der bioinformatischen Analyse könnten sicherlich die kritischsten Punkte sein. Das Sampling ist entscheidend, weil aus ethischen Gründen Mäuse nicht gestresst werden sollten und weil es bekannt ist,...

Bakteriocine sind antimikrobielle Peptide, die durch einen breiten Bereich von Bakterienarten 1 , 2 hergestellt werden . Diese Verbindungen und ihre Produzenten, insbesondere LAB, wurden seit Jahrzehnten weltweit für ihre Einsatzmöglichkeiten in der Lebensmittelkonservierung und Medizin erforscht und ausgenutzt 3 . Mehrere Bakteriocine sind bekannt, um wichtige Pathogene, einschließlich Arten von Listeria, Enterococcus, Staphylococcus und Bacillus zu töten. Einige Bakteriocine haben sogar die Fähigkeit, die Immunantwort zu modulieren 4 . Viele Bakteriocine haben relativ schmale Spektren, eine Eigenschaft, die in einigen Anwendungen sehr geschätzt wird. Zum Beispiel können einige schmalbandige Bakteriocine verwendet werden, um spezifische Aktivität gegen ausgewählte Gruppen von problematischen Bakterien zu lenken, ohne viel Störung auf die kommentare oder nützliche Flora, die dieselbe Nische teilt; Dies ist besonders wichtig im DarmumfeldWo zahlreiche nützliche Mikroben in einer interaktiven und dynamischen Weise gedeihen 5 . Bakteriocine sind auch für den prophylaktischen oder probiotischen Gebrauch sehr attraktiv, da sie das (Aus-) Wachstum von Pathogenen, Pathobionten oder opportunistischen Bakterien, die die Darmhomöostase 6 , 7 ausgleichen können, unterdrücken können. In ihrer Natur und ihren physikochemischen Eigenschaften sind Bakteriocine sehr unterschiedlich, da sie unterschiedliche Strukturen, Zielspezifitäten, Wirkungsweisen usw. aufweisen. Die meisten Bakteriocine wurden in vitro- Einstellungen sehr genau untersucht, aber nur wenige wurden in Lebensmitteln getestet Matrizen 8 , 9 oder in vivo, wie in einem Tierdarm 6 , 10 . Die in vitro Eigenschaften können sich in hohem Maße unterscheiden, wenn sie in vivo aufgrund der Komplexität o bewertet werdenF die Darmumgebung und auch zu mutmaßlichen unbeabsichtigten Wirkungen auf nützliche Bakterien. Die meisten Probiotika sind LAB. Sie produzieren eine Reihe von anderen Metaboliten, einschließlich kurzkettiger Fettsäuren, von denen bekannt ist, dass sie die Physiologie des Wirts beeinflussen, sowie antimikrobielle Eigenschaften gegenüber bestimmten Bakterien zu demonstrieren. Daher ist es im Falle von probiotischen Stämmen, die Bakteriocine produzieren, am besten, um realistische Assays, wie gesunde Tiere mit normaler Mikrobiota, zu etablieren. In der vorliegenden Studie stellen wir eine Strategie zur Verfügung, die die Beurteilung der Wirkung verschiedener Bakteriocin-produzierender Stämme ermöglicht, deren Bakteriocine bei gesunden Mäusen unterschiedliche Hemmungsspektren aufweisen. Unsere Strategie umfasst die Fütterung von Mäusen mit isogenen Nicht-Bakteriocin-Mutanten, die die Differenzierung von Bakteriocin-vermittelten Effekten aus Nicht-Bakteriocin-vermittelten Effekten ermöglichen. Sequenzierung 16S rDNA erlaubt es, die dynamischen Veränderungen der Bakterienpopulation im Darm zu verfolgen. SubsGleiche statistische Analyse entschlüsselt Korrelationen zwischen Bakterienarten und auch zwischen Bakterienarten und gemessenen physiologischen Parametern ( zB Körpergewicht, serumbiochemische Parameter usw. ). Wir glauben, dass das in dieser Studie vorgestellte Protokoll auch auf andere probiotische oder präbiotische Anwendungen anwendbar ist, die über die Untersuchung von Bakteriocinen in lebenden Tieren hinausgehen.

<table><tbody><tr><td>Balb/c Mäuse (weiblich)</td><td>Harlan</td><td></td><td>Mäuse sollten 6 - 8 Wochen alt sein</td></tr><tr><td>Petrischale aus Kunststoff</td><td>Thermo Scientific</td><td>101VR20</td><td></td></tr><tr><td>Gehirn-Herz-Infusionsbrühe</td><td>Conda</td><td>1400.00</td><td></td></tr><tr><td>Europäischer bakteriologischer Agar</td><td>Pronadisa</td><td>1800.00</td><td></td></tr><tr><td>Agarose D1 Low EEO</td><td>Pronadisa</td><td>8010.00</td><td></td></tr><tr><td>1x TAE-Puffer</td><td>Thermo Scientific</td><td>15558042</td><td></td></tr><tr><td>MRS Brühe</td><td>Difco</td><td>288130</td><td></td></tr><tr><td>PBS Tabletten</td><td>Sigma</td><td>P4417-100TAB</td><td></td></tr><tr><td>Waage</td><td>Mettler Toledo</td><td>PB602-S</td><td></td></tr><tr><td>sterile Pinzette</td><td>Levantina de Laboratorios S.L.</td><td>260-3710014</td><td></td></tr><tr><td>Mikrozentrifuge</td><td>Eppendorf</td><td>5424</td><td></td></tr><tr><td>Zentrifuge</td><td>Hermle</td><td>Z383K</td><td></td></tr><tr><td>Natriumchlorid</td><td>AppliChem Panreac</td><td>121659.1211</td><td></td></tr><tr><td>Realpure SSS Kit</td><td>Real Life Science Solutions, Durviz, Spanien</td><td>RBME04 (300 ml)</td><td></td></tr><tr><td>Isopropanol</td><td>AppliChem Panreac</td><td>131090.1611</td><td></td></tr><tr><td>Ethanol</td><td>AppliChem Panreac</td><td>131086.1214</td><td></td></tr><tr><td>Qubit Fluorometer</td><td>Invitrogen</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td><td>Invitrogen</td><td>Q32851</td><td></td></tr><tr><td>AMPure XP beads</td><td>Beckman Coulter Genomics, USA</td><td>A63881 (60 ml)</td><td></td></tr><tr><td>PerfeCta NGS Library Quantification Kit</td><td>Quanta BioSciences, Maryland, USA</td><td>733-2300</td><td></td></tr><tr><td>MiSeq v3 Reagenzienkit</td><td>Illumina, San Diego, Kalifornien, USA</td><td>MS-102-3003</td><td></td></tr><tr><td>Primer für die Amplifikation</td><td></td><td></td> von 16S rRNA-Genen <td>Primer enthalten die V3-V4-Region des bakteriellen 16S rRNA-Gens und Illumina-Überhangadapter: 5'-TCG TCG GCA GCG TCA GAT GTG TAT AAG AGA CAG CCT ACG GGN GGN GGC WGC AG-3' und 5'-GTC TCG TGG GCT CGG AGA TGT GTA TAA GAG ACA GGA CTA CHV GGG TAT CTA ATC C-3'</td></tr><tr><td>Nextera XT Index Kit</td><td></td><td>FC-131-1002</td><td>Indizes und Illumina Sequenzieradapter</td></tr><tr><td>Micropestle für 1,5 mL Röhrchen, Eppendorf / Sigma , Ref.</td><td>Sigma</td><td>Z317314-1PAK</td><td></td></tr><tr><td>Glasperlen, 0,1 mm Durchmesser</td><td>Biospec Products</td><td>11079-101</td><td></td></tr><tr><td>NucleoSpin Gel und PCR Clean-up Kit</td><td>Macherey-Nagel</td><td>740609.25</td><td></td></tr><tr><td>Omni Bead Ruptor 24</td><td>Omni International Inc.</td><td>19-040</td><td></td></tr><tr><td>Mutanolysin</td><td>Sigma</td><td>M9901-10KU</td><td></td></tr><tr><td>Lysozym</td><td>Roche</td><td>10837059001</td><td></td></tr><tr><td>Proteinase K</td><td>Roche</td><td>3115887001</td><td></td></tr><tr><td>RNase A</td><td>Sigma</td><td>R4875</td><td></td></tr></tbody></table>

eine methode zur beurteilung von bakteriocin-wirkungen auf die gut-mikrobiota von mäusen

A Method to Assess Bacteriocin Effects on the Gut Microbiota of Mice

Sehr faszinierende Fragen entstehen mit unserem fortschreitenden Wissen über die Mikrobiota-Komposition und die Beziehung zur Gesundheit, insbesondere in Bezug auf die Faktoren, die zur Erhaltung der Populationsbilanz beitragen. Allerdings gibt es begrenzte verfügbare Methoden, um diese Faktoren zu bewerten. Bakteriocine sind antimikrobielle Peptide, die von vielen Bakterien produziert werden, die einen Wettbewerbsvorteil für die Nahrungsmittelerfassung und / oder Nischenherstellung verleihen können. Viele probiotische Milchsäurebakterien (LAB) -Stämme haben ein großes Potenzial, die Gesundheit von Mensch und Tier zu fördern, indem sie das Wachstum von Krankheitserregern verhindern. Sie können auch für die Immunmodulation verwendet werden, da sie Bakteriocine produzieren. Allerdings wird die antagonistische Aktivität von Bakteriocinen normalerweise durch Labor-Bioassays unter wohldefinierten, aber über-vereinfachten Bedingungen im Vergleich zu der komplexen Darm-Umgebung bei Menschen und Tieren bestimmt, wo Bakterien mit multifaktoriellen Einflüssen aus dem Wirt und Hunderten von mikrobiellen Spezies s konfrontiert sindDie gleiche Nische Diese Arbeit beschreibt ein vollständiges und effizientes Verfahren zur Bewertung der Wirkung Einer Vielzahl von Bakteriocinen mit unterschiedlichen Zielspezifitäten in einem murinen System. Änderungen der Mikrobiota-Zusammensetzung während der Bakteriocin-Behandlung werden unter Verwendung einer kompositorischen 16S-rDNA-Sequenzierung überwacht. Unser Ansatz nutzt sowohl die Bakteriocin-Produzenten als auch ihre isogenen Nicht-Bakteriocin-produzierenden Mutanten, wobei letztere die Fähigkeit gibt, Bakteriocin-bezogene von nicht-bakteriocinbezogenen Modifikationen der Mikrobiota zu unterscheiden. Die Fäkal-DNA-Extraktion und die 16S-rDNA-Sequenzierungsmethoden sind konsistent und bilden zusammen mit der Bioinformatik ein mächtiges Verfahren, um schwache Veränderungen in den Bakterienprofilen zu finden und Korrelationen hinsichtlich der Cholesterin- und Triglyceridkonzentration zwischen Bakterienpopulationen und Gesundheitsmarkern herzustellen. Unser Protokoll ist generisch und kann so verwendet werden, um andere Verbindungen oder Nährstoffe mit dem Potential zu untersuchen, das Wirtsmikro zu verändernRobiota Zusammensetzung, entweder beim Studium der Toxizität oder nützliche Auswirkungen.

Die Produktion von Bakteriocinen wurde als ein positives probiotisches Merkmal in LAB betrachtet, da es angenommen wurde, das Wachstum von opportunistischen Bakterien und Pathogenen zu verhindern. Ziel dieser Arbeit war es, die Fähigkeit von Bakteriocinen zu zeigen, die Mikrobiota-Populationen in einem Mausmodell zu modulieren. Zu diesem Zweck wurde ein Verfahren entwickelt, um die Wirkung der Aufnahme von Bakteriocin-produzierenden Stämmen und deren isogenen nicht-produzierenden Stämmen...

Es wird angenommen, dass Bakteriocine eine Schlüsselrolle bei der Definition der mikrobiellen Vielfalt in verschiedenen ökologischen Nischen spielen. Hier beschreiben wir ein effizientes Verfahren zur Beurteilung, wie sich Bakteriocine in einem Tiermodell auf die Mikrobiota-Zusammensetzung auswirken.

Eine Methode zur Beurteilung von Bakteriocin-Wirkungen auf die Gut-Mikrobiota von Mäusen

Very intriguing questions arise with our advancing knowledge on gut microbiota composition and the relationship with health, particularly relating to the ...

Das übergeordnete Ziel dieses Verfahrens besteht darin, den Einfluss von Bacteriocinen auf die Zusammensetzung der Darmmikrobiota unter Verwendung eines Mausmodells zu bewerten. Diese Methode ermöglicht es, die tatsächliche Wirkung von Bacteriocinen aus Probiotika auf das empfindliche Gleichgewicht der bakteriellen Populationen im Darm zu bestimmen. Der Hauptvorteil dieser Technik liegt darin, dass sie die Analyse physiologischer Parameter erlaubt, um globale Effekte auf den Wirtsorganismus abzuleiten.Nachdem die bakteriellen Kulturen gemäß dem Textprotokoll angezüchtet wurden, zählen Sie die Zellen, indem Sie zunächst mit eiskaltem 0,9 %iger Natriumchloridlösung zehnfache serielle Verdünnungen anlegen. Tragen Sie 100 Mikroliter jeder Verdünnung auf eine BHI-Agarplatte auf. Inkubieren Sie die Platten über Nacht bei 30 Grad Celsius, um das Zellwachstum und die Koloniebildung zur Bestimmung der CFU pro Milliliter zu ermöglichen.Um bakterienhaltiges Trinkwasser herzustellen, 100 Milliliter steriles, filtriertes Trinkwasser verwenden, um die Zellen aus jeder Bakterien-Stammsammlung so zu verdünnen, dass eine endgültige durchschnittliche Konzentration von zehn hoch neun pro Milliliter K

a-method-to-assess-bacteriocin-effects-on-the-gut-microbiota-of-mice

Research

Forschung

JoVE Journal

Biology

Biologie

Quelle: Morrill, S. R., et al. Modelle der vaginalen Besiedlung von Mäusen durch anaerob gewachsene Bakterien. J. Vis. Exp. (2022)Dieses Video zeigt ein Protokoll zur Modellierung der vaginalen Besiedlung bei Mäusen mit antibiotikaresistenten anaeroben Bakterien. Sie beginnt mit einer Hormonbehandlung, um die epitheliale Anfälligkeit zu erhöhen, gefolgt von der vaginalen Inokulation und der Co-Inokulation unter anaeroben Bedingungen. Das Verfahren schließt mit einer Probenahme nach der...

Modellierung der vaginalen Besiedlung von Mäusen durch anaerobe Bakterien

Source: Zhang, C., et al., Development and Assessment of Intracellular Infection Models for Staphylococcus aureus. J. Vis. Exp. (2025)The video demonstrates the isolation of kidneys containing Staphylococcus aureus-infected macrophages, followed by tissue homogenization to release intracellular bacteria. It quantifies bacterial persistence within macrophages in control and antibiotic-treated groups by counting colony-forming units.

Assessing Intracellular Bacterial Persistence and Antibiotic Resistance in a Mouse Model

Dieses Video zeigt den Nachweis von Bakteriocin produzierenden Milchsäurebakterien, die aus Fäkalien von Mäusen gewonnen werden. Der Assay bestimmt die antimikrobielle Aktivität von Bacteriocin auf bestimmte Bakterienstämme.

Bewertung des antimikrobiellen Potenzials von Bacteriocin-produzierenden fäkalen Bakterienisolaten der Maus

Dieses Protokoll beschreibt die Cefoperazon Maus - Modell von Clostridium difficile - Infektion (CDI) eine klinisch relevante und genetisch-lenkbar - Stamm verwenden, R20291. Schwerpunkt auf der klinischen Krankheitsüberwachung, C. difficile Bakterien-Enumeration, Toxin Zytotoxizität und histopathologischen Veränderungen im gesamten CDI in einem Mausmodell werden im Protokoll aufgeführt.

Cefoperazon behandelten Maus-Modell der klinisch relevanten<em&gt; Clostridium difficile</em&gt; Dehnungs R20291

Hier bieten wir ausführliche Protokolle für die orale Verabreichung von Antibiotika für Mäuse, Sammlung von Stuhlproben, DNA-Extraktion und Quantifizierung von fäkalen Bakterien durch qPCR.

Quantitative Polymerase Kettenreaktion-basierte Analysen der murinen intestinale Mikrobiota nach Behandlung mit oralen Antibiotika

Dieses Protokoll bietet eine einfache, kostengünstige DNA-Isolationsmethode für die Analyse von Veränderungen der Mikrobiota des murinen Darms während der Entwicklung von Autoimmunerkrankungen.

Analyse der Dynamik fäkaler Mikrobiota in Lupus-anfälligen Mäusen mit einer einfachen, kostengünstigen DNA-Isolierungsmethode

Hier stellen wir ein Protokoll zur Etablierung des Antibiotika-induzierten pseudo-keimfreien Dextransulfat-Natrium-induzierten Colitis-Mausmodells vor, um die Rolle der Darmmikrobiota bei der Regulierung der positiven Auswirkungen von Bacillus cereus auf Colitis zu untersuchen.

Untersuchung der lindernden Wirkung der Verabreichung von Bacillus cereus auf Colitis durch Modulation der Darmmikrobiota

Bakteriophagen (Phagen), Viren, die Bakterien infizieren, sind ein integraler Bestandteil des Darmmikrobioms. Obwohl diese symbiotischen Bewohner die bakterielle Fitness und Populationsdynamik vorantreiben, ist wenig darüber bekannt, wie sie sich auf die Darmhomöostase und -krankheit auswirken. Dieses Protokoll untersucht isolierte T4-Phagen in einem Mausmodell, die an andere Phagen-Bakterien-Paare angepasst werden können.

T4-Bakteriophagen- und E. coli-Interaktion im murinen Darm: Ein prototypisches Modell zur Untersuchung der Wirt-Bakteriophagen-Dynamik in vivo

Hier beschreiben wir die mikropipettengesteuerte Arzneimittelverabreichung (MDA) als eine alternative Methode zur oralen Sonde, die das Versuchstier dazu anregt, Behandlungen ohne weiteres und mit minimalem Stress und Unbehagen einzunehmen.

Verwendung der Mikropipetten-gesteuerten Verabreichung von Medikamenten als alternative Methode zur oralen Sonde in Nagetiermodellen

Dieses Protokoll beschreibt die notwendigen Schritte zur Besiedlung von Mäusen mit pks+ Escherichia coli unter nicht-entzündlichen Bedingungen sowie nicht-invasive Methoden zur Validierung der Kolonisierung und zur Bewertung der pks+ E. coli-Expansion im Kot.

Besiedlung mit Murine pks+ Escherichia coli unter nicht-entzündlichen Bedingungen

Erfahren Sie, wie Bacteriocine die Darmmikrobiota von Mäusen beeinflussen. Diese Methode nutzt CFU-Analysen und DNA-Extraktion, um bakterielle Populationen zu quantifizieren und physiologische Effekte auf den Wirt zu untersuchen.

Eine Methode zur Beurteilung von Bakteriocin-Wirkungen auf die Gut-Mikrobiota von Mäusen

Weitere Videos entdecken